Pseudomonas putida что это такое: Pseudomonas putida SJTE-1

Содержание

Диагностика и лечение заболеваний, вызванных P. aeruginosa

Резистентность нозокомиальных штаммов P.aeruginosa в стационарах представляет собой серьезную медицинскую и социальную проблему. По данным исследования European prevalence of infection in intensive care (EPIC), госпитальные инфекции в отделениях интенсивной терапии регистрируются более чем в 20% случаев, из них на Pseudomonas aeruginosa приходится — 28,7% [20, 35]. Одним из основных возбудителей гнойно-воспалительных процессов у больных в стационарах разного профиля, в том числе в отделениях хирургии, реанимации, ожоговом, являются неферментирующие грамотрицательные бактерии, среди которых преобладают представители рода Pseudomonas. P.aeruginosa не обладает тропностью к какому-либо виду ткани или органу. Данный микроорганизм (МО) был выделен из крови, мочи, жидкости брюшной и плевральной полостей, мокроты, кишечника, зева, с раневых поверхностей и кожных покровов [1, 9, 23, 4]. Штаммы P.aeruginosa, выделенные из клинического материала, способны вызывать патологические изменения у ряда сельскохозяйственных растений. При ликвидации источников инфекции P.aeruginosa необходимо учитывать, что таковыми могут быть растения [5]. Вентиляторассоциированная пневмония (ВАП), связанная с Peruginosa, характеризуется тяжелым течением с двусторонним поражением легких и неудовлетворительным прогнозом (уровень летальности 38%) [3]. Синегнойная деструкция легких у детей характеризуется тяжелым клиническим течением и является основной причиной неблагоприятных исходов у больных острой гнойной деструктивной пневмонией [22].

В таблице 1 представлены сведения о различных видах рода Pseudomonas, выделенных из различных источников.

Псевдомонас очень широко распространены и могут обитать повсюду. Нами были проанализированы данные таблицы № 1 и составлены следующие группы по времени выявления:

С 1895 по 1957 выявлены: Pichorii, P.viridiflava, P.syringae, P.caricapapayae, P.aurantiaca, P.chlororaphis, P.fragi, P.taetrolens, P. synxantha, P. tolaasii, P. marginalis, P. asplenii, P. stutzeri, P. putida, P. aeruginosa, P. alcaligenes, P. oleovorans, P. denitrificans, P. fluorescens из таких источников: цикорий дикий, фасоль обыкновенная, Asimina triloba, почва, вода, ризосфера, клинический материал, рыба, насекомые, молоко, сметана, растения, водно-масляная эмульсия, шампиньон, гладиолус, папоротник.

С 1960 по 1986 выявлены: P. amygdale, P. meliae, P. luntensis, P. corrugate, P. fulva, P. oryzihabitans, P. resinovorans, P. citronellolis, P. nitroreducens, P. pseudoalcaligenes, P. mendocina, P. pertucinogena, P. mucidolens, P.azotoformans, P. agarici, P. fuscovaginae, Pluteola из таких источников: миндаль обыкновенный, Melia Azedarach, мороженное мясо, томаты, рис, химические стоки, почва, нефтяное пятно, вода, моча, клинический материал, тухлые яйца, шампиньоны.

С 1992 по 2002 выявлены: P. savastanoi, P. migulae, P. mandelii, P. rhudesiae, P. veronii, P. gessardii, P. mosselii, P. monteilii, P. plecoglossicida, P. flavescens, P. straminea, P. sedrella, P. orientalis, P. libaniensis, P. jessenii, P. balearica, P. alcaliphila, P. brenneri, P. blassicacearum, P. chloritidismutans, P. cannabina, P. frederikbergensis, P. graminis, P. grimontii, P. indica, P. kilonensis, P. Lini, P. thivervalensis, P. tremae из таких источников: маслина европейская, минеральная вода, клинический материал, айю, орех, рис, вода, ил, морская вода, растения семейства крестоцветных, биореактор, конопля посевная, почва, трава, Arabidopsis thaliana, Trema orientalis.

Из этих данных видно, что в разные периоды выделялись не только разное количество штаммов, но и менялся спектр выделяемых видов. Обращает внимание тот факт, что за последние 10 лет (1992-2002) число видов, выделяемых из разных источников выросло до 27 (в остальные 20-летия — только по 17).

Но стабильно выделялись в основном Peruginosa, P.luteola, P.mosselii, P.monteilii, Ppertucinogena и постоянно они обнаруживаются в клиническом материале.

Это может свидетельствовать в первую очередь о микроэкологических нарушениях во внешней среде, связанных с урбанизацией и частыми технологическими вмешательствами в природу. Отсюда и антибиотикорезистентность этих микроорганизмов и частое обнаружение в клиническом материале. Повышенная выявляемость бактерий рода Pseudomonas за последние 20 лет еще может быть связана с улучшением методов лабораторной диагностики (появились новые тест-системы, а также молекулярно-генетические методы).

Peruginosa имеет фимбрии и прочие структуры, которые облегчают адгезию к эпителиальным клеткам. Тяжелому течению болезни способствуют такие биологические свойства, как продукция цитотоксинов, эндотоксинов, гемолизинов и протеаз [13, 17].

Эскулинпозитивные штаммы обладают признаками биовара: широко распространены, имеют некоторые характерные свойства (отсутствие признаков запаха триметиламина и «радужного лизиса» колоний, стабильны по признаку гидролиза эскулина у повторных штаммов от больных и при хранении культур [21]. Характерный признак синегнойной палочки — пигментообразование. Описаны три типа пигментов: пиоцианин, флюоресцеин и пиорубин. Диагностическое значение имеет только пиоцианин. Признак пигментообразования является непостоянным у многих штаммов. Его интенсивность зависит от среды, на которой культивируется микроб. Для выявления пигмента рекомендуется посев на среды, содержащие 2-5% глицерина или маннита. Чтобы обнаружить у штамма способность вырабатывать пиоцианин, к среде, на которой выращивается микроб, добавляют хлороформ, с его помощью экстрагируют пигмент, приобретающий при добавлении щелочи синюю окраску [7].

В РПГА установлена определенная зависимость между величиной титров антител О-антигена (липополисахарида) синегнойной палочки и тяжестью гнойного заболевания: высокие титры О-гемагглютининов (1:1280-1:5120) наблюдались у больных сепсисом (выздоровевших), сравнительно низкие титры О-антител (1:160-1:640) — у больных с гнойными ранами. При сепсисе наблюдалась корреляция между уровнем гуморальных антител против синегнойной палочки и клиническим состоянием больного: высокие титры О-антител (1:1280), регистрируемые к концу заболевания, соответствовали благоприятному исходу заболевания, низкие титры (1:40-1:160) — летальному исходу [8].

При исследовании методом дисков выявлено, что из 200 МО 138 (69%) выделяют карбенициллиназы, из них на долю Pseudomonas aeruginosa приходится 30% [32].

В клетках Eschrichia coli (M15) обнаружены рекомбинантные белки наружной мембраны OprF и OprL P.aeruginosa, а также участок, кодирующий С-концевую область белка OprF (OprF (192-342)). Полученные гипериммунные кроличьи сыворотки к белкам OprF, OprL и OprF (192-342) в экспериментах in vitro защищали мышей от инфекции, вызываемых этим микроорганизмом [11]. Способность полученного рекомбинантного белка OprI Peruginosa стимулировать синтез специфических антител позволила получить гипериммунные сыворотки, которые обладали бактериостатическим эффектом in vitro , что подтверждает его существенные антигенные свойства [19].

Полученные методом дифференциального центрифугирования и гель-хроматографии фракции осадков обработанной этанолом капсулоподобной слизи P.aeruginosa были токсичны для мышей и крыс и защищали примерно 25-75% крыс против экспериментальной синегнойной инфекции. Фракции надосадочной жидкости были слаботоксичны или нетоксичны для мышей и крыс и защищали 80-100% крыс против синегнойной инфекции [12].

Экспериментально показано действие автоиндукторов на рост бактерий и образование биопленки Peruginosa, а именно лактоны С4+С8 и С6+С8 активировали рост бактерий Peruginosa, однако лактоны С4 и С8 отдельно и в любых сочетаниях подавляли рост биопленки Peruginosa (снижение оптической плотности в 2 раза). Обнаружено, что лактон С0 без углеродной боковой цепи ингибировал рост биопленки (снижение оптической плотности в 7 раз) и образование планктонных клеток [24].

Бактерии рода Pseudomonas выделяют вещества, существенно отличающиеся по спектру антибактериальной активности относительно Peruginosa. К псевдомонас, продуцирующим киллерные факторы низкого и умеренного спектра активности были отнесены P.mendocina, P.fragi и P.taetrolens. Бактерии вида Peruginosa способны выделять вещества с более широкой антибактериальной активностью по отношению к близкородственным штаммам. Наивысшими показателями характеризовались лизаты 14 штаммов Peruginosa, действующие компоненты у 11 из которых предварительно отнесены к низкомолекулярным пиоцинам. Максимально широкий спектр антибактериальной активности относительно Peruginosa выявлялся у лизатов РАЕ-38; РАЕ-6; РАЕ-24; РАЕ-22 [2].

Применение липосомальной формы анатоксина синегнойной палочки уменьшает угнетение первичного иммунного ответа, вызванного при однократном тотальном гамма-облучении в дозе 3 Гр. Иммуномодулирующее действие фосфатидилетаноламиновых липосом, используемых в составе липосомального анатоксина синегнойной палочки, обеспечивается интенсивной выработкой иммуноглобулинов класса G [15].

Лечение заболеваний, вызванных P.aeruginosa. Выбор антибиотиков для лечения усложняется штаммовыми особенностями, наличием или отсутствием мукоидной капсулы и способностью возбудителя приобретать резистентность к лечебным препаратам непосредственно в процессе терапии [1, 25]. Устойчивость к антибиотикам постоянная проблема в системе здравоохранения и связана со свойствами бактериальных клеток, в частности с образованием МО биопленки [26]. При высокой антибактериальной устойчивости в биопленках, чаще всего рекомендуется комбинированная терапия и вещества с макроциклическим лактонным концом [33]. В результате исследований Е. В. Покасом и соав., 2005г установлено, что независимо от места выделения и типа стационара, препаратами, способными приостановить рост грамотрицательных неферментирующих палочек могут считаться лишь амикацин, меропенем и имипенем [16]. Наибольшей активностью к назокомиальным штаммам P.aeruginosa характеризуется имипенем, меропенем, азитромицин, ломефлоксацин и ванкомицин [20].

Антибиотикотерапия, которая используется при лечении инфекций, вызванных P.aeruginosa, как правило включает аминогликозидные и β-лактамные антибиотики, а также применяется монотерапия фторхинолонами (ципрофлоксацином) или карбапенемами [23, 29, 30, 36]. Большинство штаммов эскулинпозитивного штамма P.аeruginosa чувствительны к карбапенемам (имепенему, меропенему), но устойчивы к форхинолонам (ципрофлоксацину), уреидопенициллинам, аминогликозидам (кроме амикацина), цефалоспоринам третьего поколения (кроме цефтазидима) [21]. По данным Сидоренко С.В. и соавт. 1999г среди беталактамных антибиотиков карбапенемы отличаются наибольшим уровнем антисинегнойной активности и к ним реже всего встречается устойчивость [6]. Карбапенемы — антибиотики широкого спектра действия, которые широко используются для лечения инфекционных заболеваний во всем мире. Однако их необоснованное применение приводит к появлению резистентных штаммов бактерий [27].

Уровень клинической эффективности применения парентеральной моноантибиотикотерапии Цефтазидим-КМП у больных с послеоперационными раневыми инфекциями, вызванными Pseudomonas aeruginosa, составляет 93,3%, уровень бактериологической эффективности — 91,1%, уровень переносимости пациентами — 100% [18].

Ингаляционные антибиотики типа тобрамицина, гентамицина, колистина и азтреонама лизина эффективно применялись у больных с муковисцидозом и обструктивным бронхитом. Кроме того ингаляционные антибиотики могут быть использованы для профилактики и лечения пациентов с нарушениями ингаляционной вентиляции легких, страдающих трахеобронхитом или хронической пневмонией, вызванной множественными устойчивыми к лечению грамотрицательными бактериями (главным образом Pseudomonas aeruginosa или Acinetobacter baumannii) [31].

Мед обладает двумя независимыми механизмами, действующими в тандеме: бактерицидным действием, при котором активно уничтожаются бактериальные клетки, и бактериостатическим, при котором ослабляется кворум бактерий и их вирулентность [34].

Лечение и профилактика гнойно-воспалительных и энтеральных заболеваний, вызванных P.aeruginosa, а также дисбактериозов проводится синегнойным бактериофагом [14].

Выводы

  1. Бактерии рода псевдомонас повсеместно распространены. Они обитают в воде, почве, на растениях, на продуктах питания, в стационарах разного профиля.
  2. Peruginosa может вызывать различные формы гнойно-воспалительных заболеваний в отделениях хирургии, реанимации, ожоговом, а также могут вызывать вентилятороассоциированные пневмонии. У детей могут вызывать деструктивные поражения легких.
  3. У Peruginosa определяется высокая антибиотикоустойчивость в связи с образование МО биопленки.
  4. Антибиотиками выбора при лечении синегнойной инфекции являются имипенем, меропенем, азитромицин, ломефлоксацин и ванкомицин.
  5. За последние 20 лет выделяется 27 видов Pseudomonas и преобладающими среди них являются Peruginosa, P. luteola, P.mosselii, P.monteilii, P. pertucinogena. Наиболее часто они обнаруживаются в клиническом материале.

Случай бактериемии, обусловленной Pseudomonas putida , у ребенка 4 лет

Аннотация


Описан случай бактериемии, обусловленной Pseudomonas putida, у ребенка 4 лет, поступившего в стационар склинической картиной острой кишечной инфекции. При бактериологическом исследовании крови дважды полученрост микроорганизма Pseudomonas fluorescens/putida. Первоначальный курс антибактериальной терапии цефалоспориномIII поколения оказался неэффективен. Положительный результат достигнут при проведении комбинированногокурсааминогликозида III поколения и метронидазола.A case of bacteremia caused by Pseudomonasputidain a 4 -year old child who was admitted to the hospital with a clinicalpicture of acute intestinal infection is described .Клинический вестник, 3–2016Кремлевская медицинаA bateriological blood test revealed the growth of microorganism Pseudomonas fluorescens / putidatwice. The firsttherapeutic course with Cephalosporin of generation III as antibiotic therapy was ineffective. Positive results were seen whenthe patient was prescribed a combined course of Aminoglicoside , generation III, and Metronidasole.


Литература


1. Патент России №2344170, 20.01.2009. Штамм

бактерий Pseudomonas putida ВКМ В-2380Д, продуцирующий

поверхностно-активные вещества, для деградации

полициклических

ароматических углеводородов и углеводородов

нефти.

2. Патент России №2292391, 27.01.2007. Штамм

бактерий Pseudomonas putida, используемый для очистки

почв, грунтовых и поверхностных вод от тринитротолуола.

3. Yoshino Y., Kitazawa T., Kamimura M. et al.

Pseudomonas putida bacteremia in adult patients: five case

reports and a review of the literature. J. Infect. Chemother.

2011; 17: 278–282.

4. Martino R., Martínez C., Pericas R. et al. Bacteremia

due to glucose non-fermenting gram-negative bacilli in patients

with hematological neoplasias and solid tumors. Eur. J. Clin.

Microbiol. Infect. Dis. 1996; 15: 610–615.

5. Perz J.F., Craig A.S., Stratton C.W. et al. Pseudomonas

putida septicemia in a special care nursery due to contaminated

flush solutions prepared in a hospital pharmacy. J. Clin.

Microbiol. 2005; 43: 5316–5318.

6. Yang C.H., Young T., Peng M.Y. et al. Clinical spectrum

of Pseudomonas putida infection. J. Formos. Med. Assoc. 1996;

95: 754–761.

7. Von Graevenitz A., Weinstein J. Pathogenic significance

of Pseudomonas fluorescens and Pseudomonas putida. Yale J.

Biol. Med. 1971; 44: 265–273.

8. Thomas B.S., Okamoto K., Bankowski M.J., Seto T.B.

A Lethal Case of Pseudomonas putida Bacteremia Due to Soft

Tissue Infection. Infect. Dis. Clin. Pract. (Baltim Md). 2013; 21

(3): 147-213.

9. Korcova J., Koprnova J., Krcmery V., Krcmery V.

Bacteraemia due to Pseudomonas putida and other Pseudomonas

non-aeruginosa in children. J. Infect. 2005; 51 (1): 81.

10. Kim S.E., Park S.H., Park H.B. et al. Nosocomial

Pseudomonas putida Bacteremia: High Rates of Carbapenem

Resistance and Mortality. Chonnam. Med. J. 2012; 48 (2): 9195.

ВЛИЯНИЕ МОДИФИЦИРОВАНИЯ ПОВЕРХНОСТИ НАНОАЛМАЗОВ НА ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С БАКТЕРИЯМИ Pseudomonas putida K12

140

ФИЗИКОХИМИЯ ПОВЕРХНОСТИ И ЗАЩИТА МАТЕРИАЛОВ том 53 № 2 2017

ИСАКОВА и др.

и ДНАамин (рис. 2). При добавлении к суспензии

клеток пробы наноалмазов в концентрации от

800 мг/л уже в первые два часа на поверхности

клеток P. p u t i d a k 1 2 наблюдались адсорбирован-

ные частицы наноалмазов и их агломератов

(рис. 2в, 2д). Живые клетки в пробах, содержащих

наноалмазы УДА-ГО-ВК, сохраняли способность к

делению (рис. 2в), но по истечении 5-и сут в пробах

наблюдались колонии клеток с измененной мор-

фологией. Клетки вместо вытянутой приобрета-

ли сферическую форму (рис. 2г). При этом в од-

ной клеточной оболочке наблюдалось до трех

клеток. Это свидетельствует о выявлении некото-

рого токсического воздействия наноалмазов

УДА-ГО-ВК в значительных концентрациях, кото-

рое, однако, не вызывало глобальных повреждений

клетки. В пробах, содержащих наноалмазы с ами-

нированной поверхностью, по истечении 5-и сут,

наблюдались еще более выраженные изменения

формы клеток. Клетки были мертвыми, а их обо-

лочка приобретала вогнутую форму (рис. 2е).

Высокая бактерицидная активность аминиро-

ванных наноалмазов и их свойство адсорбиро-

ваться на поверхности клеток могут быть обу-

словлены способностью аминогрупп приобретать

положительный заряд в растворе благодаря свя-

зыванию с протонами. В этом они могут вести се-

бя подобно полиэтиленимину (ПЭИ), катионно-

му полимеру, который обеспечивает аттракцион-

ное взаимодействие с отрицательно заряженной

внешней поверхностью клеток. Известно, что

клетки фиксируются на поверхности чашек Пет-

ри, покрытой ПЭИ [23]. С другой стороны, ПЭИ

проявляет токсичность, когда остается в раство-

ре. Подобным образом высокая плотность ами-

ногрупп на поверхности аминированных наноал-

мазов может способствовать их плотному контак-

ту с поверхностью клеточных стенок бактерий,

что в дальнейшем приводит к нарушению их це-

лостности и гибели. Ранее нами было установле-

но, что хлорирование и аминирование поверхно-

сти наноалмазов позволяет также многократно

усилить их способность к связыванию вирусных

частиц [18–20].

4. ВЫВОДЫ

В данной работе проведено сравнение бакте-

рицидного действия наноалмазов детонационного

синтеза коммерческого производства, и наноал-

мазов с хлорированной и аминированной поверх-

ностью. Было установлено, что аминированные

образцы наноалмазов обладают наиболее выра-

женным бактерицидным действием к грамотрица-

тельным бактериям Pseudomonas putida k12. Их

эффективность примерно в два раза выше по

сравнению с наноалмазами с хлорированной по-

верхностью. Полученные результаты открывают

перспективу практического применения наноал-

мазов детонационного синтеза для создания

средств бактериальной защиты.

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Егорова Е.М. Биологические эффекты наночастиц

металлов. М.: Наука, 2014. С. 350.

2. Смирнов В.В., Киприанова Е.А. Бактерии рода Pseu-

domonas. Киев: Наук. думка, 1990. С. 264.

3. Иванов А.Ю., Гаврюшкин А.В., Сиунова Т.В. и др. //

Микробиология. 1999. Т. 68. С. 366.

4. Liu Sh., Zeng T.H., Hofmann M. et al. // ACS NANO.

2011. V. 5. P. 6971.

5. Gurunathan S., Han J., Dayem A. et al. // Int. J. Nano-

medicine. 2012. V.7. P. 5901.

6. Chen H., Wang B., Gao D. et al. // Small. 2013. V. 9.

P. 2735.

7. Guzmán M.G., Dille J., Godet S. // Int. J. Chemical and

Biological Engineering. 2009. V. 2. P. 104.

8. Egorova E.M. In Silver Nanoparticles: Properties,

Characterization and Applications / Ed. Audrey E. Welles.

N.Y.: Nova Science Publ. 2010. P. 221.

9. Schrand A.M., Hens S.A., Shenderova O.A. // Critical

Reviews in Solid State and Materials Sciences. 2009.

V. 34. P. 18.

10. Spitsyn B.V., Denisov S.A., Skorik N.A. et al. // Dia-

mond and Related Materials. 2010. V. 19. P. 123.

11. Xing Z., Pedersen T., Wu X. et al. // Tissue Eng. Part A.

2013. V. 19. P. 1783.

12. Smith A.H., Robinson E.M., Zhang X.Q. et al. // Na-

noscale. 2011. V. 3. P. 2844.

13. Shimkunas R., Robinson E., Lam R. et al. // Biomateri-

als. 2009. V. 30. P. 5720.

14. Liu K.K, Chen M.-F., Chen P.Y. et al. // Nanotechnolo-

gy. 2008. V. 19. P. 205102.

15. Gaillard C., Girard H.A., Falck C. et al. // RSC Advanc-

es. 2014. V. 4. P. 3566.

16. Mochalin V., Gogotsi Y. // J. Am. Chem. Soc. 2009.

V. 131. P. 4594.

17. Zhang Q., Mochalin V., Neitzel I. et al. // Biomaterials.

2011. V. 32. P. 87.

18. Ivanova V.T., Ivanova M.V., Burtseva E.I. et al. // Prob-

lems of Virology. 2012. V. 2. P. 9.

19. Kondrashina N.G., Polkovnikova M.V., Isakova A.A. et al. //

Biotechnologies. 2014. V. 3. P. 67.

20. Ivanova M.V., Burtseva E.I., Ivanova V. T. et al. // MRS

Proceedings. 2012. V. 1452.

21. Khamova T.V., Shilova O.A., Vlasov D.Yu. et al. // Inor-

ganic Materials. 2012. V. 48. P. 702.

22. Лабинская А.С. Микробиология с техникой микро-

биологических исследований. М.: Изд-во “Меди-

цина”, 1978. 394 с.

23. Vancha A.R., Govindaraju S., Parsa K. et al. // BMC

Biotechnology. 2004. V. 4. P. 1472.

Каков Pseudomonas Putida?

Каков Pseudomonas Putida?

 

Pseudomonas putida — тип отрицательной граммом бактерии, которая обычно находится в воде и почве, особенно вокруг корней заводов. Это может защитить заводы от болезни от других микроорганизмов. Его метаболизм очень сложен, и бактерии могут ухудшить большое разнообразие органических загрязнителей. Есть коммерческий интерес в использовании этого с этой целью. Обычно бактерии, как полагают, безопасны, но есть несколько случаев того, что они вызывали болезнь у людей с поставившими под угрозу иммунными системами.

Загрязнители, которые, как прежде думали, были неразлагаемы микроорганизмами, такой как Styrofoam™ как с тех пор находили, были ухудшены этим организмом. Из-за биологических и химических применений этих бактерий, были упорядочены последовательности ДНК многих напряжений. Они тесно связаны с Pseudomonas aeruginosa, их> авантюристический болезнетворный микроорганизм людей. Посредством упорядочивания было найдено, что Pseudomonas putida испытывал недостаток в ключевых генах что Pseudomonas aeruginosa их> использование, чтобы вызвать болезнь в людях. Например, это не может ухудшить клеточные мембраны или выпустить токсины.

В немногих случаях, где Pseudomonas putida, как находили, был патогенным в людях, это было среди людей, которые были уже больны. Другая общая черта была то, что бактерии были представлены на чем-то, что, как предполагалось, было стерильно. Например, в одном случае, решение антитумана было загрязнено бактериями. В других нестерильные катетеры или подобные устройства были вставлены в человека, который недавно взял антибиотики.

Однажды в теле, Pseudomonas putida может вызвать системные инфекции, такие как бактериемия — инфекция крови. Пневмония или перитонит — серьезные болезни, которые могут быть вызваны этим бактериальным веществом. Это может также вызвать более ограниченные инфекции, как инфекции мочевых путей или синусит.

Вообще, Pseudomonas putida определялся как безопасная бактерия для использования в клонировании генов для работа биоисправления их>. Это вовлекает системное использование организма, чтобы ухудшить загрязнители в воде или почве. Эти бактерии имеют очень универсальный метаболизм, и могут ухудшить множество ядовитых химикатов, включая компоненты бензина. Другие напряжения могут преобразовать упаковывающие вещи арахисы, сделанные из пены пенопласта, в разлагаемую микроорганизмами пластмассу. Есть большое исследование, проводимое на degradative способностях этого организма.

Pseudomonas putida также важен в поддержании здоровья растений. Это живет в большинстве почв и партнеров с корнями завода, где это часто улучшает здоровье растений. Организм также производит молекулы, которые изолируют железо из области вокруг завода. Это лишает грибы и другие бактерии необходимого питательного вещества, ограничивая их рост. Делая так, это может произвести биологический контроль некоторых болезнетворных микроорганизмов завода.

Есть много авеню исследования, которые используют Pseudomonas putida для генной инженерии. Рекомбинантные бактерии производятся, чтобы ухудшить определенные загрязнители, и поставить биопестициды, чтобы привить корни. Они также используются, чтобы выразить гены от Pseudomonas aeruginosa их>, который может быть вовлечен в вызывание болезни в людях. Исследователи предпочитают проводить такие эксперименты в Pseudomonas putida, так как он очень вряд ли вызовет болезнь в людях по сравнению с Pseudomonas aeruginosa их>.

 

 

 

 

[<< Назад ] [Вперед >> ]

Лепидортоз рыб: лечение в аквариуме, фото-обзор

Лепидортоз фото

Симптомы заболевания лепидортоза: у внешне здоровой рыбы оказывается поднятой чешуя либо на ограниченных участках тела, либо на поверхности всего тела животного. Чешуя приподнимается в результате образования под каждой чешуйкой маленькой пустулы, которая часто приобретает вид пузырька, наполненного жидкостью.

Считают, что болезнь вызывают бактерии Аегоmonas punctata и Pseudomonas fluorescens.

В начальной стадии заболевания у внешне здоровой рыбы чешуя поднимается на ограниченных участках, на более поздней стадии — на поверхности всего тела рыбы. Происходит это в результате образования мелких пузырьков, наполненных серозной жидкостью (пустул), расположенных под кожей в месте прикрепления к ней чешуек. Иногда наблюдается выпадение чешуи. Образование пустул, ерошение чешуи и ее выпадение приводят к нарушению газообмена, что особенно опасно для молодых рыб, у которых жаберный аппарат еще слабо развит, а кожное дыхание в этот период имеет особое значение.

Препараты для лечения лепидортоз:

API Furan-2, E.M.Tablets, Nala-Gram, Sera bakto Tabs, Sera baktopur direct, TetraMedica GoldOomed  или Контралк, Ихтиовит Антибак, ЗооМир ФИОСЕПТ, ТРИПАФЛАВИН-УЛЬТРА.

 

Рекомендуем к просмотру

 

ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ ЗАМЕТКА О ЛЕЧЕНИИ РЫБ

В этой заметке изложены краткие постулаты и мысли о лечении рыб для новичков и любителей аквариумистики. Внимательно прочтите их, они помогут вам и вашим питомцам.

1. Оцените целесообразность лечения. Порой стоимость лекарства (500р.) в разы превышает стоимость рыбки (неон 50р.). Как бы это не звучало жестоко, но в сказанном есть здравый смысл. Мы только ЗА, если вы — в ответе за тех, кого приручили и относитесь к рыбкам, как члену семьи и все такое. Но понятия рациональности и целесообразности никто не отменял.

2. Перед любым лечением осуществляется подмены 1/4-1/2 части воды на свежую. Делается это для того, чтобы по-максимуму нивелировать концентрации азотистых соединений – ядов Nh4/Nh5, NO2, NO3. Важно понимать, что зачастую эти яды и являются первопричиной заболеваний рыб. Рыбки травятся ими, их иммунитет падает и патогенная флора спокойно атакует ослабленный организм.

3. Кроме того, желательно всегда иметь под рукой капельные тесты на вышеуказанные яды + на фосфаты PO4. Для чего? Во-первых, чтобы знать концентрации и не допускать их превышения. Во-вторых, не всегда необходимо полностью обнулять нитрат (NO3) и фосфат (PO4), например, в растительном аквариум их обнуление приведет к дополнительным проблемам с растениями, т.к. нитрат и фосфат являются основными питательными элементами для растений. В-третьих, сами тесты позволяют не только мониторить ситуацию, понять первопричину, но и контролировать ситуацию до, во время и послелечения.

Запомните – вносить лекарства при высоких азотистых и фосфатах нельзя! Тем самым вы только усугубите ситуацию, поскольку к ядам добавятся еще и лекарства, которые как лечат, так и губят. То есть обладают не только положительными свойствами, но и отрицательными. Помните, что любое лекарства – это не панацея, не волшебная пилюлька.

Какими тестами пользоваться? На ваше усмотрение, но желательно капельными, а не полосками, т.к. капельные более точные. В принципе, берите тесты какие найдете, например, тесты Тетра, уж точно есть в каждом оффлайн магазине. Если эти тесты дороги для вас, в розницу вполне реально найти наши отечественные недорогие тесты от VladOx, если время терпит или вы хотите взять тесты на будущее, то наша рекомендация тесты UHE (продаются только онлайн), тоже отечественные, тоже недорогие. Каждый из приведенных выше тестов имеют свою специфику, т.ч. смотрите и думайте сами. Заметка все же не тестах, а о лечении рыб.

 

Поехали дальше.

4. Как, чем и от чего лечить? Любые форумные обсуждения о заболевании рыб – это гадание на кофейной гуще. Поскольку точный диагноз может поставить ихтиоптолог после соскоба с рыбы и его анализа под микроскопом, а то и вовсе после препарирования рыбы. Так что, как-то так, друзья. Наша позиция о механизме домашнего лечения расписана в этой статье, посмотрите. Суть кратко: если симптоматика заболевания очевидна, как, например, при ихтиофтириозе или гексамитозе, то лечим препаратами и по схеме лечения данного заболевания. Если симптоматика неочевидна, лечим комплексно.

Комплексные лекарства, например, Tetra Contralck (содержит малахитовый зеленый и формалин) хорошо помогает от инвазии (паразитов — ихтифотириоз, оодиноз, костиоз и т.д.), но также пагубно влияет и на другую патогенную флору. Нет, Тетра Контралк, есть другие комплексные лекарства.

Более того, когда мы говорим о «комплексном лечении» желательно понимать и разбирать, что и от чего мы льем. Например, препарат Тетра Дженирал Тоник  – это:

Этакридинлактат — 836,0 мг
Акрифлавин — 160,2 мг
Метиленовый синий — 56,44 мг
9-аминоакридин * HCI * h3O — 28,20 мг

Нет его, ищите составные части. Да и вообще, желательно собрать «Аквариумную аптечку» и держать ее всегда под рукой. Скажем,  есть Медосовские-Владоксовские отечественные монолекарства.

Подписывайтесь на наш YouTube-канал, чтобы ничего не пропустить

Взяли их, и, по сути, получили составные части Тетра Дженирал Тоника. Силву пле, господа.

Более того, набравшись опыта можно вообще осваивать и переходить на лечение аптечными препаратами.

5. Сама схема лечения расписана в инструкциях. Особых премудростей здесь нет. Обратим внимание, что при лечении желательно усилить аэрацию аквариума и не держать постоянно включенным аквариумное освещение. Многие лекарства, под воздействием света, быстро распадаются.

Ясное дело в фильтре не должно быть никаких сорбентов (угля, цеолита), нельзя использовать кондиционеры для воды, типа Тетра АкваСейфа или Сера Акутана, они связывают лекарства. 

6. После лечения, не забываем о том, что многие лекарства нарушают биологическое равновесие в аквариуме, то есть убивают, как патогенную, так и полезную флору. Тут в помощь вам придут капельные тесты, хорошие качественные подмены воды, стартовые препараты и прочие меры, направленные на восстановление азотного цикла в аквариуме.

РЕЗЮМИРУЕМ. Рыбы просто так не болеют. Негативные условия содержания первопричина. Либо вы купили уже чахлых рыбок, либо в вашем аквариуме сложились негативные условия. Любое лечение начинается в первую очередь с поиска и нивелирования первопричины. Далее принимается решение о механизме лечения. В период лечения уделяется особое внимание симптоматике (регресс, прогресс). При этом учтите, что за 2-3 дня регрессия заболевания может и не наступить.  После лечения, делаем все, чтобы аквариум стал работать, как единый целостный и здоровый механизм.

 

Рекомендуем так же почитать:

лечение и профилактика, как бороться, препараты

Грибковое заболевание бурая пятнистость, либо листовая плесень представляет опасность для многих растений. Хоть эта болезнь и менее опасна, чем фитофтороз, но из-за бурой пятнистости при определенных условиях может погибнуть до половины урожая. Интересен тот факт, что на кустах, пораженных бурой пятнистостью, фитофтора поселиться не сможет, потому что данные грибки не мог существовать рядом друг с другом.

Особенности бурой пятнистости

Первые симптомы заболевания можно обнаружить в период цветения, так, на лицевой поверхности нижних листовых пластин появляются бледно-оливковые пятнышки, со временем сменяющие свой цвет на желтый, а на изнаночной стороне образуется налет буровато-зеленого либо сероватого окраса. В этом налете находятся споры грибка, и если к нему прикоснуться, то они разлетятся в разные стороны и осядут на кустах и листве, расположенных по соседству. Зараженная болезнью листва начинает сохнуть. Побеги и плоды растения не поражаются этой грибковой болезнью, однако развиваются и растут они намного хуже из-за нехватки питания, потому что пораженная листва не может поддерживать фотосинтез.

Это заболевание начинает интенсивно развиваться при повышенной влажности воздуха и способно поразить культуры, растущие как в открытом грунте, так и в теплице. Поражаются листовой плесенью различные растения, однако наиболее сильно ей подвержены огурцы, клубника, помидоры, розы, а еще комнатные растения и плодовые деверья.

Начинать активно бороться с бурой пятнистостью нужно сразу же после обнаружения первых симптомов болезни. А осложняется борьба с болезнью тем, что на различных культурах она вызывается разными возбудителями. К примеру, грибок Cladosporium fulvum поражает помидоры, при этом на огурцах оливковая пятнистость начинает развиваться из-за грибка Cladosporium cucumenium. Именно поэтому бурую пятнистость огурцов и помидоров еще именуют «кладоспориозом». Розы заболевают листовой плесенью в результате поражения грибком Monochaetia depazeoides, а клубника поражается грибком Marssonina pettontillae и потом уже развиваются симптомы данного заболевания. Еще бурой пятнистостью является филлостикоз груш, яблонь, хост и комнатных растений. Хоть возбудители и разные, но признаки развивающегося заболевания очень похожи, да и все эти болезнетворные микроорганизмы являются грибками. В связи с этим все данные заболевания специалисты объединили в одно под названием бурая пятнистость.

Лечение бурой пятнистости

Так как бурая пятнистость листвы является грибковым заболеванием, то для борьбы с ним используют противогрибковые препараты, а точнее, медьсодержащие фунгициды. Данные средства можно приобрести в специализированном магазине, а можно сделать их своими руками, ведь существует немало эффективных народных средств, которые используются огородниками и садоводами уже не одну сотню лет.

Если листовой плесенью поражены декоративные кустарники либо цветы, тогда их можно спокойно обрабатывать ядохимикатами. Однако фруктовые, ягодные и овощные культуры рекомендуется опрыскивать химическими веществами только в крайнем случае, так как содержащиеся в них токсины могут накапливаться в плодах. Культуры, плоды которых используются в пищу, перестают обрабатывать фунгицидами сразу после начала роста плодов либо не позднее, чем за 30 до уборки урожая. Чтобы вылечить пораженное растение, понадобится несколько опрыскиваний, при этом начало лечения зависит от ситуации.

БУРАЯ ПЯТНИСТОСТЬ НА ПОМИДОРАХ-КАК ОБНАРУЖИТЬ НАЧАЛО БОЛЕЗНИ И ЧЕМ ЛЕЧИТЬ ЕЁ.

Watch this video on YouTube

Профилактика

Если не забывать о мерах профилактики, тогда ваши растения может быть никогда и не заболеют бурой пятнистостью. Основные профилактические меры:

  1. Рекомендуется выращивать сорта, отличающиеся устойчивостью к листовой плесени.
  2. Все семена обязательно подвергают предпосевной обработке, для этого их на 30 минут засыпают в термос, наполненный теплой (45–50 градусов) водой.

Также не следует забывать о том, что если растение будет крепким и ухоженным, то ему не страшны практически все болезни и вредители. Именно поэтому за ним нужно правильно ухаживать, а также не забывайте про агротехнические правила культуры.

Всем растениям необходим хороший воздухообмен. Именно поэтому у томатов удаляют все листовые пластины, которые находятся ниже плодов, регулярно прореживают кроны кустарников и деревьев, и систематически проветривают теплицы. Полив рекомендуется проводить ранним утром, причем используют для этого теплую воду. Постарайтесь, чтобы капельки воды не попадали на поверхность листовых пластин. Также следите за тем, чтобы грунт между полива не просыхал полностью, так как это приводит к ослаблению растений. Также в целях профилактики развития бурой пятнистости культуры рекомендуется подкармливать фосфорно-калийными удобрениями, а еще не следует вносить в почву свежий птичий помет и навоз, потому что это способствует развитию грибковой флоры. Когда сезон подойдет к концу, участок обязательно очищают от растительных остатков, а теплицы дезинфицируют, к примеру, сжигают серные брикеты либо используют дегтярное мыло.

Также рекомендуется проводить профилактические обработки раствором фунгицидного препарата. Первый раз культуру опрыскивают в начале весны до того, как она зацветет, а спустя 15 дней проводят повторную обработку.

Бурая пятнистость на растениях

Бурая пятнистость на томатах

У кустов помидор, пораженных бурой пятнистостью, на лицевой поверхности листовых пластин образуются пятнышки желтого цвета, а на изнаночной ― налет коричневато-серого окраса (иногда с фиолетовым отливом). Если куст поражен очень сильно, тогда налет появляется и на верхней стороне листвы. По мере развития болезни листва окрашивается в коричневый цвет, наблюдается ее увядание, но она не облетает. Очень редко данной болезнью поражаются так же цветки и плоды. Пораженному кусту не хватает сил для нормального роста и развития, потому урожай он дает небогатый.

Наиболее активно болезнь развивается в тепле (от 20 до 25 градусов) и при высокой влажности воздуха (не менее 90%). Если же температуру увеличить до 25–30 градусов (в теплице это сделать вполне реально), а уровень влажности воздуха понизить до 60 процентов, это приведет к приостановке развития бурой пятнистости. Однако те листовые пластины, которые уже поражены болезнью, придется оборвать и сжечь, потому что вылечить их уже не удастся. Пораженную листву обрезают очень аккуратно, стараясь не допустить распыления спор грибка. Также сгребите и всю облетевшую листву и уничтожьте ее, так как на ней так же могут присутствовать споры грибка.

Борьбу с болезнью нужно начинать сразу же после обнаружения первых симптомов листовой плесени. Для этого пораженные кусты томатов обрабатывают раствором Барьера (на ведро воды 8 грамм). Хорошо смочите им всю листву, причем раствор должен попасть как на верхнюю, так и на нижнюю поверхность. Также для обработки помидоров можно используют следующие препараты: Полихом, хлорокись меди, Каптан, Цинеб и другие фунгициды. Такие ядохимикаты можно свободно приобрести в любом специализированном магазине, но не забывайте, что использовать их нужно строго придерживаясь инструкции, которая находится на упаковке. Повторное опрыскивание проводят спустя 1–1,5 недели, однако когда до сбора урожая останется 30 дней, все обработки ядохимикатами прекращают. В том случае, если помидоры все еще больны, для их лечения используют народные средства, которые менее опасны, чем ядохимикаты.

Когда урожай будет собран, удалите все растительные остатки с участка и проведите его перекопку. В целях профилактики специалисты советуют для выращивания выбирать сорта, устойчивые к бурой пятнистости, к примеру: Вежа, Красная комета, Наша Маша или Кентавр.

Болезни томатов.Бурая пятнистость томатов. Сайт «Садовый мир»

Watch this video on YouTube

На огурцах

Чаще всего первые симптомы бурой пятнистости на огурцах начинают появляются с середины лета. Эта болезнь поражает как стебли и листву, так и плоды, на поверхности которых появляются язвы с налетом, и их уже нельзя употреблять в пищу. Наиболее часто развитие кладоспориоза происходит в теплице, причем патогенные грибки могут сохраняться в растительных остатках и почве на протяжении двух либо трех лет. В том случае, если вы поленились перед посадкой огурцов провести дезинфекцию теплицы, то увеличивается вероятность того, что кусты будут поражены бурой пятнистостью сразу после того, как установятся благоприятные для ее развития условия, а именно: сквозняки, высокая влажность воздуха, частые снижения температуры, а также поливы методом дождевания.

При обнаружении на кустах первых симптомов болезни приостановите поливы на несколько суток, систематически проветривайте теплицу, а также срежьте все части кустов, которые поражены пятнистостью. В том случае, если поражены болезнью огурцы, выращиваемые на грядке, то вместе с зараженной листвой с кустов нужно будет срезать и все лишние листовые пластины. Если же бурая пятнистость начала развиваться из-за продолжительного похолодания, тогда рекомендуется на время укрыть кусты.

Чтобы вылечить пораженные болезнью огурцы, рекомендуется использовать те же самые фунгицидные средства, содержащие медь, что и для обработки томатов. Чтобы лечебный раствор лучше «прилипал» к поверхности растения, в него можно добавить чуть-чуть средства для мытья посуды либо жидкого мыла. Чтобы полностью избавиться от болезни, понадобится провести 2 опрыскивания фунгицидом с перерывом в 1–1,5 недели.

Огурец в теплице. Увядания на огурце. Болезни огурца. Бурая пятнистость на огурце

Watch this video on YouTube

На моркови

Морковь так же подвержена поражению бурой пятнистостью. Ее возбудителями в этом случае являются Alternaria dauchi, поэтому болезнь еще называют альтернариозом. Если морковь будет поражена таким заболеванием, то ее урожайность может снизиться на 35–50 процентов.

Первые признаки болезни можно обнаружить уже на сеянцах, так, на побегах на уровне поверхности грунта появляются темно-коричневые перетяжки. Если растеньица молодые, то они гибнут практически сразу же. В том случае, если бурой пятнистостью были поражены уже взрослые кусты, то в начале на черешках, листве и побегах образуются пятнышки бурого цвета с темным окаймлением, затем листва начинает закручиваться и выглядит, словно на нее вылили кипяток. Иногда болезнь поражает и корнеплод, на котором появляются маленькие  коричневатые пятнышки гнили, очень глубоко проникающие в плод.

Чтобы вылечить пораженную альтернариозом морковь, надо применять специальные химические препараты, а также не забывать о превентивных мерах, а именно:

  • для выращивания выбирайте гибриды и сорта, отличающиеся устойчивостью к заболеванию;
  • обязательно проводите предпосевную подготовку посевного материла, при этом используется термический метод;
  • вносите в почву на грядке большое количество фосфора и калия, тем более если грунт на участке суглинистый;
  • не забывайте про правила севооборота;
  • после уборки урожая очистите поверхность участка от растительных остатков, а также проведите перекопку грунта.

После того как на морковке будут обнаружены первые симптомы заболевания, ее следует опрыскать раствором Браво либо Квадриса, повторную обработку проводят спустя 1–1,5 недели.

Бурая пятнистость клубники (земляники)

Бурую пятнистость, поражающую практически все сорта клубники, еще называют «марсониозом». У пораженных кустиков заметно ухудшается их развитие, и спустя некоторое время они гибнут. К первому симптому заболевания относятся пятнышки пурпурного либо бурого цвета, которые образуются на старых листовых пластинах, со временем они увеличиваются в размерах. В результате наблюдается засыхание и отмирание листвы, а в пасмурные дни дождевая вода смывает с ее поверхности патогенные споры, которые вместе с водой попадают в почву и поражают новые кусты.

Как только будут найдены пораженные болезнью листовые пластины, их обрезают, при этом будьте крайне аккуратно, чтобы не стряхнуть с них споры грибка. Если кустик поражен очень сильно, то его рекомендуется уничтожить весь целиком, причем по возможности можно оставить два молодых листочка, которые обязательно опрыскивают раствором фунгицидного препарата. Чтобы вылечить землянику от бурой пятнистости, понадобится дважды обработать участок фунгицидным средством Эупарен, а именно, до начала цветения и после того, как будет убран урожай. Следует учесть, что данное средство очень плохо растворяется в воде, в связи с этим его нужно хорошенько перемешать и оставить на некоторое время. Затем снова тщательно перемешайте смесь и аккуратно слейте раствор таким образом, чтобы в ведре остались все частицы, которые не растворились.

Также довольно эффективен в борьбе с этой болезнью препарат Гамаир. В превентивных целях в осеннее время после уборки урожая землянику можно опрыскать раствором Фалькона, Браво, Ридомила, бордоской смеси, хлорокиси меди, Ордана, Ровраля, Хоруса, Метаксила либо медного купороса, причем нужно строго следовать инструкции (смотрите на упаковке).

🍓Бурая пятнистость листьев клубники Болезни клубники фото и их лечение Обработка листьев клубники

Watch this video on YouTube

Бурая пятнистость яблони и груши

Листву у айвы, малины, груши и яблони так же может поразить бурая пятнистость (в данном случае ее еще называют филлостикозом). Появляющиеся в этом случае на листовых пластинах пятнышки внешне схожи с пятнами парши, однако на их поверхности нет бархатистого налета.

У больного растения нужно срезать все пораженные листовые пластины, а еще убрать всю опавшую листву. Все эти листья обязательно уничтожают, так как на них находятся патогенные грибки. Само растение дважды опрыскивают однопроцентным раствором медного купороса либо бордоской смеси: до цветения и сразу после того, как оно отцветет. В том случае, если растение уже было обработано от парши, то этого будет достаточно и для борьбы с филлостикозом.

Симптомы филлостикоза очень схожи с признаками иной грибковой болезни плодовых деревьях, которая именуется коккомикозом. В этом случае на листве тоже образуются пятна, в поперечнике достигающие не больше 0,2 см, которые окрашены в бледно-красный либо бурый цвет, однако при этом на изнаночной поверхности пластины появляется светло-розовый или белый налет. А еще поражению коккомикозом более всего подвержены черешни и вишни, а не груши с яблонями, однако большая часть садоводов предпочитает перестраховаться, и потому после цветения они опрыскивают растения химическими средствами от парши.

Бурая пятнистость на грецком орехе

Бурая пятнистость на грецком орехе, которую еще называют марсониозом, поражает как стебли, так и листву. Активизируется заболевание при сильном повышении уровня влажности воздуха, которое наблюдается во время продолжительных дождей. Наибольшую опасность оно представляет во время цветения, так как в это время болезнь способна погубить практически все цветки. Пятнистость может поразить также и плоды данного растения.

Чтобы вылечить грецкий орех от марсониоза, его нужно ранней весной до того, как начнется сокодвижение, обработать раствором бордоской смеси (3%). Повторную обработку, но уже однопроцентным раствором, проводят во время роста листвы, а спустя полмесяца растение опрыскивают третий раз.

Как распознать на грецком орехе марсониоз (бурая пятнистость) и как бороться

Watch this video on YouTube

Бурая пятнистость на цветах

Бурая пятнистость на розах

Бурая пятнистость так же может поразить и розы, в этом случае болезнь называется марсониоз и церкоспороз. Сорта с глянцевой листвой поражаются данным заболеванием намного реже, чем остальные. Чтобы вылечить пораженную розу, ее надо обработать дважды либо трижды с перерывом в 4–5 суток, для этого используют средства, содержащие медь, например: Цинеб, бордоская смесь (1%), хлорокись меди (0,4%), Бенлат либо раствор медного купороса (2–3%), причем для того чтобы он лучше прилипал к листве, в него добавляют от 200 до 300 грамм жидкого мыла. Прежде чем приступить к обработке, удалите с кустов все пораженные, а также облетевшие листовые пластины, которые обязательно уничтожают. Глубокой осенью, перед тем как подготовить кусты к зимовке, их следует опрыскать бордоской смесью либо медным купоросом. Чтобы избежать распространения заболевания на другие растения, поверхность грунта под кустами засыпают слоем мульчи, в качестве которой используют скошенную измельченную траву.

Пионы

Поражение пионов бурой пятнистостью (кладоспориозом) происходит в первой половине летнего периода. Болезнью поражаются побеги и листва, а бутоны и цветки заболевают намного реже. Для того чтобы вылечить пионы, их можно обработать одним из следующих средств: медным купоросом с жидким мылом, Цинебом, Бенлатом, бордоской жидкостью, Фундазолом, Браво или иными фунгицидными препаратами. Первый раз растение опрыскивают тогда, когда оно отцветет, после этого обработку повторяют при необходимости с интервалом 10–12 суток. Однако прежде чем опрыскивать куст препаратом, с него срезают все пораженные листовые пластины и побеги.

Сирень

Сирень так же поражается бурой пятнистость (филлостикозом). Первыми признаками поражения являются коричневато-серые пятнышки с темным окаймлением, которые образуются у основания листьев. Пятна со временем увеличиваются в размерах, соединяются друг с другом, причем ткань в них засыхает и высыпается. В результате на пораженных листовых пластинах появляются дырки. Как правило, развитие заболевания приходится на середину летнего периода.

Все пораженные, а также опавшие листья надо убрать и уничтожить. Обработку кустов проводят дважды в год, а именно, ранней весной и по окончанию листопада осенью, а используют для этого раствор бордоской смеси (2%). В летнее время при желании сирень можно 2 или 3 раза обработать однопроцентным раствором любого средства, содержащего медь.

Бурая пятнистость на комнатных растениях

Бурой пятнистостью (филлостикозом) поражается и большинство комнатных растений. В данном случае заболевание начинает активно распространяться и развиваться из-за очень частых увлажнений растений из пульверизатора. Данное заболевание может поразить фикус, пальму, кливию, плющ и другие растения.

В целях профилактики бурой пятнистости обеспечьте цветам доступ свежего воздуха и оптимальное количество света. Не ставьте их так, чтобы им было тесно. Поливать домашние растения рекомендуется умеренно. Любую почвосмесь используемую как для посадки, так и для пересадки цветов, нужно обязательно дезинфицировать, так же стерильными должны быть и инструменты, которые применяются для ухода за растениями. Для этого субстрат можно пролить розоватым раствором марганцевого калия, а инвентарь промывают спиртом либо кипятят. Как только на кустах появятся листовые пластины с подозрительными пятнышками, их тут же срывают и уничтожают.

Если растение все же поразит бурая пятнистость, то чтобы его вылечить используют следующие препараты: бордоскую жидкость, Фитоспорин-М, медный купорос, биопрепарат Гамаир либо системное фунгицидное средство Вектра. Куст потребуется обработать дважды либо трижды с перерывом в 1–1,5 недели.

Средства от бурой пятнистости (препараты)

В борьбе с бурой пятнистостью используются фунгицидные препараты, которые по характеру распространения делят на системные и контактные, а по действию ― на иммунизирующие, лечебные и защитные (профилактические). По цели использования все препараты разделяют на те, что используются для дезинфицирования земли в парниках и теплицах, для протравления посевного материала во время предпосевной подготовки, для опрыскивания растения во время вегетационного периода и для обработки многолетников, что позволит их защитить на протяжении всего периода покоя.

В борьбе с бурой пятнистостью используют следующие фунгицидные средства:

  1. Бордоская жидкость. Эта голубая суспензия для человека малоопасна. Используется для борьбы с различными грибковыми заболеваниями, в число которых входит церкоспороз, альтернариоз и коккомикоз, для этого используют раствор средства концентрацией 1%. Однако в начале весеннего периода, когда почки еще не набухли, проводят «голубое опрыскивание» раствором бордоской смеси (2–3%).
  2. Заменить бордоскую смесь можно медно-мыльной эмульсией. Для ее приготовления в 9 л дождевой воды растворите от 150 до 200 грамм мыла. В отдельную посуду, сделанную из пластика, вливают 1 литр воды, в которой растворяют от 10 до 20 грамм медного купороса, затем осторожно влейте данный раствор в мыльную воду. Конечный цвет раствора должен быть бледно-зеленым и в нем должны отсутствовать хлопья.
  3. Хлорокись (оксихлорид) меди. Препарат выпускают в виде порошка и таблеток. Его применяют в виде суспензии, при этом по своим свойствам он схож с бордоской смесью.
  4. Ордан. Контактно-системное средство, в состав которого входит цимоксанил и хлорокись меди. Применяется в борьбе с различными грибковыми заболеваниями, в том числе и с пятнистостями.
  5. Ридомил. Системно-контактное средство, которое используется в борьбе с грибковыми заболеваниями.
  6. Фалькон. Этот системный трехкомпонентный препарат отличается защитным, лечебным и искореняющим действием против различных грибковых заболеваний.
  7. Эупарен. Контактное средство профилактического действия. Оно уничтожает фитопатогенные грибки.
  8. Гамаир. Это биологическое бактерицидное средство по составу схоже с Фитоспорином. Оно отличается мощным лечебным и защитным действием, и при этом совсем неопасно для человека.
  9. Фитоспорин-М. Такое биологическое контактное средство применяется для защиты клубней, семенного материала, луковиц и грунта.
  10. Цинеб. Системный пестицид, отличающийся контактным действием.
  11. Браво. Этот контактный препарат широкого спектра действия применяется для защиты от грибковых болезней.
  12. Хорус. Системное средство, используемое в борьбе с паршой и иными грибковыми заболеваниями.
  13. Ровраль. Этот контактный препарат довольно эффективен при лечении растений, пораженных грибковыми заболеваниями.
  14. Фундазол, либо Бенлат. Данное системное средство широкого спектра действия применяется в качестве протравителя, оно отличается как профилактическим, так и лечебным действием.

Народные средства

Существуют и народные средства, которые используются в борьбе с бурой пятнистостью. Наиболее эффективные из них следующие:

  1. 1 л молочной сыворотки соедините с 10 л воды. Опрыскайте составом растения.
  2. Полведра воды соединяют с 500 мл обезжиренного молока и 15 каплями йода. Смесью так же обрабатывают кусты.
  3. 1 раз в неделю для полива растения используют поочередно розоватый раствор марганцовки и отвар угольной золы (в ведре воды кипятите 30 минут 0,3 кг золы).
  4. В ведро воды всыпьте 0,5 кг мелко нарезанных чесночных стрелок и зубчиков. Настой будет готов через 24 ч, его сливают и используют для обработки растений.

Бурая пятнистость, причины возникновения, профилактика, меры и средства борьбы

Watch this video on YouTube

Геномная характеристика клинических и экологических штаммов группы Pseudomonas putida и определение их роли в переносе генов устойчивости к противомикробным препаратам к Pseudomonas aeruginosa | BMC Genomics

  • 1.

    Wu X, Monchy S, Taghavi S, Zhu W, Ramos J, van der Lelie D: Сравнительная геномика и функциональный анализ ниш-специфической адаптации у pseudomonas putida. FEMS Microbiol Rev 2011, 35 (2): 299-323.

  • 2.

    Корцова Дж., Копрнова Дж., Крчмери В., Крчмери В.Бактериемия, вызванная pseudomonas putida и другими псевдомонадами, не относящимися к синегнойной, у детей. J Inf Secur. 2005; 51 (1): 81.

    Google ученый

  • 3.

    Томас Б.С., Окамото К., Банковски М.Дж., Сето ТБ. Летальный случай бактериемии pseudomonas putida из-за инфекции мягких тканей. Инфекция Dis Clin Pract. 2013. 21 (3): 147–213.

  • 4.

    Ким С.Е., Пак С.Х., Пак ХБ, Пак К.Х., Ким С.Х., Юнг С.И., Шин Дж.Х., Джанг Х.С., Кан С.Дж. Нозокомиальная pseudomonas putida Бактериемия: высокие показатели устойчивости к карбапенему и смертности.Chonnam Med J. 2012; 48 (2): 91–5.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 5.

    Карпентер Р. Дж., Хартцелл Дж. Д., Форсберг Дж. А., Бабель Б. С., Ганесан А. Инфекция военного ранения, вызванная Pseudomonas putida, у морского пехотинца США: отчет о болезни и обзор литературы. J Inf Secur. 2008. 56 (4): 234–40.

    Google ученый

  • 6.

    Богертс П., Хуанг Т.Д., Родригес-Вильялобос Н., Бораинг С., Деплано А., Струленс М.Дж., Глупчински Ю.Нозокомиальные инфекции, вызванные изолятами pseudomonas putida с множественной лекарственной устойчивостью, продуцирующими металло-бета-лактамазы VIM-2 и VIM-4. J Antimicrob Chemother. 2008. 61 (3): 749–51.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 7.

    Альмузара М., Радис М., де Гарате Н., Косман А., Куйроло А., Сантелла Дж., Фамиглиетти А., Гуткинд Г., Вэй В.: Pseudomonas putida, продуцирующая VIM-2, Буэнос-Айрес. Emerg Infect Dis 2007, 13 (4): 668-669.

  • 8.

    Trevino M, Moldes L, Hernandez M, Martinez-Lamas L, Garcia-Riestra C, Regueiro BJ. Нозокомиальная инфекция, вызываемая псевдомонадой pseudomonas putida, продуцирующей металло-бета-лактамазу VIM-2. J Med Microbiol. 2010. 59 (Pt 7): 853–5.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 9.

    Poirel L, Yakupogullari Y, Kizirgil A, Dogukan M, Nordmann P. Pseudomonas putida, продуцирующая металло-бета-лактамазу VIM-5, из Турции. Int J Antimicrob Agents. 2009; 33 (3): 287.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 10.

    Йошино Ю., Китадзава Т., Камимура М., Тацуно К., Ота Ю., Йоцуянаги Х. Бактериемия, вызванная Pseudomonas putida, у взрослых пациентов: пять клинических случаев и обзор литературы. J Infect Chemother. 2011. 17 (2): 278–82.

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 11.

    Aumeran C, Paillard C, Robin F, Kanold J, Baud O, Bonnet R, Souweine B, Traore O.Вспышка Pseudomonas Aeruginosa и pseudomonas putida, связанная с загрязненными водопроводами в педиатрическом онкогематологическом отделении. J Hosp Infec. 2007. 65 (1): 47–53.

    CAS
    Статья

    Google ученый

  • 12.

    Гиларранс Р., Хуан К., Кастильо-Вера Дж., Чамизо Ф. Дж., Артилес Ф., Аламо И., Оливер А. Первое обнаружение в Европе металло-бета-лактамазы IMP-15 в клинических штаммах pseudomonas putida и Pseudomonas Aeruginosa.Clin Microbiol Infect. 2013; 19 (9): E424–7.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 13.

    Сантос С., Каэтано Т., Феррейра С., Мендо С. Интегрон класса 1, подобный Tn5090, несущий bla (VIM-2) в штамме pseudomonas putida из Португалии. Clin Microbiol Infect. 2010. 16 (10): 1558–61.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 14.

    Ян Дж.Дж., Сюэ ПР, Ко WC, Лух К.Т., Цай С.Х., Ву ХМ, Ву ДжДж.Металло-бета-лактамазы в клинических изолятах псевдомонад на Тайване и идентификация VIM-3, нового варианта фермента VIM-2. Антимикробные агенты Chemother. 2001. 45 (8): 2224–8.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 15.

    Алмейда А.С., Вилела Массачусетс, Кавальканти Флорида, Мартинс В.М., Мораис М.А. мл., Мораис М.М. Первое описание pseudomonas putida, продуцирующей KPC-2, в Бразилии. Антимикробные агенты Chemother.2012. 56 (4): 2205–6.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 16.

    Carvalho-Assef AP, Gomes MZ, Silva AR, Werneck L, Rodrigues CA, Souza MJ, Asensi MD. IMP-16 в pseudomonas putida и pseudomonas stutzeri: потенциальные резервуары множественной лекарственной устойчивости. J Med Microbiol. 2010. 59 (Pt 9): 1130–1.

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 17.

    Lombardi G, Luzzaro F, Docquier JD, Riccio ML, Perilli M, Coli A, Amicosante G, Rossolini GM, Toniolo A. Нозокомиальные инфекции, вызванные изолятами псевдомонады putida с множественной лекарственной устойчивостью, продуцирующими металло-бета-лактамазу VIM-1. J Clin Microbiol. 2002. 40 (11): 4051–5.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 18.

    Ли К., Лим Дж. Б., Юм Дж. Х., Йонг Д., Чонг Й, Ким Дж. М.. Livermore DM: новые интегроны, содержащие кассету bla (VIM-2) в изолятах Pseudomonas Aeruginosa и pseudomonas putida, продуцирующих металло-бета-лактамазу, распространены в корейской больнице.Антимикробные агенты Chemother. 2002. 46 (4): 1053–8.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 19.

    Poirel L, Cabanne L, Collet L, Nordmann P. Транспозонная структура класса II, несущая ген металло-бета-лактамазы blaVIM-2 в pseudomonas putida. Антимикробные агенты Chemother. 2006; 50 (8): 2889–91.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 20.

    Буш К. Распространение и значение клинически значимых бета-лактамаз. Ann N Y Acad Sci. 2013; 1277: 84–90.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 21.

    Хонг Д.И., Пэ И.К., Чан И.Х., Чжон С.Х., Кан Х.К., Ли К. Эпидемиология и характеристики продуцирующей металло-бета-лактамазы Pseudomonas Aeruginosa. Infec Chemother. 2015; 47 (2): 81–97.

    Артикул

    Google ученый

  • 22.

    Лю И, Лю К., Ю Х, Ли Б., Цао Б. Идентификация и борьба со вспышкой инфекции кровотока pseudomonas spp (П. Фульва и П. Путида) в учебной больнице в Пекине, Китай. Int J Infect Dis. 2014; 23: 105–8.

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 23.

    Перц Дж. Ф., Крейг А. С., Стрэттон К. В., Боднер С. Дж., Филлипс В. Младший, Шаффнер В. Септицемия, связанная с псевдомонас путида, в особом лечебном учреждении из-за зараженных промывочных растворов, приготовленных в больничной аптеке.J Clin Microbiol. 2005. 43 (10): 5316–8.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 24.

    Bouallegue O, Mzoughi R, Weill FX, Mahdhaoui N, Ben Salem Y, Sboui H, Grimont F, Grimont PA. Вспышка бактериемии pseudomonas putida в отделении интенсивной терапии новорожденных. J Hosp Infec. 2004. 57 (1): 88–91.

    CAS
    Статья

    Google ученый

  • 25.

    Соуза Диас М.Б., Хаберт А.Б., Борраска В., Стемплюк В., Чолли А., Араужо М.Р., Коста С.Ф., Левин А.С.Спасение долгосрочных центральных венозных катетеров во время вспышки инфекций pseudomonas putida и Stenotrophomonas maltophilia, связанных с зараженным раствором гепаринового замка для катетера. Инфекционный контроль Hosp Epidemiol. 2008. 29 (2): 125–30.

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 26.

    Скотта К., Хуан С., Кэбот Дж., Оливер А., Лалукат Дж., Беннасар А., Альберти С. Микробиота окружающей среды представляет собой естественный резервуар для распространения клинически значимых металло-бета-лактамаз.Антимикробные агенты Chemother. 2011; 55 (11): 5376–9.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 27.

    Marchiaro PM, Brambilla L, Moran-Barrio J, Revale S, Pasteran F, Vila AJ, Viale AM, Limansky AS. Полная нуклеотидная последовательность конъюгированной плазмиды pLD209, придающей устойчивость к карбапенему, из клинического штамма pseudomonas putida, демонстрирует химерный дизайн, образованный модулями, полученными как из экологических, так и из клинических бактерий.Антимикробные агенты Chemother. 2014. 58 (3): 1816–21.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 28.

    Хуан С., Заморано Л., Мена А., Альберти С., Перес Дж. Л., Оливер А. Продуцирующая металло-бета-лактамаза псевдомонас путида как резервуар элементов множественной лекарственной устойчивости, которые могут быть переданы успешным клонам Pseudomonas Aeruginosa. J Antimicrob Chemother. 2010. 65 (3): 474–8.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 29.

    Willmann M, Bezdan D, Zapata L, Susak H, Vogel W, Schroppel K, Liese J, Weidenmaier C, Autenrieth IB, Ossowski S, et al. Анализ длительной вспышки XDR Pseudomonas Aeruginosa: молекулярно-эпидемиологическое исследование. J Antimicrob Chemother. 2015; 70 (5): 1322–30.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 30.

    Мулет М., Лалукат Дж., Гарсия-Вальдес Э. Анализ последовательностей ДНК видов pseudomonas. Environ Microbiol.2010. 12 (6): 1513–30.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 31.

    Таблицы контрольных точек для интерпретации MIC и диаметров зон. [http://www.eucast.org/fileadmin/src/media/PDFs/EUCAST_files/Breakpoint_tables/Breakpoint_table_v_3.1.pdf] ([).

  • 32.

    Pitout JD, Gregson DB, Poirel L, McClure JA, Le P, Church DL. Обнаружение синегнойной палочки, продуцирующей металло-бета-лактамазы, в большой централизованной лаборатории.J Clin Microbiol. 2005. 43 (7): 3129–35.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 33.

    Нурк С., Банкевич А., Антипов Д., Гуревич А.А., Коробейников А., Лапидус А., Пржибельский А.Д., Пышкин А., Сироткин А., Сироткин Ю. и др. Сборка одноклеточных геномов и мини-метагеномов из химерных продуктов MDA. J Comput Biol. 2013. 20 (10): 714–37.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 34.

    Катушка D, Jospin G, Darling AE. A5-miseq: обновленный конвейер для сборки микробных геномов из данных Illumina MiSeq. Биоинформатика. 2015; 31 (4): 587–9.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 35.

    Сарович Д.С., Прайс ЕП. SPANDx: геномный конвейер для сравнительного анализа наборов данных повторного секвенирования полных геномов больших гаплоидов. BMC Res Notes. 2014; 7: 618.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 36.

    Стаматакис А. RAxML версия 8: инструмент для филогенетического анализа и постанализа крупных филогений. Биоинформатика. 2014; 30 (9): 1312–3.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 37.

    Рихтер М., Росселло-Мора Р., Оливер Глокнер Ф., Пеплис Дж. JSpeciesWS: веб-сервер для описания прокариотических видов на основе попарного сравнения генома. Биоинформатика. 2016; 32 (6): 929–31.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 38.

    Ёнедзука К., Шимодаира Дж., Табата М., Охжи С., Хосояма А., Касаи Д., Ямазоэ А., Фудзита Н., Эзаки Т., Фукуда М. Филогенетический анализ показывает таксономически разнообразное распространение группы псевдомонад путида. J Gen Appl Microbiol. 2017; 63 (1): 1–10.

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 39.

    Занкари Э., Хасман Х., Косентино С., Вестергаард М., Расмуссен С., Лунд О., Аарструп Ф.М., Ларсен М.В. Выявление приобретенных генов устойчивости к противомикробным препаратам.J Antimicrob Chemother. 2012. 67 (11): 2640–4.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 40.

    Li H, Durbin R. Быстрое и точное выравнивание в режиме длительного считывания с преобразованием Берроуза-Уиллера. Биоинформатика. 2010. 26 (5): 589–95.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 41.

    Carattoli A, Zankari E, Garcia-Fernandez A, Voldby Larsen M, Lund O, Villa L, Moller Aarestrup F, Hasman H.Выявление in silico и типирование плазмид с использованием PlasmidFinder и мультилокусное типирование последовательностей плазмид. Антимикробные агенты Chemother. 2014. 58 (7): 3895–903.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 42.

    Розов Р., Браун Кав А., Богумил Д., Штерзер Н., Гальперин Э, Мизрахи И., Шамир Р. Ресайклер: алгоритм обнаружения плазмид из графов сборки de novo. Биоинформатика. 2016;

  • 43.

    Антипов Д., Хартвик Н., Шен М., Райко М., Лапидус А.Певзнер PA: плазмиды SPAdes: сборка плазмид из данных полногеномного секвенирования. Биоинформатика. 2016; 32 (22): 3380–7.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 44.

    Ваттам А.Р., Абрахам Д., Далай О., Дисз Т.Л., Дрисколл Т., Габбард Дж.Л., Гиллеспи Дж.Дж., Гоф Р., Хикс Д., Кеньон Р. и др. PATRIC, база данных и аналитический ресурс по бактериальной биоинформатике. Nucleic Acids Res. 2014; 42 (выпуск базы данных): D581–91.

    CAS
    Статья
    PubMed

    Google ученый

  • 45.

    Томпсон Дж. Д., Хиггинс Д. Г., Гибсон Т. Дж.. CLUSTAL W: повышение чувствительности последовательного множественного выравнивания последовательностей за счет взвешивания последовательностей, штрафов за пропуски для конкретных позиций и выбора матрицы весов. Nucleic Acids Res. 1994. 22 (22): 4673–80.

    CAS
    Статья
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 46.

    Эдвардс DJ, Холт К.Э. Руководство для начинающих по сравнительному анализу бактериального генома с использованием данных последовательностей следующего поколения.Эксперименты с микробной информацией. 2013; 3 (1): 2.

    Артикул

    Google ученый

  • 47.

    Конлан С., Томас П.Дж., Деминг К., Парк М., Лау А.Ф., Деккер Дж. П., Сниткин Е.С., Кларк Т.А., Луонг К., Сонг Й и др. Одномолекулярное секвенирование для отслеживания плазмидного разнообразия больничных бактерий Enterobacteriaceae, продуцирующих карбапенемазы. Sci Transl Med. 2014; 6 (254): 254ra126.

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • Смертельный случай бактериемии Pseudomonas putida из-за инфекции мягких тканей

    Infect Dis Clin Pract (Baltim Md).Авторская рукопись; доступно в PMC 2013 5 июня.

    Опубликован в окончательной редакции как:

    PMCID: PMC3673730

    NIHMSID: NIHMS451348

    , MD, * , MD, * , PhD, § и, доктор медицины, магистр здравоохранения *

    Бенджамин С. Томас

    * Департамент медицины, Медицинская школа Джона А. Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, Гавайи

    Ко Окамото

    * Департамент медицины, Джон А.Медицинская школа Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, HI

    Мэтью Дж. Банковски

    Отделение патологии, Медицинская школа Джона А. Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, HI

    The Queen’s Medical Center, Honolulu, HI

    § Diagnostic Services, Inc, Aiea, HI

    Todd B. Seto

    * Департамент медицины, Медицинская школа Джона А. Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, HI

    Медицинский центр Королевы, Гонолулу, HI

    Здоровье коренных жителей Гавайев, Джон А.Медицинская школа Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, HI

    * Медицинский факультет, Медицинская школа Джона А. Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, Гавайи

    Кафедра патологии школы Джона А. Бернса of Medicine, Гавайский университет, Гонолулу, Гавайи

    Медицинский центр Королевы, Гонолулу, Гавайи

    § Diagnostic Services, Inc, Aiea, HI

    Здоровье коренных жителей Гавайев, Школа Джона А. Бернса of Medicine, Гавайский университет, Гонолулу, HI

    Для корреспонденции: Benjamin Stuart Thomas, MD, Department of Medicine, John A.Медицинская школа Бернса, Гавайский университет, 1356 Lusitana St, 7th Floor, Honolulu, HI 96813. [email protected] См. Другие статьи в PMC, в которых цитируется опубликованная статья.

    Abstract

    Pseudomonas putida — редкая причина инфекций кожи и мягких тканей. Часто это связано с травмой или состоянием с ослабленным иммунитетом. Мы представляем первый смертельный случай бактериемии, вызванной инфекциями кожи и мягких тканей, факторами риска которого были недоедание, неподвижность и заболевание периферических сосудов.

    Ключевые слова: Pseudomonas putida , сепсис, целлюлит, инфекция мягких тканей

    P seudomonas putida , член флуоресцентной группы псевдомонад, представляет собой жгутиковую грамотрицательную палочку, которая встречается в естественной среде. . Отчеты о случаях в литературе описывают широкий спектр состояний, которые привели к бактериемии P putida , включая пневмонию, 1,2 инфекции кровотока, связанные с катетером, 1-4 острый холецистит 3,5 и холангит , 3 тонзиллит, 2 тромбофлебит, 2 и инфекции кожи и мягких тканей (SSTI). 2,6-8

    Насколько нам известно, мы представляем первый смертельный случай бактериемии P putida из-за инфекции мягких тканей даже при соответствующей антимикробной терапии.

    ПРАКТИЧЕСКИЙ СЛУЧАЙ

    80-летняя коренная гавайская женщина обратилась с жалобой на снижение аппетита, потерю веса и прогрессирующее снижение психического статуса в течение 1 недели. В анамнезе отмечены хроническая почечная недостаточность и заболевание периферических сосудов с хронической длительно незаживающей язвой медиального отдела левой нижней конечности.На предыдущей неделе у нее появилось изъязвление (1 см в диаметре) на правом латеральном надмыщелке плечевой кости. Из-за ухудшения ее психического состояния члены семьи настаивали на том, чтобы она обратилась за медицинской помощью. Анамнез пациентки не выявил каких-либо особых воздействий или истории путешествий, а анализ ее систем не выявил какого-либо другого потенциального источника ее инфекции.

    При физикальном осмотре левой нижней конечности обнаружена засохшая длительно незаживающая язва (5 см в диаметре) без признаков активной инфекции.Кроме того, было выявлено изъязвление (диаметром 1 см) на латеральном надмыщелке правой плечевой кости. Присутствовали окружающая эритема, тепло, болезненность и припухлость. Отпечатали минимальное количество гнойного дренажа и отправили на бактериальный посев.

    Изначально пациент имел гипотермию (32,1 ° C) и нормотензию. Однако после нескольких часов в отделении неотложной помощи у нее возникла гипотензия с артериальным давлением 71 /> 50 мм рт. Ст. (Частота сердечных сокращений 113 ударов в минуту).Лабораторные данные включали следующее: количество лейкоцитов 15 200 / мм 3 ; гематокрит 42,1%; количество тромбоцитов 141000 / мм 3 ; Международный нормализованный коэффициент 1,8; молочная кислота, 3,2 мэкв / л; глюкоза, 30 мг / дл; азот мочевины сыворотки, 90 мг / дл; креатинин, 3,6 мг / дл (исходный креатинин, 3,0 мг / дл), альбумин, 2,4 г / дл; и преальбумин менее 3 мг / дл. Рентген грудной клетки при поступлении показал двусторонний плевральный выпот (справа больше, чем слева) без инфильтратов. Анализ мочи не показал признаков инфекции.На рентгенограмме левой нижней конечности обнаружен отек мягких тканей без признаков остеомиелита.

    Была начата эмпирическая антибактериальная терапия цефепимом и ванкомицином, и пациент был переведен в отделение интенсивной терапии для вазопрессорной поддержки. Пациентку снова согрели и дали эмпирические стрессовые дозы стероидов по поводу возможной надпочечниковой недостаточности (поскольку случайный уровень кортизола был в пределах нормы, что свидетельствует о неадекватной реакции).

    Культуры крови, полученные при поступлении в больницу, показали рост в 1 из 2 бутылей (например, аэробной бутылке) в течение 24 часов.Бактериальная культура выявила оксидазоположительную неферментирующую грамотрицательную палочку с биохимической идентификацией, напоминающую вид Pseudomonas . Кроме того, идентификация была выполнена с использованием секвенирования 16S рРНК (капиллярный электрофорез; MicroSeq 500 [Applied Biosystems, Foster City, Calif]) с анализом последовательности, выполненным с использованием программы RipSeq Single (Isentio, Норвегия).

    Идентификация бактерий с помощью анализа гена 16S рРНК показала, что возбудителем является P putida .Посев из раны (правый латеральный надмыщелок) и посев мочи не выявили других патогенных организмов. Кроме того, назальный скрининг на метициллин-устойчивый Staphylococcus aureus также был отрицательным. Изолят P putida был чувствителен к амикацину, цефепиму (4 мкг / мл), ципрофлоксацину, гентамицину, левофлоксацину, пиперациллину / тазобактаму и тобрамицину. Он был промежуточным по сравнению с цефтриаксоном и устойчивым к хлорамфениколу, пиперациллину, тикарциллину / клавуланату и триметоприму / сульфаметоксазолу.

    Несмотря на агрессивные реанимационные мероприятия, пациент скончался на третий день госпитализации из-за рефрактерного септического шока и полиорганной недостаточности.

    ОБСУЖДЕНИЕ

    Путида обычно не выделяется от инфекций мягких тканей. Об этом свидетельствует небольшое количество случаев, описанных в литературе (). Yang et al. Описали серию инфекций, связанных с P putida , за 5-летний период, и SSTI составляли только 5% (3/55) их изолятов. Из описанных случаев с клинической информацией 80% (4/5) были связаны с травмами, а в другом случае могла быть прививка, учитывая, что они заразились болезнью вброд через паводковые воды. 2,6,7 Бактериемия присутствовала только в 1 из 5 предшествующих случаев, информация о которых была доступна, а соответствующая противомикробная терапия привела к хорошему клиническому исходу у всех пациентов. Кроме того, контроль источников может быть важным компонентом в лечении SSTI P putida . В одном случае раневой инфекции потребовалось одиннадцать серийных операций по удалению раны, несмотря на использование надлежащих антибиотиков. 6 В целом хирургическое вмешательство выполнено в 2/3 случаев; и в единственном случае с плохим исходом (текущий случай) операция не проводилась.Хотя P putida не был выделен из раны, возможно, из-за того, что это была в основном некротическая ткань без жизнеспособных организмов, у пациента не было другого заметного очага инфекции, и посев крови был положительным для этого организма.

    ТАБЛИЦА 1

    Сводка случаев Pseudomonas putida SSTIs

    NR

    904

    9047

    90 475 NR

    Ссылка Случай Факторы риска Местоположение Взаимодействие с бактериями Взаимодействие с бактериями Взаимодействие с бактериями
    Янг и др. 2 1 Травма NR Нет NR Да S
    Да S
    3 Травма NR Нет NR Да S
    Nombardi et al 8

    NR NR NR
    5 NR NR NR NR NR
    Чен и др. 7 6 Паводковые воды Двусторонние нижние конечности Да Цефтазид4

    Карпентер и др. 6 7 Травма, взрывная травма Культя правой ноги Нет Меропенем / Да Да S
    Текущее нарушение подвижности Текущее нарушение подвижности Правая верхняя конечность Да Цефепим, ванкомицин / да Нет D

    Бактериемия P putida также является редким явлением.Йошино и др. Описали серию случаев бактериемии P putida , на которую приходилось только 0,22% изолятов в их учреждении за 4-летний период. Сообщается в общей сложности 28 раз в литературе, это обычно связано с постоянным устройством (61,9%) или состоянием с ослабленным иммунитетом (85,7%), и прогноз считается благоприятным: 92,9% излечиваются с помощью соответствующей противомикробной терапии (из 28 случаев. ). 3 Контроль источника (т. Е. Удаление устройства) может учитывать этот вывод, потому что большинство случаев было связано с устройством.

    Текущий случай бактериемии P putida , вызванный инфекцией мягких тканей, выявил фульминантную полиорганную недостаточность, вызванную сепсисом, которая привела к смерти. Как отмечалось ранее, у большинства пациентов с инфекциями, вызванными P putida , имеется кожно-слизистый дефект или лежащий в основе ослабленный иммунитет. В данном случае неподвижность и заболевание периферических сосудов были элементами, ответственными за развитие кожного дефекта. Кроме того, пожилой возраст и недоедание, которые являются известными причинами притупления иммунного ответа и ослабления защитных сил организма, вероятно, повлияли на неблагоприятный исход пациента, несмотря на агрессивное лечение.У пациентки также была хроническая почечная недостаточность, которая могла нарушить ее иммунологические функции. В остальном у нее не было явных факторов риска, таких как ВИЧ-инфекция или иммуносупрессия, которые потенциально могли бы ослабить иммунный ответ. Пациент действительно получил соответствующее покрытие антимикробными препаратами для инфекции P putida . Однако пациент был слишком нестабилен, чтобы рассматривать какое-либо хирургическое вмешательство для контроля источника.

    В этом отчете описывается агрессивный случай бактериемии P putida , вызванный SSTI.Учитывая, что сопутствующие заболевания у пациентов обычно встречаются в домах престарелых и учреждениях длительного ухода, мы предполагаем, что P putida может все чаще выявляться у пациентов с плохим функциональным статусом, недостаточностью питания и неподвижностью. Кроме того, данные свидетельствуют о том, что, хотя инфекции P putida обычно имеют хороший результат, агрессивный контроль источников может быть ключевым компонентом успеха.

    Благодарности

    Источники поддержки: Dr.Сето частично поддерживается грантами Национального центра исследовательских ресурсов (U54RR026136) и Национального института здоровья меньшинств и неравенства в состоянии здоровья (U54MD007584), Национальных институтов здравоохранения (NIH). Авторы несут полную ответственность за содержание этого документа, и оно не обязательно отражает официальную точку зрения NCRR, NIMHHD или NIH. Другие авторы не сообщают об источниках поддержки.

    Сноски

    У авторов нет конфликта интересов, о котором следует раскрывать.

    Ссылки

    1. Анаисси Э., Файнштейн В., Миллер П. и др. Pseudomonas putida . Недавно признанный патоген у онкологических больных. Am J Med. 1987; 82: 1191–1194. [PubMed] [Google Scholar] 2. Ян Ч., Янг Т., Пэн М.Ю. и др. Клинический спектр инфекции Pseudomonas putida . J Formos Med Assoc. 1996. 95: 754–761. [PubMed] [Google Scholar] 3. Йошино Ю., Китадзава Т., Камимура М. и др. Pseudomonas putida бактериемия у взрослых пациентов: пять отчетов о случаях и обзор литературы.J Infect Chemother. 2011; 17: 278–282. [PubMed] [Google Scholar] 4. Мартино Р., Мартинес С., Перикас Р. и др. Бактериемия из-за неферментирующих глюкозу грамотрицательных бацилл у пациентов с гематологическими новообразованиями и солидными опухолями. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 1996; 15: 610–615. [PubMed] [Google Scholar] 5. Фон Гравениц А., Вайнштейн Дж. Патогенное значение Pseudomonas fluorescens и Pseudomonas putida . Yale J Biol Med. 1971; 44: 265–273. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar] 6.Карпентер Р.Дж., Хартцелл Д.Д., Форсберг Дж.А. и др. Pseudomonas putida Инфекция военной раны у морского пехотинца США: отчет о болезни и обзор литературы. J Infect. 2008; 56: 234–240. [PubMed] [Google Scholar] 7. Chen CH, Hsiu RH, Liu CE и др. Pseudomonas putida Бактериемия, вызванная инфекцией мягких тканей, возникшая в затопленном районе центрального Тайваня: отчет о случае. J Microbiol Immunol Infect. 2005; 38: 293–295. [PubMed] [Google Scholar] 8. Lombardi G, Luzzaro F, Docquier JD и др.Нозокомиальные инфекции, вызванные изолятами с множественной лекарственной устойчивостью Pseudomonas putida , продуцирующими металло-бета-лактамазу VIM-1. J Clin Microbiol. 2002; 40: 4051–4055. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

    Смертельный случай бактериемии Pseudomonas putida, вызванной инфекцией мягких тканей

    Infect Dis Clin Pract (Baltim Md). Авторская рукопись; доступно в PMC 2013 5 июня.

    Опубликован в окончательной редакции как:

    PMCID: PMC3673730

    NIHMSID: NIHMS451348

    , MD, * , MD, * , PhD, § и, доктор медицины, MPH *

    Benjamin S.Thomas

    * Медицинский факультет Медицинской школы Джона А. Бернса Гавайского университета, Гонолулу, Гавайи

    Ко Окамото

    * Медицинский факультет Медицинской школы Джона А. Бернса Гавайского университета, Гонолулу, Гавайи

    Мэтью Дж. Банковски

    Отделение патологии, Школа медицины Джона А. Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, Гавайи

    Медицинский центр Королевы, Гонолулу, Гавайи

    § Diagnostic Services, Inc, Aiea, HI

    Todd B.Сето

    * Департамент медицины, Медицинская школа Джона А. Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, Гавайи

    Медицинский центр Королевы, Гонолулу, Гавайи

    Здоровье коренных жителей Гавайев, Джон А. Медицинская школа Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, HI

    * Медицинский факультет, Медицинская школа Джона А. Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, Гавайи

    Кафедра патологии школы Джона А. Бернса of Medicine, Гавайский университет, Гонолулу, Гавайи

    Медицинский центр Королевы, Гонолулу, Гавайи

    § Diagnostic Services, Inc, Aiea, HI

    Здоровье коренных жителей Гавайев, Джон А.Медицинская школа Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, HI

    Для корреспонденции: Бенджамин Стюарт Томас, доктор медицины, медицинский факультет, Медицинская школа Джона А. Бернса, Гавайский университет, 1356 Lusitana St, 7-й этаж, Гонолулу, HI 96813. [email protected] См. другие статьи в PMC, в которых цитируется опубликованная статья.

    Abstract

    Pseudomonas putida — редкая причина инфекций кожи и мягких тканей. Часто это связано с травмой или состоянием с ослабленным иммунитетом.Мы представляем первый смертельный случай бактериемии, вызванной инфекциями кожи и мягких тканей, факторами риска которого были недоедание, неподвижность и заболевание периферических сосудов.

    Ключевые слова: Pseudomonas putida , сепсис, целлюлит, инфекция мягких тканей

    P seudomonas putida , член флуоресцентной группы псевдомонад, представляет собой жгутиковую грамотрицательную палочку, которая встречается в естественной среде. . Отчеты о случаях в литературе описывают широкий спектр состояний, которые привели к бактериемии P putida , включая пневмонию, 1,2 инфекции кровотока, связанные с катетером, 1-4 острый холецистит 3,5 и холангит , 3 тонзиллит, 2 тромбофлебит, 2 и инфекции кожи и мягких тканей (SSTI). 2,6-8

    Насколько нам известно, мы представляем первый смертельный случай бактериемии P putida из-за инфекции мягких тканей даже при соответствующей антимикробной терапии.

    ПРАКТИЧЕСКИЙ СЛУЧАЙ

    80-летняя коренная гавайская женщина обратилась с жалобой на снижение аппетита, потерю веса и прогрессирующее снижение психического статуса в течение 1 недели. В анамнезе отмечены хроническая почечная недостаточность и заболевание периферических сосудов с хронической длительно незаживающей язвой медиального отдела левой нижней конечности.На предыдущей неделе у нее появилось изъязвление (1 см в диаметре) на правом латеральном надмыщелке плечевой кости. Из-за ухудшения ее психического состояния члены семьи настаивали на том, чтобы она обратилась за медицинской помощью. Анамнез пациентки не выявил каких-либо особых воздействий или истории путешествий, а анализ ее систем не выявил какого-либо другого потенциального источника ее инфекции.

    При физикальном осмотре левой нижней конечности обнаружена засохшая длительно незаживающая язва (5 см в диаметре) без признаков активной инфекции.Кроме того, было выявлено изъязвление (диаметром 1 см) на латеральном надмыщелке правой плечевой кости. Присутствовали окружающая эритема, тепло, болезненность и припухлость. Отпечатали минимальное количество гнойного дренажа и отправили на бактериальный посев.

    Изначально пациент имел гипотермию (32,1 ° C) и нормотензию. Однако после нескольких часов в отделении неотложной помощи у нее возникла гипотензия с артериальным давлением 71 /> 50 мм рт. Ст. (Частота сердечных сокращений 113 ударов в минуту).Лабораторные данные включали следующее: количество лейкоцитов 15 200 / мм 3 ; гематокрит 42,1%; количество тромбоцитов 141000 / мм 3 ; Международный нормализованный коэффициент 1,8; молочная кислота, 3,2 мэкв / л; глюкоза, 30 мг / дл; азот мочевины сыворотки, 90 мг / дл; креатинин, 3,6 мг / дл (исходный креатинин, 3,0 мг / дл), альбумин, 2,4 г / дл; и преальбумин менее 3 мг / дл. Рентген грудной клетки при поступлении показал двусторонний плевральный выпот (справа больше, чем слева) без инфильтратов. Анализ мочи не показал признаков инфекции.На рентгенограмме левой нижней конечности обнаружен отек мягких тканей без признаков остеомиелита.

    Была начата эмпирическая антибактериальная терапия цефепимом и ванкомицином, и пациент был переведен в отделение интенсивной терапии для вазопрессорной поддержки. Пациентку снова согрели и дали эмпирические стрессовые дозы стероидов по поводу возможной надпочечниковой недостаточности (поскольку случайный уровень кортизола был в пределах нормы, что свидетельствует о неадекватной реакции).

    Культуры крови, полученные при поступлении в больницу, показали рост в 1 из 2 бутылей (например, аэробной бутылке) в течение 24 часов.Бактериальная культура выявила оксидазоположительную неферментирующую грамотрицательную палочку с биохимической идентификацией, напоминающую вид Pseudomonas . Кроме того, идентификация была выполнена с использованием секвенирования 16S рРНК (капиллярный электрофорез; MicroSeq 500 [Applied Biosystems, Foster City, Calif]) с анализом последовательности, выполненным с использованием программы RipSeq Single (Isentio, Норвегия).

    Идентификация бактерий с помощью анализа гена 16S рРНК показала, что возбудителем является P putida .Посев из раны (правый латеральный надмыщелок) и посев мочи не выявили других патогенных организмов. Кроме того, назальный скрининг на метициллин-устойчивый Staphylococcus aureus также был отрицательным. Изолят P putida был чувствителен к амикацину, цефепиму (4 мкг / мл), ципрофлоксацину, гентамицину, левофлоксацину, пиперациллину / тазобактаму и тобрамицину. Он был промежуточным по сравнению с цефтриаксоном и устойчивым к хлорамфениколу, пиперациллину, тикарциллину / клавуланату и триметоприму / сульфаметоксазолу.

    Несмотря на агрессивные реанимационные мероприятия, пациент скончался на третий день госпитализации из-за рефрактерного септического шока и полиорганной недостаточности.

    ОБСУЖДЕНИЕ

    Путида обычно не выделяется от инфекций мягких тканей. Об этом свидетельствует небольшое количество случаев, описанных в литературе (). Yang et al. Описали серию инфекций, связанных с P putida , за 5-летний период, и SSTI составляли только 5% (3/55) их изолятов. Из описанных случаев с клинической информацией 80% (4/5) были связаны с травмами, а в другом случае могла быть прививка, учитывая, что они заразились болезнью вброд через паводковые воды. 2,6,7 Бактериемия присутствовала только в 1 из 5 предшествующих случаев, информация о которых была доступна, а соответствующая противомикробная терапия привела к хорошему клиническому исходу у всех пациентов. Кроме того, контроль источников может быть важным компонентом в лечении SSTI P putida . В одном случае раневой инфекции потребовалось одиннадцать серийных операций по удалению раны, несмотря на использование надлежащих антибиотиков. 6 В целом хирургическое вмешательство выполнено в 2/3 случаев; и в единственном случае с плохим исходом (текущий случай) операция не проводилась.Хотя P putida не был выделен из раны, возможно, из-за того, что это была в основном некротическая ткань без жизнеспособных организмов, у пациента не было другого заметного очага инфекции, и посев крови был положительным для этого организма.

    ТАБЛИЦА 1

    Сводка случаев Pseudomonas putida SSTIs

    NR

    904

    9047

    90 475 NR

    Ссылка Случай Факторы риска Местоположение Взаимодействие с бактериями Взаимодействие с бактериями Взаимодействие с бактериями
    Янг и др. 2 1 Травма NR Нет NR Да S
    Да S
    3 Травма NR Нет NR Да S
    Nombardi et al 8

    NR NR NR
    5 NR NR NR NR NR
    Чен и др. 7 6 Паводковые воды Двусторонние нижние конечности Да Цефтазид4

    Карпентер и др. 6 7 Травма, взрывная травма Культя правой ноги Нет Меропенем / Да Да S
    Текущее нарушение подвижности Текущее нарушение подвижности Правая верхняя конечность Да Цефепим, ванкомицин / да Нет D

    Бактериемия P putida также является редким явлением.Йошино и др. Описали серию случаев бактериемии P putida , на которую приходилось только 0,22% изолятов в их учреждении за 4-летний период. Сообщается в общей сложности 28 раз в литературе, это обычно связано с постоянным устройством (61,9%) или состоянием с ослабленным иммунитетом (85,7%), и прогноз считается благоприятным: 92,9% излечиваются с помощью соответствующей противомикробной терапии (из 28 случаев. ). 3 Контроль источника (т. Е. Удаление устройства) может учитывать этот вывод, потому что большинство случаев было связано с устройством.

    Текущий случай бактериемии P putida , вызванный инфекцией мягких тканей, выявил фульминантную полиорганную недостаточность, вызванную сепсисом, которая привела к смерти. Как отмечалось ранее, у большинства пациентов с инфекциями, вызванными P putida , имеется кожно-слизистый дефект или лежащий в основе ослабленный иммунитет. В данном случае неподвижность и заболевание периферических сосудов были элементами, ответственными за развитие кожного дефекта. Кроме того, пожилой возраст и недоедание, которые являются известными причинами притупления иммунного ответа и ослабления защитных сил организма, вероятно, повлияли на неблагоприятный исход пациента, несмотря на агрессивное лечение.У пациентки также была хроническая почечная недостаточность, которая могла нарушить ее иммунологические функции. В остальном у нее не было явных факторов риска, таких как ВИЧ-инфекция или иммуносупрессия, которые потенциально могли бы ослабить иммунный ответ. Пациент действительно получил соответствующее покрытие антимикробными препаратами для инфекции P putida . Однако пациент был слишком нестабилен, чтобы рассматривать какое-либо хирургическое вмешательство для контроля источника.

    В этом отчете описывается агрессивный случай бактериемии P putida , вызванный SSTI.Учитывая, что сопутствующие заболевания у пациентов обычно встречаются в домах престарелых и учреждениях длительного ухода, мы предполагаем, что P putida может все чаще выявляться у пациентов с плохим функциональным статусом, недостаточностью питания и неподвижностью. Кроме того, данные свидетельствуют о том, что, хотя инфекции P putida обычно имеют хороший результат, агрессивный контроль источников может быть ключевым компонентом успеха.

    Благодарности

    Источники поддержки: Dr.Сето частично поддерживается грантами Национального центра исследовательских ресурсов (U54RR026136) и Национального института здоровья меньшинств и неравенства в состоянии здоровья (U54MD007584), Национальных институтов здравоохранения (NIH). Авторы несут полную ответственность за содержание этого документа, и оно не обязательно отражает официальную точку зрения NCRR, NIMHHD или NIH. Другие авторы не сообщают об источниках поддержки.

    Сноски

    У авторов нет конфликта интересов, о котором следует раскрывать.

    Ссылки

    1. Анаисси Э., Файнштейн В., Миллер П. и др. Pseudomonas putida . Недавно признанный патоген у онкологических больных. Am J Med. 1987; 82: 1191–1194. [PubMed] [Google Scholar] 2. Ян Ч., Янг Т., Пэн М.Ю. и др. Клинический спектр инфекции Pseudomonas putida . J Formos Med Assoc. 1996. 95: 754–761. [PubMed] [Google Scholar] 3. Йошино Ю., Китадзава Т., Камимура М. и др. Pseudomonas putida бактериемия у взрослых пациентов: пять отчетов о случаях и обзор литературы.J Infect Chemother. 2011; 17: 278–282. [PubMed] [Google Scholar] 4. Мартино Р., Мартинес С., Перикас Р. и др. Бактериемия из-за неферментирующих глюкозу грамотрицательных бацилл у пациентов с гематологическими новообразованиями и солидными опухолями. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 1996; 15: 610–615. [PubMed] [Google Scholar] 5. Фон Гравениц А., Вайнштейн Дж. Патогенное значение Pseudomonas fluorescens и Pseudomonas putida . Yale J Biol Med. 1971; 44: 265–273. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar] 6.Карпентер Р.Дж., Хартцелл Д.Д., Форсберг Дж.А. и др. Pseudomonas putida Инфекция военной раны у морского пехотинца США: отчет о болезни и обзор литературы. J Infect. 2008; 56: 234–240. [PubMed] [Google Scholar] 7. Chen CH, Hsiu RH, Liu CE и др. Pseudomonas putida Бактериемия, вызванная инфекцией мягких тканей, возникшая в затопленном районе центрального Тайваня: отчет о случае. J Microbiol Immunol Infect. 2005; 38: 293–295. [PubMed] [Google Scholar] 8. Lombardi G, Luzzaro F, Docquier JD и др.Нозокомиальные инфекции, вызванные изолятами с множественной лекарственной устойчивостью Pseudomonas putida , продуцирующими металло-бета-лактамазу VIM-1. J Clin Microbiol. 2002; 40: 4051–4055. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

    Смертельный случай бактериемии Pseudomonas putida, вызванной инфекцией мягких тканей

    Infect Dis Clin Pract (Baltim Md). Авторская рукопись; доступно в PMC 2013 5 июня.

    Опубликован в окончательной редакции как:

    PMCID: PMC3673730

    NIHMSID: NIHMS451348

    , MD, * , MD, * , PhD, § и, доктор медицины, MPH *

    Benjamin S.Thomas

    * Медицинский факультет Медицинской школы Джона А. Бернса Гавайского университета, Гонолулу, Гавайи

    Ко Окамото

    * Медицинский факультет Медицинской школы Джона А. Бернса Гавайского университета, Гонолулу, Гавайи

    Мэтью Дж. Банковски

    Отделение патологии, Школа медицины Джона А. Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, Гавайи

    Медицинский центр Королевы, Гонолулу, Гавайи

    § Diagnostic Services, Inc, Aiea, HI

    Todd B.Сето

    * Департамент медицины, Медицинская школа Джона А. Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, Гавайи

    Медицинский центр Королевы, Гонолулу, Гавайи

    Здоровье коренных жителей Гавайев, Джон А. Медицинская школа Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, HI

    * Медицинский факультет, Медицинская школа Джона А. Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, Гавайи

    Кафедра патологии школы Джона А. Бернса of Medicine, Гавайский университет, Гонолулу, Гавайи

    Медицинский центр Королевы, Гонолулу, Гавайи

    § Diagnostic Services, Inc, Aiea, HI

    Здоровье коренных жителей Гавайев, Джон А.Медицинская школа Бернса, Гавайский университет, Гонолулу, HI

    Для корреспонденции: Бенджамин Стюарт Томас, доктор медицины, медицинский факультет, Медицинская школа Джона А. Бернса, Гавайский университет, 1356 Lusitana St, 7-й этаж, Гонолулу, HI 96813. [email protected] См. другие статьи в PMC, в которых цитируется опубликованная статья.

    Abstract

    Pseudomonas putida — редкая причина инфекций кожи и мягких тканей. Часто это связано с травмой или состоянием с ослабленным иммунитетом.Мы представляем первый смертельный случай бактериемии, вызванной инфекциями кожи и мягких тканей, факторами риска которого были недоедание, неподвижность и заболевание периферических сосудов.

    Ключевые слова: Pseudomonas putida , сепсис, целлюлит, инфекция мягких тканей

    P seudomonas putida , член флуоресцентной группы псевдомонад, представляет собой жгутиковую грамотрицательную палочку, которая встречается в естественной среде. . Отчеты о случаях в литературе описывают широкий спектр состояний, которые привели к бактериемии P putida , включая пневмонию, 1,2 инфекции кровотока, связанные с катетером, 1-4 острый холецистит 3,5 и холангит , 3 тонзиллит, 2 тромбофлебит, 2 и инфекции кожи и мягких тканей (SSTI). 2,6-8

    Насколько нам известно, мы представляем первый смертельный случай бактериемии P putida из-за инфекции мягких тканей даже при соответствующей антимикробной терапии.

    ПРАКТИЧЕСКИЙ СЛУЧАЙ

    80-летняя коренная гавайская женщина обратилась с жалобой на снижение аппетита, потерю веса и прогрессирующее снижение психического статуса в течение 1 недели. В анамнезе отмечены хроническая почечная недостаточность и заболевание периферических сосудов с хронической длительно незаживающей язвой медиального отдела левой нижней конечности.На предыдущей неделе у нее появилось изъязвление (1 см в диаметре) на правом латеральном надмыщелке плечевой кости. Из-за ухудшения ее психического состояния члены семьи настаивали на том, чтобы она обратилась за медицинской помощью. Анамнез пациентки не выявил каких-либо особых воздействий или истории путешествий, а анализ ее систем не выявил какого-либо другого потенциального источника ее инфекции.

    При физикальном осмотре левой нижней конечности обнаружена засохшая длительно незаживающая язва (5 см в диаметре) без признаков активной инфекции.Кроме того, было выявлено изъязвление (диаметром 1 см) на латеральном надмыщелке правой плечевой кости. Присутствовали окружающая эритема, тепло, болезненность и припухлость. Отпечатали минимальное количество гнойного дренажа и отправили на бактериальный посев.

    Изначально пациент имел гипотермию (32,1 ° C) и нормотензию. Однако после нескольких часов в отделении неотложной помощи у нее возникла гипотензия с артериальным давлением 71 /> 50 мм рт. Ст. (Частота сердечных сокращений 113 ударов в минуту).Лабораторные данные включали следующее: количество лейкоцитов 15 200 / мм 3 ; гематокрит 42,1%; количество тромбоцитов 141000 / мм 3 ; Международный нормализованный коэффициент 1,8; молочная кислота, 3,2 мэкв / л; глюкоза, 30 мг / дл; азот мочевины сыворотки, 90 мг / дл; креатинин, 3,6 мг / дл (исходный креатинин, 3,0 мг / дл), альбумин, 2,4 г / дл; и преальбумин менее 3 мг / дл. Рентген грудной клетки при поступлении показал двусторонний плевральный выпот (справа больше, чем слева) без инфильтратов. Анализ мочи не показал признаков инфекции.На рентгенограмме левой нижней конечности обнаружен отек мягких тканей без признаков остеомиелита.

    Была начата эмпирическая антибактериальная терапия цефепимом и ванкомицином, и пациент был переведен в отделение интенсивной терапии для вазопрессорной поддержки. Пациентку снова согрели и дали эмпирические стрессовые дозы стероидов по поводу возможной надпочечниковой недостаточности (поскольку случайный уровень кортизола был в пределах нормы, что свидетельствует о неадекватной реакции).

    Культуры крови, полученные при поступлении в больницу, показали рост в 1 из 2 бутылей (например, аэробной бутылке) в течение 24 часов.Бактериальная культура выявила оксидазоположительную неферментирующую грамотрицательную палочку с биохимической идентификацией, напоминающую вид Pseudomonas . Кроме того, идентификация была выполнена с использованием секвенирования 16S рРНК (капиллярный электрофорез; MicroSeq 500 [Applied Biosystems, Foster City, Calif]) с анализом последовательности, выполненным с использованием программы RipSeq Single (Isentio, Норвегия).

    Идентификация бактерий с помощью анализа гена 16S рРНК показала, что возбудителем является P putida .Посев из раны (правый латеральный надмыщелок) и посев мочи не выявили других патогенных организмов. Кроме того, назальный скрининг на метициллин-устойчивый Staphylococcus aureus также был отрицательным. Изолят P putida был чувствителен к амикацину, цефепиму (4 мкг / мл), ципрофлоксацину, гентамицину, левофлоксацину, пиперациллину / тазобактаму и тобрамицину. Он был промежуточным по сравнению с цефтриаксоном и устойчивым к хлорамфениколу, пиперациллину, тикарциллину / клавуланату и триметоприму / сульфаметоксазолу.

    Несмотря на агрессивные реанимационные мероприятия, пациент скончался на третий день госпитализации из-за рефрактерного септического шока и полиорганной недостаточности.

    ОБСУЖДЕНИЕ

    Путида обычно не выделяется от инфекций мягких тканей. Об этом свидетельствует небольшое количество случаев, описанных в литературе (). Yang et al. Описали серию инфекций, связанных с P putida , за 5-летний период, и SSTI составляли только 5% (3/55) их изолятов. Из описанных случаев с клинической информацией 80% (4/5) были связаны с травмами, а в другом случае могла быть прививка, учитывая, что они заразились болезнью вброд через паводковые воды. 2,6,7 Бактериемия присутствовала только в 1 из 5 предшествующих случаев, информация о которых была доступна, а соответствующая противомикробная терапия привела к хорошему клиническому исходу у всех пациентов. Кроме того, контроль источников может быть важным компонентом в лечении SSTI P putida . В одном случае раневой инфекции потребовалось одиннадцать серийных операций по удалению раны, несмотря на использование надлежащих антибиотиков. 6 В целом хирургическое вмешательство выполнено в 2/3 случаев; и в единственном случае с плохим исходом (текущий случай) операция не проводилась.Хотя P putida не был выделен из раны, возможно, из-за того, что это была в основном некротическая ткань без жизнеспособных организмов, у пациента не было другого заметного очага инфекции, и посев крови был положительным для этого организма.

    ТАБЛИЦА 1

    Сводка случаев Pseudomonas putida SSTIs

    NR

    904

    9047

    90 475 NR

    Ссылка Случай Факторы риска Местоположение Взаимодействие с бактериями Взаимодействие с бактериями Взаимодействие с бактериями
    Янг и др. 2 1 Травма NR Нет NR Да S
    Да S
    3 Травма NR Нет NR Да S
    Nombardi et al 8

    NR NR NR
    5 NR NR NR NR NR
    Чен и др. 7 6 Паводковые воды Двусторонние нижние конечности Да Цефтазид4

    Карпентер и др. 6 7 Травма, взрывная травма Культя правой ноги Нет Меропенем / Да Да S
    Текущее нарушение подвижности Текущее нарушение подвижности Правая верхняя конечность Да Цефепим, ванкомицин / да Нет D

    Бактериемия P putida также является редким явлением.Йошино и др. Описали серию случаев бактериемии P putida , на которую приходилось только 0,22% изолятов в их учреждении за 4-летний период. Сообщается в общей сложности 28 раз в литературе, это обычно связано с постоянным устройством (61,9%) или состоянием с ослабленным иммунитетом (85,7%), и прогноз считается благоприятным: 92,9% излечиваются с помощью соответствующей противомикробной терапии (из 28 случаев. ). 3 Контроль источника (т. Е. Удаление устройства) может учитывать этот вывод, потому что большинство случаев было связано с устройством.

    Текущий случай бактериемии P putida , вызванный инфекцией мягких тканей, выявил фульминантную полиорганную недостаточность, вызванную сепсисом, которая привела к смерти. Как отмечалось ранее, у большинства пациентов с инфекциями, вызванными P putida , имеется кожно-слизистый дефект или лежащий в основе ослабленный иммунитет. В данном случае неподвижность и заболевание периферических сосудов были элементами, ответственными за развитие кожного дефекта. Кроме того, пожилой возраст и недоедание, которые являются известными причинами притупления иммунного ответа и ослабления защитных сил организма, вероятно, повлияли на неблагоприятный исход пациента, несмотря на агрессивное лечение.У пациентки также была хроническая почечная недостаточность, которая могла нарушить ее иммунологические функции. В остальном у нее не было явных факторов риска, таких как ВИЧ-инфекция или иммуносупрессия, которые потенциально могли бы ослабить иммунный ответ. Пациент действительно получил соответствующее покрытие антимикробными препаратами для инфекции P putida . Однако пациент был слишком нестабилен, чтобы рассматривать какое-либо хирургическое вмешательство для контроля источника.

    В этом отчете описывается агрессивный случай бактериемии P putida , вызванный SSTI.Учитывая, что сопутствующие заболевания у пациентов обычно встречаются в домах престарелых и учреждениях длительного ухода, мы предполагаем, что P putida может все чаще выявляться у пациентов с плохим функциональным статусом, недостаточностью питания и неподвижностью. Кроме того, данные свидетельствуют о том, что, хотя инфекции P putida обычно имеют хороший результат, агрессивный контроль источников может быть ключевым компонентом успеха.

    Благодарности

    Источники поддержки: Dr.Сето частично поддерживается грантами Национального центра исследовательских ресурсов (U54RR026136) и Национального института здоровья меньшинств и неравенства в состоянии здоровья (U54MD007584), Национальных институтов здравоохранения (NIH). Авторы несут полную ответственность за содержание этого документа, и оно не обязательно отражает официальную точку зрения NCRR, NIMHHD или NIH. Другие авторы не сообщают об источниках поддержки.

    Сноски

    У авторов нет конфликта интересов, о котором следует раскрывать.

    Ссылки

    1. Анаисси Э., Файнштейн В., Миллер П. и др. Pseudomonas putida . Недавно признанный патоген у онкологических больных. Am J Med. 1987; 82: 1191–1194. [PubMed] [Google Scholar] 2. Ян Ч., Янг Т., Пэн М.Ю. и др. Клинический спектр инфекции Pseudomonas putida . J Formos Med Assoc. 1996. 95: 754–761. [PubMed] [Google Scholar] 3. Йошино Ю., Китадзава Т., Камимура М. и др. Pseudomonas putida бактериемия у взрослых пациентов: пять отчетов о случаях и обзор литературы.J Infect Chemother. 2011; 17: 278–282. [PubMed] [Google Scholar] 4. Мартино Р., Мартинес С., Перикас Р. и др. Бактериемия из-за неферментирующих глюкозу грамотрицательных бацилл у пациентов с гематологическими новообразованиями и солидными опухолями. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 1996; 15: 610–615. [PubMed] [Google Scholar] 5. Фон Гравениц А., Вайнштейн Дж. Патогенное значение Pseudomonas fluorescens и Pseudomonas putida . Yale J Biol Med. 1971; 44: 265–273. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar] 6.Карпентер Р.Дж., Хартцелл Д.Д., Форсберг Дж.А. и др. Pseudomonas putida Инфекция военной раны у морского пехотинца США: отчет о болезни и обзор литературы. J Infect. 2008; 56: 234–240. [PubMed] [Google Scholar] 7. Chen CH, Hsiu RH, Liu CE и др. Pseudomonas putida Бактериемия, вызванная инфекцией мягких тканей, возникшая в затопленном районе центрального Тайваня: отчет о случае. J Microbiol Immunol Infect. 2005; 38: 293–295. [PubMed] [Google Scholar] 8. Lombardi G, Luzzaro F, Docquier JD и др.Нозокомиальные инфекции, вызванные изолятами с множественной лекарственной устойчивостью Pseudomonas putida , продуцирующими металло-бета-лактамазу VIM-1. J Clin Microbiol. 2002; 40: 4051–4055. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

    Pseudomonas putida — microbewiki

    Страница Microbial Biorealm, посвященная роду Pseudomonas putida

    Классификация

    Таксоны высшего порядка

    Домен: Бактерии

    Тип: протеобактерии

    Класс: Гамма-протеобактерии

    Заказ: Pseudomonadales.

    Семейство: Pseudomonadaceae

    Род: Pseudomonas

    Вид: Pseudomonas putida

    Виды

    Pseudomonas putida

    Также известен как: Pseudomonas ovalis , Pseudomonas arvilla , Arthrobacter siderocapsulatus , Pseudomonas полосатое , Pseudomonas Рагоса , Pseudomonas Incognita , Pseudomonas convexa , Pseudomonas eisenbergii , Bacillus putidus , Bacillus fluorescens putidus и Arthrobacter siderocapsulatus .

    Описание и значение

    Pseudomonas putida представляет собой палочковидную жгутиковую грамотрицательную бактерию, которая встречается в большинстве почвенных и водных местообитаний, где есть кислород. Оптимально растет при температуре 25-30 ° C и легко выделяется. Pseudomonas putida имеет несколько штаммов, включая KT2440, штамм, который колонизирует корни растений, в которых существует взаимная связь между растением и бактериями. Поверхность корня, ризосфера, позволяет бактериям процветать за счет питательных веществ корня.В свою очередь, Pseudomonas putida стимулирует рост растений и защищает растения от патогенов. Поскольку Pseudomonas putida способствует развитию растений, исследователи используют его в биоинженерных исследованиях для разработки биопестицидов и улучшения здоровья растений. [17]

    Pseudomonas putida обладает очень разнообразным аэробным метаболизмом, который способен разлагать органические растворители, такие как толуол, а также превращать стирольное масло в биоразлагаемые пластиковые полигидроксиалканоаты (PHA).Это помогает разрушить пенополистирол, который, как считалось, не поддается биологическому разложению. Из-за сильного аппетита бактерий к органическим загрязнителям, исследователей привлекает использование Pseudomonas putida в качестве «лабораторной« рабочей лошадки »для исследования процессов, связанных с восстановлением почвы бактериями». [4] Эта бактерия уникальна, потому что в ней больше всего генов, участвующих в расщеплении ароматических или алифатических углеводородов, которые являются опасными химическими веществами, вызванными сжиганием топлива, угля, табака и других органических веществ.Существует большой интерес к секвенированию генома Pseudomonas putida из-за его сильного эффекта в биоремедиации. [3]

    Помимо помощи в биоремедиации, Pseudomonas putida очень полезен при исследовании различных видов рода Pseudomonas , особенно Pseudomonas aeruginosa , патогенной бактерии, которая является одной из ведущих смертельных болезней человека. Исследователи обнаружили, что Pseudomonas putida , хотя и является сапрофитным, может помочь в исследовании муковисцидоза, наследственного заболевания, вызванного дефектным переносчиком хлорида CFTR, которое приводит к рецидивирующим оппортунистическим инфекциям, вызываемым Pseudomonas aeruginosa .Эти две бактерии очень тесно связаны и имеют сходные секвенированные геномы (примерно 85% являются общими), за исключением того, что у Pseudomonas putida отсутствуют гены, определяющие вирулентность. Из-за его непатогенной природы многие исследователи считают, что Pseudomonas putida очень полезен для исследований из-за его универсальности и простоты использования. [3,4]

    Структура генома

    В 1995 году ученые Института геномных исследований в Германии расшифровали первую полную последовательность генома Pseudomonas putida .Тридцать микробных штаммов были завершены и полностью секвенированы, а еще семьдесят пять находятся в процессе секвенирования. [4] Анализ генома показал, что Pseudomonas putida имеет примерно 6,2 миллиона пар оснований ДНК. Среди Pseudomonas putida штамм F1 имеет длину 5 959 964 нуклеотида и содержит 61% гуанина и цитозина и 39% аденина и тимина. В то время как другой важный штамм, KT2440 имеет длину 6 181863 нуклеотида.[2] Pseudomonas putida имеет кольцевой геном, в котором не менее восьмидесяти генов окислительных редуктаз, семейства ферментов, участвуют в разложении веществ в окружающей среде. Более того, большинство генов предназначены для обнаружения химических сигналов в окружающей среде, чтобы он мог быстро реагировать на токсины. [3] Эта бактерия также имеет много важных плазмид, таких как секвенированные плазмиды TOL и OCT, которые играют важную роль в разложении загрязнителей. [5, 6] Тем не менее, не все плазмиды полезны в биоремедиации.Некоторые создают недостаток для Pseudomonas putida , потому что он снижает скорость роста и бесполезен по функциям, например плазмида R68-45. [7]

    Строение клетки и обмен веществ

    Pseudomonas putida — это палочковидные непористые грамотрицательные бактерии, которые используют аэробный метаболизм. Эта бактерия также имеет несколько полярных жгутиков для подвижности. Форма волны жгутиков обычно составляет от 2 до 3 длин волн. Pseudomonas putida чувствительна к окружающей среде и подавляет изменения направления вращения жгутиков при обнаружении хемоаттрактантов.Это очень помогает Pseudomonas putida продвигаться к семенам растений, которые обеспечивают питательными веществами бактериальные клетки. [1]

    Pseudomonas putida способна переносить стрессы окружающей среды благодаря разнообразному контролю белков, включая секрецию и перемещение белков и пептидов, модификацию и восстановление белков, укладку и стабилизацию белков, а также деградацию белков, пептидов и гликопептидов. [8] Некоторые важные белки включают глобальные регуляторные белки, которые связывают гены пути с состоянием клетки. Pseudomonas putida осуществляет очень сложный метаболизм, белки контролируют конкретный путь, который зависит не только от полученного сигнала, но и от конкретных промоторов и регуляторов этого пути. И, в свою очередь, как только сигналы получены, он информирует клетку о наличии кислорода и питательных веществ. Другой важный белок — это белок Crc, который является частью пути передачи сигнала, регулирующего углеродный метаболизм. Он также используется в производстве биопленок. [10]

    Pseudomonas putida выполняет метаболические функции в биоразлагаемых пластмассах.Разложение стирола в Pseudomonas putida CA-3 разлагает стирол двумя путями: 1) окислением боковой цепи винила и 2) атакой на ароматическое ядро ​​молекулы. [14] Pseudomonas putida также содержит сидоспоры, хелатирующее железо соединение, которое позволяет бактериям повышать уровень железа и способствовать активной транспортной цепи. [11] Штаммы Pseudomonas putida имеют рецепторные белки внешней мембраны, которые помогают транспортировать комплекс железа к сидоспорам, в частности известные как пиовердины, которые обнаруживаются в бактериальной клетке.Отсюда железо используется в метаболических процессах, где кислород является акцептором электронов. [12] Кислород служит хорошим акцептором электронов. Однако побочные продукты кислорода токсичны для бактерий, включая супероксид и перекись водорода. В ответ Pseudomonas putida продуцирует каталазу для защиты клетки от реактивных свойств побочных продуктов. [13]

    Кроме того, Pseudomonas putida содержит важные липиды, которые используются в качестве адаптационного механизма для реакции на физические и химические стрессы.Бактерии способны изменять степень насыщения жирными кислотами, образование циклопропановых жирных кислот и цис-транс-изомеризацию. На разных этапах клетка меняет свои характеристики, чтобы лучше реагировать на окружающую среду. Во время перехода от роста к стационарной фазе наблюдается более высокая степень насыщения жирной кислотой и более высокая текучесть мембраны, что улучшает поглощение субстрата, таким образом регулируя клетку. [9] Все эти характеристики позволяют Pseudomonas putida выживать в смертельных токсинах в почве и процветать в загрязненных районах.Его метаболизм позволяет этим бактериям превращать вредные органические растворители в нетоксичные композиты, которые так важны для биоремедиации.

    Помимо способности P. putida разлагать синтетические соединения, он также может использовать альтернативный метаболический путь, такой как путь Энтнера-Дудорова. По этому пути P. putida разлагает обычные гексозы, такие как глюкоза и глюконат, с образованием одного чистого АТФ на каждую разрушенную молекулу глюкозы. Это контрастирует с двумя чистыми АТФ, продуцируемыми каждой молекулой глюкозы, разрушенной в классическом пути гликолиза.

    Путь Энтнера-Дудорова начинается с превращения глюкозы в глюконат-6-фосфат через два промежуточных соединения. Первым промежуточным продуктом является глюконат, который затем превращается в 2-кетоглюконат. Затем 2-кетоглюконат превращается в глюконат-6-фосфат. Следует отметить, что в некоторых случаях глюконат-6-фосфат может производиться непосредственно путем фосфорилирования глюконата. Глюконат-6-фосфат превращается в 2-кето-3-дезоксиглюконат-6-фосфат (KDGP). Наконец, KDGP превращается в триозофосфат и пируват.Интересно, что P. putida имеет много альтернативных путей, которые он может использовать для производства энергии, но не использует их и в основном полагается на путь Энтнера-Дудорова, описанный выше. [26]

    Экология

    Pseudomonas putida имеет большое значение для окружающей среды из-за своего сложного метаболизма и способности контролировать загрязнение. Существует высокая степень гибкости бактериальных сообществ по отношению к загрязнениям, которая дополнительно увеличивается за счет определенных катаболических последовательностей на плазмидах TOL в клетке.[7] Даже плазмиды важны для восприятия стресса окружающей среды. Некоторые из стрессов окружающей среды вызваны бензолом, ксилолом и толуолом, основными компонентами бензина и основными источниками загрязнения воды. Pseudomonas putida может разлагать углеводороды этих органических растворителей посредством окислительных реакций, что делает Pseudomonas putida одним из наиболее важных микробов в биоремедиации. [15]

    Pseudomonas putida также взаимодействует с другими организмами в почве.Одно такое взаимодействие с Saccharomyces cerevisiae в ризосфере привело к положительному воздействию на состояние Pseudomonas putida . Грибы Saccharomyces cerevisiae продуцировали необходимую глюкозу, а также поддерживали pH, который был благоприятным для бактерий Pseudomonas putida . [16] Комплексное взаимодействие Pseudomonas putida и Saccaromyces cerevisiae вместе регулируют здоровье растений. Более того, сами бактерии — отличные помощники в обильной жизни растений.Производство сидерофоров, таких как пиовердин и пиохелин, защищает растения от грибковых патогенов. Взаимоотношения приносят пользу обоим партнерам. В то время как Pseudomonas putida может находиться в семенах растений и ризосфере, растение, в свою очередь, защищено от патогенов растений и способно получать жизненно важные питательные вещества от бактерий. [17]

    Патология

    В 1982 году Национальный институт здравоохранения США определил Pseudomonas putida как безопасный штамм, что означало, что его можно использовать для клонирования генов других бактерий, обитающих в почве.Некоторые штаммы Pseudomonas putida не являются патогенными из-за отсутствия определенных генов, в том числе генов ферментов, переваривающих клеточные мембраны и стенки людей и растений.

    Однако было обнаружено несколько случаев, когда Pseudomonas putida были названы патогенными. В одном случае Pseudomonas putida было извлечено у десяти пациентов с хроническим синуситом. Бактерии были обнаружены в ухе, носу и горле. Дальнейшее расследование обнаружило Pseudomonas putida в коммерческом продукте против запотевания, а также в неоткрытых исходных растворах StaKleer.Поскольку эти продукты не были стерилизованы должным образом, они были заражены бактериями. [18] В другом случае, Pseudomonas putida была причиной вспышки болезни у радужной форели, вызвав язвы на спине рыбы. [19]

    Хотя Pseudomonas putida являются сапрофитными и считаются безопасными бактериями, другие виды этого рода являются условно-патогенными микроорганизмами, такими как Pseudomonas aeruginosa и Pseudomonas syringae . Pseudomonas aeruginosa был выделен из человеческого тела во многих различных местах; он также поражает мочевыводящие и дыхательные пути. Эта бактерия связана с пневмонией, энтеритом, вагинитом и маститом. Оба условно-патогенных микроорганизма обладают способностью и ферментами выделять токсины и разрушать клеточные мембраны, чего не хватает Pseudomonas putida .

    Применение в биотехнологии

    Pseudomonas putida обладает способностью производить поли-3-гидроксиалканоаты (ПГА) из ароматического углеводородного стирола.Стирол, один из основных токсичных загрязнителей окружающей среды, выделяется миллионами килограммов в год с промышленных объектов и, как известно, вызывает раздражение спинного тракта, мышечную слабость и наркоз у людей и других млекопитающих. Преобразование в PHA позволяет избавиться от загрязнения стиролом.

    Поскольку PHA приносит пользу обществу, он используется в медицине, например, в тканевой инженерии, а также в качестве антибиотиков и витаминов. PHA также очень экологичен, устойчив к маслам и жирам и имеет длительный срок хранения, поэтому он также используется в повседневных предметах, таких как пластиковая посуда и другие предметы одноразового использования.В отличие от стирола, PHA легко разрушается в почве или воде. Обычно используемый пенополистирол, он же пенополистирол, превращается в биоразлагаемый пластик в результате сложного метаболизма Pseudomonas putida .

    Пенополистирол сначала превращается в стирольное масло, где он вводится в Pseudomonas putida для преобразования в ПГА. [20] В пределах Pseudomonas putida PHA накапливается в условиях несбалансированного роста как средство внутриклеточного накопления, хранения избыточного углерода и энергии.Эти полимеры PHA синтезируются ферментом PHA-синтазой, которая связана с поверхностью гранул PHA и использует тиоэфиры кофермента А гидроксиалкановой кислоты в качестве субстратов. [21]

    Текущие исследования

    В недавнем исследовании штаммов Pseudomonas putida были сравнены друг с другом для определения филогенетических взаимоотношений. Поскольку геном штамма Pseudomonas putida KT2440 полностью секвенирован, он служит стандартным эталоном для сравнения с другими штаммами Pseudomonas putida .Они провели исследование, в котором оценивали применимость микромассивов ДНК высокой плотности на основе штамма Pseudomonas putida KT2440 для исследований транскриптомики DSM 6125, DSM 3931, DSM 291 и S12, а также других не секвенированных штаммов. Транскиптомика позволяет исследователям получить подробное представление о сложных метаболических и клеточных системах бактерий. В заключение, они смогли выявить сходство между различными штаммами, например, доказав, что штаммы DSM 6125 полностью идентичны штамму DSM 3931.[22]

    В другом исследовании штамм Pseudomonas putida RB1500 и штамм RB1501 (которые были созданы из штамма Pseudomonas putida KT2440) были протестированы в Южной Каролине, чтобы определить, будет ли свет продуцироваться в штаммах в ответ на тринитротолуол (TNT). , и означает ли производство света обнаружение тротила. Затем технология будет использоваться для обнаружения наземных мин в почвах. Во время эксперимента беспокоили, не представляет ли Pseudomonas putida экологическую опасность; однако из-за непатогенных характеристик почвенных бактерий исследователи были уверены, что они не причинят вреда окружающей среде или обществу.[23]

    Исследование доказало, что регуляция кворума N-ацил гомосерин-лактона Pseudomonas putida регулируется протеазой Lon . Скрининг мутантного банка транспозонов Pseudomonas putida был проведен для выявления регуляторов, которые участвовали в негативной регуляции кворума ацилгомосерин-лактонов. После эксперимента были идентифицированы три мутанта Tn5. Один мутант имел транспозон, расположенный в гене протеазы Lon , который играет важную роль в деградации неправильно свернутых белков.Вкратце, протеаза Lon является негативным регулятором продукции ацилгомосерин-лактона. [24]

    В исследовательской статье 2005 года говорится, что Pseudomonas putida ассоциируется с клиническими инфекциями у недоношенных детей. Младенцы, поступившие в детский сад особого ухода (SCN), кормились через катетеры. Эти катетеры прошли процедуру промывания гепарином, чтобы сохранить путь для жидкостей, попадающих в организм. Во время этой процедуры условия окружающей среды внутри трубки позволяли P.Путида расти. Этот рост бактерий вызвал инфекцию кровотока у ребенка. Хотя гепарин обладает антибиотической активностью, P. putida устойчив и может расти. Это показывает важность асептических методов и то, как приготовление стерильных продуктов должно производиться по запросу, а не заранее. [25]

    Список литературы

    1) Харвуд, К.С., Фосно К., Диспенса М. «Бичевание Pseudomonas putida и анализ его подвижного поведения». Журнал бактериологии.Июль 1989. Том 171. с. 4063-4066. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=210162

    2) NCBI. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=genome&Cmd=ShowDetailView&TermToSearch=21068

    3) Маркус, А. «Картирование разнообразных почвенных микробов». Сеть новостей генома. Январь 2003 г. http://www.genomenewsnetwork.org/articles/01_03/soil_microbe.shtml

    4) Ковальски, Х. «США. — Немецкий консорциум исследований последовательностей генома универсального почвенного микроба ».Архив Дж. Крейга Вентера. Декабрь 2002 г. http://www.tigr.org/news/pr_12_02_02.shtml

    5) Ванденберг, П.А., Райт, А.М. «Участие плазмид в метаболизме ациклических изопреноидов с помощью Pseudomonas putida ». Прикладная и экологическая микробиология. Июнь 1983 г. Том 45. С.1953-1955. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=242567

    6) Мюллер Р. «Бактериальная деградация ксенобиотиков». Микробный контроль загрязнения. Март 1992. Том 48. с.52.

    7) Ренни Д., Гоуленд П., Слейтер Дж. «Генетические взаимодействия между сообществами». Микробы в их естественной среде обитания. Апрель 1983 г. Том 34. С. 408.

    8) ТИГР Обширный микробный ресурс. http://www.gem.re.kr/tigr-scripts/CMR2/gene_table_section.spl?db=gpp&main_role=Protein+fate&main_role_only=1&role_order=&nt_choice=tigr

    9) Хертиг, К., Лоффхаген, Н., Хармс, Х. «Образование трансжирных кислот не участвует в связанной с ростом мембранной адаптации Pseudomonas putida ».Прикладная и экологическая микробиология. Апрель 2005. Том 71. С.1915-1922. http://aem.asm.org/cgi/content/abstract/71/4/1915

    10) Руис-Манзано, А., Юсте, Л., Рохо, Ф. «Уровни и активность Pseudomonas putida Global Regulatory Protein Crc изменяются в зависимости от условий роста». Журнал бактериологии. Июнь 2005. Том 187. с.3678-3686. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1112034

    11) Бупати Э., Рао К.С. «Сидеофор из Pseudomonas putida типа A1: структурная и биологическая характеристика».Ноябрь 1999. Том 1435. С.30-40. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=10561535&dopt=AbstractPlus

    12) Лопес, Дж. Э., Хенкельс, М. Д. «Использование гетерологичных сидерофоров увеличивает уровни железа, доступного для Pseudomonas putida в ризосфере». Прикладная и экологическая микробиология. Декабрь 1999. Том 65. с.5357-5363. http://aem.asm.org/cgi/content/abstract/65/12/5357

    13) Миллер, К.Д., Ким Ю.К., Андерсон А.Дж. «Клонирование и мутационный анализ гена индуцибельной каталазы в стационарной фазе (catC) из Pseudomonas putida ». Журнал бактериологии. Август 1997. Том 179. с.5241-5245. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=179388

    14) О’Коннор, К., Дуэц, В., Винд, Б., Добсон, А. Д. У. «Эффект ограничения метаболизма стирола питательными веществами в Pseudomonas putida CA-3». Прикладная и экологическая микробиология. Октябрь 1996 г.Том 62. С.3594-3599. http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=168165&blobtype=pdf

    15) Отенио, М. Х., Лопес да Силва, М. Т., Маркес, М., Росейро, Дж., Бидоя, Э. «Биоразложение бензола, толуола и ксилола под действием Pseudomonas putida CCMI 852». Бразильский журнал микробиологии. Том 36. с.258-261. http://www.scielo.br/pdf/bjm/v36n3/arq10.pdf

    16) Романо Дж., Колтер Р. « Pseudomonas-Saccharomyces Взаимодействия: влияние метаболизма грибов на физиологию бактерий и выживаемость».Журнал бактериологии. Февраль 2005. Том 187. с.940-948. http://jb.asm.org/cgi/content/full/187/3/940

    17) Эспиноза-Ургель, М., Салидо, А., Рамос, Дж. «Генетический анализ функций, участвующих в адгезии Pseudomonas putida к семенам». Журнал бактериологии. Май 2000. Том 182. с.2363-2369. http://jb.asm.org/cgi/content/full/182/9/2363

    18) «Псевдо-вспышка Pseudomonas putida в поликлинике больницы, возникшая из-за зараженного коммерческого противотуманного раствора».Отчет об инфекционных заболеваниях в Канаде. Ноябрь 2000. Том 26. с.21. http://www.phac-aspc.gc.ca/publicat/ccdr-rmtc/00vol26/dr2621eb.html

    19) Алтынок И., Кайис С., Капкин Э. « Инфекция Pseudomonas putida у радужной форели». Аквакультура. Декабрь 2006. Том 261. с.850-855. http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6T4D-4KWT6C1-4&_user=10&_coverDate=12%2F01%2F2006&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=1156f0e28f4bd4f21f8e877e7febb12e

    20) Уорд, П.Г., де Ру, Г., О’Коннор, К. Э. «Накопление полигидроксиалканоата из стирола и филуксусной кислоты Pseudomonas putida CA-3». Прикладная микробиология окружающей среды. Апрель 2005. Том 71. С.2046-2052. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1082534

    21) Рибера, Р., Монтеолива-Санчес, М., Рамос-Кормензана, А. «Производство полигидроксиалканоатов с помощью Pseudomonas putida KT2442, содержащего pSK2665 в сточных водах заводов по производству оливкового масла (альпехин)».Электронный журнал биотехнологии. Август 2001 г. Том 4. http://www.scielo.cl/scielo.php?pid=S0717-34582001000200010&script=sci_arttext

    22) Ballerstedt, H., et al. «Геномотипирование штаммов Pseudomonas putida с использованием микрочипов ДНК высокой плотности на основе P. putida KT2440: значение для исследований транскриптомики». Прикладная микробиология и биотехнология. Июль 2007. Том 75. С. 1133-1142. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=17

    23) «Заявка TSCA на экспериментальный выпуск одобрена для штаммов Pseudomonas putida ».Агентство по охране окружающей среды США. Апрель 2007 г. http://www.epa.gov/oppt/biotech/pubs/submissions/4-5dec.htm

    24) Бертани, И., Рампиони, Г., Леони, Л., Вентури, В. «Протеаза Pseudomonas putida Lon участвует в регуляции чувствительности кворума N-ацилгомосерин-лактона». BMC Microbiology. Июль 2007. Том 7. с. 71. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=1949823

    25) Perz, J., et al. «Септицемия Pseudomonas putida в питомнике особого ухода из-за загрязненных промывочных растворов, приготовленных в больничной аптеке», Журнал клинической микробиологии, 2005.том 43, с. 5316-5318.

    26) М. Висенте и Дж. Л. Кановас. «Глюколиз при Pseudomonas putida: физиологическая роль альтернативных путей из анализа дефектных мутантов», Бактериологический журнал, 1973. Том 116. с. 908-914.

    Отредактировал Май-Ан Фам, ученица Рэйчел Ларсен

    Под редакцией KLB

    Реконфигурация метаболических потоков у Pseudomonas putida в ответ на сублетальный окислительный стресс

  • 1.

    Belda E, van Heck RGA, López-Sánchez MJ, Cruveiller S, Barbe V, Fraser C, et al.Пересмотренный геном Pseudomonas putida KT2440 подчеркивает его ценность как надежного метаболического шасси . Environ Microbiol. 2016; 18: 3403–24.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 2.

    Ногалес Дж., Мюллер Дж., Гудмундссон С., Каналехо Ф.Дж., Дуке Э., Монк Дж. И др. Высококачественное метаболическое моделирование в масштабе генома Pseudomonas putida подчеркивает его широкие метаболические возможности. Environ Microbiol.2020; 22: 255–69.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 3.

    Нельсон К.Э., Вайнель С., Полсен ИТ, Додсон Р.Дж., Хилберт Х., Мартинс душ Сантуш ВАП и др. Полная последовательность генома и сравнительный анализ метаболически разностороннего Pseudomonas putida KT2440. Environ Microbiol. 2002; 4: 799–808.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 4.

    Volke DC, Calero P, Nikel PI. Pseudomonas putida . Trends Microbiol. 2020; 28: 512–3.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 5.

    Никель П.И., Чаваррия М., Данчин А., де Лоренцо В. От грязи к промышленному применению: Pseudomonas putida в качестве синтетической биологии шасси для проведения суровых биохимических реакций. Curr Opin Chem Biol. 2016; 34: 20–9.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 6.

    Wasi S, Tabrez S, Ahmad M. Использование Pseudomonas spp. для биоремедиации загрязнителей окружающей среды: обзор. Оценка состояния окружающей среды. 2013; 185: 8147–55.

    PubMed

    Google ученый

  • 7.

    Аккая О, Перес-Пантоха Д., Каллес Б., Никель П.И., де Лоренцо В. Метаболический окислительно-восстановительный режим Pseudomonas putida настраивает его способность эволюционировать к новым субстратам ксенобиотиков. mBio. 2018; 9: e01512–18.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 8.

    Брюн А., Френзель П., Ципионка Х. Жизнь на границе кислородно-бескислородной среды: активность микробов и адаптации. FEMS Microbiol Rev.2000; 24: 691-710.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 9.

    Асаеда Т., Барнуево А. Окислительный стресс как индикатор предпочтения ширины ниши мангровых зарослей Rhizophora stylosa . Для Ecol Manag. 2019; 432: 73–82.

    Google ученый

  • 10.

    Hinsinger P, Bengough AG, Vetterlein D, Young IM. Ризосфера: биофизика, биогеохимия и экологическая значимость. Почва растений. 2009. 321: 117–52.

    CAS

    Google ученый

  • 11.

    Borer B, Tecon R, Or D. Пространственная организация бактериальных популяций в ответ на кислородные и углеродные контрградиенты в сети пор. Nat Commun. 2018; 9: 769.

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 12.

    Morya R, Salvachúa D, Thakur IS. Burkholderia : неизвестный, но многообещающий род бактерий для превращения ароматических соединений. Trends Biotechnol. 2020; 38: 963–75.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 13.

    Moreno-Forero SK, van der Meer JR. Полногеномный анализ поведения Sphingomonas wittichii RW1 во время инокуляции и роста в загрязненном песке. ISME J 2015; 9: 150–65.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 14.

    Cadet J, Douki T, Gasparutto D, Ravanat JL. Окислительное повреждение ДНК: формирование, измерение и биохимические особенности. Mut Res. 2003; 531: 5–23.

    CAS

    Google ученый

  • 15.

    Имлай Дж.А., Сетху Р., Рохаун СК. Эволюционные адаптации, позволяющие ферментам противостоять окислительному стрессу. Free Radic Biol Med. 2019; 140: 4–13.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 16.

    Arts IS, Gennaris A, Collet JF. Редукционные системы, защищающие оболочку бактериальной клетки от окислительного повреждения. FEBS Lett. 2015; 589: 1559–68.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 17.

    Дэн Данн Дж., Альварес LAJ, Чжан X, Солдати Т. Активные формы кислорода и митохондрии: взаимосвязь клеточного гомеостаза. Redox Biol. 2015; 6: 472–85.

    Google ученый

  • 18.

    Imlay JA. Молекулярные механизмы и физиологические последствия окислительного стресса: уроки модельной бактерии. Nat Rev Microbiol. 2013; 11: 443–54.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 19.

    Джеймисон DJ. Влияние окислительного стресса на Saccharomyces cerevisiae . Redox Rep. 1995; 1: 89–95.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 20.

    Eleutherio E, Brasil AA, França MB, de Almeida DSG, Rona GB, Magalhães RSS. Окислительный стресс и старение: уроки дрожжей. Fungal Biol. 2018; 122: 514–25.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 21.

    Браун А.Дж., Коуэн Л.Е., ди Пьетро А., Куинн Дж. Адаптация к стрессу. Microbiol Spectr. 2017; 5. https://doi.org/10.1128/microbiolspec.FUNK-0048-2016.

    PubMed Central

    Google ученый

  • 22.

    Boronat S, Domènech A, Paulo E, Calvo IA, García-Santamarina S, García P и др. На основе тиолов H 2 O 2 передача сигналов в микробных системах. Redox Biol. 2014; 2: 395–9.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 23.

    Doroshow JH. Глутатионпероксидаза и окислительный стресс. Toxicol Lett 1995; 82-83: 395-8.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 24.

    Palma M, DeLuca D, Worgall S, Quadri LEN. Транскриптомный анализ реакции Pseudomonas aeruginosa на перекись водорода. J Bacteriol. 2004; 186: 248.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 25.

    Рева О.Н., Вайнель С., Вайнель М., Бем К., Степандич Д., Хохейзель Д.Д. и др. Функциональная геномика стрессового ответа у Pseudomonas putida KT2440. J Bacteriol. 2006; 188: 4079–92.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 26.

    Chechik G, Oh E, Rando O, Weissman J, Regev A, Koller D. Мотивы активности раскрывают принципы тайминга в контроле транскрипции метаболической сети дрожжей. Nat Biotechnol. 2008; 26: 1251–9.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 27.

    Fuhrer T, Sauer U. Различные биохимические механизмы обеспечивают балансировку восстанавливающих эквивалентов в метаболизме микробов в масштабах всей сети. J Bacteriol. 2009; 191: 2112–21.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 28.

    Руи Б., Шен Т., Чжоу Х., Лю Дж., Чен Дж., Пан X и др. Систематическое исследование метаболизма центрального углерода Escherichia coli в ответ на супероксидный стресс. BMC Syst Biol. 2010; 4: 122.

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 29.

    Кюне А., Эммерт Х., Соэле Дж., Виннефельд М., Фишер Ф., Венк Х. и др. Острая активация окислительного пентозофосфатного пути как ответ первой линии на окислительный стресс в клетках кожи человека.Mol Cell. 2015; 59: 359–71.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 30.

    Christodoulou D, Link H, Fuhrer T., Kochanowski K, Gerosa L, Sauer U. Резервная емкость потока в пентозофосфатном пути позволяет Escherichia coli быстро реагировать на окислительный стресс. Cell Syst. 2018; 6: 569–78.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 31.

    Никель П.И., Мартинес-Гарсия Э., де Лоренцо В.Биотехнологическое одомашнивание псевдомонад с использованием синтетической биологии. Nat Rev Microbiol. 2014; 12: 368–79.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 32.

    дель Кастильо Т., Рамос Дж. Л., Родригес-Эрва Дж. Дж., Фюрер Т., Зауэр Ю., Дюк Э. Конвергентные периферические пути катализируют начальный катаболизм глюкозы в Pseudomonas putida : анализ генома и потока. J Bacteriol. 2007. 189: 5142–52.

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 33.

    Сударсан С., Детлефсен С., Бланк Л.М., Симан-Херцберг М., Шмид А. Функциональная структура центрального углеродного метаболизма в Pseudomonas putida KT2440. Appl Environ Microbiol. 2014; 80: 5292–303.

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 34.

    Санчес-Паскуала А., Фернандес-Кабесон Л., де Лоренцо В., Никель П.И. Функциональная реализация линейного гликолиза для катаболизма сахара в Pseudomonas putid a.Metab Eng. 2019; 54: 200–11.

    PubMed

    Google ученый

  • 35.

    Никель П.И., Чаваррия М., Фюрер Т., Зауэр У., де Лоренцо В. Штамм Pseudomonas putida KT2440 метаболизирует глюкозу через цикл, образованный ферментами Энтнера-Дудорова, Эмбден-Мейерхоф-Парнас и пентозой. фосфатные пути. J Biol Chem. 2015; 290: 25920–32.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 36.

    Kohlstedt M, Wittmann C. Анализ метаболического потока 13 C на основе ГХ позволяет определить параллельный и циклический метаболизм глюкозы Pseudomonas putida KT2440 и Pseudomonas aeruginosa PAO1. Metab Eng. 2019; 54: 35–53.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 37.

    Кукуругья М.А., Мендонка С.М., Солхталаб М., Уилкс Р.А., Таннхаузер Т.В., Аристильде Л. Многокомпонентный анализ раскрывает сегрегированную сеть метаболических потоков, которая регулирует совместное использование сахара и ароматических углеводородов в Pseudomonas putida Pseudomonas putida .J Biol Chem. 2019; 294: 8464–79.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 38.

    Mendonca CM, Yoshitake S, Wei H, Werner A, Sasnow SS, Thannhauser TW, et al. Иерархическая маршрутизация углеродного метаболизма способствует стратегии поглощения железа в железодефицитных почвах видов Pseudomonas . Proc Natl Acad Sci USA. 2020; 117: 32358–69.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 39.

    Cabiscol E, Tamarit J, Ros J. Окислительный стресс у бактерий и повреждение белков реактивными формами кислорода. Intern Microbiol 2000; 3: 3–8.

    CAS

    Google ученый

  • 40.

    Багдасарян М., Лурц Р., Рюкерт Б., Франклин Ф.Ч., Багдасарян М.М., Фрей Дж. И др. Плазмидные клонирующие векторы специального назначения. II. Широкий диапазон хозяев, высокое число копий, векторы, производные RSF1010, и система вектор-хозяин для клонирования генов в Pseudomonas .Джин 1981; 16: 237–47.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 41.

    Sambrook J, Russell DW. Молекулярное клонирование: лабораторное руководство. 3-е изд. Колд-Спринг-Харбор: Лаборатория Колд-Спринг-Харбор; 2001.

  • 42.

    Никель П.И., Петтинари М.Дж., Рамирес М.К., Гальваньо М.А., Мендес Б.С. Escherichia coli arc A мутанты: характеристика метаболического профиля микроаэробных культур с использованием глицерина в качестве источника углерода.J Mol Microbiol Biotechnol. 2008; 15: 48–54.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 43.

    Никель П.И., Чаваррия М. Количественные физиологические подходы для понимания и оптимизации снижения доступности энергии у бактерий окружающей среды. В: Макдженити Т.Дж., Тиммис К.Н., Ногалес-Фернандес Б., редакторы. Протоколы углеводородной и липидной микробиологии — синтетическая и системная биология — инструменты. Гейдельберг, Германия: Humana Press; 2016. С. 39–70. https: // doi.org / 10.1007 / 8623_2015_84.

  • 44.

    Никель П.И., Перес-Пантоха Д., де Лоренцо В. Пиридиннуклеотидтрансгидрогеназы обеспечивают окислительно-восстановительный баланс Pseudomonas putida во время биодеградации ароматических соединений. Environ Microbiol. 2016; 18: 3565–82.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 45.

    Никель П.И., Перес-Пантоха Д., де Лоренцо В. Почему хлорированные загрязнители так трудно разлагаются аэробно? Редокс-стресс ограничивает метаболизм 1,3-дихлорпроп-1-ена Pseudomonas pavonaceae .Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2013; 368: 20120377.

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 46.

    Rühl M, Rupp B, Nöh K, Wiechert W., Sauer U, Zamboni N. Коллизионная фрагментация метаболитов центрального углерода в LC-MS / MS увеличивает точность анализа метаболического потока ³C. Biotechnol Bioeng. 2012; 109: 763–71.

    PubMed

    Google ученый

  • 47.

    Nanchen A, Fuhrer T., Sauer U.Определение соотношений метаболических потоков по 13 C-экспериментам и данным газовой хроматографии-масс-спектрометрии: протокол и принципы. Методы Мол биол. 2007; 358: 177–97.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 48.

    Wijker RS, Sessions AL, Fuhrer T, Phan M. 2 H / 1 H изменение микробных липидов контролируется метаболизмом NADPH. Proc Natl Acad Sci USA. 2019; 116: 12173–82.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 49.

    Zamboni N, Fischer E, Sauer U. FiatFlux — программа для анализа метаболического потока из экспериментов 13 C-глюкозы. BMC Bioinformatics. 2005; 6: 209.

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 50.

    Corona F, Martínez JL, Nikel PI. Глобальный регулятор Crc управляет метаболической устойчивостью, лежащей в основе устойчивости к окислительному стрессу у Pseudomonas aeruginosa . Environ Microbiol. 2019; 21: 898–912.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 51.

    Мичи К.Л., Дис Дж. Л., Флеминг Д., Мустафа Д. А., Голдберг Дж. Б., Рамбо К. П. и др. Роль Pseudomonas aeruginosa в биосинтезе глутатиона в инфекциях легких и мягких тканей. Infect Immun. 2020; 88: 00116–20.

    Google ученый

  • 52.

    Боянович К., Д’Арриго I, Лонг К.С. Глобальные транскрипционные ответы на условия осмотического, окислительного и имипенемного стресса у Pseudomonas putida .Appl Environ Microbiol. 2017; 83: e03236–16.

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 53.

    Ким Дж., Парк У. Реакция на окислительный стресс у Pseudomonas putida . Appl Microbiol Biotechnol. 2014; 98: 6933–46.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 54.

    Fuhrer T, Fischer E, Sauer U. Экспериментальная идентификация и количественная оценка метаболизма глюкозы у семи видов бактерий.J Bacteriol. 2005; 187: 1581–90.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 55.

    Чаваррия М., Никель П.И., Перес-Пантоха Д., де Лоренцо В. Путь Энтнера-Дудорова наделяет Pseudomonas putida KT2440 высокой устойчивостью к окислительному стрессу. Environ Microbiol. 2013; 15: 1772–85.

    PubMed

    Google ученый

  • 56.

    Санчес-Паскуала А, де Лоренцо V, Никель П.И.Реорганизация пути Эмбдена-Мейерхоф-Парнаса в целом портативных GlucoBricks для имплантации гликолитических модулей грамотрицательным бактериям. ACS Synth Biol. 2017; 6: 793–805.

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 57.

    Fahey RC. Аналоги глутатиона у прокариот. Biochim Biophys Acta. 2013; 1830: 3182–98.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 58.

    Никель П.И., Ким Дж., Де Лоренцо В. Метаболические и регуляторные перестройки, лежащие в основе метаболизма глицерина в Pseudomonas putida KT2440. Environ Microbiol. 2014; 16: 239–54.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 59.

    Mailloux RJ, Lemire J, Appanna VD. Метаболические сети для борьбы с окислительным стрессом у Pseudomonas fluorescens . Антони ван Левенгук. 2011; 99: 433–42.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 60.

    Дворжак П., Никель П.И., Дамборски Й., де Лоренцо В. Биовосстановление 3.0: инженерные бактерии, удаляющие загрязняющие вещества, во времена системной биологии. Biotechnol Adv. 2017; 35: 845–66.

    PubMed

    Google ученый

  • 61.

    Веймер А., Кольстедт М., Фольке Д.К., Никель П.И., Виттманн С. Промышленная биотехнология Pseudomonas putida : достижения и перспективы. Appl Microbiol Biotechnol. 2020; 104: 7745–66.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 62.

    Симидзу К., Мацуока Ю. Редокс-восстановление баланса против генетических нарушений и модуляция центрального углеродного метаболизма за счет регуляции окислительного стресса. Biotechnol Adv. 2019; 37: 107441.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 63.

    Basan M, Honda T, Christodoulou D, Hörl M, Chang YF, Leoncini E, et al. Универсальный компромисс между ростом и отставанием в меняющейся среде. Природа. 2020; 584: 470–4.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 64.

    Lempp M, Lubrano P, Bange G, Link H. Метаболизм нерастущих бактерий. Biol Chem. 2020; 401: 1479–85.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 65.

    Ankenbauer A, Schäfer RA, Viegas SC, Pobre V, Voß B, Arraiano CM, et al. Pseudomonas putida KT2440 от природы способен выдерживать стрессовые условия промышленного масштаба. Microb Biotechnol. 2020; 13: 1145–61.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 66.

    Чакраборти С., Лю Л., Фицсиммонс Л., Порволлик С., Ким Дж. С., Десаи П. и др. Гликолитическое перепрограммирование в Salmonella противодействует NOX2-опосредованной диссипации ΔpH. Nat Commun. 2020; 11: 1783.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 67.

    Готтесман С. Грядет проблема: сигнальные пути, регулирующие общие реакции бактерий на стресс. J Biol Chem. 2019; 294: 11685–700.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 68.

    MacLean A, Bley AM, Appanna VP, Appanna VD. Метаболические манипуляции со стороны Pseudomonas fluorescens : мощная уловка против окислительного и металлического стресса. J Med Microbiol. 2020; 69: 339–46.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 69.

    Ралсер М., Вамелинк М.М., Ковальд А., Гериш Б., Херен Г., Струйс Э.А. и др. Динамическое изменение маршрута потока углеводов является ключом к противодействию окислительному стрессу. J Biol. 2007; 6: 10.

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 70.

    Stincone A, Prigione A, Cramer T, Wamelink MMC, Campbell K, Cheung E, et al. Возвращение метаболизма: биохимия и физиология пентозофосфатного пути. Биол Ред. 2015; 90: 927–63.

    PubMed

    Google ученый

  • 71.

    Christodoulou D, Kuehne A, Estermann A, Fuhrer T., Lang P, Sauer U. Резервная емкость потока пентозофосфатного пути за счет связывания NADPH сохраняется во всех королевствах. iScience. 2019; 19: 1133–44.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 72.

    Chavarría M, Kleijn RJ, Sauer U, Pflüger-Grau K, de Lorenzo V. Задачи регулирования фосфоенолпируват-фосфотрансферазной системы Pseudomonas putida в метаболизме центрального углерода. mBio. 2012; 3: e00028–12.

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 73.

    Bignucolo A, Appanna VP, Thomas SC, Auger C, Han S, Omri A, et al.Стресс перекиси водорода вызывает перепрограммирование метаболизма в Pseudomonas fluorescens : усиленное производство пирувата. J Biotechnol. 2013; 167: 309–15.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 74.

    Чжоу Х., Ван М., Смолли Н.Е., Костылев М., Шефер А.Л., Гринберг Е.П. и др. Модуляция восприятия кворума Pseudomonas aeruginosa глутатионом. J Bacteriol. 2019; 201: e00685–18.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 75.

    Wongsaroj L, Saninjuk K, Romsang A, Duang-Nkern J, Trinachartvanit W, Vattanaviboon P, et al. P seudomonas aeruginosa Гены биосинтеза глутатиона играют множество ролей в защите от стресса, бактериальной вирулентности и формировании биопленок. PLoS One. 2018; 13: e0205815.

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 76.

    Lemire J, Alhasawi A, Appanna VP, Tharmalingam S, Appanna VD. Метаболическая защита от окислительного стресса: путь малоизвестный.J Appl Microbiol. 2017; 123: 798–809.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 77.

    Staerck C, Gastebois A, Vandeputte P, Calenda A, Larcher G, Gillmann L, et al. Ферменты микробной антиоксидантной защиты. Micro Pathog. 2017; 110: 56–65.

    CAS

    Google ученый

  • 78.

    Хисинума С., Юки М., Фудзимура М., Фукумори Ф. OxyR регулировал экспрессию двух основных каталаз, KatA и KatB, вместе с пероксиредоксином, AhpC в Pseudomonas putida .Environ Microbiol. 2006; 8: 2115–24.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 79.

    Хайм С., Феррер М., Хойер Х, Регенхардт Д., Нимц М., Тиммис К.Н. Справочная карта протеома штамма Pseudomonas putida KT2440 для профилирования экспрессии генома: различные ответы штамма PAO1 KT2440 и Pseudomonas aeruginosa на депривацию железа и новую форму супероксиддисмутазы. Environ Microbiol. 2003. 5: 1257–69.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 80.

    Йом Дж., Чон СО, Мэдсен Э.Л., Парк У. Взаимодействие ферредоксин-НАДФ + редуктаз in vitro и in vivo в Pseudomonas putida . J Biochem. 2009; 145: 481–91.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 81.

    Никель П.И., Чаварриа М., Мартинес-Гарсия Э., Тейлор А.С., де Лоренцо В. Накопление неорганического полифосфата обеспечивает стрессоустойчивость и каталитическую активность в Pseudomonas putida KT2440.Факт о микробной клетке. 2013; 12:50.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 82.

    Ralser M, Wamelink MMC, Latkolik S, Jansen EEW, Lehrach H, Jakobs C. Метаболическая реконфигурация предшествует регуляции транскрипции в антиоксидантной реакции. Nat Biotechnol. 2009. 27: 604–5.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 83.

    Wu X, Monchy S, Taghavi S, Zhu W, Ramos JL, van der Lelie D.Сравнительная геномика и функциональный анализ ниш-специфической адаптации у Pseudomonas putida . FEMS Microbiol Rev.2011; 35: 299–323.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 84.

    Svenningsen NB, Pérez-Pantoja D, Nikel PI, Nicolaisen MH, de Lorenzo V, Nybroe O. Pseudomonas putida mt-2 толерантны к реактивным формам кислорода, образующимся во время матричного стресса, вызывая большую реакцию окислительной защиты. BMC Microbiol.2015; 15: 202.

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 85.

    Ramos JL, Sol Cuenca M, Molina-Santiago C, Segura A, Duque E, Gómez-García MR, et al. Механизмы устойчивости к растворителям, опосредованные взаимодействием клеточных факторов у Pseudomonas putida . FEMS Microbiol Rev.2015; 39: 555–66.

    PubMed

    Google ученый

  • 86.

    Кивисаар М. Механизмы стационарного мутагенеза у бактерий: мутационные процессы у псевдомонад.FEMS Microbiol Lett. 2010; 312: 1–14.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 87.

    Слэйд Д., Радман М. Устойчивость к окислительному стрессу у Deinococcus radiodurans . Microbiol Mol Biol Rev.2011; 75: 133–91.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 88.

    Кастро-Альферес М., Поло-Лопес М.И., Фернандес-Ибаньес П. Внутриклеточные механизмы обеззараживания солнечной воды.Научный доклад 2016; 6: 38145.

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 89.

    Марсен М., Руис В., Серрано М.Дж., Кондон С., Маньяс П. Окислительный стресс в клетках E. coli после термической обработки. Int J Food Microbiol. 2017; 241: 198–205.

    PubMed

    Google ученый

  • 90.

    Imlay JA. Где в мире бактерии испытывают окислительный стресс? Environ Microbiol.2019; 21: 521–30.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 91.

    Дуайер Д. Д., Беленький П. А., Ян Дж. Х., Макдональд И. К., Мартелл Д. Д., Такахаши Н. и др. Антибиотики вызывают связанные с окислительно-восстановительным процессом физиологические изменения как часть их летальности. Proc Natl Acad Sci USA. 2014; 111: E2100–9.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 92.

    де Лоренцо В., Марлиер П., Соле Р. Биовосстановление в глобальном масштабе: от пробирки до планеты Земля.Micro Biotechnol. 2016; 9: 618–25.

    Google ученый

  • Детерминанты устойчивости к антибиотикам в штамме Pseudomonas putida, выделенном из больницы

    Abstract

    Микробы окружающей среды содержат огромный пул генов устойчивости к антибиотикам и биоцидам, которые могут влиять на профили устойчивости патогенов животных и человека посредством горизонтального переноса генов. Штаммы Pseudomonas putida повсеместно распространены в почве и воде, но редко выделяются от человека.Мы создали коллекцию из штаммов P. putida , выделенных у стационарных пациентов в различных больницах Франции. Один из выделенных штаммов (HB3267) убивает насекомых и устойчив к большинству антибиотиков, используемых в лабораториях и больницах, включая аминогликозиды, бета-лактамы, катионные пептиды, хромопротеиновые антибиотики, ингибиторы дигидрофолатредуктазы, фторхинолоны и хинолоны, гликопептидные антибиотики. макролиды, поликетиды и сульфаниламиды. Как и другие P.putida штамм был чувствителен к амикацину. Чтобы пролить свет на широкую картину устойчивости к антибиотикам, которая редко встречается у клинических изолятов этого вида, геном этого штамма был секвенирован и проанализирован. Исследование показало, что детерминанты множественной устойчивости как хромосомные, так и локализованные на плазмиде pPC9. Дальнейший анализ показал, что pPC9 рекрутировал гены устойчивости к антибиотикам и биоцидам от микроорганизмов окружающей среды, а также от условно-патогенных микроорганизмов и настоящих патогенов человека.Плазмида pPC9 не является самотрансмиссивной, но может быть мобилизована другими бактериальными плазмидами, что делает ее способной распространять детерминанты устойчивости к антибиотикам новым хозяевам.

    Образец цитирования: Molina L, Udaondo Z, Duque E, Fernández M, Molina-Santiago C, Roca A, et al. (2014) Детерминанты устойчивости к антибиотикам в штамме Pseudomonas putida , выделенном из больницы. PLoS ONE 9 (1):
    e81604.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0081604

    Редактор: Джейкоб Гай Банди, Имперский колледж Лондона, Соединенное Королевство

    Поступило: 28 апреля 2013 г .; Одобрена: 15 октября 2013 г .; Опубликовано: 17 января 2014 г.

    Авторские права: © 2014 Molina et al.Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

    Финансирование: Средства были получены от ERANET BIO2008-04419-E и BIO2010-17227. Финансирующие организации не играли никакой роли в дизайне исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи.

    Конкурирующие интересы: У авторов следующие интересы: Один из соавторов, Dr.Матильда Фернандес связана с Bio-Iliberis R&D, дочерней компанией CSIC. Это не влияет на соблюдение авторами всех политик PLOS ONE в отношении обмена данными и материалами.

    Введение

    Вспышки болезней человека растут угрожающими темпами. Один из самых недавних и серьезных случаев заболевания произошел в Германии, связанный с продуцирующим Stx2a штаммом Escherichia coli (STEC) серотипа O104: h5, который вызвал более 4000 случаев заболевания и 50 смертей.Этот штамм проявлял устойчивость к многочисленным антибиотикам, что затрудняло его искоренение [1]. Горизонтальный перенос генов был предложен как наиболее вероятное генетическое событие для распространения фенотипов множественной лекарственной устойчивости у патогенов [2]; тем не менее, вопрос, на который еще предстоит ответить, — «Каково происхождение этих приобретенных детерминант устойчивости к антибиотикам?»

    Штаммы Pseudomonas putida обычно встречаются в почве и воде, и представители этого вида обладают широкой метаболической универсальностью, что позволяет им адаптироваться к различным средам обитания и питательной среде [3], [4], [5], [6] .Штаммы этого вида иногда выделяли от пациентов в больницах Японии, США, Италии и Франции. Сообщалось, что заражение этими микроорганизмами связано с введением катетеров или дренажных трубок [7], [8]. Госпитальные изоляты P. putida часто устойчивы к β-лактамам [9], [10], [11], и например, Yomoda et al. [11] сообщил, что из 32 штаммов P. putida , выделенных в больницах Японии, двадцать два несли плазмиды, переносимые на P.aeruginosa путем конъюгации или трансформации. Это же исследование также показало, что ряд плазмид из этих клинических изолятов ответственен за устойчивость к аминогликозидам. Помимо того факта, что условно-патогенные микробы могут стать «специализированными» патогенами, способными атаковать наиболее уязвимых пациентов с ослабленным иммунитетом [11], [12]; Возможность передачи детерминант устойчивости к антибиотикам от непатогенных видов к патогенам в условиях больниц вызывает серьезную озабоченность [11], [12].

    Больница Безансона во Франции создала коллекцию из изолятов P. putida от стационарных пациентов, и в согласии с фон Гринцем и Вайнштейном [7] было обнаружено, что эти штаммы имеют низкий патогенный потенциал по сравнению с P. aeruginosa PAO1 с использованием анализов вирулентности на модели насекомых (наши неопубликованные результаты). Мы проанализировали 15 из этих изолятов и обнаружили, что один из них, P. putida HB3267 (Hospital of Bensançon 3267), был способен убивать насекомых и проявлял устойчивость к большому количеству антибиотиков.Чтобы пролить свет на необычную картину устойчивости штамма HB3267 к антибиотикам, мы секвенировали и проанализировали геном. Анализ показал, что ряд генов, участвующих в фенотипах множественной лекарственной устойчивости, локализован в несамотрансмиссивной плазмиде, которая, как было показано, является эффективным средством распространения устойчивости к антибиотикам между различными штаммами Pseudomonas .

    Материалы и методы

    Анализ ДНК и идентификация штамма HB3267

    Амплификацию 16S рДНК с использованием хромосомной ДНК HB3267 проводили с праймерами F8 и R798 и полной последовательностью гена по сравнению с последовательностями 16S рДНК в базах данных [13].Аранда-Ольмедо и др. [14] показали, что штаммов P. putida характеризуются наличием высококонсервативной 35-мерной последовательности REP. Праймер на основе последовательности REP KT2440 использовали для амплификации ДНК HB3267. Были включены положительный ( P. putida KT2442, [15]) и отрицательный ( Escherichia coli ) контроль ДНК. Метод REPc позволяет идентифицировать штаммов P. putida [14], поскольку этот праймер амплифицирует только ДНК этого вида, производя продукты разного размера для каждого штамма.Для мультилокусного типирования последовательностей (MLST) мы использовали набор праймеров для амплификации сигма-фактора РНК-полимеразы rpoD , субъединицы B ДНК-гиразы gyrB , N- (5′-фосфорибозил) антранилат-изомеразы trpF, 6 -фосфоратоглюконат 9027 edd и рекомбиназы A recA [16], [17]. Были получены полные генные последовательности, транслировались в белковые последовательности и сравнивались, как описано [17].

    Антибиотики

    Для этих анализов использовался 31 различный антибиотик (коммерческий диск Biomerieux).Ночные культуры HB3267 распределяли на LB-планшетах 240 × 240 мм, сушили на воздухе в ламинарном потоке, а затем на LB-планшеты помещали диски, содержащие антибиотики. Планшеты инкубировали при 30 ° C в течение 16 часов. Ореолы, окружающие диски, измеряли как показатель подавления роста. Этот анализ повторяли не менее трех раз в двух экземплярах.

    Анализ минимальной ингибирующей концентрации (МИК)

    Эти анализы проводили в 96-луночных планшетах, используя среду LB и следующие исходные растворы антибиотиков: тетрациклин (Tc), 10 мг / мл; канамицин (Km), 25 мг / мл; гентамицин (Gm), 100 мг / мл; налидиксовая кислота (Nal), 10 мг / мл; спектиномицин (Sp), 100 мг / мл; рифампицин (Риф), 10 мг / мл; хлорамфеникол (Cm), 30 мг / мл, ампициллин (Ap), 100 мг / мл, норфлоксацин (Nor), 20 мг / мл и цефтриаксон (Cro), 25 мл.Готовили серийные 10-кратные разведения исходных растворов антибиотиков и 10 мкл каждого из этих разведений добавляли к 190 мкл LB, минимальной среды M9 и среды бульона Мюллера-Хинтона. Оптически стандартизованные 18-часовые культуры (10 мкл) штаммов P. putida использовали в качестве инокулята. 96-луночные планшеты инкубировали при 30 ° C и 200 об / мин в течение ночи и измеряли мутность культуры как показатель роста. Величина МИК была установлена ​​как самая низкая концентрация, при которой антибиотик подавляет рост> 90% [18].Анализы повторяли трижды в двух экземплярах.

    Тестирование чувствительности биопленок

    Анализы биопленки выполняли в 96-луночных планшетах для микротитрования из полистирола с плоским дном. Аликвота бактериальной суспензии объемом 100 мкл, содержащая 10 5 КОЕ / мл, добавляли в каждую лунку и инкубировали в течение 5–6 ч при 30 ° C. Впоследствии жидкая культуральная среда была удалена; лунки планшетов дважды промывали для удаления всех планктонных клеток и, наконец, добавляли серийно разведенные антибиотики в среде LB.Эти планшеты инкубировали в течение ночи при 30 ° C, и после удаления планктонных клеток, как указано выше, добавляли 100 мкл LB и клетки биопленки высвобождали с помощью обработки ультразвуком низкой интенсивности в течение 5 минут (ультразвуковой ультразвуковой прибор Branson 1510). Минимальная концентрация уничтожения биопленки (MBEC) была определена как минимальная концентрация антибиотика, необходимая для уничтожения биопленки [19].

    Эксперименты по конъюгации

    Pseudomonas putida KT2440 (Tel), устойчивый к теллуриту штамм и P.putida HB3267 выращивали в течение ночи на среде LB.

    Для спаривания с двумя родителями смешивали 1 мл культур с мутностью около 1 при 660 нм, собирали центрифугированием, растворяли с LB и ресуспендировали в 50 мкл LB, которые помещали на диски нитроцеллюлозного фильтра, помещенные на планшеты LB. После инкубации в течение ночи трансконъюганты отбирали на среде LB, содержащей Tel, Sm и Tc. Для экспериментов по спариванию трех родителей использовали рецепторные и донорные штаммы, как описано ранее, но плазмиды pWW0 [20] и pRK600 использовали в качестве вспомогательных плазмид.

    Секвенирование

    Геномная ДНК, содержащая как хромосому, так и плазмиду pPC9, была очищена из штамма P. putida HB3267 с использованием набора для очистки геномной ДНК Wizard® и секвенирована с использованием технологии 454 от Macrogen (Сеул, Корея) и собрана в 278 контигов, обеспечивая 25-кратное покрытие. Эти контиги были упорядочены путем сравнения (BLASTN) с геномными последовательностями из других P. putida , доступных в базе данных (KT2440, NC_002947.3; F1, CP000712.1; GB-1, CP000926.1; W619, CP000949.1; BIRD1, CP002290.1), а также с близким родственником Pseudomonas entomophila L48 (NC_008027.1). Геномные промежутки закрывали путем конструирования праймеров на концах контигов с последующей ПЦР и дальнейшим секвенированием последовательностей соединений. Геномная ДНК была автоматически аннотирована с использованием программного конвейера на основе Glimmer 3.0 [21] для предсказания генов и BLAST и RPSBLAST для функционального назначения ORF на основе сходства последовательностей с последовательностями, депонированными в NR, Swissprot, COG, Pfam, Smart и Prk. базы данных [22] Наконец, вручную были добавлены автоматические аннотации.Последовательности хромосом и плазмид доступны через Genbank под номерами доступа CP003738 и CP003739 соответственно.

    Результаты и обсуждение

    Идентификация штамма HB3267

    Коллекция из штаммов Pseudomonas putida , выделенных от человека, была создана в лаборатории бактериологии университетской больницы Безансона (Франция). Среди них только один штамм, названный HB3267, который был изолирован от стационарного пациента, умершего по неизвестным причинам, был способен убивать насекомых (Porcel, M.and Duque, E., в стадии подготовки). Поскольку штаммы P. putida редко выделяются от людей, была проведена серия молекулярных анализов, чтобы однозначно отнести этот штамм к виду putida . Аранда-Ольмедо и др. [14] показали, что консервативная повторяющаяся экстрагенная палиндромная последовательность (REP) длиной 35 п.н. специфически связана со штаммами P. putida . ПЦР-анализ проводили с использованием хромосомной ДНК HB3267 в качестве матрицы и праймера на основе ранее определенной последовательности REP [14]; и был получен положительный ампликон.Такой же анализ был проведен с KT2440 в качестве положительного контроля и E. coli в качестве отрицательного контроля с ожидаемыми результатами. Присутствие последовательности REP в геноме штамма HB3267 позволяет предположить, что исходное отнесение этого штамма к виду P. putida на основе классификации API было правильным. Для дальнейшего подтверждения этого результата была проведена амплификация рДНК 16S и был получен весь ген, кодирующий последовательность 16S. Сравнение последовательностей подтвердило, что все ближайшие генетические гомологи HB3267 16S принадлежат к P.putida видов. Чтобы установить взаимосвязь с другими штаммами P. putida , были проведены анализы множественного типирования последовательностей (анализы MLST) с использованием генов домашнего хозяйства: rpoD, gyrB, trpF, edd и recA ; эти анализы подтвердили, что генные продукты HB3267 проявляют наивысшую идентичность с генными продуктами нескольких штаммов P. putida . Филогенетически штамм HB3267 был наиболее близок к P. putida S16, разрушителю никотина, выделенному с поля при непрерывном выращивании табака [23], [24] (Рисунок S1).

    Профиль устойчивости к антибиотикам штамма P. putida HB3267

    Отличительной особенностью штамма HB3267 была его очевидная множественная лекарственная устойчивость по сравнению с другим штаммом P. putida из той же больничной коллекции. Анализы дискового ингибирования и МИК проводились с наиболее часто используемыми лабораторными / клиническими антибиотиками для получения количественных данных; для сравнения мы использовали P. putida KT2440R, хорошо охарактеризованный штамм, в качестве контроля (таблица 1). Анализы антибиотиков показали, что P.putida HB3267 был устойчив к большинству из 31 антибиотика, протестированного в этом исследовании (Таблица 1). Исключением были аминогликозид амикацин, а также рифампицин и нитрофурантоин. Замечательным открытием было то, что HB3267 был устойчив ко всем протестированным фторхинолонам (ципрофлоксацин, норфлоксацин, пефлоксацин и офлоксацин), тогда как KT2440R показал высокую чувствительность к этим антибиотикам. То же самое относится к большинству протестированных аминогликозидных антибиотиков (гентамицин, канамицин, неомицин, стрептомицин и нетилмицин), за исключением упомянутого амикацина.. Два штамма также различались по своей устойчивости к полимиксину B, колистину, цефотаксиму, амоксициллину, имипенему, цефалоспорину и цефтазидиму, поскольку HB3267 был устойчив ко всем из них, тогда как KT2440 был чувствительным. Анализы MIC выявили, что HB3267 обладал высокой устойчивостью к аминогликозидным антибиотикам, таким как гентамицин, канамицин и спектиномицин, будучи, в зависимости от используемой среды, по меньшей мере в 220, 75 и 333 раза более устойчивым, чем KT2440R, соответственно. Штамм HB3267 также был намного более устойчивым к поликетидным антибиотикам, таким как тетрациклин (23.в несколько раз более устойчивы), хинолоновые антибиотики, такие как налидиксовая кислота (в 67 раз), β-лактамы, такие как ампициллин (в 30 раз), и бактериостатические антибиотики, такие как хлорамфеникол (в 3 раза). Pseudomonas putida KT2440R — спонтанный мутант, полученный при воздействии рифампицина [25], что объясняет, почему концентрация МИК для этого антибиотика была в 32 раза выше для KT2440R, чем для HB3267 (Таблица 2). По сравнению с другими клиническими изолятами псевдомонад штамм HB3267 был более устойчивым (с точки зрения диапазона антибиотиков и МПК), чем P.aeruginosa PAO1. Например, HB3267 был в 5000 раз более устойчив к гентамицину, чем P. aeruginosa PAO1 [26].

    Horii et al. [27] проанализировал чувствительность пяти клинических изолятов P. putida (от пациентов с острыми, повторяющимися или хроническими инфекциями мочевыводящих путей) к фторхинолонам. Подобно HB3267, четыре из пяти изолятов были устойчивы к фторхинолонам, но в отличие от HB3267 все изоляты были чувствительны к аминогликозидам.Анализы MIC показали, что устойчивость HB3267 находится в том же диапазоне, что и у описанных клинических изолятов P. putida , и по крайней мере в 22 раза выше, чем у KT2440 [27]. Treviño et al. [28] также изолировал два штамма P. putida от пациентов с ослабленным иммунитетом. Эти два штамма, как и пять изолятов Horii et al. [27] и штамм HB3267, который мы здесь описываем, чувствительны к амикацину; Эти результаты показывают, что этот антибиотик можно использовать для лечения P.putida штаммов. Описана устойчивость клинических изолятов P. putida к β-лактамам [26], [27], [28], [29], аминогликозидам [26], [27], [30] и фторхинолонам [26]. , [27], [31], [32]; однако следует отметить, что минимальные ингибирующие концентрации, обнаруженные для HB3267, намного выше, чем сообщалось для других клинических изолятов. HB3267 — единственный клинический изолят P. putida , устойчивый к тетрациклину. Штамм HB3267 также является единственным штаммом P.putida , клинический изолят, устойчивый к биоциду сульфонамиду, триметоприму / сульфаметоксазолу и колистину, что часто ассоциируется с P. aeruginosa [33], [34], [35].

    Известно, что штаммов P. putida способны образовывать биопленки на биотических и абиотических поверхностях [25], [36]. Бактериальные клетки в биопленках часто более устойчивы к антибиотикам, чем планктонные клетки. Мы использовали подход О’Тула и Колтера для получения биопленок из P.putida HB3267, которые были плоскими и плотными и подобны тем, которые продуцируются штаммом KT2440 [36]. Затем мы определили минимальную концентрацию уничтожения биопленки (MBEC), как описано Ceri et al. [19]. Мы обнаружили, что оба штамма, KT2440 и HB3267, были гораздо более устойчивыми, образуя биопленки, чем живущие в виде планктонных клеток, но большинство протестированных антибиотиков, таких как гентамицин, ампициллин, тетрациклин, канамицин, налидиксовая кислота, спектиномицин и хлорамфеникол, были способны уничтожать при высоких концентрациях биопленки KT2440 были неспособны уничтожить те, которые образованы HB3267.Эффективные антибиотики (рифампицин, фтороантимицин, амикацин, цефтриаксон и норфлоксацин требовались в концентрациях от 3 до 40 раз выше, чем те, которые необходимы для подавления роста планктонных клеток более чем на 90% (таблица 2).

    Понимание устойчивости к антибиотикам с помощью полногеномного секвенирования HB3267

    Общий размер генома штамма P. putida HB3267 составляет 51 п.н. с содержанием G + C 63,61%, что аналогично опубликованным геномам других P.putida штаммов. Геном HB3267 включает хромосому размером 5829171 п.н. (банк генов CP003738) и плазмиду размером 80360 п.о., названную pPC9 (банк генов CP003739). Геном HB3267 содержит 5261 ORF, из которых 5196 кодируют белки. Другие ORF кодируют 61 тРНК, 4 5S рРНК, 4 16S рРНК и 4 23S рРНК. Все основные условные гены, идентифицированные в KT2440 [4], [37], присутствуют в геноме HB3267, и функции были приписаны почти 75% от общего числа генов, кодирующих белки.

    Анализ последовательности плазмиды pPC9 показал, что эта плазмида имеет модульную структуру с 90 открытыми рамками считывания (ORF), которые распределены по нескольким доменам (рис. 1).Каркас pPC9 (38 т.п.н.) в основном содержит гены для функций, связанных с плазмидой, таких как функции, необходимые для репликации и разделения [38]. (Рисунок 1), и он демонстрирует высокое сходство с основной цепью pCT14 из Pseudomonas sp. CT14, штамм, выделенный из активированного ила сточных вод, в то время как область «вставки» состоит из нескольких транспозоноподобных элементов, несущих гены, связанные с транспозицией и устойчивостью к нескольким антибиотикам (рис. 2).

    Рисунок 1. Карта pPC9.

    Генетическая организация pPC9, белый цвет, гены, образующие основу pPC9, серый ген из вставки с гомологией с генами, относящимися к транспозиции, черный ген из вставки с функцией устойчивости к антибиотикам.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0081604.g001

    Рис. 2. Генетическая организация «вставки» pPC9.

    Черные стрелки представляют гены, функции которых связаны с устойчивостью к антибиотикам. Серым цветом показаны гены, функции которых связаны с механизмами транспозиции и вставки. Неокрашенные гены — это те, которые кодируют гипотетические белки, с неизвестной функцией или с функциями, не связанными с устойчивостью к антибиотикам, транспонированием или интеграцией.Горизонтальные линии над генами представляют гомологию ДНК с различными микроорганизмами, а проценты указывают на степень гомологии.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0081604.g002

    Костяк pPC9 (Рисунок 1) несет только два предполагаемых гена конъюгации ( traJ, I ), в которых отсутствует большинство генов, которые могли бы быть необходимо для самомобилизации. Это согласуется с тем, что в экспериментах по конъюгации с двумя родителями эта плазмида не могла быть перенесена с HB3267 на другой P.putida штаммов. Эксперименты по тройному спариванию с использованием плазмиды Escherichia coli pRK600 или плазмиды P. putida pWW0 в качестве помощника также показали неспособность pPC9 переноситься на штаммы P. putida . Однако в экспериментах с pWW0 были обнаружены события рекомбинации между pPC9 и pWW0; с трансконъюгантами, несущими плазмиду, которая придает способность расти на толуоле из pWW0 и устойчивость к стрептомицину и тетрациклину из pPC9. Это событие произошло в количестве 10 -4 трансконъюгантов на донора.Этот результат подтверждает предположение, сделанное Yomoda et al. [11], что наличие у стационарных пациентов видов-резидентов P. putida может способствовать распространению генов лекарственной устойчивости посредством горизонтального переноса генов.

    «Вставка» плазмиды pPC9 представляет собой мозаику рекрутированных ДНК из различных микроорганизмов. Детерминанты pPC9 устойчивости к антибиотикам сгруппированы в трех субрегионах, как показано на фиг. 2, в окружении генов, связанных с транспозицией и / или интеграцией.Потенциальным источником этой ДНК были близкородственные штаммы Pseudomonas , такие как нечеловеческий патоген Pseudomonas sp. ND6, выделенный из промышленных сточных вод [39]; Pseudomonas syringae pv. actinidiae , который является возбудителем бактериального рака киви с зеленой мякотью [40]; и P. fluorescens HK44, который колонизирует корни растений и разлагает фенольные соединения [41]. Внутри этой «вставной» области фрагменты ДНК также могли быть получены от условно-патогенных микроорганизмов человека или патогенов, таких как P.aeruginosa, Aeromonas hydrophila, Acinetobacter baumannii, Corynebacterium resistens и Enterobacteriaceae ( Klebsiella pneumoniae , Salmonella enterica ) (рис. 2). Эта мозаика предполагает, что HB3267 мог быть резидентом различных сред, таких как вода, почва, ризосферы растений и человеческое тело, или что он обменивался ДНК с этими потенциальными микроорганизмами в разных средах обитания.

    Детерминанты устойчивости к антибиотикам, кодируемые только на хромосоме HB3267

    Хинолоны и фторхинолоны.

    Хинолоны и фторхинолоны являются химиотерапевтическими бактерицидными препаратами, уничтожающими бактерии, препятствуя репликации ДНК. Хинолоны проникают в клетки через порины, и их мишенями являются гиразы ДНК и топоизомеразы [42]. Точечные мутации в gyrA и gyrB (субъединицы ДНК-гиразы) и parC и parE (субъединицы топоизомеразы IV) связаны с устойчивостью к фторхинолоновым антибиотикам [43]. В штамме HB3267 GyrA показал серию аминокислотных замен по отношению к белку GyrA фторхинолон-чувствительных штаммов; HB3267 показывает мутацию Thr83Iso в GyrA, которая, как известно, приводит к устойчивости к фторхинолонам у других клинических изолятов P.putida как штамм HU2001-412 [27], который присутствует также в P. aeruginosa LESB58; Единственным уникальным отличием в случае HB3267 было изменение Val на Gly в остатке 894 (фигура S2A). В случае GyrB полиморфизмом, уникальным для HB3267 и устойчивого штамма HU2001-412, был Glu468Asp, также известный как ведущий резистентность к фторогинолону [27] (рисунок S2B). Для ParC замена Ser87Leu присутствовала в HB3267 и P. aeruginosa PA7; однако для другой субъединицы топоизомеразы IV, ParE, замены не обнаружено.Уникальный полиморфизм в GyrA и / или GyrB и / или ParC может быть ответственным за устойчивость HB3267 к этим антибиотикам, но эта гипотеза требует дальнейшего тестирования с использованием сайт-специфичных мутантов и экспериментов по комплементации генов.

    Катионные противомикробные пептиды.

    Штамм HB3267 более устойчив к полимиксину B, чем KT2440R (таблицы 1 и 2) и другие штаммы [44]. ЛПС — один из поверхностных элементов, влияющих на устойчивость P. aeruginosa к катионным пептидам [45].Vaara (1993) описал, что продукт гена firA, участвующий в биосинтезе липида A, имеет отношение к устойчивости E. coli и S. typhimurium к полимиксину B [46]. Штамм HB3267 содержит две копии этого гена, кодирующего UDP-3-O-3-гидроксимиристоилглюкозамин N-ацилтрансферазу, который на 70% идентичен FirA Klebsiella pneumoniae. Более высокое число копий firA может объяснить более высокую устойчивость штамма HB3267 к полимиксину B, чем у других штаммов P. putida.

    Детерминанты устойчивости к антибиотикам, кодируемые на хромосоме HB3267 и его резидентной плазмиде pPC9.

    Аминогликозиды.

    Аминогликозиды связываются с A-сайтом 30S субъединицы бактериальных рибосом, нарушая удлинение пептидной цепи. Wei et al. (2011) продемонстрировали с использованием данных, полученных из феномена, транскриптомики и протеомного анализа, что устойчивость к аминогликозидам в штамме P. aeruginosa PAO1 является многофакторной, включая наличие мутаций в хромосомных генах, таких как phoP и phoQ, а также в гене mexZ, кодирующем репрессор генов mexXY, кодирующих эффлюксную помпу [47].Когда все последовательности phoQ из штаммов Pseudomonas, чувствительных к аминогликозидам, сравнивали с устойчивым штаммом HB3267, полиморфизм Gly365Arg был исключительным для HB3267 (рисунок S2C). В случае PhoP, изменения Ser21Gly (за исключением P. putida S16 и P. entomophila L48) и Arg204His (за исключением P. putida S16) были обнаружены, но ни одно из них не было за исключением HB3267. В хромосоме HB3267 не было явного гомолога mexZ.

    Чувствительность

    HB3267 и устойчивость KT2440 к амикацину можно объяснить многофакторными различиями в экспрессии хромосомных генов, участвующих в проницаемости клеток, синтезе ЛПС, оттоковых насосах и химической модификации [48].Vaziri et al. (2011) описал существование ферментов, модифицирующих аминогликозиды, которые кодируются плазмидами, как первичный механизм устойчивости, используемый P. aeruginosa против этих антибиотиков [49]. Плазмида pPC9 несет гены, которые кодируют 6 ферментов, модифицирующих аминогликозиды, которых нет в геноме штаммов P putida , чувствительных к аминогликозидам. Следовательно, эти аминогликозидазы, вероятно, вносят вклад в фенотип устойчивости HB3267.Одна из этих аминогликозидаз была на 100% идентична продукту гена aadB из P. aeruginosa (фигура 2, субъединица 1). Этот белок обладает активностью 2 ″ -аминогликозид нуклеотидилтрансферазы и, как предполагается, отвечает за устойчивость бактерий к аминогликозидам дибекацину, гентамицину, канамицину, сизомицину и тобрамицину [50]. Другой белок был на 100% идентичен StrA из Salmonella enterica , который обладает активностью аминогликозид-3′-фосфотрансферазы, а третий белок был на 100% идентичен StrB из Acinetobacter baumannii , который обладает активностью аминогликозид 6′-фосфотрансферазы (Фиг.2, субъединица 2 ).Оба эти белка традиционно ассоциировались с устойчивостью к аминогликозиду стрептомицину [51]. Мы также обнаружили ген, который кодирует белок, который на 100% идентичен AphA1-IAB (фигура 2 субъединица 2) из ​​ Corynebacterium striatum , который представляет собой аминогликозид-3′-фосфотрансферазу, участвующую в инактивации аминогликозидных антибиотиков, таких как канамицин, неомицин, неамин и рибостамицин [52]. Также присутствует другой ген, кодирующий белок с 99% идентичностью с продуктом гена aadA1 из Escherichia coli (фиг. 2, субъединица 3).AadA1 представляет собой аминогликозид-3′-аденилилтрансферазу, которая придает устойчивость к стрептомицину и спектиномицину [53]. Наконец, существует также ген, кодирующий белок, который на 98% идентичен Aac6 из Enterobacter cloacae , аминогликозид фосфотрансферазы, придающей устойчивость к нетилмицину и тобрамицину [54]. Таким образом, очевидно, что плазмида pPC9 задействовала ряд ферментов, модифицирующих аминогликозиды, различного происхождения.

    Тетрациклины.

    Тетрациклины связываются с 30S субъединицей микробных рибосом.Они подавляют синтез белка, блокируя прикрепление заряженных аминоацил-тРНК к сайту А на рибосоме. Таким образом, они предотвращают введение новых аминокислот в растущую пептидную цепь [55]. Было описано несколько механизмов, с помощью которых бактерии приобретают устойчивость к тетрациклину, а именно, экструзия тетрациклина с помощью насосов оттока, изменения рибосомных белков, так что тетрациклин больше не связывается, и химическая инактивация тетрациклинов. Отток тетрациклина является наиболее эффективным механизмом устойчивости к этому антибиотику для грамотрицательных бактерий [56].Устойчивость P. putida KT2440 к тетрациклину связана с оттоком RND TtgABC [57]. Насос TtgABC также отвечает за устойчивость к широкому спектру антибиотиков, таких как β-лактамы, налидиксовая кислота и хлорамфеникол [57], [58]. Гены, кодирующие помпу TtgABC, расположены на хромосоме HB3267. Вторичная роль в устойчивости к тетрациклину была отведена оттоку TtgGHI, который расположен на плазмиде pGRT1 у P. putida DOT-T1E [59], хотя первичная роль этого насоса у P.putida DOT-T1E, по-видимому, является экструзией из растворителя [58], [59], [60]. Гены ttgGHI присутствуют в хромосоме HB3267, а оперон расположен на геномном острове размером 44 Кб (рис. 3), не имеющем гомологии с хромосомными последовательностями других штаммов P. putida или с остальной плазмидой pGRT1 [60]. Общее содержание G + C на этом острове составляет 55%, что ниже, чем у остальной хромосомы. Ген, кодирующий репрессор этого оперона ttgGHI, белок TtgV, на 89% идентичен таковому у DOT-T1E.

    Рис. 3. Расположение насосов оттока антибиотика и растворителя ttgGHI внутри геномного островка в хромосоме штамма HB3267.

    гены оттока ttgGHI показаны черным; гены, участвующие в событиях транспозиции, выделены светло-серым цветом; оперон cbz , который участвует в разложении хлорбензола, выделен средним серым цветом. Вертикальные линии указывают точку вставки; стрелки над последовательностью указывают на инвертированные повторяющиеся последовательности транспозона, подобного Tn552 , которые находятся внутри хелатазы магния.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0081604.g003

    Следует отметить, что плазмида pPC9 также кодирует другой отток тетрациклинового насоса типа TetA, который на 100% идентичен Acinetobacter baumannii Tn1721 -подобный транспозон (фиг. 2 субъединица 2) [61]. Этот ген отсутствует в геноме KT2440R; наличие нескольких насосов для оттока тетрациклина подтверждает данные, которые показывают, что HB3267 проявляет более высокие уровни устойчивости к тетрациклину, чем другие штаммы.

    β-лактамы.

    Оттокные насосы RND и β-лактамазы являются ключевыми игроками в устойчивости псевдомонад к β-лактамным антибиотикам. Хромосома HB3267 несет 10 генов β-лактамаз, которые также присутствуют в KT2440, что объясняет устойчивость обоих штаммов к антибиотикам на основе пенициллина, таким как ампициллин, карбенициллин, тикарциллин и пиперациллин, и цефалоспорин цефтриаксону. Ливермор предположил, что фенотип устойчивости к цефалоспорину цефотаксиму и цефтазидиму некоторых клинических изолятов Pseudomonas был опосредован действием хромосомного гена ampC, который кодирует β-лактамазу [62].Этот ген присутствует в KT2440, который чувствителен к этим антибиотикам. Два однонуклеотидных полиморфизма были обнаружены в гене ampC HB3267 по сравнению с чувствительным штаммом KT2440, а именно Pro148Ala и Gly263Arg, что может объяснить устойчивость HB3267 к этим антибиотикам.

    Мы обнаружили, что плазмида pPC9 несет 2 дополнительных гена β-лактамаз, один из которых кодирует фермент, который на 95% идентичен AER-1 из Aeromonas hydrophila (рис. 2, субъединица 1) — белок, который может эффективно гидролизовать карбенициллин [ 63]; а также ген, кодирующий белок, который на 100% идентичен VIM-1 из Klebsiella pneumonia (фиг. 2, субъединица 3), который участвует в карбапенем-резистентном фенотипе этого микроорганизма [64].

    Хлорамфеникол.

    Хлорамфеникол — это бактериостатическое противомикробное средство, которое действует путем ингибирования синтеза бактериального белка. P. putida KT2440 — бактерия, резистентная к хлорамфениколу, способная расти в присутствии этого антибиотика в концентрации до 25 мкг / мл. Геномный анализ показал, что насос оттока TtgABC и биосинтез пирролохинолина (PQQ) вовлечены в устойчивость к хлорамфениколу [65]. Эти гены присутствуют в хромосоме штамма HB3267, который также проявляет высокую устойчивость к этому антибиотику.Дополнительный ген pqqC (кофермент синтеза белка C PQQ) присутствует в хромосоме штамма HB3267, который также присутствует у близких родственников P. putida S16 и Pseudomonas sp. TJI-51, но не в KT2440 (Рисунок 4A). Регулятор AgmR (PP2665) контролирует экспрессию генов pqq и оперона, кодирующего экструзионный насос ABC [65]. В PqqC HB3267 присутствовало до трех полиморфизмов по сравнению с другими штаммами P. putida, а именно HisGln44 (фиг. 4B), His142Leu и Ala116Gly.По сути, эти мутации и наличие дополнительной копии гена pqqC могут частично объяснять высокую устойчивость HB3267 к хлорамфениколу. Кроме того, плазмида pPC9 кодирует белок, который на 99% идентичен CmlA из Aeromonas caviae (рис. 1, субъединица 3), оттока, который выталкивает хлорамфеникол и этидий из клеток [66].

    Рисунок 4. Возможные хромосомные детерминанты устойчивости HB3267 к хлорамфениколу.

    (A) Черным цветом показано расположение в хромосоме дополнительного гена pqqC HB3267.; серым цветом — область хромосомы HB3267, которой нет в KT2440; в белом — гены в синтении с KT2440. (B) Выравнивание белков AgmR из P. putida HB3267 ( HB3267 , Locus B479_11475), P. putida S16 ( S16 , PPS_2213), P. putida KT2440 (P27_PS_2213) P. putida BIRD-1 ( BIRD1 , PPUBIRD1_3011), P. putida GB-1 ( GB1 , PputGB1_3138), P. aeruginosa PA7 (PA7, PSPA7_3317 P.aeruginosa PAO1 ( PAO1 , PA1978). Упомянутые в тексте аминокислотные мутации выделены жирным шрифтом.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0081604.g004

    Детерминанты устойчивости к антибиотикам, кодируемые только на плазмиде pPC9 —

    Сульфаниламиды.

    Сульфаниламиды были первыми соединениями, использовавшимися в качестве химиотерапевтических препаратов, и применялись в качестве антибактериальных средств с 1930-х годов. У бактерий сульфаниламиды действуют как конкурентные ингибиторы дигидроптероатсинтетазы (DHPS), фермента, участвующего в синтезе фолиевой кислоты.Таким образом, соединения вызывают «голодание» фолиевой кислоты и гибель микроорганизмов [67]. Плазмидопосредованная устойчивость к сульфонамидам у грамотрицательных бактерий очень часто обнаруживается в клинических изолятах и ​​часто в сочетании с другими признаками устойчивости к антибиотикам. Плазмиды обычно экспрессируют альтернативные дигидроптероатсинтазы, белки Sul, которые придают устойчивость к лекарству [68]. В pPC9 были обнаружены три гена, гомологичные генам, кодирующим белки Sul: один с 97% идентичностью белку SulI P.aeruginosa (фиг.2, субъединица 2), еще одна со 100% идентичностью с SulII различных кишечных бактерий (фиг.2, субъединица 2) и, наконец, ген, кодирующий белок с 99% идентичностью с SulI E. coli (фиг.2. субъединица 3).

    Наши результаты показывают, что штамм P. putida HB3267, выделенный от умершего стационарного пациента во французской больнице, устойчив к большинству антибиотиков и биоцидов, используемых в лабораториях и больницах (аминогликозиды, ß-лактамные антибиотики, катионные пептиды дигидрофолата. ингибиторы редуктазы, фторхинолоны, хинолоны, гликопептидные антибиотики, макролиды, поликетид и сульфаниламиды).Этот широкий диапазон устойчивости редко встречается у клинических изолятов. Другой важный вывод заключается в том, что МПК для этих антибиотиков в планктонных клетках были намного выше для HB3267, чем для штаммов с множественной лекарственной устойчивостью Pseudomonas aeruginosa . Секвенирование генома HB3267 показало, что детерминанты множественной устойчивости расположены хромосомно и на плазмиде pPC9. Области плазмиды, несущие гены множественной лекарственной устойчивости, демонстрируют высокую гомологию с ДНК микроорганизмов окружающей среды, а также условно-патогенных микроорганизмов человека и настоящих патогенов человека, что указывает на контакт и обмен ДНК между штаммом HB3267 и этими экологическими и клинически значимыми микроорганизмами.Плазмида pPC9 несет интегроны и транспозоны, в которых сгруппированы детерминанты устойчивости к антибиотикам. Мы показали, что pPC9 не является самотрансмиссивным, но перенос генов устойчивости к антибиотикам от pPC9 к другим микробам может быть опосредован челночными векторами, такими как плазмида TOL pWW0. Результаты, представленные в этой работе, подтверждают идею о том, что приобретение новых признаков устойчивости к антибиотикам и биоцидам условно-патогенными микроорганизмами человека может быть результатом сожительства в организме человека патогенов с новыми «резидентами» с множественной лекарственной устойчивостью, такими как штамм HB3267.

    Вспомогательная информация

    Рисунок S1.

    Филогенетическое древо сравнения gyrB генов штаммов Pseudomonas . Филограмма построена с использованием платформы Phylogeny.fr. который представляет собой комбинацию предопределенного конвейера с использованием ведущих программ, включая MUSCLE, Gblocks, PhyML и TreeDyn [23]. P. aeruginosa PAO-1 (NC_018080), P. fluorescens F113 (NC_016830), P.monteilii BCRC 17520 (FJ418641), P. putida BIRD-1 (NC_017530), P putida GB-1 (NC_010322), P. putida KT2440 (NC_002947), P. , P. putida S16 (NC_015733).

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0081604.s001

    (TIF)

    Рисунок S2.

    Выравнивание белков GyrA (A), GyrB (B) и PhoQ (C) из P. putida HB3267 (HB3267, Locus B479_00265, B479_06830, B479_20445 P. соответственно), putida S16 (S16, PPS_1408, PPS_0012, PPS_4028), P. putida KT2440 (KT2440, PP_1767, PP_0013, PP_1187), P. PPUBIRD1_3846…., PPUBIRD1_1228), P. putida GB-1 (GB1, PputGB1_1358, PputGB1_0006, PputGB1_4229) штаммы и штаммы P. aeruginosa (PLB1_4229), PLES__0370 P. П.aeruginosa штаммов PAO1 (PAO1, PA3168, PA0004, PA1180). Изменения аминокислот, упомянутые в тексте, выделены жирным шрифтом; «*» Идентичные остатки, «:» консервативные замены и «.» полуконсервативные замены.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0081604.s002

    (TIF)

    Благодарности

    Мы благодарим М. Мар Фандила за секретарскую помощь и Бена Пакутса за критическое прочтение рукописи.

    Вклад авторов

    Задумал и спроектировал эксперименты: JLR PP AS LM.Проведены эксперименты: LM ZU ED MF CMS AR MP JDLT KJ. Проанализированы данные: LM ZU PP AS JLR. Предоставленные реагенты / материалы / инструменты анализа: LM ZU MF AR. Написал статью: LM JLR.

    Список литературы

    1. 1.
      Bielaszewska M, Mellmann A, Zhang W, Köck R, Fruth A, et al. (2011) Характеристика штамма Escherichia coli , связанного со вспышкой гемолитико-уремического синдрома в Германии, 2011 г .: микробиологическое исследование. Lancet Infect Dis 11: 671–676.
    2. 2.
      Rasko DA, Webster DR, Sahl JW, Bashir A, Boisen N, et al. (2011) Происхождение штамма Escherichia coli , вызвавшего вспышку гемолитико-уремического синдрома в Германии. N Engl J Med 365: 709–717.
    3. 3.
      Фернандес М., Дуке Э., Писарро-Тобиас П., Ван Диллевейн П., Виттих Р.М. и др. (2009) Микробные реакции на ксенобиотические соединения. Идентификация генов, которые позволяют Pseudomonas putida KT2440 справляться с 2,4,6-тринитротолуолом.Microb Biotechnol 2: 287–294.
    4. 4.
      Ву Х, Мончи С., Тагави С., Чжу В., Рамос Дж. И др. (2011) Сравнительная геномика и функциональный анализ нишевой адаптации у Pseudomonas putida . FEMS Microbiol Rev 35: 299–323.
    5. 5.
      Доган Н.М., Кантар С., Гулкан С., Додж С.Дж., Йилмаз BC и др. (2011) Биологическое удаление хрома (VI) бактериями Pseudomonas : роль микробных экссудатов в естественном ослаблении и биологической обработке загрязнения Cr (VI).Environ Sci Technol 45: 2278–2285.
    6. 6.
      Тан Х, Ю Х, Ли Кью, Ван Х, Гай Зи и др. (2011) Геномная последовательность штамма Pseudomonas putida B6-2, суперразложителя полициклических ароматических углеводородов и диоксиноподобных соединений. J Bacteriol 193: 6789–6790.
    7. 7.
      von Graevenitz A, Weinstein J (1971) Патогенное значение Pseudomonas fluorescens и Pseudomonas putida . Йельский университет, биол. Медицина, 44: 265–273.
    8. 8.
      Йошино Ю., Китадзава Т., Камимура М., Тацуно К., Ота Ю. и др.(2011) Бактериемия Pseudomonas putida у взрослых пациентов: пять историй болезни и обзор литературы. J Infect Chemother 17: 278–282.
    9. 9.
      Loiseau-Marolleau ML, Malarre N (1977) Pseudomonas putida : идентификация, чувствительность к антибиотикам и патогенность. Патол Биол (Париж) 25: 637–645.
    10. 10.
      Докье Дж. Д., Риччио М. Л., Мугнайоли С., Луццаро ​​Ф., Эндимиани А. и др. (2003) IMP-12, новая кодируемая плазмидой металло-бета-лактамаза из клинического изолята Pseudomonas putida .Антимикробные агенты Chemother 47: 1522–1528.
    11. 11.
      Yomoda S, Okubo T, Takahashi A, Murakami M, Iyobe S (2003) Присутствие штаммов Pseudomonas putida , несущих плазмиды, несущие ген металло-бета-лактамазы bla (IMP), в больнице в Японии. J Clin Microbiol 41: 4246–4251.
    12. 12.
      Леви С.Б. (2002a) Лекция Гаррода в 2000 году. Факторы, влияющие на проблему устойчивости к антибиотикам. J Antimicrob Chemother 49: 25–30.
    13. 13.Janda JM, Abbott SL (2007) Секвенирование гена 16S рРНК для идентификации бактерий в диагностической лаборатории: плюсы, опасности и подводные камни. J Clin Microbiol 45: 2761–2764.
    14. 14.
      Аранда-Ольмедо I, Тобес Р., Манзанера М., Рамос Дж. Л., Маркес С. (2002) Видоспецифичные повторяющиеся экстрагенные палиндромные (REP) последовательности в Pseudomonas putida . Nucleic Acids Res 30: 1826–1833.
    15. 15.
      Багдасарян М., Лурц Р., Рюкерт Б., Франклин Ф.К., Багдасарян М.М. и др.(1981) Специальные векторы для клонирования плазмид. II. Широкий диапазон хозяев, высокое число копий, векторы, производные RSF1010, и система вектор-хозяин для клонирования гена в Pseudomonas . Ген 16: 237–247.
    16. 16.
      Frapolli M, Défago G, Moënne-Loccoz Y (2007) Анализ мультилокусной последовательности флуоресцентного биоконтроля Pseudomonas spp. производит противогрибковое соединение 2,4-диацетилфлороглюцин. Environ Microbiol 9: 1939–1955.
    17. 17.
      Хан Н.Х., Асан М., Йошизава С., Хосоя С., Йокота А. и др.(2008) Мультилокусное типирование последовательностей и филогенетический анализ изолятов Pseudomonas aeruginosa из океана. Appl Environ Microbiol 74: 6194–6205.
    18. 18.
      Эндрюс Дж. М. (2001) Определение минимальных ингибирующих концентраций. J. Antimicrob Chemother 48 (Приложение 1): 5–16.
    19. 19.
      Кери Х., Олсон М., Морк Д., Стори Д., Рид Р. и др. (2001) Система анализа MBEC; Множественные эквивалентные биопленки для тестирования чувствительности к антибиотикам и биоцидам. Методы Enzymol 337: 377–385.
    20. 20.
      Williams PA, Murray K (1974) Метаболизм бензоата и метилбензоатов с помощью Pseudomonas putida (arvilla) mt-2: доказательства существования плазмиды TOL. J Bacteriol 120: 416–423.
    21. 21.
      Delcher AL, Harmon D, Kasif S, White O, Salzberg SL (1999) Улучшенная идентификация микробных генов с помощью GLIMMER. Nucleic Acids Res 27: 4636–4641.
    22. 22.
      Альтшул С.Ф., Мэдден Т.Л., Шеффер А.А., Чжан Дж., Чжан З. и др. (1997) Gapped BLAST и PSI-BLAST: новое поколение программ поиска в базе данных белков.Nucleic Acids Res 25: 3389–3402.
    23. 23.
      Wang SN, Liu Z, Tang HZ, Meng J, Xu P (2007) Характеристика экологически чистого разложения никотина штаммом S16 биотипа A Pseudomonas putida . Микробиология 153: 1556–1565.
    24. 24.
      Dereeper A, Guignon V, Blanc G, Audic S, Buffet S и др. (2008) Phylogeny.fr: надежный филогенетический анализ для неспециалистов. Nucleic Acids Res 36: W465–469.
    25. 25.
      Espinosa-Urgel M, Kolter R, Ramos JL (2002) Колонизация корней с помощью Pseudomonas putida ; любовь с первого взгляда.Микробиология 148: 341–343.
    26. 26.
      Muller C, Plésiat P, Jeannot K (2011) Двухкомпонентная регуляторная система связывает устойчивость к полимиксинам, аминогликозидам, фторхинолонам и β-лактамам в Pseudomonas aeruginosa . Антимикробные агенты Chemother 55: 1211–1221.
    27. 27.
      Horii T, Muramatsu H, Iinuma Y (2005) Механизмы устойчивости к фторхинолонам и карбапенемам у Pseudomonas putida . J Antimicrob Chemother 56: 643–647.
    28. 28.
      Тревиньо М., Мольдес Л., Эрнандес М., Мартинес-Ламас Л., Гарсия-Риестра С. и др. (2010) Нозокомиальная инфекция, вызываемая VIM-2 металло-бета-лактамазой, продуцирующей Pseudomonas putida . J Med Microbiol 59: 853–855.
    29. 29.
      Saha R, Jain S, Kaur IR (2010) Металло-бета-лактамаза, продуцирующая видов Pseudomonas — основная причина беспокойства среди инфекций мочевыводящих путей, связанных с больницами. J Indian Med Assoc 108: 344–348.
    30. 30.
      Mendes RE, Castanheira M, Toleman MA, Sader HS, Jones RN, et al.(2007) Характеристика интегрона, несущего blaIMP-1 и новый ген устойчивости к аминогликозидам, aac (6 ‘) — 31, и его распространение среди генетически неродственных клинических изолятов в бразильской больнице. Антимикробные агенты Chemother 51: 2611–2614.
    31. 31.
      Кумита В., Сайто Р., Сато К., Оде Т., Мория К. и др. (2009) Молекулярные характеристики устойчивости к карбапенему и ципрофлоксацину в клинических изолятах Pseudomonas putida . J Infect Chemother 15: 6–12.
    32. 32.Ролстон К.В., Контояннис Д.П., Ядегариня Д., Раад II (2005) Неферментативные грамотрицательные бациллы у онкологических больных: увеличение частоты инфекции и антимикробной чувствительности клинических изолятов к фторхинолонам. Диагностика Microbiol Infect Dis 51: 215–218.
    33. 33.
      Пуарель Л., Наас Т., Николас Д., Колле Л., Белле С. и др. (2000) Характеристика VIM-2, карбапенем-гидролизующей металло-бета-лактамазы и ее плазмидного и интегронного гена из клинического изолята Pseudomonas aeruginosa во Франции.Противомикробные агенты Chemother 44: 891–897.
    34. 34.
      Айер П.Г., Мерфи Т.Ф. (2009) Хроническая обструктивная болезнь легких: роль бактерий и обновленное руководство по выбору антибактериальных препаратов у пожилых пациентов. Наркотики старения 26: 985–995.
    35. 35.
      Московиц С.М., Браннон М.К., Дасгупта Н., Пьер М., Сгамбати Н. и др. (2012) Мутации PmrB способствуют устойчивости к полимиксину у Pseudomonas aeruginosa , выделенных от пациентов с муковисцидозом, леченных колистином. Антимикробные агенты Chemother 56: 1019–1030.
    36. 36.
      Дуке Э., де ла Торре Дж., Бернал П., Молина-Энарес М.А., Аламинос М. и др. (2012) Идентификация реципрокных генов adhesión у патогенных и непатогенных Pseudomnonas . Environ Microbiol и EMI R В печати.
    37. 37.
      Молина-Энарес М.А., де ла Торре Дж., Гарсия-Саламанка А., Молина-Энарес А.Дж., Эррера М.С. и др. (2010) Идентификация условно необходимых генов для роста Pseudomonas putida KT2440 на минимальной среде посредством скрининга полногеномной мутантной библиотеки.Environ Microbiol 12: 1468–1485.
    38. 38.
      Брамуччи М., Чен М., Нагараджан В. (2006) Генетическая организация плазмиды из промышленного биореактора сточных вод. Appl Microbiol Biotechnol 71: 67–74.
    39. 39.
      Zhao H, Chen D, Li Y, Cai B (2005) Сверхэкспрессия, очистка и характеристика новой салицилатгидроксилазы из разлагающей нафталин Pseudomonas sp. штамм ND6. Microbiol Res 160: 307–313.
    40. 40.
      Marcelletti S, Ferrante P, Petriccione M, Firrao G, Scortichini M (2011) Pseudomonas syringae pv.Сравнение проектов геномов actinidiae выявляет штамм-специфические особенности, участвующие в адаптации и вирулентности для видов Actinidia . PLoS One 6: e27297.
    41. 41.
      Kamath R, Schnoor JL, Alvarez PJ (2004) Влияние корневых субстратов на экспрессию nah-lux генов в Pseudomonas fluorescens HK44: последствия для биодеградации ПАУ в ризосфере. Environ Sci Technol 38: 1740–1745.
    42. 42.
      Эрнандес А., Санчес МБ, Мартинес Дж.Л. (2011) Устойчивость к хинолонам: намного больше, чем прогнозировалось.Фронтальный микробиол 2: 22.
    43. 43.
      Eaves DJ, Randall L, Gray DT, Buckley A, Woodward MJ и др. (2004) Распространенность мутаций в определяющей устойчивость к хинолонам области gyrA, gyrB, parC и parE и ассоциация с устойчивостью к антибиотикам у устойчивых к хинолонам Salmonella enterica . Антимикробные агенты Chemother 48: 4012-4015.
    44. 44.
      McPhee JB, Lewenza S, Hancock REW (2003) Катионные антимикробные пептиды активируют двухкомпонентную регуляторную систему PmrA-PmrB, которая регулирует устойчивость к полимиксину B и катионным антимикробным пептидам в Pseudomonas aeruginosa .Мол микробиол 50: 205–217.
    45. 45.
      Pescaretti ML, López FE, Morero RD, Delgado MA (2011) Регуляторная система PmrA / PmrB контролирует экспрессию гена wzzfepE , участвующего в синтезе О-антигена Salmonella enterica, серовара Typhimurium. Микробиология 157: 2515–2521.
    46. 46.
      Vaara M (1993) Барьер проницаемости внешней мембраны для азитромицина, кларитромицина и рокситромицина у грамотрицательных кишечных бактерий. Антимикробные агенты Chemother 37: 354–356.
    47. 47.
      Вей К., Тариги С., Дёч А., Хойсслер С., Мюскен М. и др. (2011) Фенотипический и полногеномный анализ устойчивого к антибиотикам варианта малой колонии (SCV) Pseudomonas aeruginosa . PLoS One 6: e29276.
    48. 48.
      Struble JM, Gill RT (2006) Обратный инжиниринг чувствительности к антибиотикам в изоляте Pseudomonas aeruginosa с множественной лекарственной устойчивостью. Антимикробные агенты Chemother 50: 2506–2515.
    49. 49.
      Vaziri F, Peerayeh SN, Nejad QB, Farhadian A (2011) Распространенность генов ферментов, модифицирующих аминогликозиды (aac (6 ‘) — I, aac (6’) — II, ant (2 ″) — I, aph (3) ′) -VI) в Pseudomonas aeruginosa .Клиники (Сан-Паулу) 66: 1519–1522.
    50. 50.
      Schmidt FR, Nücken EJ, Henschke RB (1988) Анализ нуклеотидной последовательности 2 ″ -аминогликозид нуклеотидилтрансферазы ANT (2 ″) из Tn 4000 : его связь с AAD (3 ″) и влияние на эволюцию Tn21. Mol Microbiol 2: 709–717.
    51. 51.
      Han HS, Koh YJ, Hur JS, Jung JS (2004) Возникновение генов устойчивости к стрептомицину strA-strB у видов Pseudomonas , выделенных из растений киви.Журнал Microbiol 42: 365–368.
    52. 52.
      Хайнрихсон М., Янив О., Чернявский М., Нудельман И., Шаллом-Шезифи Д. и др. (2007) Сверхэкспрессия и начальная характеристика хромосомной аминогликозид 3′-O-фосфотрансферазы APH (3 ‘) — IIb из Pseudomonas aeruginosa . Антимикробные агенты Chemother 51: 774–776.
    53. 53.
      Дахшан Х., Абд-Эль-Кадер М.А., Чума Т., Морики Х., Окамото К. (2011) Повторное появление мультирезистентного к лекарствам Salmonella enterica серовара Stanley от крупного рогатого скота.Vet Res Commun 35: 55–60.
    54. 54.
      Santos C, Caetano T, Ferreira S, Mendo S (2010) Tn 5090 -подобный интегрон класса 1, несущий bla (VIM-2) в штамме Pseudomonas putida из Португалии. Clin Microbiol Infect 16: 1558–1561.
    55. 55.
      Goldman RA, Hasan T, Hall CC, Strycharz WA, Cooperman BS (1983) Фотоинкорпорация тетрациклина в рибосомы Escherichia coli . Идентификация основных белков, фотомеченных нативными фотопродуктами тетрациклина и тетрациклина, и их влияние на ингибирующее действие тетрациклина на синтез белка.Биохимия 22: 359–368.
    56. 56.
      Леви С.Б. (2002 b) Активный отток, общий механизм устойчивости к биоцидам и антибиотикам. J Appl Microbiol 92: 65S – 71S.
    57. 57.
      Годой П., Молина-Энарес А.Дж., де ла Торре Дж., Дуке Э., Рамос Дж. Л. (2010) Характеристика семейства оттокных насосов с множеством лекарственных препаратов RND: in silico до in vivo подтверждение четырех функционально различных подгрупп. Microb Biotech 3: 601–700.
    58. 58.
      Рохас А., Дуке Е., Москеда Дж., Голден Дж., Уртадо А. и др.(2001) Требуются три откачивающих насоса для обеспечения эффективной устойчивости к толуолу в Pseudomonas putida DOT-T1E. J Bacteriol 183: 3967–3973.
    59. 59.
      Rodríguez-Herva JJ, García V, Hurtado A, Segura A, Ramos JL (2007) Оперон насоса оттока растворителя ttgGHI из Pseudomonas putida DOT-T1E расположен на большой самотрансмиссивной плазмиде. Environ Microbiol 9: 1550–1561.
    60. 60.
      Молина Л., Дуке Э., Гомес М.Дж., Крелл Т., Лакаль Дж. И др.(2011) Плазмида pGRT1 из Pseudomonas putida DOT-T1E кодирует функции, необходимые для выживания в суровых условиях окружающей среды. Environ Microbiol 13: 2315–2327.
    61. 61.
      McMurry LM, Petrucci R, Levy SB (1980) Активный отток тетрациклина, кодируемого четырьмя генетически разными детерминантами устойчивости к тетрациклину, в Escherichia coli . Proc Natl Acad Sci (США) 77: 3974–3977.
    62. 62.
      Livermore DM (1995) Бета-лактамазы в лабораторной и клинической устойчивости.Clin Microbiol Rev 8: 557–584.
    63. 63.
      Hedges RW, Medeiros AA, Cohenford M, Jacoby GA (1985) Генетические и биохимические свойства AER-1, новой гидролизующей карбенициллин бета-лактамазы из Aeromonas hydrophila . Антимикробные агенты Chemother 1985 27: 479–484.
    64. 64.
      Стейнманн Дж., Каазе М., Гатерманн С., Попп В., Стейнманн Э. и др. (2011) Вспышка, вызванная штаммом Klebsiella pneumoniae , содержащим KPC-2 и VIM-1, в немецкой университетской больнице, июль 2010 г. — январь.Euro Surveill 16 pii: 19944.
    65. 65.
      Фернандес М., Конде С., де ла Торре Дж., Молина-Сантьяго С., Рамос Дж. Л. и др. (2012) Механизмы устойчивости к хлорамфениколу у Pseudomonas putida KT2440. Антимикробные агенты Chemother 56: 1001–1009.
    66. 66.
      Minek Tl, Morita Y, Kataoka A, Mizushima T, Tsuchiya T (1998) Доказательства наличия антипорта хлорамфеникола / H + в системе Cmr (MdfA) Escherichia coli и свойств антипортера.J Biochem 124: 187–193.
    67. 67.
      Кент М. (2000) Продвинутая биология, Oxford University Press, стр. 46 ISBN 97801951.
    68. 68.
      Rådström P, Swedberg G (1988) RSF1010 и конъюгированная плазмида содержат sul II, один из двух известных генов дигидроптероатсинтазы устойчивости к сульфонамидам, переносимой плазмидой. Антимикробные агенты Chemother 32: 1684–1692.

    .

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован.