Обнаружена сапрофитическая микробиота что это: Сапрофитическая микробиота СМБ (микрофлора). Что это такое, что значит

Содержание

Бактериальный вагиноз: когда равновесие микробиоты нарушено

Ученые выяснили, что за несколько дней до развития этой бактериальной инфекции состав микрофлоры влагалища меняется: лактобациллы, которые поддерживают ее равновесие, постепенно исчезают, уступая место патогенным бактериям, изначально присутствующим в микрофлоре влагалища.

 

Бактериальный вагиноз – это распространенная инфекция влагалища, связанная с риском преждевременных родов, воспалительными заболеваниями органов малого таза и повышенным риском передачи патогенных микроорганизмов (включая ВИЧ). Она проявляется выделениями из влагалища с неприятным запахом и зудом. У женщин, которые курят, практикуют спринцевание или имеют внутриматочную спираль, вероятность развития этого заболевания выше. Кроме того, вагиноз чаще возникает у женщин с нетрадиционной сексуальной ориентацией, уроженок Африки или находящихся в группе риска инфекций, передаваемых половым путем (ИППП).

Изменение pH влагалища

Эта инфекция возникает, когда нарушается равновесие микробиоты влагалища. Считается, что сокращение численности лактобацилл, отвечающих за поддержание защитной кислотной среды, способствует размножению патогенных бактерий, естественным образом присутствующих во влагалище. Тем не менее ученые не знают, как эта бактериальная инфекция возникает в слизистой влагалища. Для выяснения череды событий, предшествующих ее появлению, американские исследователи изучили микрофлору около тридцати афроамериканских женщин со всех возможных сторон. Испытуемым было от 18 до 45 лет, и за предшествующие 12 месяцев у них было не менее одного контакта с однополым партнером. Эти добровольцы брали пробы из влагалища ежедневно в течение трех месяцев. Почти у половины из них развился вагиноз.

Перед развитием инфекции микробиота влагалища была несбалансированной

Анализ показал, что в микрофлоре влагалища большинства женщин, у которых не был обнаружен вагиноз, преобладала Lactobacillus crispatus (тип лактобацилл). У женщин с бактериальным вагинозом эта бактерия присутствовала в малых количествах, а другие преобладающие штаммы лактобацилл с трудом боролись за сохранение равновесия микробиоты влагалища. Даже в отсутствие вагиноза в микробиоте влагалища этих женщин выявляли малое, хотя и определимое количество бактерий-возбудителей вагиноза. Поэтому они более подвержены инфекциям по причине несбалансированной микробиоты. Исследование показало также, что за две недели до проявления инфекции защитные лактобациллы постепенно исчезали, а патогенные бактерии размножались за три-четыре дня до этого.

 

Источники :

Muzny CA, Blanchard E, Taylor CM, Aaron KJ, Talluri R, Griswold ME, Redden DT, Luo M, Welsh DA, Van Der Pol WJ, Lefkowitz EJ, Martin DH, Schwebke JR. Identification of Key Bacteria Involved in the Induction of Incident Bacterial Vaginosis: A Prospective Study. J Infect Dis. 2018 Apr 28

ЗППП: хламидии, трихомонады, уреоплазмы, микоплазмы, гарднерелы, кандиды, цитомегаловирус, ВПЧ, герпес

Здравствуйте доктор, помогите пожалуйста. У меня после незащищенного полового акта началось жжение в канале пениса. Я сходил к урологу, сдал 27 августа андрофлор скрин и мазок на флору и он мне…

Ответ врача

Здравствуйте! Если прошёл месяц после окончания лечения( приёма последнего препарата), сдайте эякулят на бакпосев. И в любом случае проконсультируйтесь очно у дерматовенеролога, Соблюдайте пока половой покой. Удачи!

Добрый день! Был половой акт незащищенный, после не виделся с девушкой пару месяцев,
У меня всё хорошо, но девушка говорит что я заразил ее герпесом, может ли быть такое и как это проверить?

Ответ врача

Здравствуйте! Надо сдать уретральный мазок на определение генитального герпеса методом ПЦР( рациональнее всего будет делать исследование комплекса позиций — на 12 инфекций, например). Удачи!

Первы раз с женой был анальный секс..после чего при мочеиспускании чувствовал жжение.. сходил к врачу взяли мозок на стекло и посмотрели через микроскоп..говорят трихомонос. Как ? Мы несколько лет…

Ответ врача

Здравствуйте! Если данные достоверны, скорее всего имело место бессимптомное носительство. При «встрече» с кишечной микрофлорой, местный иммунитет «упал», выявились скрытые возбудители. Я бы посоветовала пересдать уретральный соскоб на «андрофлор». Супруге надо тоже обследоваться у гинеколога. Удачи!

Сдал анализы и было обнаружено впч 18 типа. При мочеиспускании очень сильное жжение, терпеть уже невозможно. Что делать? Какой препарат купить чтобы снизить жжение??

Ответ врача

Здравствуйте! Крайне маловероятно появление выраженной дизурии только лишь при наличии одного микроорганизма -ВПЧ 18. Должны быть изменения в моче, при микроскопии уретрального мазка, при бакпосеве мочи, и эякулята, и уретрального соскоба; надо сделать УЗИ почек и мочевого пузыря. Обязательно покажитесь урологу очно. Не пытайтесь заниматься самолечением. Удачи!

Добрый день.Через сутки после секса с девушкой член под головкой покрылся маленькими прыщиками.А на головке со стороны меня красные точки,похожие на порезы.Прошло 4 дня,ничего не прошло.Я думаю,что…

Ответ врача

Здравствуйте! Возможно, действительно имеет место потёртость головки. Делайте ванночки с отваром ромашки, обрабатывайте головку 2-3 раза в день мирамистином. Практикуйте защищённый секс . Удачи.

Добрый день какой курс лечения партнёрам при заражении gardnerella vaginalis и ureaplasma species. У обоих партнёров такой анализ.

Ответ врача

Здравствуйте! В соответствии с форматом данных консультаций, мы не можем назначать конкретные схемы лечения. Обратитесь к урологу очно или на персонифицированную дистанционную консультацию, с организацией которой мы готовы Вам помочь на базе наших клиник .
Телефон для записи на консультацию к врачу-урологу Шадёркину И.А +7 (499) 110-09-86 , +7 (901) 723-45-35
Наш сайт: https://urogyn.pro/
Мы в Instagram: https://www.instagram.com/urogyn.pro/
E-mail: [email protected]
Телемедицинская платформа: https://nethealth.ru/

Был незащищённый секс, оральный. После зуд полового члена и болит как будто растянул. Появилось темное пятно. Может ли говорить это о ЗППП??

Ответ врача

Здравствуйте! Не сосвсем ясно, где зуд, и где болит — в уретре или снаружи. Темное пятно, по-видимому — на головке. Может свидетельсвовать о инфекционном воспалительном процессе. Покажитесь дерматовенерологу очно. Соблюдайте половой покой. Удачи!

Что можно пропить при микоплазме и гранденеллы? И нужно ли проводить общую терапию ( обрабатывать головку полового члена )?

Ответ врача

Здравствуйте! Каждый случай — индивидуален. Мы не можем в данном формате назначать схемы лечения. Но мы можем организовать персонифицированную консультацию( в том числе дистанционную) на базе наших клиник .4…

Ответ врача

Здравствуйте! Дополнительно надо сделать исследование эякулята на бакпосев. По результатам — планировать лечение. Удачи!

Здравствуйте! Сдал андрофлор тест и не могу разобраться в результате… помогите с расшифровкой…

Здравствуйте! Сдал андрофлор тест и не могу разобраться в результате… помогите с расшифровкой…

Ответ врача

Здравствуйте! Можно посоветовать сделать бакпосев спермы. По результатам можно будет давать рекомендации. Удачи!

Почему врачи запрещают секс при лечении гарднереллы?чем это мешает лечению,если предохраняться?можно ли мастурбировать при лечении гарднереллы?

Ответ врача

Здравствуйте! Половой покой рекомендуется сохранять для повышения эффективности лечения и исключения вероятности распространения заболевания. Мастурбация в принципе возможна, однако эти вопросы необходимо согласовать с Вашим лечащим врачом. Удачи.

Здравствуйте. 9 апреля сдал анализы и пришёл положительный тест на гоноррею. Уролог прописал пить 7 дней комбифлокс, дазолик и 14 дней нормобакт. Курс пропил. Боль и зуд ушли, выделения значительно…

Ответ врача

Здравствуйте! Сразу возникает вопрос- а не был ли выявлен трихомониаз одновременно, вначале и сейчас. Безусловно, при выявлении гонореи, необходимо повторить лечение, но надо учитывать, что ещё выявлено, т. к. в зависимости от этого, может меняться последовательность принимаемых препаратов. При повторном анализе желательно делать весь спектр иппп, лучше- андрофлор. Правилами сайта мы не можем назначить схему лечения. Но мы можем Вам помочь с организацией личной дистанционной консультации на базе наших клиник .
Телефон для записи на консультацию к врачу-урологу Шадёркину И.А +7 (499) 110-09-86 , +7 (901) 723-45-35
Наш сайт: https://urogyn.pro/
Мы в Instagram: https://www.instagram.com/urogyn.pro/
E-mail: [email protected]
Телемедицинская платформа: https://nethealth.ru/
Удачи!

Добрый день. С мужем хотим планировать беременность, сдаем анализы. Во вложении полученные результаты, помогите расшифровать

Ответ врача

Здравствуйте! По результатам- преобладает условно- патогенная микрофлора, ассоциированная с баквагинозом. В данном случае надо ориентироваться на симптомы и на спермограмму. Для полноты картины я бы посоветовала сдать эякулят на бакпосев. По результатам можно будет сделать выводы и рекомендации. Удачи!

Здравствуйте. Более полугода у меня очень частое мочеиспускание. В сперме обнаружили Proteus mirabilis. Подскажите, пожалуйста, чем лечиться? Еще я очень сильно потею и пот имеет очень неприятный…

Ответ врача

Здравствуйте! В результате бакпосева— значимое повышение концентрации болезнетворного микроорганизма. Имеется достаточный спектр чувствительности к антибактериальным препаратам, что позволяет назначить адекватное лечение.
Учитывая многообразие жалоб, мы можем Вам помочь с организацией персонифицированной консультации на базе наших клиник , в том числе и дистанцонной.
Телефон для записи на консультацию к врачу-урологу Шадёркину И.А +7 (499) 110-09-86 , +7 (901) 723-45-35
Наш сайт: https://urogyn.pro/
Мы в Instagram: https://www.instagram.com/urogyn.pro/
E-mail: [email protected]
Телемедицинская платформа: https://nethealth.ru/
Удачи!

УВ. Татьяна Юрьевна!! Пришел второй анализ пасев эякулянта,по правилам видимо вопроса слишком мало слов в вопросе поэтому пишу что в голову приходит

Ответ врача

Здравствуйте! По результатам бакпосева- определяется рост патогенной микрофлоры в значимой концентрации. Чувствительность — к достаточному спектру антибиотиков. С организацией более детальной, персонифицированной консультации, мы готовы Вам помочь на базе наших клиник .
Телефон для записи на консультацию к врачу-урологу Шадёркину И.А +7 (499) 110-09-86 , +7 (901) 723-45-35
Наш сайт: https://urogyn.pro/
Мы в Instagram: https://www.instagram.com/urogyn.pro/
E-mail: [email protected]ro
Телемедицинская платформа: https://nethealth.ru/
Удачи.

Добрый день! Подскажите пожалуйста с помощью какого средства удалить папилому? Образовалось давно, никак не беспокоит, если только с эстетической стороны. Мочеиспускание и семяизвержение тоже все…

Ответ врача

Здравствуйте! В данном случае можно рассматривать вопрос о хирургическом лечении. Обязательно покажитесь дерматологу очно. Удачи!

УВ. Татьяна Юрьевна! Вы мне ответили на мой вопрос по поводу по поводу что сдаю анализы уже более 10 лет,что делал обследование уретроцетроскопию и УЗИ простаты,сдавал тонны анализов и ни чего кроме…

Ответ врача

Здравствуйте! В представленном анализе — нормофлора, но кандида всё же есть, хотя и ниже порогового значения. Я надеюсь, что перед сдачей анализа за полтора месяца Вы не принимали никаких антибактериальных и противогрибклвых препаратов ни внутрь, ни наружно. Досылайте результат посева. Удачи!

Добрый день , началось покраснение 2 месяца назад после незащищенного орального секса . Побежал к врачу , взяли пцр на зппп отрицательные , сдал бак посев мочи -ничего нету . Пропил азитромицин и…

Ответ врача

Здравствуйте! Если прошло более 2х месяцев после окончания лечения — сдайте эякулят на бакпосев. С результатами, для детального рассмотрения Вашей ситуации, можете обратиться в клинику Урогин к врачу-урологу Шадёркину И.А.( к.м.н, руокводитель урологического напрвления клиник) — сможете обсудить возможность дистанционной личной консультации..
Адрес: 121467, Москва, ул. Истринская д.10, корп.1
Телефон: +7 (499) 110 09 86
E-mail: [email protected]
Режим работы: пн-вс: с 9:00 до 21:00
Удачи!

Здравствуйте, долго не могли найти в чем проблема, недавно нашли микроплазма хоминис. Можно ли ее вылечить без уколов? Напишите полностью что нужно купить таблетки крема и тд. Или как можно с вами…

Ответ врача

Здравствуйте! Желательно понимать, за какие даты эти исследования. И делали их до лечения или после. Можете написать [email protected] Удачи!

что это, расшифровка, что показывает?

Многие женщины не понимают, какие дополнительные сведения может дать посев из цервикального канала, если они уже прошли гинекологический осмотр и даже посетили УЗИ-кабинет.

Бактериальный посев помогает обнаружить микроорганизмы, поселившиеся на шейке матки, и определить их вид. Это исследования необходимо для диагностики инфекционных заболеваний.

Задачи исследования

Детородные органы женщины требуют много внимания, так как на них возложена очень ответственная функция.

Женщине, желающей оставаться здоровой, приходится проходить регулярные осмотры в женской консультации, сдавать анализы и внимательно следить за процессами, протекающими в организме.

При возникновении необычных симптомов в половых органах или отклонении от месячного цикла нужно обращаться к врачу для выявления причины изменения.

Бак посев из цервикального канала – доступное, безболезненное, простое исследование, которое в государственных медучреждениях делают бесплатно, а в частных лабораториях – за весьма умеренные деньги.

После получения результатов теста врач имеет возможность поставить диагноз и назначить компетентное лечение.

Почему речь зашла сразу о терапии, ведь посев может обнаружить и отсутствие заболеваний? Дело в том, что бактериологический посев из цервикального канала назначают, только когда для этого исследования есть весомые причины.

Это далеко не рядовой профилактический тест, а трудоемкий метод диагностики, перед которым всегда делают предварительное исследование на чистоту влагалищного слоя.

Если мазок будет недостаточно «чистым», то это однозначно говорит о бактериальной инфекции на шейке матки или во влагалище.

После теста на чистоту назначают посев на флору, с помощью которого можно определить, какие именно микроорганизмы преобладают во влагалище.

Биоматериал для посева из цервикального канала берут не со стенок влагалища, как для обычного мазка, а с места соединения шейки матки и влагалища.

Результаты теста покажут состояние цервикального участка и зараженность микроорганизмами.

Исследование не относится к числу профилактических – его назначают только по определенным показаниям, например, при обнаружении повышенного числа лейкоцитов в мазке.

В дерматовенерологии бакпосев из цервикального канала делается совместно с исследованием отделяемого уретры, влагалища, а иногда еще и кишечника.

Повышение лейкоцитов в мазке – симптом воспалительных процессов, среди которых есть опасные, требующие немедленного лечения: эндометрит, аднексит и другие.

Возбудителями инфекции являются патогенные и условно-патогенные микроскопические организмы: грибы, бактерии, простейшие.

Микроорганизмы способны быстро адаптироваться к антибиотикам и другим лекарственным препаратам, посев часто совмещают с исследованием на чувствительность флоры к антибиотикам.

После определения, к каким именно антибиотикам чувствительны микроорганизмы, обитающие в цервикальном канале, врачу остается только назначить курс лечения, а пациентке полностью его пройти, после чего инфекционное заболевание останется в прошлом.

Показатели нормальной микрофлоры

Содержимое цервикального канала не бывает стерильным. В любом случае влагалище и шейка матки заселены микроорганизмами.

Если микробы относятся к разряду условно-патогенных или факультативных, то никакой опасности не представляют.

В стандарте в посеве из цервикального канала должно обнаружиться много лактобактерий и бифидобактерий – полезных для женского здоровья микроорганизмов, представителей естественной влагалищной флоры.

Чего однозначно не должно быть в посеве из цервикального канала, так это кандид – микроскопических грибов.

Нежелательно присутствие большого количества обитателей кишечника: энтерококков, Escherichia coli.

В единичных количествах эти бактерии не угрожают женскому здоровью, но обнаруженные в посеве из цервикального канала в большом числе, они являются симптомами воспаления мочеполовой системы.

Даже одна единственная бактерия стафилококка, гонококка, трихомонады, лептотрикса, обнаруженная в посеве из цервикального канала, говорит об инфицировании шейки матки опасными патогенами. Особенно большую угрозу несут подобные инфекции дамам в положении.

В норме бифидо- и лактобактерий в посеве из цервикального канала должно быть не меньше 10*7. Расшифровку посева из цервикального канала по силам сделать только специалисту.

Люди без медобразования не смогут самостоятельно определить, микрофлора в норме или имеются отклонения.

У каждой женщины есть индивидуальные показатели, поэтому недостаточно просто сравнить полученные в результате посева из цервикального канала цифры с референсным интервалом.

Небольшое отклонение от нормы может быть естественным для конкретной пациентки. После бакпосева врач комплексно анализирует результаты влагалищного мазка и посева из цервикального канала.

Это нужно для сравнения флоры, обнаруженной сразу после взятия биоматериала, и бактерий, выросших на питательном составе.

Но есть критерии, которые однозначно не относятся к норме – болезнетворные микробы, находящиеся на этапе интенсивного развития.

Посев из цервикального канала помогает обнаружить не только присутствие патогенных микробов, но и, что не менее важно, определить этап их развития:

  • начальный этап – слабый рост микроорганизмов, который может проходить только на жидкой среде;
  • второй этап – бактерии размножаются более активно, способны осваивать твердые среды, образуют на них не более 10 колоний;
  • третий этап – количество колоний на твердых составах увеличивается до 100 – это говорит о присутствии воспалительного процесса;
  • заключительный этап – число колоний превышает 100.

Норма микроорганизмов в посеве из цервикального канала нарушается по гормональным, иммунным, гигиеническим причинам.

Кроме того, отклонения в составе микрофлоры являются симптомом женских недугов инфекционной природы.

Бакпосев при беременности

Анализ биоматериала из цервикального канала при беременности часто назначают будущим мамам, что справедливо вызывает у женщин опасения – не повредит ли забор биоматериала плоду?

Чтобы не тревожиться, достаточно знать анатомию малого таза. Цервикальный канал закрыт слизистым барьером, через который не может пробраться ни одна патогенная бактерия.

Зато окраска цервикального канала меняется уже на ранних сроках беременности, что может стать дополнительным симптомом присутствия в матке эмбриона.

Перед родами слизь из цервикального канала отходит, поэтому лечить микрофлору для достижения нужной степени чистоты мазка нужно непременно на ранних сроках беременности.

Кроме того, существует патология, при которой шейка матки под давлением растущего плода начинает раскрываться не перед родами, а начиная со второй половины беременности – в таких случаях оздоровление микрофлоры влагалища на поздних сроках будет невозможно.

Патогенные и условно-патогенные микроорганизмы проникнут в раскрывшуюся раньше времени шейку и начнется воспалительный процесс цервикального канала – цервицит, представляющий собой прямую угрозу для вынашивания плода.

Как подготовиться к анализу?

Врач выдает направление на посев из цервикального канала в следующих случаях:

  • женщина планирует беременность;
  • в мазке на чистоту обнаружены кокки или повышено количество лейкоцитов;
  • у женщины часто возникают гинекологические болезни;
  • для подтверждения диагноза «воспалительный процесс шейки матки».

Забор биоматериала для посева из цервикального канала проходит без обезболивания, особенная подготовка к процедуре не требуется.

Пациентке нужно только раздеться и лечь на гинекологическое кресло. Врач введет во влагалище одноразовое вагинальное зеркало, обеззараженным зондом быстро возьмет биоматериал и введет его в специальную среду, находящуюся в пробирке. Результаты теста будут готовы через 3 дня.

Важно: во время регул и несколько дней после них биоматериал из цервикального канала сдавать нельзя.

Видео:

Иногда в медучреждениях забор материала ведут не зондом, а щеточкой с несколькими рядами щетинок, которые вводят в цервикальный канал и делают вращательные движения. Щеточка, в отличие от зонда, позволяет взять большее количество слизи.

Питательная среда – смесь из растворенных в воде компонентов, являющихся факторами роста и питательными элементами для микроорганизмов. Вещества, входящие в состав питательной смеси, используются микробами для роста и расселения.

Чтобы правильно подготовиться к бакпосеву, женщина должна сутки воздерживаться от секса и заранее прекратить прием антибиотиков, если она ими лечится от каких-либо заболеваний.

Перед визитом к гинекологу нельзя спринцеваться, лечиться вагинальными препаратами, подмываться с мылом или другим моющим средством.

Во время спринцевания верхний слой слизи из цервикального канала частично вымывается, а результаты посева искажаются.

Аналогично искажают результаты посева из цервикального канала вагинальные свечи и кремы. Препараты этого типа содержат антибактериальные ингредиенты, влияющие на общую картину флоры.

После использования антибактериальных препаратов микрофлора на некоторое время приобретает нормальные параметры, а посев из канала не выявляет аномалий. Однако такая «норма» является временным явлением – через несколько суток патология возвращается.

Итак, целью посева из цервикального канала является идентификация микроорганизмов, населяющих канал шейки, и определение их количества.

Если в результате исследования обнаруживается патогенная и условно-патогенная микрофлора, то проводят выявление степени ее устойчивости к антибиотикам.

По результатам исследования назначают лечение, способствующее уничтожению патогенных микроорганизмов и восстановлению нормальной микрофлоры, состоящей из лакто- и бифидобактерий.

Вы здесь:

Микробиом кожи человека | Nature Reviews Microbiology

  • 1

    Шаршмидт, Т. К. и Фишбах, М. А. Что живет на нашей коже: экология, геномика и терапевтические возможности микробиома кожи. Drug Discov. Сегодня Дис. Мех. 10 , e83 – e89 (2013).

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 2

    Белкайд Ю. и Сегре Дж. А. Диалог между микробиотой кожи и иммунитетом. Наука 346 , 954–959 (2014).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 3

    Грайс, Э. А. Пересечение микробиома и хозяина на границе раздела кожи: идеи, основанные на геноме и метагеноме. Genome Res. 25 , 1514–1520 (2015).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 4

    Kong, H.H. et al. Временные сдвиги в микробиоме кожи, связанные с обострениями болезни и лечением у детей с атопическим дерматитом. Genome Res. 22 , 850–859 (2012). Это первое исследование, в котором у людей с атопическим дерматитом были взяты образцы и секвенированы образцы кожи.

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 5

    Паулино, Л. К., Цзэн, К.Х., Стробер Б. Э. и Блазер М. Дж. Молекулярный анализ грибковой микробиоты в образцах здоровой кожи человека и псориатических поражениях. J. Clin. Microbiol. 44 , 2933–2941 (2006).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 6

    Конг, Х. Х. и Сегре, Дж. А. Микробиом кожи: оглядываясь назад, чтобы двигаться вперед. J. Invest. Дерматол. 132 , 933–939 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 7

    Вёзе, К. Р. и Фокс, Г. Э. Филогенетическая структура прокариотического домена: первичные царства. Proc. Natl Acad. Sci. США 74 , 5088–5090 (1977). Это первое исследование, в котором ген 16S рРНК использовался для определения филогении микроорганизма.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 8

    Шох, К.L. et al. Ядерная рибосомная внутренняя транскрибируемая спейсерная область (ITS) как универсальный маркер штрих-кода ДНК для грибов. Proc. Natl Acad. Sci. США 109 , 6241–6246 (2012).

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 9

    Meisel, J. S. et al. Исследования микробиома кожи сильно зависят от дизайна экспериментов. J. Invest. Дерматол. 136 , 947–956 (2016). В этой статье описывается, как методология может повлиять на исследования микробиома кожи.

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 10

    Zeeuwen, P. L. et al. Ответ Meisel et al. J. Investigative Dermatol. 137 , 961–962 (2017).

    Артикул
    CAS

    Google ученый

  • 11

    Castelino, M. et al. Оптимизация методов исследования микробиома кожи: выбор праймера и сравнение платформы 454 с платформой MiSeq. BMC Microbiol. 17 , 23 (2017).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 12

    Schloss, P. D. et al. Представляем mothur: программное обеспечение с открытым исходным кодом, независимое от платформы, поддерживаемое сообществом, для описания и сравнения сообществ микробов. заявл. Environ. Microbiol. 75 , 7537–7541 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 13

    Капорасо, Дж.G. et al. QIIME позволяет анализировать данные секвенирования сообщества с высокой пропускной способностью. Nat. Методы 7 , 335–336 (2010).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 14

    Brooks, J. P. et al. Правда о метагеномике: количественная оценка и противодействие систематической ошибке в исследованиях 16S рРНК. BMC Microbiol. 15 , 66 (2015).

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 15

    Юань, С., Коэн, Д. Б., Равель, Дж., Абдо, З. и Форни, Л. Дж. Оценка методов выделения и очистки ДНК из микробиома человека. PLoS ONE 7 , e33865 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 16

    Gerasimidis, K. et al. Влияние методологии выделения ДНК на приложения для исследования микробиоты кишечника. BMC Res. Примечания 9 , 365 (2016).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 17

    Conlan, S. et al. Staphylococcus epidermidis Анализ пангеномной последовательности выявляет разнообразие кожных комменсальных изолятов и изолятов, связанных с госпитальной инфекцией. Genome Biol. 13 , R64 (2012).

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 18

    Томида, С.и другие. Пангеномный и сравнительный анализ генома propionibacterium acnes показывает его геномное разнообразие в микробиоме кожи здорового и больного человека. mBio 4 , e000030-13 (2013).

    Артикул
    CAS

    Google ученый

  • 19

    Bosi, E. et al. Сравнительное моделирование в масштабе генома штаммов Staphylococcus aureus идентифицирует штамм-специфические метаболические возможности, связанные с патогенностью. Proc. Natl Acad. Sci. США 113 , E3801 – E3809 (2016).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 20

    Костелло, Э. К. и др. Изменчивость бактериального сообщества в среде обитания человеческого тела в пространстве и времени. Наука 326 , 1694–1697 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 21

    Грайс, Э.A. et al. Топографическое и временное разнообразие микробиома кожи человека. Наука 324 , 1190–1192 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 22

    Грайс, Э. А., Сегре, Дж. А. Микробиом кожи. Nat. Rev. Microbiol. 9 , 244–253 (2011).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 23

    О, Дж.и другие. Биогеография и функция формы индивидуальности в метагеноме кожи человека. Природа 514 , 59–64 (2014).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 24

    Финдли К. и др. Топографическое разнообразие грибковых и бактериальных сообществ на коже человека. Природа 498 , 367–370 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 25

    О, Дж.и другие. Временная стабильность микробиома кожи человека. Cell 165 , 854–866 (2016). Вместе со ссылкой 23, эти исследования исследуют микробиом здоровой кожи человека с помощью метагеномного секвенирования дробовика.

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 26

    Ханниган, Г. Д. и др. Двухцепочечный ДНК-виром кожи человека: топографическое и временное разнообразие, генетическое обогащение и динамические ассоциации с микробиомом хозяина. мБио 6 , e01578-15 (2015).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 27

    Фен, Х., Шуда, М., Чанг, Ю. и Мур, П.С. Клональная интеграция полиомавируса в карциному из клеток Меркеля человека. Наука 319 , 1096–1100 (2008).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 28

    Schloissnig, S.и другие. Пейзаж геномных вариаций микробиома кишечника человека. Природа 493 , 45–50 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 29

    Faith, J. J. et al. Долгосрочная стабильность микробиоты кишечника человека. Наука 341 , 1237439 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 30

    Цай, Ю.C. et al. Разрешение сложности метагеномов кожи человека с помощью секвенирования одной молекулы. мБио 7 , e01948-15 (2016).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 31

    Холланд, К. Т., Гринман, Дж. И Канлифф, У. Дж. Рост кожных пропионибактерий на синтетической среде; урожайность роста и производство экзоферментов. J. Appl. Бактериол. 47 , 383–394 (1979).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 32

    Bruggemann, H. et al. Полная последовательность генома Propionibacterium acnes , комменсала кожи человека. Наука 305 , 671–673 (2004).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 33

    Марплз Р. Р., Даунинг Д. Т. и Клигман А. М. Контроль свободных жирных кислот в поверхностных липидах человека с помощью Corynebacterium acnes . J. Invest. Дерматол. 56 , 127–131 (1971).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 34

    Ingham, E., Holland, K. T., Gowland, G. & Cunliffe, W. J. Частичная очистка и определение характеристик липазы (EC 3.1.1.3) из Propionibacterium acnes . J. General Microbiol. 124 , 393–401 (1981).

    CAS

    Google ученый

  • 35

    Гриббон, Э.М., Канлифф, У. Дж. И Холланд, К. Т. Взаимодействие Propionibacterium acnes с кожными липидами in vitro . J. General Microbiol. 139 , 1745–1751 (1993).

    Артикул
    CAS

    Google ученый

  • 36

    Mukherjee, S. et al. Уровни кожного сала и гидратации в определенных областях человеческого лица в значительной степени предсказывают природу и разнообразие микробиома кожи лица. Sci. Отчет 6 , 36062 (2016).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 37

    Webster, G.F., Ruggieri, M. R. & McGinley, K. J. Корреляция популяций Propionibacterium acnes с наличием триглицеридов на коже нечеловеческого происхождения. заявл. Environ. Microbiol. 41 , 1269–1270 (1981).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 38

    Ву, Г.и другие. Сравнительная геномика Malassezia для всего рода определяет его филогению, физиологию и адаптацию ниши на коже человека. PLoS Genet. 11 , e1005614 (2015).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 39

    Dominguez-Bello, M. G. et al. Способ доставки формирует приобретение и структуру исходной микробиоты в различных средах обитания новорожденных. Proc. Natl Acad. Sci. США 107 , 11971–11975 (2010).

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 40

    Мюллер, Н. Т., Бакакс, Э., Комбеллик, Дж., Григорян, З. и Домингес-Белло, М. Г. Развитие микробиома младенца: мама имеет значение. Trends Mol. Med. 21 , 109–117 (2015).

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 41

    Яцуненко Т.и другие. Микробиом кишечника человека в зависимости от возраста и географии. Природа 486 , 222–227 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 42

    Фейт, Дж. Дж., Коломбел, Дж. Ф. и Гордон, Дж. И. Идентификация штаммов, которые способствуют возникновению сложных заболеваний, посредством изучения микробной наследственности. Proc. Natl Acad. Sci. США 112 , 633–640 (2015).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 43

    О, Дж., Конлан, С., Полли, Э. С., Сегре, Дж. А. и Конг, Х. Х. Изменения в человеческой коже и микробиоте ноздрей здоровых детей и взрослых. Genome Med. 4 , 77 (2012).

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 44

    Джо, Дж. Х. и др. Разнообразные грибковые сообщества кожи человека у детей сходятся во взрослом возрасте. J. Invest. Дерматол. 136 , 2356–2363 (2016).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 45

    Джо, Дж.Х., Кеннеди, Э. А. и Конг, Х. Х. Топографические и физиологические различия микобиома кожи в состоянии здоровья и болезни. Вирулентность 8 , 324–333 (2016).

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 46

    Гавличкова Б., Чайка В. А. и Фридрих М. Эпидемиологические тенденции микозов кожи во всем мире. Микозы 51 (Приложение 4), 2–15 (2008).

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 47

    Зеебахер, К., Бушара, Дж. П. и Миньон, Б. Обновления эпидемиологии дерматофитных инфекций. Mycopathologia 166 , 335–352 (2008).

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 48

    Кириакис, К. П. и др. Распространенность разноцветного лишая по возрасту и полу. Микозы 49 , 517–518 (2006).

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 49

    фон Эйфф, К., Беккер, К., Мачка, К., Стэммер, Х. и Петерс, Г. Носовое носительство как источник бактериемии Staphylococcus aureus . N. Engl. J. Med. 344 , 11–16 (2001).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 50

    Weidenmaier, C., Goerke, C. & Wolz, C. Staphylococcus aureus детерминанты носовой колонизации. Trends Microbiol. 20 , 243–250 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 51

    Bode, L.G. et al. Профилактика инфекций в области хирургического вмешательства у носителей инфекции Staphylococcus aureus . N. Engl. J. Med. 362 , 9–17 (2010).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 52

    ДеЛео, Ф. Р., Отто, М., Крейсвирт, Б. Н. и Чемберс, Х. Ф. Связанный с сообществом метициллин-устойчивый Staphylococcus aureus . Ланцет 375 , 1557–1568 (2010).

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 53

    Проктор Р.А. Проблемы универсальной вакцины Staphylococcus aureus . Clin. Заразить. Дис. 54 , 1179–1186 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 54

    Янсен К. У., Гирдженти Д.К., Скалли И. Л. и Андерсон А. С. Обзор вакцины: «Вакцины против Staphyloccocus aureus: проблемы и перспективы». Вакцина 31 , 2723–2730 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 55

    Pamer, E. G. Воскрешение кишечной микробиоты для борьбы с устойчивыми к антибиотикам патогенами. Наука 352 , 535–538 (2016).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 56

    Линг, Л.L. et al. Новый антибиотик убивает патогены без обнаруживаемой устойчивости. Природа 517 , 455–459 (2015).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 57

    Iwase, T. et al. Staphylococcus epidermidis Esp подавляет Staphylococcus aureus образование биопленок и колонизацию носа. Природа 465 , 346–349 (2010).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 58

    Сугимото, С.и другие. Staphylococcus epidermidis Esp расщепляет специфические белки, связанные с образованием биопленок Staphylococcus и взаимодействием между хозяином и патогеном. J. Bacteriol. 195 , 1645–1655 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 59

    Zipperer, A. et al. Комменсалы человека, продуцирующие новый антибиотик, ухудшают колонизацию патогенов. Природа 535 , 511–516 (2016). Вместе со ссылкой 57, эти исследования показывают, как комменсальные микроорганизмы кожи производят противомикробные препараты против S. aureus .

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 60

    Nakatsuji, T. et al. Противомикробные препараты из комменсальных бактерий кожи человека защищают от золотистого стафилококка и недостаточны при атопическом дерматите. Sci. Transl Med. 9 , eaah5680 (2017). Это первое исследование, в котором использовалась аутотрансплантация микроорганизмов на кожу.

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 61

    Wollenberg, M. S. et al. Копропорфирин III, продуцируемый пропионибактериями, вызывает агрегацию Staphylococcus aureus и образование биопленок. мБио 5 , e01286-14 (2014).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 62

    Рэмси, М.М., Фрейре, М. О., Габрильска, Р. А., Рамбо, К. П. и Лемон, К. П. Staphylococcus aureus смещается в сторону комменсализма в ответ на видов Corynebacterium . Фронт. Microbiol. 7 , 1230 (2016).

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 63

    Бомар, Л., Браггер, С. Д., Йост, Б. Х., Дэвис, С. С. и Лемон, К. П. Corynebacterium accolens выделяет свободные от пневмококков жирные кислоты из ноздрей человека и триацилглицерины на поверхности кожи. мБио 7 , e01725-15 (2016).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 64

    Christensen, G.J. et al. Антагонизм между Staphylococcus epidermidis и Propionibacterium acnes и его геномная основа. BMC Genom. 17 , 152 (2016).

    Артикул
    CAS

    Google ученый

  • 65

    Янек, Д., Zipperer, A., Kulik, A., Krismer, B. & Peschel, A. Высокая частота и разнообразие антимикробной активности, продуцируемой назальными штаммами Staphylococcus против бактериальных конкурентов. PLoS Pathog. 12 , e1005812 (2016).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 66

    Яссур, М. и др. Естественная история микробиома кишечника младенца и влияние лечения антибиотиками на разнообразие и стабильность бактериальных штаммов. Sci. Transl Med. 8 , 343ra81 (2016).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 67

    Atarashi, K. et al. Индукция Treg рационально подобранной смесью штаммов Clostridia из микробиоты человека. Природа 500 , 232–236 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 68

    Баффи, К.G. & Pamer, E. G. Устойчивость к колонизации, опосредованной микробиотой, против кишечных патогенов. Nat. Rev. Immunol. 13 , 790–801 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 69

    Iebba, V. et al. Эубиоз и дисбактериоз: две стороны микробиоты. New Microbiol. 39 , 1–12 (2016).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 70

    Лейден, Дж.Дж., МакГинли, К. Дж., Миллс, О. Х. и Клигман, А. М. Уровни пропионибактерий у пациентов с вульгарными угрями и без них. J. Invest. Дерматол. 65 , 382–384 (1975).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 71

    Фитц-Гиббон, С. и др. Популяции штаммов Propionibacterium acnes в микробиоме кожи человека, связанные с акне. J. Invest. Дерматол. 133 , 2152–2160 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 72

    Канг Д., Ши, Б., Эрфе, М. С., Крафт, Н. и Ли, Н. Витамин B12 модулирует транскриптом микробиоты кожи в патогенезе угрей. Sci. Transl Med. 7 , 293ра103 (2015). Это первое исследование секвенирования РНК кожи, в котором сравнивается экспрессия микробных генов у людей с акне и без них.

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 73

    Пикардо, М., Оттавиани, М., Камера, Э. и Мастрофранческо, А. Липиды сальных желез. Дерматоэндокринол. 1 , 68–71 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 74

    Jahns, A.C. et al. Повышенная частота встречаемости Propionibacterium acnes биопленок при вульгарных угрях: исследование случай-контроль. руб. J. Dermatol. 167 , 50–58 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 75

    Ломхольт, Х.Б. и Килиан М. Популяционный генетический анализ Propionibacterium acnes позволяет идентифицировать субпопуляции и эпидемические клоны, связанные с акне. PLoS ONE 5 , e12277 (2010).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 76

    McDowell, A. et al. Расширенная схема мультилокусного типирования последовательностей для Propionibacterium acnes : исследование «патогенных», «комменсальных» и устойчивых к антибиотикам штаммов. PLoS ONE 7 , e41480 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 77

    Макдауэлл, А., Надь, И., Мадьяри, М., Барнард, Э. и Патрик, С. Условно-патогенный микроорганизм Propionibacterium acnes : понимание типирования, болезней человека, клональной диверсификации и эволюции фактора САМР . PLoS ONE 8 , e70897 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 78

    Омер, Х., Макдауэлл, А. и Алексеев, О. А. Понимание роли Propionibacterium acnes в вульгарных угрях: критическая важность методологий взятия проб кожи. Clin. Дерматол. 35 , 118–129 (2017).

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 79

    Балта, И. и Озугуз, П. Индуцированная витамином B12 угревая сыпь. Кутане. Ocular Toxicol. 33 , 94–95 (2014).

    Артикул

    Google ученый

  • 80

    Шерерц, Э.F. Угревая сыпь, вызванная «мегадозой» витаминов B6 и B12. Кутис 48 , 119–120 (1991).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 81

    Dupre, A., Albarel, N., Bonafe, J. L., Christol, B. & Lassere, J. Угри, вызванные витамином B-12. Кутис 24 , 210–211 (1979).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 82

    Браун-Фалько, О.И Линке, Х. Проблема витаминов B6 / B12 прыщей. Публикация о медикаментозных угрях [на немецком языке]. MMW Munch. Med. Wochenschr. 118 , 155–160 (1976).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 83

    Пюссан, А., Ванбремерш, Ф., Монфорт, Дж. И Ламбертон, Дж. Н. Новый ятрогенный дерматоз: угри, вызванные витамином B 12 [на французском языке]. Бык. Soc. Пт. Дерматол. Сифилигр. 74 , 813–815 (1967).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 84

    Johnson, T., Kang, D., Barnard, E. & Li, H. Различия в уровне штаммов в производстве и регулировании порфиринов у Propionibacterium acnes проливают свет на ассоциации заболеваний. мСфера 1 , e00023-15 (2016).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 85

    Палмер, К.N. et al. Распространенные варианты с потерей функции белка эпидермального барьера филаггрина являются основным предрасполагающим фактором для атопического дерматита. Nat. Genet. 38 , 441–446 (2006).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 86

    Консорциум EArly по генетике и эпидемиологии жизненного цикла (EAGLE) Eczema Consortium. Исследование ассоциации нескольких геномов с участием 21 000 случаев и 95 000 контролей выявило новые локусы риска атопического дерматита. Nat. Genet. 47 , 1449–1456 (2015).

  • 87

    Лейден, Дж. Дж., Марплс, Р. Р. и Клигман, А. М. Staphylococcus aureus в поражениях атопического дерматита. руб. J. Dermatol. 90 , 525–530 (1974).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 88

    Хуанг, Дж. Т., Абрамс, М., Тлуган, Б., Радемейкер, А. и Паллер, А. С. Лечение колонизации Staphylococcus aureus при атопическом дерматите снижает тяжесть заболевания. Педиатрия 123 , e808–814 (2009).

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 89

    Bath-Hextall, F. J., Birnie, A. J., Ravenscroft, J. C. & Williams, H. C. Вмешательства по уменьшению Staphylococcus aureus при лечении атопической экземы: обновленный Кокрановский обзор. руб. J. Dermatol. 163 , 12–26 (2010).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 90

    Берд, А.L. et al. Разнообразие штаммов Staphylococcus aureus и Staphylococcus epidermidis , лежащих в основе педиатрического атопического дерматита. Sci. Transl Med. 9 , eaal4651 (2017).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 91

    Kennedy, E.A. et al. Микробиом кожи до развития атопического дерматита: ранняя колонизация комменсальными стафилококками через 2 месяца связана с более низким риском атопического дерматита через 1 год. J. Allergy Clin. Иммунол. 139 , 166–172 (2017).

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 92

    Chng, K. R. et al. Профилирование всего метагенома выявляет зависимую от микробиома кожи восприимчивость к обострению атопического дерматита. Nat. Microbiol. 1 , 16106 (2016).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 93

    Ганский, И.и другие. Биоразнообразие окружающей среды, микробиота человека и аллергия взаимосвязаны. Proc. Natl Acad. Sci. США 109 , 8334–8339 (2012).

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 94

    Фирквист Н. и др. Виды Acinetobacter в микробиоте кожи защищают от аллергической сенсибилизации и воспаления. J. Allergy Clin. Иммунол. 134 , 1301–1309.e11 (2014).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 95

    Zeeuwen, P.L. et al. Грамположительные анаэробные кокки недостаточно представлены в микробиоме кожи человека с дефицитом филаггрина. J. Allergy Clin. Иммунол. 139 , 1368–1371 (2017).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 96

    Накамура Ю. и др. Staphylococcus дельта-токсин вызывает аллергические кожные заболевания, активируя тучные клетки. Природа 503 , 397–401 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 97

    Нибур, М.и другие. Альфа-токсин стафилококка является сильным индуктором интерлейкина-17 у человека. Заражение. Иммун. 79 , 1615–1622 (2011).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 98

    Kaesler, S. et al. Staphylococcus aureus Липотейхоевая кислота, производная , вызывает временный паралич Т-клеток независимо от Toll-подобного рецептора 2. J. Allergy Clin. Иммунол. 138 , 780–790.e6 (2016).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 99

    Zhang, L.J. et al. Кожные адипоциты защищают от инвазивной кожной инфекции Staphylococcus . Наука 347 , 67–71 (2015).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 100

    Nakatsuji, T. et al. Staphylococcus aureus использует дефекты эпидермального барьера при атопическом дерматите для запуска экспрессии цитокинов. J. Invest. Дерматол. 136 , 2192–2200 (2016).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 101

    Кобаяши Т. и др. Дисбиоз и колонизация золотистого стафилококка вызывает воспаление при атопическом дерматите. Иммунитет 42 , 756–766 (2015). Это исследование демонстрирует, как преобладание S. aureus может вызывать воспаление кожи на животной модели с измененной целостностью барьера.

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 102

    Oh, J. et al. Измененный ландшафт микробиома кожи человека у пациентов с первичным иммунодефицитом. Genome Res. 23 , 2103–2114 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 103

    Smeekens, S.P. et al.Дисбаланс микробиома кожи у пациентов с дефектами STAT1 / STAT3 нарушает врожденные защитные реакции хозяина. J. Врожденный иммунитет. 6 , 253–262 (2014).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 104

    Chu, E. Y. et al. Кожные проявления синдрома дефицита DOCK8. Arch. Дерматол. 148 , 79–84 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 105

    Промперс, Л.и другие. Высокая распространенность ишемии, инфекции и серьезных сопутствующих заболеваний у пациентов с диабетической стопой в Европе. Исходные результаты исследования Eurodiale. Диабетология 50 , 18–25 (2007).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 106

    Валенси П., Жирод И., Барон Ф., Моро-Дефарж Т. и Гийон П. Качество жизни и клинические корреляты у пациентов с язвами диабетической стопы. Diabetes Metab. 31 , 263–271 (2005).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 107

    Ramsey, S.D. et al. Заболеваемость, исходы и стоимость язв стопы у пациентов с диабетом. Уход за диабетом 22 , 382–387 (1999).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 108

    Гарднер, С. Э., Хиллис, С.L., Heilmann, K., Segre, J. A. и Grice, E. A. Микробиом нейропатической диабетической язвы стопы связан с клиническими факторами. Диабет 62 , 923–930 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 109

    Loesche, M. et al. Временная стабильность микробиоты хронической раны связана с плохим заживлением. J. Invest. Дерматол. 137 , 237–244 (2017).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 110

    Martinez, C. et al. Нестабильный состав фекальной микробиоты при язвенном колите в период клинической ремиссии. г. J. Gastroenterol. 103 , 643–648 (2008).

    Артикул
    PubMed

    Google ученый

  • 111

    Kalan, L. et al. Новое определение микробиома хронических ран: грибковые сообщества распространены, динамичны и связаны с замедленным заживлением. мБио 7 , e01058-16 (2016).

    Артикул
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 112

    Korem, T. et al. Динамика роста микробиоты кишечника в условиях здоровья и болезней, полученная на основе единичных метагеномных образцов. Наука 349 , 1101–1106 (2015).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 113

    Сегре, Дж.А. Формирование эпидермального барьера и восстановление при кожных заболеваниях. J. Clin. Инвестировать. 116 , 1150–1158 (2006).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 114

    Галло, Р. Л. и Хупер, Л. В. Эпителиальная антимикробная защита кожи и кишечника. Nat. Rev. Immunol. 12 , 503–516 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 115

    Kong, H.H. et al. Исследование микробиома кожи: метод безумия. J. Invest. Дерматол. 137 , 561–568 (2017).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 116

    Алексеев О.А. Бактериальный ландшафт кожи человека: лес за деревьями. Exp. Дерматол. 22 , 443–446 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 117

    Алексеев, О.A. & Jahns, A. C. Отбор проб и обнаружение кожи Propionibacterium acnes : текущее состояние. Анаэроб 18 , 479–483 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 118

    Grice, E.A. et al. Профиль разнообразия микробиоты кожи человека. Genome Res. 18 , 1043–1050 (2008).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 119

    Накацудзи, Т.и другие. Микробиом простирается до субэпидермальных отделов нормальной кожи. Nat. Commun. 4 , 1431 (2013).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 120

    Zeeuwen, P. L. et al. Динамика микробиома эпидермиса человека после нарушения кожного барьера. Genome Biol. 13 , R101 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 121

    Надь, И.и другие. Propionibacterium acnes и липополисахарид индуцируют экспрессию антимикробных пептидов и провоспалительных цитокинов / хемокинов в себоцитах человека. Microbes Infect. 8 , 2195–2205 (2006).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 122

    Naik, S. et al. Взаимодействие комменсальных и дендритных клеток определяет уникальную защитную иммунную сигнатуру кожи. Природа 520 , 104–108 (2015).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 123

    Naik, S. et al. Компартментарный контроль кожного иммунитета резидентными комменсалами. Наука 337 , 1115–1119 (2012). Это исследование показывает, что кожные комменсалы могут способствовать кожному адаптивному иммунитету к патогенам.

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 124

    Прабхудас, М.и другие. Проблемы младенческого иммунитета: последствия для ответа на инфекцию и вакцины. Nat. Иммунол. 12 , 189–194 (2011).

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 125

    Scharschmidt, T.C. et al. Волна регуляторных Т-клеток в коже новорожденного опосредует толерантность к комменсальным микробам. Иммунитет 43 , 1011–1021 (2015). Это исследование описывает, как FoxP3 + Т-клетки накапливаются в коже новорожденных и способствуют толерантности к комменсалам.

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 126

    Белкайд Ю. и Тамутунур С. Влияние кожных микроорганизмов на кожный иммунитет. Nat. Rev. Immunol. 16 , 353–366 (2016). Это заметный обзор роли различных микроорганизмов в обучении врожденных и адаптивных компонентов иммунной системы кожи.

    Артикул
    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 127

    Белкайд, Ю.И Харрисон, О. Дж. Гомеостатический иммунитет и микробиота. Иммунитет 46 , 562–576 (2017).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 128

    Hand, T. W. et al. Острая желудочно-кишечная инфекция вызывает долгоживущие Т-клеточные ответы, специфичные для микробиоты. Наука 337 , 1553–1556 (2012).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 129

    Отто, М. Staphylococcus epidermidis — «случайный» возбудитель. Nat. Rev. Microbiol. 7 , 555–567 (2009).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 130

    Ньюэлл, Э. В. и Дэвис, М. М. За пределами модельных антигенов: высокоразмерные методы анализа антиген-специфических Т-клеток. Nat. Biotechnol. 32 , 149–157 (2014).

    Артикул
    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • Взаимодействие хозяина и микробиоты: от теории холобионта к анализу | Микробиом

  • 1.

    McFall-Ngai M, Hadfield MG, Bosch TCG, Carey HV, Domazet-Lošo T, Douglas AE, Dubilier N, Eberl G, Fukami T., Gilbert SF, et al. Животные в бактериальном мире — новый императив для наук о жизни. Труды Национальной академии наук. 2013. 110 (9): 3229–36.

    CAS
    Статья

    Google ученый

  • 2.

    Фостер К.Р., Шлютер Дж., Койт К.З., Ракофф-Нахум С. Эволюция микробиома хозяина как экосистемы на привязи.Природа. 2017; 548: 43.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 3.

    Selosse M-A, Bessis A, Pozo MJ. Микробное праймирование иммунитета растений и животных: симбионты как сигналы развития. Trends Microbiol. 2014. 22 (11): 607–13.

    CAS
    PubMed
    Статья

    Google ученый

  • 4.

    Bordenstein SR, Theis KR. Биология хозяина в свете микробиома: десять принципов голобионтов и гологеномов.Plos Biology. 2015; 13 (8): e1002226.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 5.

    Faure D, Simon JC, Heulin T. Holobiont: концептуальная основа для изучения экоэволюционных и функциональных последствий взаимодействия хозяина и микробиоты во всех экосистемах. Новый фитолог. 2018; 218: 1321–4.

    PubMed
    Статья

    Google ученый

  • 6.

    Маргулис Л.Симбиоз как источник эволюционных инноваций: видообразование и морфогенез. В: Cambridge MA MLFR, редактор. Симбиогенез и симбионтизм: MIT Press; 1991. стр. 1–14.

  • 7.

    Розенберг Э., Корен О., Решеф Л., Эфрони Р., Зильбер-Розенберг И. Роль микроорганизмов в здоровье, болезнях и эволюции кораллов. Обзоры природы микробиологии. 2007; 5: 355.

    CAS
    PubMed
    Статья

    Google ученый

  • 8.

    Зильбер-Розенберг И., Розенберг Э.Роль микроорганизмов в эволюции животных и растений: гологеномная теория эволюции. FEMS Microbiol Rev.2008; 32 (5): 723–35.

    CAS
    PubMed
    Статья

    Google ученый

  • 9.

    Хаттенхауэр С., Геверс Д., Найт Р., Абубукер С., Бэджер Дж. Х., Чинвалла А. Т., Кризи Х. Х., Эрл А. М., Фитцджеральд М. Г., Фултон Р. С. и др. Структура, функции и разнообразие микробиома здорового человека. Природа. 2012. 486 (7402): 207–14.

    CAS
    Статья

    Google ученый

  • 10.

    Ллойд-Прайс Дж., Абу-Али Дж., Хаттенхауэр С. Здоровый микробиом человека. Genome Med. 2016; 8 (1): 51.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 11.

    Egerton FN. История экологических наук, часть 52: Исследования симбиоза. Bull Ecol Soc Am. 2015; 96 (1): 80–139.

    Артикул

    Google ученый

  • 12.

    Хартманн А., Ротбаллер М., Шмид М. Лоренц Хилтнер, пионер в исследованиях микробной экологии ризосферы и бактериологии почвы.Почва растений. 2008. 312 (1): 7–14.

    CAS
    Статья

    Google ученый

  • 13.

    Сапп Дж. Пол Бюхнер (1886–1978) и наследственный симбиоз у насекомых. Int Microbiol. 2002. 5 (3): 145–50.

    PubMed
    Статья

    Google ученый

  • 14.

    Сегата Н. На пути к разрешенной деформации сравнительной метагеномики. mSystems. 2018; 3 (2): e00190–17.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 15.

    Guyomar C, Legeai F, Jousselin E, Mougel C, Lemaitre C, Simon JC. Многоуровневая характеристика разнообразия симбионтов в комплексе гороховой тли с помощью метагеномных подходов. Микробиом. 2018; 6 (1): 181.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 16.

    Менг А., Марше С., Корре Е., Петерлонго П., Альберти А., Да Силва С., Винкер П., Пеллетье Е., Проберт И., Деселле Дж. И др. Подход de novo к разделению идентичности и функции партнера в системах холобионтов.Микробиом. 2018; 6 (1): 105.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 17.

    Янг Э., Кэри М., Мехарг А.А., Мехарг С. Микробиом и экотипическая адаптация Holcus lanatus (L.) к экстремальным значениям рН почвы, исследованные с помощью секвенирования транскриптома. Микробиом. 2018; 6 (1): 48.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 18.

    Cregger MA, Veach AM, Yang ZK, Crouch MJ, Vilgalys R, Tuskan GA, Schadt CW. Холобионт Populus: анализ влияния растительных ниш и генотипа на микробиом. Микробиом. 2018; 6 (1): 31.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 19.

    Калленс М., Ватанабе Х., Като Й., Миура Дж., Декастекер Э. Состав посевного материала микробиоты влияет на сборку холобионтов и рост хозяев у дафний. Микробиом.2018; 6 (1): 56.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 20.

    Бренер-Раффалли К., Клерисси К., Видаль-Дюпиол Дж., Аджеруд М., Бономм Ф., Пратлонг М., Аурелль Д., Митта Дж., Тулза Е. Температурный режим и кладовая хозяина, а не география, движут Симбиодиний и бактериальные сообщества в склерактиниевом коралле Pocillopora damicornis sensu lato. Микробиом. 2018; 6 (1): 39.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 21.

    Vannier N, Mony C, Bittebiere A-K, Michon-Coudouel S, Biget M, Vandenkoornhuyse P. Путешествие микроорганизмов между поколениями растений. Микробиом. 2018; 6 (1): 79.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 22.

    van de Water JAJM, Allemand D, Ferrier-Pagès C. Взаимодействия хозяина и микроба у октокоральных голобионтов — последние достижения и перспективы. Микробиом. 2018; 6 (1): 64.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 23.

    Sorek M, Schnytzer Y, Ben-Asher HW, Caspi VC, Chen C-S, Miller DJ, Levy O. Задание темпа: ритмическое поведение хозяина и паттерны экспрессии генов в факультативно симбиотической книдарии Aiptasia в значительной степени определяются Symbiodinium. Микробиом. 2018; 6 (1): 83.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 24.

    Пита Л., Рикс Л., Слаби Б.М., Франке А., Хентшель У. Губчатый холобионт в меняющемся океане: от микробов до экосистем.Микробиом. 2018; 6 (1): 46.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 25.

    Раванбахш М., Сасидхаран Р., Военек LACJ, Ковальчук Г.А., Жуссе А. Микробная модуляция передачи сигналов этилена в растениях: экологические и эволюционные последствия. Микробиом. 2018; 6 (1): 52.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 26.

    Геган М., Зуаш К., Демишель С., Минар Дж., Тран Ван В., Потье П., Мавингуи П., Валиенте Моро К.Комариный холобионт: свежий взгляд на взаимодействие комаров и микробиоты. Микробиом. 2018; 6 (1): 49.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 27.

    Бредон М., Диттмер Дж., Ноэль К., Мумен Б., Бушон Д. Деградация лигноцеллюлозы на уровне холобионта: совместная работа у ключевого почвенного беспозвоночного. Микробиом. 2018; 6 (1): 162.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 28.

    ван де Гухте М., Блоттьер Х.М., Доре Дж. Люди как холобионты: значение для профилактики и лечения. Микробиом. 2018; 6 (1): 81.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 29.

    Броберг М., Дунан Дж., Мундт Ф., Денман С., Макдональд Дж. Э. Комплексный многомерный анализ взаимодействий хозяина и микробиоты при остром упадке дуба. Микробиом. 2018; 6 (1): 21.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 30.

    Хассани М.А., Дуран П., Хаккард С. Микробные взаимодействия внутри холобионта растения. Микробиом. 2018; 6 (1): 58.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 31.

    Moran NA, Sloan DB. Концепция гологенома: полезная или пустая? PLOS Биология. 2015; 13 (12): e1002311.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 32.

    Дуглас А.Е., Веррен Дж. Х.Отверстия в хологеноме: почему симбиозы хозяин-микроб не являются холобионтами. mBio. 2016; 7 (2): e02099–15.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 33.

    Розенберг Э., Зильбер-Розенберг И. Концепция эволюции гологенома через 10 лет. Микробиом. 2018; 6 (1): 78.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 34.

    Ситараман Р.Прокариотический горизонтальный перенос генов в человеческом холобионте: эколого-эволюционные выводы, последствия и возможности. Микробиом. 2018; 6 (1): 163.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 35.

    Перес-Харамильо Дж. Э., Каррион В. Дж., Де Холландер М., Рааймейкерс Дж. М.. Дикая сторона микробиомов растений. Микробиом. 2018; 6 (1): 143.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 36.

    Севеллек М., Дероме Н., Бернатчез Л. Холобионты и экологическое видообразование: кишечная микробиота пар видов озерных сигов. Микробиом. 2018; 6 (1): 47.

    PubMed
    PubMed Central
    Статья

    Google ученый

  • 37.

    Brucker RM, Bordenstein SR. Видообразование путем симбиоза. Тенденции в экологии и эволюции. 2012. 27 (8): 443–51.

    Артикул

    Google ученый

  • 38.

    Вавре Ф, Кремер Н. Влияние микробов на эволюционную диверсификацию насекомых: от закономерностей к механизмам. Curr Opin Insect Sci. 2014; 4 (Приложение C): 29–34.

    PubMed
    Статья

    Google ученый

  • Я проанализировал бактерии в кишечнике. И это может быть будущее медицины | Microbiology

    Все мы знакомы с «внутренними чувствами», «кишечными реакциями» и «внутренними инстинктами», но насколько мы действительно знаем или заботимся о своем кишечнике? По мере того, как мы все больше осознаем, что кладем в желудок, поразительно, насколько мы остаемся в неведении относительно того, что происходит в нашем кишечнике.Оказывается, там очень много всего происходит.

    Микробиологи добились поразительных успехов в раскрытии наших сокровенных секретов. Оказывается, глубоко внутри нас существует сложная экосистема, в которой обитает фантастическое разнообразие форм жизни, из которых очень мало принадлежит нашему виду.

    Для большинства из нас, подозрительно относящихся к инородным телам, трудно понять, что в самой своей сути мы меньше, или, скорее, намного больше, чем люди. Но на самом деле в кишечнике живет около 100 триллионов организмов.Если сложить их все вместе, они будут размером с футбольный мяч. Что касается клеток, то количество микробов превышает количество человеческих собратьев примерно в три раза. Что касается генов, микробное преимущество составляет примерно 300 к одному.

    Это означает, что огромное количество нас, так сказать, не мы. Это поднимает целый ряд интересных философских и анатомических вопросов, из которых наиболее актуальными могут быть: стоит ли нам беспокоиться?

    Ну, я не особо беспокоился о бактериях, пока не проверил содержимое моего кишечника.Я довольно спокойно относился к тому, что до тех пор, пока уборная регулярно отбеливалась, я чистила зубы и содержала кухонные поверхности в достаточной чистоте, тогда мне не приходилось слишком много думать о том, что происходит на микробном уровне. Но нет ничего лучше, чем переложить собственные фекалии в контейнер из плексигласа, чтобы заставить вас остановиться и задуматься о том, чем мы полны. Именно этим неприятным делом я оказался в октябре прошлого года, когда собрал образец стула для отправки в холодном виде в Институт бионаук при Университетском колледже Корка в Ирландии.

    Институт является одним из ведущих центров Европы по изучению того, что сейчас называется микробиомом, то есть всех бактерий, вирусов, грибов, архей и эукариот, населяющих человеческое тело, внутри и снаружи. Упрощенный взгляд на этих гостей традиционно сосредоточен на их паразитарных или патогенных аспектах. Либо они довольно безобидно проехались на машине бесплатно, либо были прямой угрозой для своего хозяина.

    Но в последнее время эта огромная армия микробов рассматривается как жизненно важный компонент в обеспечении и поддержании здоровья человека.Важность микробиома настолько велика, что теперь он рассматривается учеными как отдельный орган со своей собственной динамической метаболической активностью. Но что именно это за деятельность, и все ли это будет планироваться вместе со мной?

    Пол О’Тул — профессор Центра пищевой фармакологии, который является частью Института бионаук в Корке. Увлеченный марафонец, он выглядит так, будто знает кое-что о стойкости кишечника. Он координировал финансируемое государством исследование, запущенное незадолго до краха ирландской экономики, под названием Eldermet, которое было направлено на то, чтобы помочь пищевой промышленности Ирландии разрабатывать продукты питания для пожилых людей.Для этого им нужна была база знаний о микробиоте кишечника. Поэтому О’Тул начал изучать, как диета влияет на микробиоту пожилого населения Ирландии.

    В его карьере есть элемент браконьера, превратившегося в егеря, потому что он начинал как бактериальный враг. «Я провел около 15 лет, работая с патогенами, которых вы пытаетесь убить», — говорит он мне в своем офисе. «Я защитил докторскую диссертацию по стафилококку. Один организм, один ген. Я работал над состоянием, называемым синдромом ошпаренной кожи, при котором стафилококки поражают пупочную культю, и если они производят токсин, вся кожа ребенка отслаивается.»

    От борьбы со стафилококками он перешел к пробиотикам — микроорганизмам, которые должны быть полезны для нас, — которые в коммерческой форме разливались в капсулы и йогурты и рекламировались публике как» дружественные бактерии «. Но он обнаружил, что он сам не мог эффективно изучать пробиотики изолированно, потому что их преимущества часто были косвенными.

    «Я понял, что мне нужно изучить весь холст», — говорит он. начинает становиться предметом интенсивных биомедицинских исследований.

    Есть две лаборатории, объясняет О’Тул, которые обрабатывали мой образец. Первой была лаборатория мокрого типа, где в результате различных молекулярных атак была извлечена ДНК, 95% которой были бактериальными. Затем это было отправлено внешней компании для секвенирования — было более 30 000 последовательностей — а затем огромный файл данных был обработан тем, что О’Тул назвал «кучкой компьютерных ботаников, которые сидят весь день и генерируют статистику» в институте. лаборатория данных.

    Всего год назад этот процесс стоил более 400 фунтов стерлингов.Теперь это можно сделать всего за 15 фунтов стерлингов. Вы получите пару круговых диаграмм, в которых перечислены микробиоты кишечника на разных филогенетических уровнях и повествовательное объяснение их значения. Филогенетические уровни в данном случае просто относятся к разным уровням разрешения.

    В самом широком смысле, на уровне филума, моя микробиота, как и все остальные, преобладала двух типов: фирмикуты и бактероидеты. Западная диета, под которой мы обычно подразумеваем североамериканскую диету, богата жирами и белками.В этой диете бактероиды обычно составляют более 55% микробиоты кишечника, а иногда, в самой Северной Америке, до 80%. В Европе средние цифры варьируются от страны к стране. В моем случае у меня было 34%.

    Противоположностью североамериканской диете является то, что О’Тул называет «естественной диетой». «Наши предшественники на равнинах Африки не ели гамбургеры», — объясняет он. «Они бегали вокруг, ели растительную пищу и листья, а иногда и белку, если им повезло.»

    При растительной диете микробиота склоняется в пользу другого основного типа, фирмикутов. Некоторые сложные углеводы в растениях не могут перевариваться одними нашим организмом. Они должны расщепляться кишечной микробиотой. которые производят ферменты, которые расщепляют длинные цепи и сбраживают их в короткоцепочечные жирные кислоты, такие как бутират, производимый исключительно бактериями, ацетат и пропионат.

    Эти жирные кислоты полезны для организма. Бутират, например, обеспечивает источник энергии, к которому клетки, выстилающие наш кишечник, могут получить прямой доступ.Он также контролирует пролиферацию клеток в кишечнике и, как полагают, обладает антиканцерогенными свойствами. Все это означало, что моя оценка в 51% фирмикутов была хорошим знаком.

    Если посмотреть на уровень родов, который предлагает более детальное рассмотрение моего микробного состава, хорошие новости продолжаются. У меня было в три раза больше розбурии, продуцирующей бутират, чем у здоровой когорты, использованной в исследовании О’Тула. Гораздо больше лачноспир, чем обычно, но гораздо меньше бактероидов (не путать с бактероидетами) и алистипов — как выразился О’Тул, выражаясь более научными терминами, «ублюдок всех».

    И снова это были положительные результаты. Lachnospira разлагают пектины и ферментируют пищевые волокна, и у меня их в три раза больше, чем обычно. Бактероиды часто ассоциируются с диетами, основанными на мясе, с высоким содержанием белка и высоким содержанием жиров, точно так же, как алистипы, как правило, больше присутствуют у людей, которые едят меньше растительной пищи. В общем, это означало, что мое чутье — несмотря на отсутствие шести кубиков — вероятно, было в хорошей форме. Конечно, это не то, чем можно похвастаться на званых обедах. «У меня значительно больше, чем в среднем, количество лачоспиры» — вряд ли разговорный прием, который впечатлит немикробиологов, даже если вам удастся правильно произнести это слово.Но точно так же, как мы теперь знаем, что высокого холестерина следует избегать, мы тоже можем скоро начать осознавать, какие виды бактерий являются маркерами хорошего здоровья, особенно если цена тестирования снизится.

    Однако были один или два результата, которые О’Тул пытался понять. В частности, мой высокий уровень natranaerobius, рода бактерий, которые процветают в высокощелочной среде с высоким содержанием соли. Я много суши ел? Нет, хотя я люблю рыбу, я предпочитаю ее приготовить.Я приготовил много рыбы? Не чаще одного раза в неделю.

    Хотя он не нашел ничего зловещего в натранаэробиусе, его обеспокоило то, что он не мог точно указать на причину его изобилия в моем кишечнике. Но к тому времени ему удалось сделать слепой прогноз относительно моей диеты, который оказался невероятно точным. Он видел очень мало свидетельств мясоедения — я не ел мяса 30 лет. Но было много доказательств высокого содержания клетчатки, что хорошо, потому что клетчаткой питаются бактерии. Если мы не кормим бактерии, они питаются нами, особенно слизистой оболочкой толстого кишечника.Были также свидетельства наличия большого количества рыбы и большого количества овощей. Все это в точности соответствует моей диете.

    Я полагаю, что его предсказание так верно, должно быть, приятно.

    «Это немного жутковато, — соглашается он. «Но это заставило меня задуматься о пользе этого. Я имею в виду, что рассказывать людям, что они едят, не особо полезно».

    О’Тул интересуется диагностическим потенциалом микробиома. «Вероятно, мы могли бы догадаться, каковы ваши воспалительные параметры», — говорит он, фиксируя меня одним из тех выражений, на которых специализируются терапевты, когда отрывается от ваших медицинских записей: нейтральное, упорное и вызывающее беспокойство.Я не только не знаю, каковы мои воспалительные параметры, я не знаю, что означают воспалительные параметры.

    О’Тул объясняет, что была установлена ​​значительная связь между микробиотой кишечника и воспалением, саркопенией и когнитивной функцией.

    «Воспаление», — говорит он, — «не отек большого пальца. Воспаление означает, насколько активирована ваша иммунная система. Я предполагаю, что ваши воспалительные маркеры находятся на исходном уровне. Иммунная система обычно включена, и это нехорошо, потому что, если она включена, когда они заболевают зимним гриппом, вся их энергия тратится на погоню за призраками.Итак, вы хотите уменьшить воспаление ».

    Саркопения означает потерю мышечной массы. Это происходит по мере того, как мы становимся старше, потому что организм становится менее эффективным в превращении белка в мышцы, поэтому пожилым людям нужно иметь больше белка». считают, что сужение кишечных бактерий у пожилых людей делает кишечник менее эффективным для поглощения белков «, — говорит О’Тул.

    Когнитивная функция частично связана с так называемой осью мозг-кишечник. мучения »и« интуиция »предполагают, что действительно существует тесная связь между мозгом и кишечником.Наш кишечник остро реагирует на изменения в наших эмоциях и психическом состоянии. Но это улица с двусторонним движением: исследования показывают, что наш мозг и эмоции также чувствительны к тому, что происходит в нашем кишечнике.

    Обычно когнитивные функции с возрастом снижаются медленно, но в некоторых случаях могут быстро ускоряться.

    «Быстрые когнитивные нарушения объясняются физиологическими причинами, такими как болезнь Альцгеймера и старческое слабоумие, — говорит О’Тул. «Но на скорость потери также могут влиять соединения, производимые бактериями, и это то, к чему мы стремимся.Бактерии производят химические вещества, являющиеся аналогами — другими словами, они выглядят идентично нормальным передатчикам человека. Мы надеемся, что сможем улучшить способность пожилых людей обрабатывать данные ».

    Общим для всех этих проблем, особенно среди пожилых людей, является сужение кишечной микробиоты, которое, в свою очередь, обычно является результатом сужения Это вопрос, который О’Тул неоднократно подчеркивает.

    «Разнообразие — ключ к успеху. То, что мы видим у людей, соблюдающих узкое разнообразие диет, — это коллапс микробиоты.Хорошей аналогией может служить экосистема, подобная тропическому лесу, где взаимодействует множество растений и животных. Он эволюционировал в течение десятков тысяч лет, затем один из ключевых видов, дерево, вырубается, и вы получаете экологический коллапс.

    «И если у вас был джентльмен, у которого умерла жена, и она все готовила, а затем он внезапно ест тосты и мармелад, разнообразие кишечной микробиоты исчезнет — потому что разнообразие диеты коррелирует с разнообразием микробиоты — и вы это сделаете. получить ряд связанных с этим проблем со здоровьем.»

    Он продолжает говорить мне, что мое микробное разнообразие впечатляюще велико и что, в качестве резюме, он мог бы предположить, что моя диета» чертовски хороша «. Забудьте о диете 5-2, я внезапно чувствую, что пишу книга-бестселлер « Кишки: микробиологическое руководство по здоровому питанию» . В определенном смысле, конечно, это не большое достижение. Исследования показывают, что изменение диеты занимает лишь короткое время, чтобы резко изменить микробиоту, хотя она и возвращается обратно так же быстро, как только откажутся от диеты.

    Но эта внешне поверхностная связь между пищей и микробами на самом деле довольно глубокая, потому что сначала она говорит о совместной эволюции с человеческим телом на протяжении десятков тысяч лет. Как и все организмы и виды, люди эволюционировали, чтобы иметь особые отношения с определенным набором микробов.

    На Земле существуют сотни тысяч видов микробов, но только около тысячи из них имеют связь с людьми. Таким образом, во-вторых, это предполагает, что нам нужно перестать думать о себе как о сущностях, отдельных от микробов, колонизировавших наши тела.

    «Мы пережили период медицины, когда мы разрабатывали антибиотики», — говорит О’Тул. «До Второй мировой войны мы умирали от таких глупостей, как пневмония и галопирующая сепсис из небольшой раны. Итак, антибиотики имели большой успех. патогены. Но теперь у нас есть более разумное представление о людях как о химерах ».

    Жизнь без микробов была бы несчастливой. Тесты показали, что мышь, выращенная в лаборатории, лишенной бактерий, не может развить надлежащую иммунную систему или эффективную пищеварительную систему.Чтобы извлечь калории, ему нужно потреблять намного больше еды. Люди впервые колонизируются микробами во время рождения. Затем через грудное молоко, которое содержит как пробиотики (полезные микробы), так и пребиотики (соединения, которые способствуют росту пробиотиков).

    «Имеются убедительные доказательства, — говорит О’Тул, — что взрыв аутоиммунных заболеваний и заболеваний, связанных с нарушением иммунной регуляции, в западном обществе может быть вызван подавлением кишечных бактерий с младенчества и далее.

    « Иммунная система у младенцев » вероятно, учат различать «я» и «не-я» в контексте бактерий.В публикации Nature есть две недавние статьи, показывающие, что бутират важен для привлечения регуляторных Т-клеток, ветви иммунных клеток, которые контролируют процессы, участвующие в воспалительном заболевании кишечника и синдроме раздраженного кишечника ».

    Это занимает около двух лет. от рождения через процесс отбора ребенка для достижения зрелого микробиома. Есть несколько явлений, которые могут способствовать уменьшению микробов в детстве. Одним из них является увеличение числа случаев кесарева сечения.

    «Младенцы, которые ранее были колонизированы в родовых путях микробиотой своей матери, теперь имеют микробиоту кишечника, которая больше похожа на стены больницы, чем на микробиоту влагалища матери».

    Еще одна проблема — недостаток грудного молока, а третья — повышенное употребление антибиотиков. О’Тул говорит, что одно исследование показывает, что повторное использование антибиотиков склоняет микробиоту к той, которая способствует ожирению. На самом деле, по всему миру существует множество исследований, которые все еще находятся в зачаточном состоянии, но которые указывают на взаимосвязь между микробиотой и такими разнообразными заболеваниями и жалобами, как синдром раздраженного кишечника, воспалительные заболевания кишечника, диабет второго типа, болезнь Паркинсона, Альцгеймера, аутизм, депрессия. , сердечно-сосудистые заболевания и рак толстой кишки.

    Но пока ни одно из этих утверждений не является окончательным, а многие из них носят исключительно спекулятивный характер. После первоначальных заявлений о потенциальной пользе исследований микробиома для здоровья — тех, которые, как правило, помогают финансировать — возникла некоторая скептическая реакция.

    В нескольких статьях указывалось, что было много преувеличений, но недостаточно существа. И пока медики не торопятся выпускать специалистов по микробиому.

    «Медицина, как известно, медленно перенимает новые идеи, — говорит О’Тул.Он цитирует случай Барри Маршалла, австралийского врача, чье заявление об установлении бактериальной причины пептических язв и рака желудка было всесторонне высмеяно медицинским истеблишментом в 1980-х годах. «Примерно 20 лет спустя он получил Нобелевскую премию».

    Проблема, по его словам, в том, что микробиологи очень хорошо умеют обнаруживать кишечные бактерии и определять, какую роль они могут играть, но они медленно разрабатывают механизмы для установления прочных причинно-следственных связей и практического применения.

    «Я лично надеюсь, что это не станет решением для всего, потому что это не будет правдоподобным, это просто неправда. Существует множество доказательств того, что большинство основных болезней человека имеют физиологическую основу или образ жизни, но в некоторых из них это возможно. те, что микробиота кишечника является модулирующим фактором, который способствует общему риску ».

    Прямо сейчас О’Тул хотел бы уменьшить низкое разнообразие микробиоты у пожилых людей с помощью пищевых добавок. «Но мы обеспокоены тем, что, как заявляет Всемирный фонд дикой природы, исчезновение может быть навсегда.Что, если у пожилого человека отсутствует особенно полезная бактерия, мы не сможем вернуть ее с помощью одной диеты ».

    Решением в этом случае может быть трансплантация фекальной микробиоты, которую О’Тул услужливо разъясняет, — идея пересадить чужой фекалий реципиенту «. Что аккуратно возвращает нас к тому, с чего я начал. Если сбор собственных экскрементов противоречит интуиции, то введение их кому-то другому противоречит всем приличным человеческим инстинктам.

    Но это уже происходит в Северной Америке и О’Тул предполагает, что такие трансплантаты могут помочь предотвратить изъязвление толстой кишки — состояние, которое чуть не убило моего отца несколько лет назад.В конце концов, все сводится к тому, что вы вставляете и вынимаете. И в этом неутомимом жизненном цикле мы не должны ужасаться, если даже наши отходы не пойдут впустую.

    Обратите внимание: Институт бионаук не может предложить индивидуальный анализ и сделал это только для целей этой статьи.

    Микробиом | Источник питания

    Перейти к:
    Что такое микробиом?
    Как микробиота приносит пользу организму
    Роль пробиотиков
    Может ли диета повлиять на микробиоту человека?
    Будущие направления исследований

    Что такое микробиом?

    Представьте себе шумный город утром в будний день, тротуары заполнены людьми, спешащими на работу или на встречи.Теперь представьте это на микроскопическом уровне, и вы получите представление о том, как выглядит микробиом внутри нашего тела, состоящий из триллионов микроорганизмов (также называемых микробиотой или микробами) тысяч различных видов. [1] К ним относятся не только бактерии, но и грибы, паразиты и вирусы. У здорового человека эти «жучки» мирно сосуществуют, причем наибольшее их количество обнаруживается в тонком и толстом кишечнике, а также по всему телу. Микробиом даже называют поддерживающим органом, потому что он играет очень много ключевых ролей в обеспечении бесперебойной повседневной работы человеческого тела.

    У каждого человека есть совершенно уникальная сеть микробиоты, которая изначально определяется его ДНК. Человек впервые подвергается воздействию микроорганизмов в младенчестве, во время родов через родовые пути и через грудное молоко матери. [1] То, каким именно микроорганизмам подвергается младенец, зависит исключительно от вида, обнаруженного у матери. Позже воздействие окружающей среды и диета могут изменить микробиом человека, сделав его полезным для здоровья или подвергнуть его большему риску заболевания.

    Микробиом состоит из полезных и потенциально вредных микробов. Большинство из них являются симбиотическими (от которых выигрывают и человеческое тело, и микробиота), а некоторые, в меньшем количестве, являются патогенными (способствуют развитию болезни). В здоровом организме без проблем сосуществуют патогенная и симбиотическая микробиота. Но если есть нарушение этого баланса, вызванное инфекционными заболеваниями, определенными диетами или длительным использованием антибиотиков или других препаратов, уничтожающих бактерии, возникает дисбактериоз, прекращающий эти нормальные взаимодействия.В результате организм может стать более восприимчивым к болезням.

    Как микробиота приносит пользу организму

    Микробиота стимулирует иммунную систему, расщепляет потенциально токсичные пищевые соединения и синтезирует определенные витамины и аминокислоты [2], включая витамины группы B и витамин K. Например, ключевые ферменты, необходимые для образования витамина B12, содержатся только в бактериях, не у растений и животных. [3]

    Сахара, такие как столовый сахар и лактоза (молочный сахар), быстро всасываются в верхней части тонкой кишки, но более сложные углеводы, такие как крахмалы и волокна, не так легко перевариваются и могут перемещаться ниже в толстую кишку.Там микробиота помогает расщеплять эти соединения с помощью их пищеварительных ферментов. Ферментация неперевариваемых волокон вызывает производство короткоцепочечных жирных кислот (SCFA), которые могут использоваться организмом в качестве источника питательных веществ, но также играют важную роль в функции мышц и, возможно, в профилактике хронических заболеваний, включая некоторые виды рака и расстройства кишечника. . Клинические исследования показали, что SCFA могут быть полезны при лечении язвенного колита, болезни Крона и диареи, связанной с антибиотиками.[2]

    Микробиота здорового человека также обеспечивает защиту от патогенных организмов, попадающих в организм, например, через питье или употребление зараженной воды или пищи.

    Крупные семейства бактерий, обнаруженных в кишечнике человека, включают Prevotella , Ruminococcus , Bacteroides и Firmicutes . [4] В толстой кишке, в среде с низким содержанием кислорода, вы найдете анаэробные бактерии Peptostreptococcus, Bifidobacterium , Lactobacillus и Clostridium .[4] Считается, что эти микробы предотвращают чрезмерный рост вредных бактерий, конкурируя за питательные вещества и места прикрепления к слизистой оболочке кишечника, которая является основным местом иммунной активности и производства антимикробных белков. [5,6]

    Роль пробиотиков

    Если микробиота так жизненно важна для нашего здоровья, как мы можем гарантировать, что у нас есть достаточное количество или правильные типы? Возможно, вы знакомы с пробиотиками или, возможно, уже используете их. Это либо продукты, которые от природы содержат микробиоту, либо таблетки-добавки, содержащие живые активные бактерии, рекламируемые для улучшения здоровья пищеварительной системы.Продажи пробиотических добавок превысили 35 миллиардов долларов в 2015 году с прогнозируемым увеличением до 65 миллиардов долларов к 2024 году. Верите ли вы в заявления о здоровье или думаете, что это еще одна афера со змеиным маслом, они составляют многомиллиардную отрасль, которая развивается в тандеме с быстро появляющиеся исследования.

    Д-р Аллан Уокер, профессор питания Гарвардской школы общественного здравоохранения и Гарвардской медицинской школы, считает, что, хотя опубликованные исследования противоречивы, существуют определенные ситуации, в которых пробиотические добавки могут быть полезны.«Пробиотики могут быть наиболее эффективными для обоих концов возрастного спектра, потому что в этом случае ваши микробы не так устойчивы, как обычно», — объясняет Уокер. «В эти периоды вы можете более эффективно влиять на этот огромный процесс бактериальной колонизации с помощью пробиотиков». Он также отмечает ситуации стресса для организма, когда пробиотики могут быть полезны, например, уменьшение тяжести диареи после контакта с патогенами или восстановление нормальных бактерий в кишечнике после того, как пациент принимает антибиотики.Тем не менее, Уокер подчеркивает, что «это все обстоятельства, при которых происходит нарушение баланса в кишечнике. Если вы имеете дело со здоровым взрослым или более старшим ребенком, который не принимает антибиотики, я не думаю, что введение пробиотика будет столь же эффективным для общего улучшения их здоровья ».

    Поскольку пробиотики относятся к категории добавок, а не продуктов питания, они не регулируются Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.Это означает, что, если компания, производящая добавки, добровольно не раскроет информацию о качестве, например, наличие USP (U.S. Pharmacopeial Convention) печать, которая обеспечивает стандарты качества и чистоты, пробиотические таблетки могут не содержать количества, указанные на этикетке, или даже не гарантировать, что бактерии живы и активны во время использования.

    Может ли диета повлиять на микробиоту?

    Помимо семейных генов, окружающей среды и использования лекарств, диета играет большую роль в определении того, какие виды микробиоты обитают в толстой кишке. [2] Все эти факторы создают уникальный микробиом от человека к человеку.В частности, диета с высоким содержанием клетчатки влияет на тип и количество микробиоты в кишечнике. Пищевые волокна могут быть расщеплены и ферментированы только ферментами микробиоты, живущей в толстой кишке. Короткоцепочечные жирные кислоты (SCFA) высвобождаются в результате ферментации. Это снижает рН толстой кишки, что, в свою очередь, определяет тип присутствующей микробиоты, которая выживет в этой кислой среде. Более низкий уровень pH ограничивает рост некоторых вредных бактерий, таких как Clostridium difficile . Растущие исследования SCFA исследуют их широкое влияние на здоровье, включая стимуляцию активности иммунных клеток и поддержание нормального уровня глюкозы и холестерина в крови.

    Продукты, поддерживающие повышенный уровень SCFA, — это неперевариваемые углеводы и волокна, такие как инулин, резистентные крахмалы, камеди, пектины и фруктоолигосахариды. Эти волокна иногда называют пребиотиками, потому что они питают нашу полезную микробиоту. Хотя существуют добавки, содержащие пребиотические волокна, существует множество полезных для здоровья продуктов, содержащих пребиотики. Наибольшее количество содержится в сырых вариантах следующих ингредиентов: чеснок, лук, лук-порей, спаржа, топинамбур, зелень одуванчика, бананы и водоросли.В целом, фрукты, овощи, бобы и цельнозерновые продукты, такие как пшеница, овес и ячмень, являются хорошими источниками пребиотических волокон.

    Имейте в виду, что высокое потребление пребиотических продуктов, особенно если их вводить внезапно, может увеличить газообразование (метеоризм) и вздутие живота. Лица с чувствительностью желудочно-кишечного тракта, такой как синдром раздраженного кишечника, должны вводить эти продукты в небольших количествах, чтобы сначала оценить переносимость. При продолжении использования переносимость может улучшиться с меньшим количеством побочных эффектов.

    Если человек не чувствителен к пище, важно постепенно внедрять диету с высоким содержанием клетчатки, потому что диета с низким содержанием клетчатки может не только уменьшить количество полезной микробиоты, но и увеличить рост патогенных бактерий, которые процветают в менее кислой среде. .

    Продукты с пробиотиками содержат полезную живую микробиоту, которая может еще больше изменить микробиом человека. К ним относятся ферментированные продукты, такие как кефир, йогурт с живыми активными культурами, маринованные овощи, темпе, чай из чайного гриба, кимчи, мисо и квашеная капуста.

    Будущие направления исследований

    Микробиом — это живая динамическая среда, в которой относительная численность видов может колебаться ежедневно, еженедельно и ежемесячно в зависимости от диеты, лекарств, физических упражнений и множества других факторов окружающей среды.Однако ученые все еще находятся на ранних этапах понимания широкой роли микробиома в здоровье и масштабов проблем, которые могут возникнуть в результате прерывания нормальных взаимодействий между микробиомом и его хозяином. [7]

    Некоторые актуальные темы исследований:

    • Как микробиом и их метаболиты (вещества, вырабатываемые метаболизмом) влияют на здоровье и болезни человека.
    • Какие факторы влияют на структуру и баланс микробиома.
    • Разработка пробиотиков в качестве функционального продукта питания и решение нормативных вопросов.

    Конкретные области интересов:

    • Факторы, влияющие на микробиом беременных женщин, младенцев и детей.
    • Манипулирование микробами для противодействия болезням и лучшего ответа на лечение.
    • Различия в микробиоме здоровых людей и людей с хроническими заболеваниями, такими как диабет, желудочно-кишечные заболевания, ожирение, рак и сердечно-сосудистые заболевания.
    • Разработка диагностических биомаркеров микробиома для выявления болезней до их развития.
    • Изменение микробиома в результате трансплантации микробов между людьми (например, трансплантация фекалий).

    Связанные

    Ссылки

    1. Ursell, L.K., et al. Определение микробиома человека. Nutr Ред. , август 2012 г .; 70 (Дополнение 1): S38 – S44.
    2. den Besten, Gijs., Et al. Роль короткоцепочечных жирных кислот во взаимодействии между диетой, кишечной микробиотой и энергетическим обменом хозяина .J Lipid Res. 2013 сен; 54 (9): 2325–2340.
    3. Morowitz, M.J., Carlisle, E., Alverdy, J.C. Вклад кишечных бактерий в питание и метаболизм у критически больных. Surg Clin North Am. 2011 августа; 91 (4): 771–785.
    4. Arumugam, M., et al. Энтеротипы микробиома кишечника человека. Природа. 12 мая 2011 г .; 473 (7346): 174-80.
    5. Кэнни, Г.О., Маккормик, Б.А. Бактерии в кишечнике, полезные жители или враги изнутри. Инфекция и иммунитет. Август 2008 г. 76 нет. 8, 3360-3373.
    6. Джандхьяла, С. Роль нормальной микробиоты кишечника. World J Gastroenterol. 7 августа 2015 г .; 21 (29): 8787–8803.
    7. Проктор, Л.М. Проект человеческого микробиома в 2011 году и в последующий период. Клеточный хозяин и микроб. Том 10, выпуск 4, 20 октября 2011 г., стр. 287-91.

    Условия использования

    Содержание этого веб-сайта предназначено для образовательных целей и не предназначено для предоставления личных медицинских консультаций.Вам следует обратиться за советом к своему врачу или другому квалифицированному поставщику медицинских услуг с любыми вопросами, которые могут у вас возникнуть относительно состояния здоровья. Никогда не пренебрегайте профессиональным медицинским советом и не откладывайте его обращение из-за того, что вы прочитали на этом веб-сайте. Nutrition Source не рекомендует и не одобряет какие-либо продукты.

    Микробиом против микробиоты — откройте для себя разницу!

    Что такое микробиом?

    Совокупность геномов всех микроорганизмов, обнаруженных в определенной среде, представляет собой микробиом.У людей, растений и других животных есть микробиомы. Вы можете относиться к микробиому всего организма или к определенному микробиому в определенном месте в организме.

    Микробиомы индивидуальны для каждого организма, и разнообразие микробиомов между людьми огромно. Фактически, состав микробиома человека может быть очень разнообразным. У людей присутствует ряд специфических и отдельных микробиомов. Например, кожа, легкие и желудочно-кишечный тракт имеют отдельные микробиомы.Комбинация этих микробиомов составляет уникальный микробиом для каждого человека.

    Микробиом против микробиоты

    Эти два термина, которые иногда используются как взаимозаменяемые, имеют небольшие различия. Микробиом — это совокупность геномов всех микроорганизмов в окружающей среде.

    С другой стороны,

    Микробиота обычно относится к микроорганизмам, обитающим в определенной среде. Микробиота может относиться ко всем микроорганизмам, обнаруженным в окружающей среде, включая бактерии, вирусы и грибки.Это означает, что существуют локальные различия в микробиоте каждого человека в зависимости от того, где в организме собирается микробиота. На самом деле микробиота кишечника человека может радикально отличаться от микробиоты его кожи, поэтому нам нужно проявлять осторожность, говоря о происхождении микробиоты.

    Почему так важен микробиом?

    Когортное исследование в рамках проекта «Микробиом человека» показало, что с микробиомами в организме человека может быть связано более 8 миллионов уникальных генов.Более того, общий микробиом человека может дать каждому человеку генетический вклад в несколько сотен раз больше, чем весь его геном.

    Конечно, микробиомы есть не только у людей. Возьмем, к примеру, растения. В сельском хозяйстве понимание микробиома растения поможет повысить урожайность за счет использования микроорганизмов и их генов, которые там уже находятся.

    Для человека различные микробиомы могут влиять на болезнь. Фактически, микробиомы могут широко влиять на четыре различных области человека: питание, иммунитет, поведение и болезни.Например, полезная микробиота кишечника может помочь переваривать пищу, которую иначе люди не смогли бы расщепить. Однако вредная микробиота может вызывать повреждения, а также различные желудочно-кишечные заболевания.

    Анализ микробиома

    С учетом того, что микробиом становится все более важным в исследованиях, и появляется потенциал для создания персонализированной медицины на основе микробиома человека, будущее остается светлым. Микробиом желудочно-кишечного тракта находится в центре внимания текущих исследований, поскольку большая часть микробиоты находится именно там.Кроме того, анализ микробиома желудочно-кишечного тракта происходит так же, как и анализ любого другого геномного материала.

    Опыт Фиоса

    Fios имеет опыт работы с широким спектром биоинформатических услуг, таких как сельскохозяйственная геномика и клинические исследования, чтобы гарантировать, что вакцины и лекарства имеют желаемый эффект. У нас также есть опыт работы с рядом терапевтических областей, связанных с анализом микробиома, включая желудочно-кишечный тракт и дыхательную систему.

    Более того, мы работали с рядом клиентов над анализом микробиома, включая европейский проект для MAARS.

    Если вы имеете в виду аналогичный проект, свяжитесь с командой сегодня же.

    Список литературы

    Определение микробиома человека

    Проект «Микробиом человека»: расширение определения того, что представляет собой человек [/ vc_column_text] [/ vc_column] [/ vc_row]

    Введение в микробиом: проблемы и решения для исследований

    Перед исследованием микробиома стоит ряд проблем.

    Некоторые из основных проблем включают:

    • Правдоподобный смысл сгенерированных данных
    • выбор между различными доступными методами секвенирования
    • и другие давние проблемы, возникающие при работе с микроорганизмами.

    В этом техническом документе мы обсуждаем проблемы и решения в исследованиях микробиома, а также то, что ожидается в будущем в этой быстрорастущей области.

    Услуги

    Ознакомьтесь с нашими возможностями анализа данных.

    Ресурсы

    Получите доступ к нашим последним публикациям и плакатам.

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *