Пцр крови: что это такое? Диагностика инфекционных заболеваний методом полимеразной цепной реакции

Leptospira, ДНК [ПЦР]

Выявление возбудителя лептоспироза (Leptospira) – инфекционного заболевания, которому подвержены многие животные (в том числе собаки, кошки, домашний скот, крысы) и которое может передаваться человеку. Распространяясь с мочой и калом, микроскопического размера лептоспиры поражают органы и ткани, отравляя организм продуктами своей жизнедеятельности.

Синонимы русские

Лептоспира, ДНК [ПЦР].

Синонимы английские

Leptospira, PCR (DNA).

Метод исследования

Полимеразная цепная реакция (ПЦР).

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Венозную кровь, ликвор.

Как правильно подготовиться к исследованию?

Подготовки не требуется.

Общая информация об исследовании

Начиная со второй недели заболевания лептоспиры накапливаются преимущественно в извитых почечных канальцах и исчезают из крови и других тканей. Такая избирательная концентрация в эпителии и межклеточном пространстве почечной ткани приводит к тяжелым повреждениям канальцев почек и нарушению мочеобразования, а в тяжелых случаях вызывает анурию (отсутствие мочеиспускания) и уремию (накопление в крови токсических продуктов азотистого обмена, нарушение концентрации электролитов крови и др.).

При персистенции лептоспир в почках признаков острой инфекции, как правило, нет, заболевание часто протекает в латентной форме.

Решающими для подтверждения диагноза «лептоспироз» в любой фазе заболевания, в том числе и на более поздних сроках инфекционного процесса, являются результаты лабораторных исследований: бактериологического (посева), серологического (определения титров специфических антител в сыворотке крови), молекулярно-генетического (определения ДНК лептоспир методом ПЦР).

Недостатком бактериологического метода является длительность проведения исследования из-за медленного роста лептоспир на питательных средах.

Серологическое исследование теряет свою значимость после 19-20-го дня болезни в связи с постепенным снижением титра сывороточных антител вследствие прекращения циркуляции лептоспир в крови. Кроме того, при тяжелом течении лептоспироза, особенно на фоне интенсивной терапии антибактериальными препаратами, антитела могут выявляться лишь спустя 2-3 месяца от начала болезни.

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) – это молекулярно-генетический метод исследования, в ходе которого выявляется генетический материал (ДНК) лептоспиры в образце биоматериала. Методу свойственна высокая специфичность (100 %), чувствительность (от 10 до 1000 копий ДНК в пробе) и высокая диагностическая эффективность, даже на фоне проводимого лечения антибактериальными препаратами.

Одним из основных достоинств ПЦР является то, что она позволяет выявить возбудителя даже при условии присутствия последнего в организме в очень малых количествах.

Вместе с тем отрицательный результат ПЦР не должен быть основанием для прекращения диагностики, так как определить точно конкретную фазу заболевания не всегда возможно. Чувствительность лабораторной диагностики при лептоспирозах может быть значительно повышена за счет параллельного использования серологических тестов (определения титров антител в сыворотке крови) и метода ПЦР вне зависимости от фазы заболевания.

Для чего используется исследование?

• Для диагностики лептоспироза.
• Для дифференциальной диагностики лептоспироза с другими заболеваниями.

Когда назначается исследование?

• При диагностике лептоспироза.
• При подозрении на персистенцию лептоспир в почках.

Что означают результаты?

Референсные значения: отрицательно.

Причины положительного результата:

• лептоспирозная инфекция.

Причины отрицательного результата:

• период полного выздоровления, когда формируется стойкий иммунитет и лептоспиры в организме уже отсутствуют.

Что может влиять на результат?

• Применение некоторых противовирусных препаратов – ингибиторов полимераз – иногда приводит к ложноотрицательному результату.

ПЦР Зеленоград — сдать анализы крови, записаться на исследование на гормоны

В праздничные дни лабораторные исследования проводятся с ограничениями, подробности уточняйте у администраторов клиники.  

Сдача анализов крови понадобится не только при подозрении на наличие заболевания, но и для получения медицинского освидетельствования, больничного листа, оформления ребёнка в школу, детский сад. Записаться в клинику «ДЕТСТВО Плюс» можно, заполнив короткую форму на сайте. Запись на услугу также проводится по бесплатному номеру телефона.

Цены на сайте не являются публичной офертой!

Перечень услуг и их стоимость уточняйте у администраторов по тел. 8 (800) 234 58 34

Виды

Сдать кровь можно на анализы следующих видов:

• общий – общее состояние иммунитета, содержание и соотношение кровяных телец, динамика протекания воспалительных процессов, наличие гельминтоза, протекание аллергии;
• биохимический – содержание нутриентов, активность некоторых ферментов, концентрация алкогольных, психотропных веществ;
• ПЦР – стадия большинства вирусных заболеваний;
• ИФА – количественный показатель вируса;
• онкомаркеры – активность белков, продуцируемых злокачественными образованиями;
• ревмапроба – возможность подобрать препараты для комплекса заболеваний, отследить динамику протекания ревматоидных процессов;
• реакция Вассермана (RV) – наличие вензаболеваний;
• специализированные на ВИЧ, малярию.

Общий и биохимический – основные. Общий сдаётся при любом обращении к врачу.

Сдать биоматериал можно только при наличии документов, удостоверяющих личность. Желательно иметь направление врача. Направление экономит время и средства пациента, минимизирует риск неправильной постановки диагноза.

Результаты

Скорость получения данных об анализах зависит от сложности и срочности расшифровки. Экспресс-тесты могут быть готовы за несколько минут. Если биоматериал требует высевки (ревмапроба), время ожидания увеличивается до 5 дней.

Расшифровку можно получить в регистратуре клиники или по электронной почте. Для получения данных по e-mail необходимо заявление, подписанное представителем администрации. По электронной почте не высылается информация, способная нанести урон репутации пациента: ВИЧ, гепатиты, вензаболевания.

Партнёр клиники – лаборатория НАКФФ – данные указываются в стандартных единицах, рядом с реальными показателями приводятся нормативные значения.

Записаться на анализ крови можно в рамках одной из комплексных диагностических программ – выгодно при хронических заболеваниях, работодателям для коллективного освидетельствования.

Записаться можно на удобное время. Гарантируем отсутствие очередей. Деятельность медучреждения лицензирована Минздравом города Москвы.

Цена анализов и исследований

Анализы для детей в Зеленограде

Заботясь о психологическом комфорте наших маленьких пациентов, мы стремимся использовать малотравматические технологии, обеспечивать максимальную безболезненность процедуры. Благодаря доброжелательности и чуткому отношению медперсонала, использованию отвлекающих факторов (игрушки, расслабляющая музыка) ваш малыш не будет бояться! Специалисты медицинского центра «ДЕТСТВО Плюс» проводят забор крови быстро и без детских слез.

ПОЛУЧЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ 

Уважаемые пациенты! Обратите, пожалуйста, внимание! В соответствии с ФЗ РФ от 21.11. 2011 г. N 323-ФЗ «Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации» оформление и выдача результатов всех анализов в нашей клинике осуществляются при наличии документа, удостоверяющего личность. Результаты анализов и обследований являются сведениями, составляющими врачебную тайну пациента.

 Результаты лабораторных исследований можно получить двумя способами: 

 1. В любой регистратуре нашей клиники при предъявлении документа, удостоверяющего личность.

 2. По электронной почте (по заявлению, заполненному Вами при оформлении бланка анализа). 

ВНИМАНИЕ!!! По электронной почте и телефону не принимаем запросы на отправку анализов.

Получение данных об анализах по электронной почте

Чтобы получать данные по почте, необходимо в присутствии администратора клиники заполнить и подписать форму заявления.

Информация о лабораторных исследованиях содержится в сообщении в виде вложенного файла в формате Adobe® PDF® и являются точной, неизменяемой электронной копией бумажных бланков ответа исполнителя.

Информация об анализах будет отправляться на адрес электронной почты по мере готовности — в сроки, заявленные Вам при оформлении бланков.

Если Вы не получили данные анализов, обратитесь в договорной отдел клиники по тел. 8 (800) 234 58 34.

Электронной почтой не отправляем результаты следующих исследований:

• ВИЧ, гепатиты, сифилис (Госпитальный комплекс).
• все лабораторные анализы на ИППП — инфекции, передающиеся половым путем (мазки, кровь) в том числе на сифилис, гонорею.
• онкоцитология.
• онкомаркеры.

Результаты этих исследований можно получить в клинике при предъявлении удостоверения личности.

ЛАБОРАТОРИИ-ПАРТНЕРЫ 

Наш медицинский центр сотрудничает с тремя лабораториями, осуществляющими широкий спектр диагностических исследований: НАКФФ, ЛИТЕХ, ДИАЛАБ.

Основным партнером клиники является лаборатория Национальное Агентство Клинической Фармакологии и Фармации (НАКФФ). Она стала первой в России (и пока единственной) медицинской лабораторией, техническая компетентность диагностики которой была подтверждена Немецким органом по аккредитации DAkkS (Deutsche Akkreditierungsstelle) – лаборатория НАКФФ получила аккредитацию на соответствие международному стандарту DIN EN ISO 15189:201. Аккредитация DAkkS обеспечивает признание результатов исследований и высокую конкурентоспособность лабораторно-диагностических услуг не только в области отечественного здравоохранения, но и во всем мире. Специалисты выполняют более 2 000 видов исследований. Лаборатория работает 7 дней в неделю, 24 часа в сутки, аналитически обрабатывая несколько десятков тысяч проб биоматериала в день.

Обращаем Ваше внимание! В разных лабораториях могут применяться разные методы исследования и единицы измерения. Если Вы обдумываете, где сдать анализы в Зеленограде, рассчитываете на корректность и приемлемость их результатов, рекомендуем проводить исследования и диагностику в одной и той же лаборатории. Сравнение измеряемых значений будет более корректным.

Тест на антитела к COVID-19: какой анализ лучше сдавать

В отличие от ПЦР-теста (мазка из носа и зева), который используется в качестве основного метода выявления инфекции, анализы на антитела – дополнительные методы диагностики.

С помощью анализа крови на наличие антител коронавируса COVID-19 можно уточнить стадию инфекции или узнать, что человек уже её перенес. Антитела IgM (IgA) вырабатываются на 7-14 день с момента заражения и говорят об острой фазе заболевания. Антитела IgG появляются у уже переболевшего коронавирусом человека, либо если вы перенесли вирус бессимптомно. Этот вид антител может появляться в крови начиная с 10 дня с момента заражения.

Однако специалисты предупреждают, что, в отличие от большинства других инфекций, в случае с коронавирусом антитела могут выявляться в непривычном порядке. Обычно при заражении сначала начинают вырабатываться антитела класса IgM, и лишь после них – антитела класса IgG. При коронавирусной инфекции у заражённых людей антитела обоих классов, IgM и IgG, могут выявляться в крови одновременно, причем в некоторых случаях IgG обнаруживаются даже раньше. Поэтому важно сдавать количественный тест, чтобы понимать, каких антител в данный момент больше, какая это стадия заболевания и опасен ли человек для окружающих прямо сейчас.

Положительный результат анализа на антитела IgG в сочетании с отрицательным ПЦР-тестом говорит о том, что специфический иммунитет к коронавирусной инфекции действительно закончил формироваться.

В клинике «Мир здоровья» вы можете сдать качественный анализ на антитела М и G, в этом случае ответ будет такой: антитела обнаружены/не обнаружены.

Для того, чтобы увидеть точное количество антител, необходимо сдавать полуколичественный анализ. Ответ будет в абсолютных цифрах.

 

Коронавирусная инфекция COVID-19 (2019-nCoV)

22.9732	Антитела  Ig А к коронавирусу SARS-COV-2 (COVID-19) в сыворотке крови полуколичественно (до 3-х р.д.)	1 835,00
22.9733	Антитела  Ig G к коронавирусу SARS-COV-2 (COVID-19) в сыворотке крови полуколичественно (до 3-х р.д.)	1 835,00
22.9734	Антитела  Ig А и Ig G к коронавирусу SARS-COV-2 (COVID-19) в сыворотке крови полуколичественно (до 3-х р.д.)	3 395,00
22.9738	Антитела Ig M к коронавирусу SARS-COV-2 (COVID-19) качественно (до 3-х р.д.)	1 080,00
22.9739	Антитела  Ig G к коронавирусу SARS-COV-2 (COVID-19) качественно (до 3-х р.д.)	1 080,00
22.9740	Антитела  Ig M и Ig G к коронавирусу SARS-COV-2 (COVID-19) качественно (до 3-х р.д.)	1 900,00

К стоимости исследований необходимо добавить 250 руб — забор крови (однократно).

!!!!!Обратите внимание: тест на антитела к коронавирусу проходит строго по записи, в определенное для этого время (процедурный кабинет в это время работает только на прием таких анализов, после чего закрывается на дезинфекцию).

Пациентов с признаками ОРВИ мы не принимаем, на входе у всех измеряется температура. То есть сдать анализы на антитела в острую (заразную) фазу заболевания вы не сможете.

Запись на исследований по тел.469-00-09

ПЦР на ИППП — Женская амбулатория Lady

Диагностика инфекционных заболеваний методом ПЦР позволяет с высокой точностью выявить наличие инфекций, передаваемых половым путем. Диагностика эффективна на самых ранних стадиях, до появления симптомов заболевания.

К достоинствам методики можно отнести

• Высокую точность исследования — в лаборатории выделяется специфичный фрагмент ДНК, который позволяет точно определить возбудителя заболевания
• Быстрое получение результатов — в день сдачи анализа.

С помощью ПЦР можно достоверно определить наличие в организме выявить возбудителей микоплазмы, хламидиоза, кандидоза, уреаплазмы и других болезней.

ПЦР-анализ предусматривает проверку образца биоматериала на наличие чужеродных ДНК, принадлежащих возбудителям инфекционных ЗППП. Он позволяет выявить возбудителя, определить его тип, а также оценить, количество патогенных бактерий и микробов в организме человека.

Тест ПЦР при соблюдении порядка сбора биоматериала и технологии проведения показывает наличие инфекции очень точно. Возбудитель обнаруживается даже при очень маленькой численности фрагментов ДНК.

Анализ ПЦР проводят следующим образом:

• У пациента берется биоматериал для обследования (кровь, слюна, мазок и т.д).
• Образец биоматериала помещается в реактор (специальное вещество, которое делает видимыми фрагменты ДНК и РНК микроорганизмов и вирусов),
• Полученные фрагменты синтезируют с использованием ферментов (происходит цепная реакция).
• При достаточном количестве копий молекулы выполняется распознавание возбудителя инфекции.

В гинекологии в качестве биоматериала в большинстве случаев выступает мазок. Результат анализа ПЦР не вызывает сложностей в трактовке: он будет либо положительным, либо отрицательным. Положительный результат свидетельствует, что обнаружен возбудитель инфекции. В листе результатов указывается наименование и численность возбудителей.

При подготовке к сдаче ПЦР важно учитывать несколько особенностей:

• После незащищенного полового акта должно пройти не менее 21 дня, в противном случае результат будет недостоверным, после защищенного полового акта – не менее 36 часов,
• Мазок не может быть взят во время кровотечений и менструаций.
• Для максимальной достоверности результата сдавать анализы нужно в период обострения заболевания,
• Для проверки эффективности лечения повторный анализ нужно сдавать через 3 недели после его окончания.

При наличии сомнений повторное исследование проводят не ранее, чем через 2 недели. Однако ложные результаты встречаются намного реже, чем в других методиках лабораторных исследований.

ИДЦ — Иркутский диагностический центр

АНАЛИЗЫ на COVID-19 в ИРКУТСКЕ

СРОКИ ГОТОВНОСТИ АНАЛИЗОВ НА COVID-19 — В ТЕЧЕНИЕ СУТОК!

РЕЖИМ РАБОТЫ ПУНКТА ВЗЯТИЯ АНАЛИЗОВ (ПЦР-тест, кровь из вены на антитела):

• понедельник-пятница: 8.00-20.00
• суббота: 8.00-16.00
• воскресенье — выходной.

Запись на сдачу анализов на COVID-19 по телефону 50-50-55 или через Личный кабинет на нашем сайте.

• Для сдачи ПЦР-теста обращаться в пункт взятия анализов ИДЦ, вход с центральной площади. Оплата услуг только безналичным способом.
• Для сдачи крови на антитела обращаться в регистратуру на 1-ый этаж (через временный вход со стороны ЖК «ЗЕОН»).  Оплата услуг только безналичным способом.

 

АНАЛИЗЫ на COVID-19 в БРАТСКЕ

СРОКИ ГОТОВНОСТИ АНАЛИЗОВ НА COVID-19 — 1-2 РАБОЧИХ ДНЯ!

РЕЖИМ РАБОТЫ ПУНКТА ВЗЯТИЯ АНАЛИЗОВ (ПЦР-тест, кровь из вены на антитела):

• понедельник-пятница: 8.00-16.00
• суббота и воскресенье — выходные дни.

 

В Братске взятие анализов без предварительной записи, в порядке живой очереди.

 

МУЛЬТИСПИРАЛЬНАЯ КОМПЬЮТЕРНАЯ ТОМОГРАФИЯ ОРГАНОВ ГРУДНОЙ КЛЕТКИ

МСКТ органов грудной клетки для диагностики коронавирусной инфекции выполняется только по предварительной записи.

В Иркутске запись по телефону 8 (3952) 50-50-55.

В Братске — 8 (3953) 305-350.

ОПЛАТИТЬ ИССЛЕДОВАНИЕ НЕОБХОДИМО ЗАРАНЕЕ! Запишитесь на исследование через Личный кабинет на нашем сайте и воспользуйтесь сервисом «Онлайн-оплата».

Диагностика коронавирусной инфекции Covid19

ПЦР-тест на коронавирус (Coronavirus) SARS-CoV-2

Позволяет выявить или исключить наличие COVID-19. Инфекция, вызываемая SARS-CoV-2, может протекать как в форме лёгкой острой респираторной инфекции, так и в тяжёлой форме, осложнённой вирусной пневмонией, которая может привести
к развитию дыхательной недостаточноcти. Исследование назначается для скрининга условно здорового населения или при наличии симптомов заболевания. Пациентам, прибывших из стран с высоким уровнем распространения COVID-19 или контактировавших с прибывшими оттуда, а также пациентам с повышенной температурой тела и/или явными симптомами ОРВИ сдать тест можно только согласно рекомендациям Роспотребнадзора.

Тест на антитела к SARS-CoV-2 антитела IgG (Качественный)

Тест на антитела позволяет увидеть наличие иммунной реакции на внедрение вируса в организм. Антитела IgG — указывают на то, что человек уже переболел коронавирусной инфекцией. Чувствительность тестов 96% — это значит, что в 4% случаев возможен ложноотрицательный результат. Специфичность тестов 100% — если у человека нет коронавируса, тест не покажет положительный результат.
Результат можно получить через 3 дня. Подробнее об анализе можно прочитать тут.

Тест на антитела к SARS-CoV-2 антитела IgM (Качественный)

Тест на антитела IgM позволяет увидеть наличие вируса в организм. Антитела IgМ — указывают на то, что человек в данный момент является носителем коронавирусной инфекции. Чувствительность тестов 96% — это значит, что в 4% случаев возможен ложноотрицательный результат. Специфичность тестов 100% — если у человека нет коронавируса, тест не покажет положительный результат.
Результат можно получить через 5 рабочих дней.

ОРВИ скрин — диагностика острых респираторных вирусных инфекций

Данный метод позволяет провести дифференциальную диагностику и выявить возбудителя острого респираторного заболевания. Исследование позволит определит вирус, вызывающий инфекцию верхних и нижних дыхательных путей при отрицательном анализе на коронавирус. ОРВИ-скрин позволяет определить РНК риновирусов, коронавирусов, аденовирусов, респираторно-синцитиального вируса, метапневмовируса, вирусов парагриппа 1, 2, 3 и 4 типов, бокавируса.

Лабораторная диагностика прогноза течения Covid-19

Нашими специалистами разработаны комплексы лабораторной диагностики, которые позволяют спрогнозировать степень тяжести течения заболевания и определить риски для здоровья, связанные со свертываемостью крови и с влиянием на органы и системы

Оформление паспорта COVID-19

Паспорт COVID-19 – это заверенный сертификат об отрицательных результатах диагностики коронавирусной инфекции (мазок ПЦР, тесты на антитела), полученные в клинике «Основа».
Сертификат включает в себя данные всех видов диагностик: мазок Coronavirus SARS-CoV-2, РНК [реал-тайм ПЦР], антитела к коронавирусу SARS-CoV-2 IgG, IgM суммарные (ИФА-методом), при необходимости — результат КТ легких.

Цены на анализы | Клиника НМТ

Общий IgE (Siemens), кровь, МЕ/мл

330

D1 sIgE к аллергенам Dermatophagoides pteronissinus, кровь, kU/L

400

Пищевая IgG аллергия, 90 аллергенов (Российская панель)

11 000

D2 sIgE к аллергенам Dermatophagoides farinae, кровь, kU/L

400

С1-ингибитор эстеразы, кровь

550

E1 sIgE к аллергенам эпителия кошки, кровь, kU/L

400

Эозинофильный катионный белок (Siemens), кровь, нг/мл

550

E2 sIgE к аллергенам эпителия собаки, кровь, kU/L

400

E5 sIgE к аллергенам перхоти собаки, кровь, kU/L

400

E6 sIgE к аллергенам морской свинки, кровь, kU/L

400

E78 sIgE к аллергенам волнистого попугая, кровь, kU/L

400

E81 sIgE к аллергенам эпителия овцы, кровь, kU/L

400

E82 sIgE к аллергенам эпителия кролика, кровь, kU/L

400

E84 sIgE к аллергенам хомяка, кровь, kU/L

400

E85 sIgE к аллергенам пера курицы, кровь, kU/L

400

F1 sIgE к аллергенам яичного белка, кровь, kU/L

400

F10 sIgE к аллергенам кунжута (сезама), кровь, kU/L

400

F105 sIgE к аллергенам шоколада, кровь, kU/L

400

F11 sIgE к аллергенам гречневой муки, кровь, kU/L

400

F12 sIgE к аллергенам гороха, кровь, kU/L

400

F13 sIgE к аллергенам арахиса, кровь, kU/L

400

F14 sIgE к аллергенам соевых бобов, кровь, kU/L

400

F17 sIgE к аллергенам фундука, кровь, kU/L

400

F2 sIgE к аллергенам коровьего молока, кровь, kU/L

400

F20 sIgE к аллергенам миндаля, кровь, kU/L

400

F204 sIgE к аллергенам форели, кровь, kU/L

400

F221 sIgE к аллергенам кофе, кровь, kU/L

400

F225 sIgE к аллергенам тыквы, кровь, kU/L

400

F237 sIgE к аллергенам абрикоса, кровь, kU/L

400

F25 sIgE к аллергенам помидоров, кровь, kU/L

400

F256 sIgE к аллергенам грецкого ореха, кровь, kU/L

400

F26 sIgE к аллергенам свинины, кровь, kU/L

400

F260 sIgE к аллергенам брокколи, кровь, kU/L

400

F27 sIgE к аллергенам говядины, кровь, kU/L

400

F284 sIgE к аллергенам индейки, кровь, kU/L

400

F3 sIgE к аллергенам трески, кровь, kU/L

400

F31 sIgE к аллергенам моркови, кровь, kU/L

400

F33 sIgE к аллергенам апельсина, кровь, kU/L

400

F35 sIgE к аллергенам картофеля, кровь, kU/L

400

F4 sIgE к аллергенам пшеничной муки, кровь, kU/L

400

F40 sIgE к аллергенам тунца, кровь, kU/L

400

F49 sIgE к аллергенам яблока, кровь, kU/L

400

F5 sIgE к аллергенам ржаной муки, кровь, kU/L

400

F61 sIgE к аллергенам сардины, кровь, kU/L

400

F7 sIgE к аллергенам овсяной муки, кровь, kU/L

400

F75 sIgE к аллергенам яичного желтка, кровь, kU/L

400

F78 sIgE к аллергенам казеина, кровь, kU/L

400

F8 sIgE к аллергенам кукурузной муки, кровь, kU/L

400

F83 sIgE к аллергенам куриного мяса, кровь, kU/L

400

F87 sIgE к аллергенам дыни, кровь, kU/L

400

F88 sIgE к аллергенам баранины, кровь, kU/L

400

F9 sIgE к аллергенам риса, кровь, kU/L

400

F92 sIgE к аллергенам бананов, кровь, kU/L

400

F93 sIgE к аллергенам какао, кровь, kU/L

400

F94 sIgE к аллергенам груши, кровь, kU/L

400

F95 sIgE к аллергенам персика, кровь, kU/L

400

FP5 sIgE к миксту пищевых аллергенов (F1, F2, F3, F4, F13, F14), кровь

800

FP73 sIgE к миксту пищевых аллергенов (F26, F27, F83, F88), кровь

800

G12 sIgE к аллергенам ржи культивированной, кровь, kU/L

400

G15 sIgE к аллергенам пшеницы, кровь, kU/L

400

G3 sIgE к аллергенам ежи сборной, кровь, kU/L

400

G4 sIgE к аллергенам овсяницы луговой, кровь, kU/L

400

G5 sIgE к аллергенам ржи многолетней, кровь, kU/L

400

G6 sIgE к аллергенам тимофеевки, кровь, kU/L

400

G8 sIgE к аллергенам мятлика лугового, кровь, kU/L

400

GP1 sIgE к миксту аллергенов травы (G3, G4, G5, G6, G8), кровь

800

h2 sIgE к аллергенам домашней пыли (Greer), кровь, kU/L

400

HP1 sIgE к миксту аллергенов пыли (h2, D1, D2, I6), кровь

800

I6 sIgE к аллергенам таракана-прусака, кровь, kU/L

400

IP8 sIgE к миксту ингаляционных аллергенов (E1, D1, T3, E5, W6, G6, G12, M2), кровь

800

M1 sIgE к аллергенам Penicillium notatum, кровь, kU/L

400

M2 sIgE к аллергенам Cladosporium herbarum, кровь, kU/L

400

M3 sIgE к аллергенам Aspergillus fumigatus, кровь, kU/L

400

M5 sIgE к аллергенам Candida albicans, кровь, kU/L

400

M6 sIgE к аллергенам Alternaria tenuis, кровь, kU/L

400

M70 sIgE к аллергенам Pityrosporum orbiculare, кровь, kU/L

400

MP1 sIgE к миксту аллергенов микроскопических грибов (M1, M2, M3, M5, M6), кровь

800

O1 sIgE к аллергенам хлопка, кровь, kU/L

400

O72 sIgE к энтеротоксину А Staph. aureus, кровь, kU/L

400

O73 sIgE к энтеротоксину B Staph. aureus, кровь, kU/L

400

P1 sIgE к аллергенам аскариды, кровь, kU/L

400

T1 sIgE к аллергенам клена ясенелистного, кровь, kU/L

400

T12 sIgE к аллергенам ивы, кровь, kU/L

400

T14 sIgE к аллергенам тополя, кровь, kU/L

400

T19 sIgE к аллергенам акации, кровь, kU/L

400

T2 sIgE к аллергенам ольхи, кровь, kU/L

400

T3 sIgE к аллергенам березы, кровь, kU/L

400

T4 sIgE к аллергенам лещины обыкновенной, кровь, kU/L

400

T7 sIgE к аллергенам дуба, кровь, kU/L

400

TP9 sIgE к миксту аллергенов деревьев (T2, T12, T4, T7, T3), кровь

800

W1 sIgE к аллергенам амброзии обыкновенной, кровь, kU/L

400

W10 sIgE к аллергенам мари белой, кровь, kU/L

400

W11 sIgE к аллергенам солянки/зольника, кровь, kU/L

400

W15 sIgE к аллергенам лебеды, кровь, kU/L

400

W6 sIgE к аллергенам полыни обыкновенной, кровь, kU/L

400

W8 sIgE к аллергенам одуванчика лекарственного, кровь, kU/L

400

W9 sIgE к аллергенам подорожника, кровь, kU/L

400

WP1 sIgE к миксту аллергенов сорных трав (W1, W11, W8, W9, W6), кровь

800

К20 sIgE к аллергенам шерсти, кровь, kU/L

400

К74 sIgE к аллергенам шелка, кровь, kU/L

400

К82 sIgE к аллергенам латекса, кровь, kU/L

400

Какие существуют типы тестов на Covid-19 и как они работают?

В ходе кризиса, связанного с Covid-19, важность надежного и доступного тестирования для выявления болезни стала все более очевидной. Тесты на Covid-19 можно разделить на тесты на антиген или антитела, оба из которых используют разные типы образцов для поиска различных признаков вируса SARS-CoV-2. Сеть медицинских устройств более подробно рассматривает различные типы теста на Covid-19.

Какие существуют типы теста на Covid-19?

• Тесты полимеразной цепной реакции (ПЦР) отправляются в лабораторию для диагностики болезни
• Тесты бокового потока (LFT) могут диагностировать Covid-19 на месте, но не так точны, как тесты ПЦР
• Тесты на антитела (или серологические) не могут диагностировать активную инфекцию, но они могут помочь определить, есть ли у человека иммунитет к Covid-19

Что такое ПЦР-тестирование?

ПЦР-тестов используются для прямого скрининга на наличие вирусной РНК, которая будет обнаруживаться в организме до того, как сформируются антитела или появятся симптомы заболевания.Это означает, что тесты могут определить, есть ли у кого-то вирус на очень ранней стадии болезни.

Во время ПЦР-тестирования на Covid-19 вещества, известные как обратная транскриптаза или ДНК-полимераза, добавляются к образцу из носоглотки в лаборатории. Эти вещества создают многочисленные копии любой вирусной РНК, которая может присутствовать. Это сделано для того, чтобы присутствовало достаточно копий РНК, чтобы сигнализировать о положительном результате, поскольку специально разработанные праймеры и зонды прикрепляются к последовательностям генетического кода вируса, чтобы сигнализировать об обнаружении патогена.

«ПЦР дает нам хорошее представление о том, кто инфицирован, — говорит старший преподаватель микробиологии Университета Сассекса доктор Эдвард Райт. «Их можно изолировать и контактировать с людьми, с которыми они были в контакте, чтобы их тоже поместили в карантин, на всякий случай.В этом настоящее преимущество основных диагностических тестов; вы можете разорвать эту цепочку передачи и получить более четкое представление о том, что происходит ».

Масштабируя тестирование ПЦР для скрининга обширных выборок мазков из носоглотки среди населения, должностные лица общественного здравоохранения могут получить более четкую картину распространения такого заболевания, как Covid-19.

Однако у ПЦР есть свои недостатки. Эти типы тестов на Covid-19 необходимо отправлять в лабораторию для анализа, а это означает, что людям могут потребоваться дни, чтобы узнать свои результаты.

Ложноотрицательные результаты при различных ПЦР-тестах могут возникать в 30% случаев, а это означает, что они более полезны для подтверждения наличия инфекции, чем для того, чтобы дать пациенту полную очистку. Они также могут давать ложноположительные результаты, поскольку они настолько чувствительны, что потенциально могут сигнализировать о положительном результате при обнаружении мертвого, деактивированного вируса, все еще присутствующего в теле человека, выздоровевшего от Covid-19.

Почетный клинический лектор Медицинской школы Уорвика доктор Джеймс Гилл сказал: «В ходе вспышки ПЦР-тестирование было усовершенствовано по сравнению с первоначальными процедурами тестирования и с добавлением большей автоматизации для уменьшения количества ошибок.Когда мы смотрим на мазки, взятые у людей, вокруг которых плавает множество других организмов, мы, по сути, сталкиваемся с вопросом, насколько «правильным» является результат, на который мы смотрим ».

Как насчет теста бокового потока?

LFT похожи на тесты ПЦР в том, что это оба типа тестов на антигены, предназначенные для выявления активной инфекции Covid-19, а не антител к болезни. С помощью Covid-19 LFT образец из носоглотки помещается на небольшую впитывающую подушечку, которую затем проводят вдоль подушечки по капиллярной линии к полосе, покрытой антителами, которые связываются с белками SARS-Cov-2.Если эти белки присутствуют, это будет отображаться в виде цветной линии на тесте, что указывает на инфекцию.

Основным преимуществом LFT перед PCR является то, что их не нужно отправлять для подтверждения, и вместо этого они предоставляют результаты в течение 15–30 минут. Однако тем, что они получают в скорости, они жертвуют точностью.

Обзор 64 исследований, проведенных в Европе и США, показал большие расхождения в точности между разными марками LFT.Обзор также показал, что тесты намного лучше выявляли Covid-19 у людей, у которых были симптомы, чем у тех, у кого их не было. Чувствительность LFT у людей с симптомами варьировала от 34% до 88% при средней точности 72%. У людей без симптомов LFT правильно идентифицировали в среднем 58% инфицированных.

Хотя использование LFT для массового бессимптомного скрининга поощряется в таких странах, как Великобритания, эксперты ставят под сомнение, насколько полезны эти типы тестов на Covid-19 в этом контексте.

Что такое тестирование на антитела?

Райт говорит: «Тест на антитела показывает, какая часть населения инфицирована. Он не скажет вам, кто инфицирован, потому что антитела генерируются через неделю или две, после чего вирус должен был быть удален из системы. Но он говорит вам, кто заразился и кто должен быть невосприимчивым к вирусу ».

Исследование, опубликованное в журнале Immunity , показало, что люди, выздоравливающие даже после легких случаев Covid-19, вырабатывают антитела в течение как минимум пяти-семи месяцев, а могут делать это и намного дольше.

Исторические исследования показали, что люди, пережившие внезапную вспышку острого респираторного синдрома (SARS) в начале 2000-х годов, имели антитела в крови в течение многих лет после выздоровления. И SARS, и Covid-19 вызываются схожими коронавирусами, поэтому есть основания полагать, что Covid-19 может иметь аналогичный эффект.

«Если в популяции достаточно много людей с иммунитетом, они остановят распространение этого вируса среди населения, что известно как коллективный иммунитет», — говорит Райт.«Если кто-то инфицирован, пока у окружающих есть иммунитет, вирус не сможет распространяться».

В отличие от тестов ПЦР, которые обычно используют мазки для обнаружения Covid-19, образцы крови обычно используются для тестов на антитела. Это связано с тем, что в крови будет циркулировать очень небольшое количество Covid-19 по сравнению с дыхательными путями, но значительное и измеримое присутствие антител в крови после заражения.

Тесты на антитела используются для оценки иммунных ответов у людей, вакцинированных против Covid-19.Исследователи пока не знают, как долго продлится иммунитет, вызванный вакциной, и потребуются ли ревакцинации. Были некоторые признаки того, что варианты Covid-19 делают некоторые вакцины менее эффективными, но до сих пор они, по-видимому, в целом обеспечивают достаточную защиту от тяжелых или смертельных заболеваний.

Связанные компании

AcouSort

Микрожидкостные платформы для автоматизированного пробоподготовки биологических проб для медико-биологической отрасли

28 августа 2020

VELA Medical

Кресла для пациентов для медицинских осмотров в больницах и поликлиниках

28 августа 2020

Обнаружение бактерий в спинномозговой жидкости

ПЦР является наиболее чувствительным из существующих быстрых методов обнаружения микробных патогенов в клинических образцах.В частности, когда ожидается, что в образцах будут присутствовать определенные патогены, которые трудно культивировать in vitro или которые требуют длительного периода культивирования, диагностическая ценность ПЦР, как известно, является значительной. Однако применение ПЦР к клиническим образцам имеет много потенциальных ловушек из-за чувствительности ПЦР к ингибиторам, контаминации и условиям эксперимента. Например, известно, что чувствительность и специфичность анализа ПЦР зависит от генов-мишеней, последовательностей праймеров, методов ПЦР, процедур экстракции ДНК и методов обнаружения продуктов ПЦР.Несмотря на то, что существует множество публикаций, касающихся основных протоколов анализа ПЦР, включая выделение и подготовку ДНК, а также амплификацию и обнаружение ампликонов, определение бактерий с помощью ПЦР в клинических образцах, таких как спинномозговая жидкость (CSF), еще не рассматривалось. Поскольку различные клинические образцы, такие как кровь, моча, мокрота, спинномозговая жидкость и другие, различаются по характеру содержания и доступному количеству, тщательный дизайн ПЦР-анализа для каждого конкретного образца перед проведением ПЦР-теста имеет важное значение. .В частности, диагноз, основанный на обнаружении нескольких бактерий в клинических образцах с помощью ПЦР, должен быть тщательно оценен как с технической, так и с микробиологической точки зрения. В этом отношении текущие исследования, касающиеся обнаружения Chlamydia pneumoniae в спинномозговой жидкости, полученной от пациентов с рассеянным склерозом (РС) с помощью ПЦР, представляют собой хороший пример для обсуждения использования анализа ПЦР в диагностике. Поскольку C. pneumoniae трудно культивировать in vitro, часто с помощью ПЦР в спинномозговой жидкости пациентов с хроническими неврологическими заболеваниями можно обнаружить небольшое количество бактерий.Поэтому в этом обзоре будут обсуждаться общие протоколы ПЦР для обнаружения бактерий в клинических образцах, а также конкретный пример использования ПЦР для обнаружения C. pneumoniae в спинномозговой жидкости.

МЕТОДОЛОГИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ

ПЦР-анализ в диагностике включает несколько важных этапов, таких как выделение ДНК из образцов, ПЦР-амплификация и обнаружение ампликонов. В частности, когда конкретные клинические образцы, такие как спинномозговая жидкость, с небольшим количеством бактерий, тестируются с помощью ПЦР, каждая процедура должна быть тщательно разработана и выполнена.

CSF.

ЦСЖ широко используется для диагностики заболеваний центральной нервной системы (ЦНС). Поскольку спинномозговая жидкость выполняет важные функции, включая амортизацию мозга, поддержание постоянного внутричерепного давления, обеспечение питательными веществами и удаление токсичных метаболитов из ЦНС, косвенная оценка состояния мозга может быть получена из спинномозговой жидкости. Поскольку спинномозговая жидкость считается стерильной, обнаружение микробов в спинномозговой жидкости, даже в небольшом количестве, дает ценную информацию о возможной инфекции.Однако следует отметить, что обнаружение микробов в спинномозговой жидкости не всегда указывает на инфекцию ЦНС, так как нарушение гематоэнцефалического барьера может способствовать прохождению микробов. Тем не менее, обнаружение, идентификация и количественный анализ микроорганизмов в спинномозговой жидкости важны для диагностики менингита и других инфекций ЦНС. В частности, недавние исследования указывают на возможное участие микроорганизмов в определенных заболеваниях ЦНС, включая болезнь Альцгеймера и рассеянный склероз (3, 30, 45, 56). Следовательно, обнаружение даже нескольких микроорганизмов в спинномозговой жидкости по стандартизированному протоколу является критически важным для диагностики таких заболеваний.Нормальный взрослый человек вырабатывает примерно 500 мл спинномозговой жидкости в день, из них в любой момент времени — примерно 150 мл спинномозговой жидкости в ЦНС (34). Таким образом, доступное количество спинномозговой жидкости и количество проб для диагностики ограничены. Следовательно, выполнение ПЦР с использованием образца спинномозговой жидкости станет диагностическим тестом первой линии для инфекций ЦНС (11, 33) из-за чувствительности, требующей только ограниченного количества спинномозговой жидкости, специфичности анализа и скорости. Фактически, было сообщено о ряде испытаний с использованием ПЦР для обнаружения широкого спектра бактерий в образцах спинномозговой жидкости (37, 38, 42, 66).Однако чувствительность и специфичность анализа ПЦР для обнаружения патогенов могут быть не лучше, чем у анализа культуры, который был стандартизован и валидирован для большинства патогенов, из-за зависимости чувствительности ПЦР от процесса анализа. Следовательно, отрицательный результат ПЦР можно использовать с умеренной уверенностью, чтобы исключить диагноз инфекции (33).

Стабильность целевой бактериальной ДНК во время хранения спинномозговой жидкости является важным практическим вопросом в клинических лабораториях. Однако имеется лишь ограниченная информация о влиянии различных условий обращения и хранения на стабильность бактериальной ДНК в спинномозговой жидкости.Воздействие на СМЖ различных условий окружающей среды, таких как комнатная температура по сравнению с 4 ° C в течение до 96 ч и замораживание-оттаивание до трех раз, не влияет на способность высокочувствительного ПЦР-анализа обнаруживать бактериальную ДНК в образцах СМЖ (60 ). В этом отчете, однако, были проверены лишь ограниченные условия окружающей среды. Следовательно, правильное хранение и обращение с CSF по-прежнему важны для обнаружения микробов после амплификации ПЦР.

Загрязнение.

Поскольку ПЦР основана на амплификации ДНК, легко могут быть получены ложноположительные или отрицательные результаты.В частности, один цикл ПЦР приводит к очень большому количеству амплифицируемых молекул, которые потенциально могут загрязнять последующие амплификации той же целевой последовательности (39). Фактически, основной источник ложноположительных реакций был идентифицирован как перенос амплифицированного продукта из предыдущих реакций (41). Переносимое загрязнение реагентов, устройств для пипетирования, лабораторных поверхностей или даже кожи рабочих (35) может дать ложноположительные результаты. Чтобы контролировать такое переносимое загрязнение, необходимо предотвратить физический перенос ДНК между амплифицированными образцами, а также между положительными и отрицательными экспериментальными контролями.С этой целью подготовка образцов для ПЦР-анализа должна производиться в помещении или в вытяжном шкафу, отделенном от помещения, в котором проводятся реакции. Использование наконечника пипетки с аэрозольным барьером необходимо для предотвращения перекрестного загрязнения, а также переноса загрязнений. УФ-облучение также способно разрушить контаминирующие ампликоны, но эффективно только на поверхностях и с ампликонами размером более 300 п.н. (19). Использование урацила N -гликозилазы (UNG) для расщепления dUTP, включенного в продукты ПЦР, считается мощным протоколом для ферментативного предотвращения переносимого загрязнения ампликона (41), особенно в клинической лаборатории, которая широко проводит ПЦР.Это выполняется заменой dUTP на dTTP и добавлением UNG к основной смеси. Для защиты продукта, содержащего dUTP, UNG необходимо инактивировать химическим путем или нагреванием, прежде чем продукт ПЦР можно будет анализировать дальше. Таким образом, протокол dUTP требует только двух изменений в стандартном протоколе ПЦР: замена dUTP на dTTP во всех реакциях и инкубация всех смесей ПЦР с UNG перед циклическим изменением температуры. Фактически, этот протокол успешно применялся для обнаружения Toxoplasma gondii в спинномозговой жидкости, а также в других клинических образцах (46).

Выделение ДНК.

Поскольку клинические образцы содержат ингибиторы ПЦР, такие как гемин, который связывается с полимеразой Taq и ингибирует ее активность (10), очистка ДНК важна для предотвращения таких эффектов. Фактически, ингибиторы часто обнаруживаются в образцах спинномозговой жидкости (14), и кипячения спинномозговой жидкости недостаточно для удаления ингибиторов, влияющих на обнаружение микробов с помощью ПЦР (9). Выход целевой ДНК также является критическим фактором при обнаружении бактерий в клинических образцах с помощью ПЦР, особенно когда ожидается, что в образцах будет всего несколько бактерий.Поскольку бактерии имеют жесткую клеточную стенку, которая может противостоять обычному протоколу расщепления для экстракции ДНК, протокол экстракции бактериальной ДНК в клинических образцах должен быть дополнительным соображением при подготовке образцов.

Классический протокол экстракции ДНК основан на очистке органическими растворителями, такими как фенол-хлороформ, с последующим осаждением этанолом. Осадки, полученные из спинномозговой жидкости, содержащей лишь несколько бактерий, могут содержать слишком мало материала и могут быть невидимы.Следовательно, обработка этих осадков может потребовать догадок, особенно во время промывки осадков. Таким образом, кажется вероятным, что результирующий выход бактериальной ДНК из спинномозговой жидкости только с несколькими бактериями может не соответствовать. В связи с этим в недавнем исследовании был разработан новый протокол очистки ДНК с использованием твердофазных носителей, которые избирательно поглощают нуклеиновые кислоты (7). Этот протокол основан на природе нуклеиновых кислот, которые могут связываться с частицами кремнезема или стекла в присутствии хаотропных агентов, таких как NaI или NaClO ₄ (44, 62, 65).Хаотропная экстракция — очистка ДНК с помощью стекловолоконного фильтра (GFX; Pharmacia Biotech, Милуоки, Висконсин) является таким протоколом и использует матрицу из стекловолокна для выделения ДНК. Набор для выделения ДНК, основанный на методе гранул изотиоцианата гуанидиния-диоксида кремния (7), также коммерчески доступен (набор для выделения NucliSens; Organon Teknika, Дарем, Северная Каролина). Набор для выделения NucliSens приводит к достаточному выходу ДНК и высоко воспроизводимой ПЦР для β-глобина на фиксированных клетках (16). Однако нет сообщений о применении таких наборов для выделения бактериальной ДНК из клинических образцов.Fahle и Fischer (22) исследовали эффективность выделения вирусной ДНК из клинических образцов, в том числе из спинномозговой жидкости, с использованием шести различных коммерческих наборов для экстракции ДНК. В отчете был сделан вывод, что набор для выделения NucliSens и набор для выделения ДНК Puregene (Gentra Systems, Inc., Миннеаполис, Миннесота) были наиболее чувствительными среди протестированных наборов, включая набор колонок для захвата Generation (Gentra Systems), MasterPure Набор для очистки ДНК (Epicenter Technologies, Мэдисон, Висконсин), набор для экстракции нуклеиновых кислот IsoQuick (MicroProbe Corp., Bothell, Вашингтон) и набор для крови QIAamp (Qiagen, Valencia, Calf.) Для извлечения ДНК цитомегаловируса из клинических образцов на основе восстановления ДНК с помощью широкого диапазона оцениваемых типов образцов. Аналогичные оценки экстракции ДНК с помощью коммерческих наборов были также выполнены тремя другими группами (13, 36, 61). В результате этих исследований было обнаружено, что набор QIAamp более подходит, чем другие коммерческие и некоммерческие методы, оцененные для экстракции ДНК для ПЦР. Некоторые коммерчески доступные наборы для экстракции и очистки, основанные на протоколе твердофазной очистки, перечислены в таблице.Эти наборы исключают не только догадки, но и трудоемкие этапы экстракции фенол-хлороформ. Однако имеется лишь ограниченная информация о выделении бактериальной ДНК из клинических образцов, особенно из спинномозговой жидкости, с помощью этих коммерческих наборов.

ТАБЛИЦА 1.

Коммерческие наборы для экстракции ДНК на основе протокола твердофазной очистки

колонка на основе

Набор	Поставщик	Метод
Набор колонок для улавливания поколений	Gentra Systems
Набор для выделения NucliSens	Organon Teknika	Частицы кремнезема
QIAmp DNA Mini Kit	Qiagen	Мембранная колонка на основе кремнезема
Набор для прядения крови MoBlean		Мембрана на основе диоксида кремния
Набор геномной ДНК крови MagPrep	Novagen	Магнитные частицы диоксида кремния
Набор ДНК цельной крови SNAP	Invitrogen	Мембранная колонка-колонка на основе диоксида кремния	ДНК GF комплект очистки	Amersham	Матрица из стекловолокна

Гены-мишени.

Выбор генов-мишеней и дизайн олигонуклеотидных праймеров являются критическими элементами при определении чувствительности ПЦР (29, 53). Даже когда в качестве мишени выбран один и тот же ген, ПЦР с разными наборами праймеров показывает разницу в чувствительности между наборами праймеров в 100–1000 раз (29). Следовательно, последовательность праймеров важна для чувствительности и специфичности ПЦР. Чувствительность ПЦР также зависит от выбранного гена-мишени, поскольку количество копий генов или оперонов на бактерию варьируется.В этом отношении, если рассматривать только чувствительность ПЦР, обратная транскрипция-ПЦР является другим методом отбора из-за множества копий мРНК на бактерию. Однако практическая ценность ПЦР с обратной транскрипцией в диагностике ограничена из-за короткой продолжительности жизни и уязвимости бактериальных мРНК.

Полиморфизм последовательности целевого гена — еще одна проблема, связанная с специфичностью ПЦР. Некоторые бактериальные гены, такие как ген белка внешней мембраны C. trachomatis , имеют гипервариабельные участки внутри гена (23).Следовательно, продукты ПЦР разного размера, а также разные последовательности могут встречаться между клиническими изолятами бактерии, когда такой ген выбран в качестве мишени для ПЦР.

Универсальная ПЦР, которая усиливает консервативные области у различных бактерий, идеально подходит для обнаружения любого патогена при скрининге клинических образцов (8, 40, 42, 49, 63). С этой целью консервативная область гена 16S рРНК была выбрана в качестве целевого гена для универсальной ПЦР в связи с тем, что почти все распространенные бактериальные патогены, обнаруживаемые в жидкостях организма, были секвенированы (27, 42, 49).При использовании этой универсальной ПЦР сообщалось о высокой чувствительности ПЦР к обнаружению 10 грамм-отрицательных и 250 грамположительных бактерий в спинномозговой жидкости (42). Однако, поскольку универсальная ПЦР может обнаруживать почти все бактерии, включая нормальную флору, такую ​​как стафилококки на коже, различение контаминантов затруднено, особенно когда образцы содержат мало бактерий.

Протоколы ПЦР.

Существует несколько протоколов ПЦР для повышения чувствительности, особенно при работе с небольшим количеством бактерий в качестве мишени.Вложенная ПЦР — один из таких протоколов для обнаружения лишь нескольких бактерий в клинических образцах. В процессе используются две последовательные ПЦР. Первая ПЦР содержит внешнюю пару праймеров, а вторая содержит либо два вложенных праймера, которые являются внутренними по отношению к первой паре праймеров, либо один из первых праймеров и единственный вложенный праймер. Фрагмент большего размера, полученный в первой реакции, используется в качестве матрицы для второй ПЦР. Чувствительность и специфичность амплификации ДНК можно значительно улучшить с помощью такой вложенной ПЦР, иногда с чувствительностью в 1000 раз большей, чем у стандартной ПЦР.Однако в случае обнаружения C. pneumoniae с помощью вложенной ПЦР в стандартном растворе с добавлением бактерий чувствительность не всегда улучшалась по сравнению со стандартной одиночной ПЦР. Например, вложенные и одиночные ПЦР с праймерами, специфичными для гена C. pneumoniae omp-1 , показали одинаковую чувствительность (0,005 включения или 2,5 элементарных тельца на ПЦР) (2).

Часто встречающаяся проблема при ПЦР-амплификации последовательностей генов-мишеней — это появление ложных меньших полос в спектре продукта (17).Обычно это интерпретируется как неправильная установка одного или обоих олигонуклеотидных амплимеров на матрицу-мишень. Touchdown PCR разработан, чтобы избежать таких проблем и обеспечивает четко определенный диапазон PCR. ПЦР приземления использует протокол с понижением температуры отжига на каждом цикле сверху вниз от ожидаемой температуры отжига (17). Применение этого метода для обнаружения C. pneumoniae обеспечило улучшенную аналитическую чувствительность (от 0,004 до 0.063 образующих включения единиц на ПЦР) (43).

Обнаружение продуктов ПЦР.

Существует несколько различных протоколов обнаружения продуктов ПЦР, помимо традиционного метода электрофореза на агарозном геле, содержащем бромид этидия. Гибридизация по Саузерну со специфическим зондом, меченным радиоизотопным или нерадиоизотопным маркером, с ампликонами ПЦР широко используется для изучения специфичности ПЦР. Этот протокол обнаружения также обеспечивает более высокую чувствительность, чем метод обнаружения бромида этидия, но требует дополнительных этапов блоттинга и гибридизации.Иммуноферментный анализ с дигоксигенином (DIG) и ПЦР (ELISA) является одним из методов обнаружения ампликонов ПЦР с использованием микротитрационного планшета и в настоящее время коммерчески доступен (Roche Molecular Biochemicals, Индианаполис, Индиана). Этот метод включает захват ампликонов, меченных DIG, с помощью зонда, иммобилизованного на поверхности планшета для ELISA, покрытого стрептавидином. Связанный гибрид обнаруживают с помощью конъюгата анти-DIG-пероксидаза и колориметрического субстрата. Было показано, что эта система ELISA в 10–100 раз более чувствительна, чем традиционный метод электрофореза (48).Метод обнаружения ПЦР-иммуноанализа с использованием специального небольшого устройства (Clearview Immunoassay Detection Device; Oxoid Inc., Огденсбург, Нью-Йорк), которое удерживает мембрану и подушечку для нанесения образца, содержащую латексные шарики, меченные антителом против 2,4-динитрофенола, — еще один метод обнаружения ампликонов, предназначенный для обнаружения конкретных бактерий в клинических изолятах (12, 59). Мембрана, используемая в этой системе, покрыта рядами антител к антибиотину и антител против DIG. Следовательно, оценка результатов ПЦР как положительных или отрицательных при использовании этого набора для обнаружения в клинических лабораториях, не имеющих оборудования для электрофореза, относительно проста.Применение этого набора для обнаружения Neisseria meningitidis в CSF показало предел обнаружения от одного до трех организмов на ПЦР, что в 10 раз более чувствительно, чем обнаружение продуктов ПЦР при традиционном электрофорезе с агарозными гелями (54). Анализы на основе флуоресцентных зондов с мечеными праймерами или специфическими зондами, меченными флуоресцентным красителем, были разработаны с преимуществами закрытой системы, которая позволяет избежать загрязнения во время ПЦР и повысить чувствительность обнаружения ампликонов.Существует два типа анализов, использующих показания в реальном времени и по конечной точке. В частности, все чаще используется ПЦР в реальном времени, которая дает быструю и точную информацию о генах-мишенях. Этот подход имеет преимущество количественного определения ПЦР в экспоненциальной фазе, а не использования накопления конечной точки продукта ПЦР или попытки захватить ПЦР в экспоненциальной фазе, как это делалось ранее во многих количественных ПЦР (52). Этот негелевый метод имеет ряд других преимуществ по сравнению с обычными методами на основе агарозного геля.Например, эта система позволяет значительно увеличить пропускную способность. Анализ флуоресцентного зонда проводится в 96-луночном формате, и многие этапы анализа автоматизированы. Анализ представляет собой закрытую систему, в которой реакционная пробирка никогда не открывается после амплификации. Кроме того, он использует автоматизированную систему обнаружения, которая определяет и рассчитывает степень флуоресценции по сравнению с контрольной в каждом цикле и, следовательно, точно определяет номер цикла и линейный диапазон для положительного результата (52).Несмотря на то, что в настоящее время имеется мало отчетов об обнаружении и количественном определении бактерий в спинномозговой жидкости с помощью ПЦР в реальном времени, этот метод имеет отличный потенциал в качестве основного протокола для ПЦР-обнаружения бактерий в клинических образцах, в том числе в спинномозговой жидкости, благодаря этим преимуществам.

ОБНАРУЖЕНИЕ

C. PNEUMONIAE В спинномозговой жидкости с помощью ПЦР

C. pneumoniae — облигатная внутриклеточная бактерия, вызывающая множество респираторных заболеваний, включая 10% внебольничных пневмоний, бронхитов, фарингитов и синуситов.Сероэпидемиологически было показано, что от 50 до 80% взрослого населения ранее подвергались воздействию этого патогена (4, 26, 57). Кроме того, недавние исследования показали, что эта бактерия может быть вовлечена в некоторые хронические воспалительные заболевания, такие как астма (28), артрит (25), атеросклероз (47), болезнь Альцгеймера (3) и рассеянный склероз (56). Поскольку культивирование C. pneumoniae затруднено в большинстве клинических лабораторий, определение этой бактерии в клинических образцах широко проводится с использованием метода ПЦР, хотя стандартизированного метода ПЦР для обнаружения этого микроорганизма не существует (2).Поэтому результаты ПЦР с клиническими образцами для обнаружения этой бактерии сильно различаются (2).

РС — хроническое демиелинизирующее заболевание ЦНС, характеризующееся очагами демиелинизации. Хотя точная этиология рассеянного склероза неизвестна, общепринято считать, что вовлечен аутоиммунитет и что аутоантиген (ы), вероятно, находится в миелине ЦНС, мишени иммунного ответа (1). В этом отношении текущие исследования приводят доводы в пользу инфекционного агента в качестве фактора инициации или усиления рассеянного склероза с любыми иммунологическими механизмами (24).Чтобы идентифицировать конкретного возбудителя рассеянного склероза, многие группы пытались обнаружить микробы в спинномозговой жидкости, а также поражения ЦНС, полученные от пациентов с рассеянным склерозом. Однако согласованных результатов с конкретными патогенами не было. Недавние исследования Sriram et al. (56) подчеркнули возможное участие бактерии в РС с обнаружением C. pneumoniae в ЦСЖ почти всех пациентов с РС, но только в небольшой части образцов ЦСЖ от контрольных субъектов без РС, с использованием методов ПЦР и культивирования. .Это исследование показало самую высокую связь с РС среди всех организмов на сегодняшний день. Однако другие исследовательские группы не смогли обнаружить эту бактерию или обнаружили только низкий уровень обнаружения C. pneumoniae в спинномозговой жидкости от пациентов с РС (таблица).

ТАБЛИЦА 2.

Обнаружение ДНК C. pneumoniae в спинномозговой жидкости с помощью ПЦР

Авторы (лет)	Тип публикации	Экстракция ДНК a	Метод ПЦР b 900	Метод обнаружения c	Чувствительность d	Результаты e	Ссылка
Numazaki и NA12724			Letter	MOMP, вложенная ПЦР,? / ПЦР	Бромид этидия	NA	0/15 MS (включая 5 детей)	Letter, Neurology 57: 746
Saiz et al.(2001)	Letter	300 мкл CSF, колонки Qiagen, раствор ДНК (? Объем)	HM-1 / HR-1, одиночная ПЦР,? / ПЦР	Гибридизация в планшете для микротитрования (DEIA)	NA	0/39 MS	Letter, J. Neurol. 248: 617-618
Derfuss et al. (2001)	Полная бумага	100 мкл CSF, набор для экстракции ДНК Qiagen, 200 мкл раствора ДНК	16S рРНК, одиночная ПЦР, 5 мкл / ПЦР	Бромид этидия	NA	0/23 MS	15
Gieffers et al.(2001)	Полная бумага	300-1000 мкл CSF, колонки Qiagen, раствор ДНК (? Объем)	IN-1 / IN-2, вложенная ПЦР,? / ПЦР	Гибридизация с зондом	NA	12/58 MS, 20/47 OND, 0/60 контроль	23a
Ikejima et al. (2001)	Полная статья	200 мкл CSF, набор для экстракции ДНК Qiagen с бактериальным протоколом, 50 мкл раствора ДНК	Omp-1, одиночная ПЦР, 2 мкл / ПЦР	Бромид этидия	0.8 бактерий / ПЦР	11/16 MS	31
Morre et al. (2000)	Letter	200 мкл CSF, набор для экстракции ДНК (Roche), раствор ДНК (? Объем)	16S рРНК, одиночная ПЦР,? / ПЦР	Гибридизация с зондом	0,05 IFU	0 / 18 MS, 0/30 non-MS	Letter, Ann. Neurol. 48: 399
Pucci et al. (2000)	Letter	Осадок, стандартная экстракция ДНК, раствор ДНК (? Объем)	MOMP, одиночная ПЦР,? / ПЦР	NA	Несколько организмов	0/29 с 24 MS, 0/7 non-MS	Письмо, Ann.Neurol. 48: 399-400
Layh-Schmitt et al. (2000)	Полная бумага	1,0 мл CSF, набор для крови Qiagen, раствор ДНК (? Объем)	MOMP, вложенная ПЦР,? / ПЦР	Бромид этидия	10 копий / ПЦР	10/47 МС , 0/56 без MS	40a
Boman et al. (2000)	Letter	200 мкл CSF, набор для крови Qiamp, раствор ДНК (? Объем)	MOMP, вложенная ПЦР,? / ПЦР	NA	NA	0/48 MS, 0/51 нет -MS	Letter, Neurology 57: 746
Sriram et al.(1999)	Полная бумага	300 мкл CSF, экстракция ацетатом натрия, 20 мкл раствора ДНК	MOMP, одиночная ПЦР,? / ПЦР	Гибридизация с зондом	NA	36/37 MS, 5 / 27 non-MS	56

На сегодняшний день поступило 10 сообщений об обнаружении C. pneumoniae в спинномозговой жидкости у пациентов с РС с помощью ПЦР (таблица). Результаты исследований, касающихся присутствия C. pneumoniae в спинномозговой жидкости пациентов с РС, как определено с помощью ПЦР, показали очень широкий разброс положительных результатов, от 0% до почти 100%.Такое изменение частоты положительных результатов C. pneumoniae в спинномозговой жидкости может зависеть от источника спинномозговой жидкости и / или используемого протокола ПЦР. Поскольку не существует стандартного протокола ПЦР для обнаружения C. pneumoniae и нет последовательной картины положительных результатов в различных лабораториях, определенных в многоцентровом сравнительном испытании ПЦР-анализов для обнаружения C. pneumoniae (2), каждый шаг Протокол ПЦР, используемый в каждом исследовании, должен быть тщательно пересмотрен.

С.pneumoniae выделение ДНК.

Пять из 10 опубликованных статей, упомянутых выше, были письмами; поэтому детали экстракции ДНК и протоколы ПЦР, использованные в этих исследованиях, не были полностью описаны. Например, Numazaki и Chiba (K. Numazaki and S. Chibar, Letter, Neurology 57: 746, 2001) и Pucci et al. (E. Pucci, C. Taus, E. Cartechini, M. Morelli, G. Giuliani, M. Clementi и S. Menzo, Letter, Ann. Neurol. 48: 399-400, 2000) не предоставили информации. относительно количества проверенного CSF.Количество исходного материала, а также конечный объем раствора ДНК, по-видимому, влияют на чувствительность общего обнаружения. Следовательно, невозможно оценить, является ли используемый протокол достаточно чувствительным из-за отсутствия информации в таких отчетах. Только два отчета, которые были полными документами, описывали количество исследованного CSF, протокол выделения ДНК, конечный объем раствора ДНК и конечную концентрацию CSF, использованную для ПЦР. Например, Ikejima et al. (31) экстрагировали ДНК в 50 мкл из 200 мкл CSF, что означает четырехкратную концентрацию исходного объема CSF.В работе Sriram et al. (56) ДНК экстрагировали в 20 мкл из 300 мкл, 15-кратной концентрации CSF. Очевидно, что эти разные концентрации CSF могут влиять на конечную чувствительность ПЦР-анализа. Ни один из отчетов, кроме Ikejima et al. (31) и Sriram et al. (56) предоставили окончательный объем экстрагированной ДНК.

В большинстве исследований использовался протокол экстракции ДНК с твердофазными носителями, такими как колонки Qiagen, которые удерживают мембрану из силикагеля. Только в двух исследованиях Sriram et al.(56) и Pucci et al. (буква) — экстракция ДНК, выполняемая стандартным протоколом экстракции, таким как фенол-хлороформ и осаждение этанолом. Как упоминалось выше, использование твердофазных носителей для выделения ДНК может способствовать стабильному выходу экстракции ДНК, особенно с CSF, который может не содержать большого количества лейкоцитов или микробов в образце, если пациенты не болеют менингитом.

Примечательно, что только в одном отчете (31) рассматривается протокол экстракции бактериальной ДНК. C. pneumoniae является грамотрицательной бактерией и имеет липополисахарид и другие компоненты внешней мембраны в ее клеточной стенке, которые способствуют осмотической стабильности, а также жесткости, особенно элементарных тел, инфекционной формы, которая сопротивляется физическому и химическому давлению в внеклеточная среда. Следовательно, процедура выделения ДНК C. pneumoniae из клинических образцов должна быть разработана для экстракции бактериальной ДНК, особенно для образцов, которые могут содержать только несколько бактерий, таких как спинномозговая жидкость от пациентов с рассеянным склерозом.Фактически, исследование показало, что когда были изучены два протокола экстракции, один из которых предназначен для экстракции ДНК млекопитающих из образцов крови, а другой — для экстракции бактериальной ДНК, протокол бактериальной ДНК извлекает микробную ДНК более эффективно (31).

Метод ПЦР.

Гены основных белков внешней мембраны (MOMP), такие как omp-1 ( ompA ) (32), из C. pneumoniae широко используются в ПЦР в качестве целевого гена для обнаружения этой бактерии. C. pneumoniae имеет много белков внешней мембраны, включая богатые цистеином белки OmcA и OmcB (20, 21), а также MOMP, кодируемый omp-1 . Известно, что MOMP C. trachomatis имеет генетические вариации, в том числе в аминокислотных последовательностях (58), но мало информации о C. pneumoniae MOMP. Поэтому дизайн праймеров для генов MOMP должен проводиться с особой тщательностью. Видоспецифическая область гена 16S рРНК также часто используется в качестве гена-мишени в ПЦР для обнаружения C.pneumoniae (15, 18; С. А. Морре, К. Дж. Де Гроот, Дж. Киллештейн, С. Дж. Мейфер, С. К. Полман, П. Ван дер Валк и А. Дж. Ван ден Брюле, Letter, Ann. Neurol. 48: 399, 2000) . В этой связи следует отметить, что чувствительность обнаружения двух ПЦР с праймерами для гена omp-1 и 16S рРНК в каждом наборе оптимальных условий была различной (31). ПЦР для omp-1 была по крайней мере в 10 раз более чувствительной, чем для гена 16S рРНК. Более того, когда обе ПЦР использовались для обнаружения C.pneumoniae в спинномозговой жидкости, полученной от пациентов с РС, ПЦР для гена 16S рРНК не смогла обнаружить никакой ДНК C. pneumoniae , хотя ПЦР для omp-1 выявила ДНК C. pneumoniae в тех же образцах спинномозговой жидкости. Неизвестно, ответственна ли конструкция праймерных последовательностей или выбранный целевой ген за различную чувствительность этих ПЦР, но очевидно, что важны как дизайн праймера, так и выбор целевого гена для ПЦР для обнаружения C. pneumoniae в спинномозговой жидкости. при обнаружении C.pneumoniae с помощью ПЦР.

Принято считать, что вложенная ПЦР может быть более чувствительной, чем одиночная ПЦР, из-за использования двух последовательных ПЦР. Однако на практике вложенная ПЦР не всегда дает более высокую чувствительность, чем одиночная ПЦР (2). Кроме того, вложенная ПЦР гораздо более подвержена заражению. Следовательно, обнаружение C. pneumoniae в спинномозговой жидкости, которая может не содержать многих бактерий, с помощью вложенной ПЦР должно выполняться с осторожностью; в противном случае ни один другой метод в настоящее время не может подтвердить положительные результаты ПЦР.

Обнаружение

C. pneumoniae в спинномозговой жидкости.

Споры вокруг обнаружения C. pneumoniae в спинномозговой жидкости, полученной от пациентов с РС, в первую очередь из-за отсутствия окончательного теста для обнаружения небольшого количества присутствующих C. pneumoniae . Культивирование всегда считается «золотым стандартом» в микробиологии, но его трудно провести с некоторыми привередливыми бактериями, такими как C. pneumoniae , в конкретных клинических образцах. Например, эта бактерия не была успешно культивирована из образцов крови, хотя ее ДНК можно обнаружить в крови, а организм был извлечен в ограниченном количестве из образцов сосудистой ткани (18).Несмотря на то, что ПЦР позволяет обнаруживать низкие концентрации бактерий в клинических образцах, большая вариабельность обнаружения обычно обнаруживается в спинномозговой жидкости от пациентов с РС (таблица), образцах атеросклеротической ткани и мононуклеарных клетках периферической крови, в диапазоне от 0 до 100% степени обнаружения. между исследованиями (5, 6, 64). В связи с этим недавнее исследование, проведенное Smieja et al. (55) продемонстрировали взаимосвязь между целевыми концентрациями и частотой обнаружения ПЦР; то есть более низкие концентрации C.pneumoniae были только периодически положительными по результатам ПЦР, и эта взаимосвязь была предсказуемой со статистической точки зрения. С этой точки зрения, теоретически большее количество повторов анализа ПЦР может повысить вероятность обнаружения небольшого количества бактерий. Другими словами, отрицательные результаты ПЦР, полученные в результате одного теста ПЦР, могут не быть истинно отрицательными из-за низкой достоверности обнаружения при более низкой концентрации мишени. Поскольку ни в одной из статей, сообщающих о результатах исследования C.pneumoniae с помощью ПЦР в спинномозговой жидкости от пациентов с рассеянным склерозом при условии любого повторного количества ПЦР-тестов, полученные отрицательные результаты, возможно, не являются истинно отрицательными, но могут указывать на то, что бактерий было мало, если они вообще присутствовали.

ВЫВОДЫ

Хорошо задокументировано, что определенные инфекционные агенты могут быть вовлечены в аутоиммунные заболевания, такие как Trypanosoma cruzi как возбудитель болезни Шагаса и Streptococcus pyogenes и вирус кори при энцефаломиелите (51).Некоторые хронические воспалительные заболевания, которые еще не классифицируются как аутоиммунные заболевания, также считаются связанными с некоторыми микробными инфекциями. Однако, в отличие от инфекционных заболеваний, микробы, вызывающие или способствующие возникновению таких хронических воспалительных заболеваний, включая аутоиммунные заболевания, не могут быть легко обнаружены в образцах, полученных из конкретного поражения. Поскольку хронические воспалительные заболевания, а также аутоиммунные заболевания, включая атеросклероз и рассеянный склероз, могут быть связаны с иммунным ответом посредством молекулярной мимикрии и / или возможного адъювантного эффекта инфекционных агентов (50), присутствие микробов в поражении не всегда может быть необходимо.Даже при таких обстоятельствах постоянное обнаружение бактерий в образцах должно иметь решающее значение для диагностики и будущей терапии. В этом отношении ПЦР является наиболее надежным методом обнаружения микробов в клинических образцах. Важное значение имеют тщательный дизайн и протокол ПЦР-анализа для обнаружения, измерения и идентификации микробов в клинических образцах. Анализ результатов ПЦР также является важным вопросом в диагностике, особенно при хронических воспалительных заболеваниях. Применение клинически значимого ПЦР-анализа к этим вопросам при мониторинге присутствия бактерий в спинномозговой жидкости может выявить роль бактерий, таких как C.pneumoniae , при хронических воспалительных или аутоиммунных заболеваниях, таких как рассеянный склероз.

ПЦР с использованием крови для диагностики инвазивного пневмококкового заболевания: систематический обзор и метаанализ

Идентификация патогенов, ответственных за сепсис и септический шок, имеет первостепенное значение для принятия терапевтических решений. На выживаемость в значительной степени влияет раннее начало лечения соответствующими антибиотиками (17, 35). Ненужное или излишнее лечение антибиотиками связано с побочными эффектами и приводит к индукции резистентности без предоставления пользы (19).Результаты посева крови обычно используются для определения инфекций. Однако они не чувствительны к большинству типов инфекций, особенно после лечения антибиотиками, и результаты откладываются на время, необходимое для роста патогенов. Этот случай особенно примечателен для внебольничной пневмонии (ВП), для которой показатели положительных результатов очень низкие, а посевы крови не могут использоваться для прямого лечения (3). Результаты окрашивания по Граму и посева мокроты положительны для 31-68% и 28-86% пациентов с пневмококковой пневмонией, которые могут выделять мокроту, соответственно (8, 21, 43, 46, 54), в то время как тест на антиген пневмококка в моче положительный результат примерно у 70-87% пациентов (8, 22, 61, 63), причем все значения сильно зависят от предыдущего лечения антибиотиками.Молекулярные методы идентификации патогенов привлекательны, поскольку, в принципе, результаты не должны зависеть от количества патогена, присутствующего в образце, идентификация, определяемая ДНК, может быть высокоспецифичной, и некультивируемые патогены могут быть обнаружены (18, 44). Результаты могут быть доступны в течение нескольких часов после того, как у пациента появилась инфекция, в течение временного окна, которое позволяет назначить раннее лечение антибиотиками. На практике молекулярные методы не заменили классическую микробиологию (7).В то время как специфичность является основным препятствием в целом, главным образом из-за загрязнения продуктов ПЦР экзогенным материалом или ранее использовавшимися экстрактами и праймерами, низкая чувствительность ПЦР с образцами крови возникла как серьезная проблема. Присутствие человеческой ДНК и ингибиторов в крови может мешать ПЦР или реакциям гибридизации и вызывать ложноотрицательные результаты. Неспецифическое связывание праймеров из-за наличия повторяющихся последовательностей в матрице ДНК, неспецифическое связывание между праймером и матрицей и неполное связывание праймера снижают как чувствительность, так и специфичность (51).Мы систематически рассмотрели исследования, в которых оценивалась чувствительность и специфичность молекулярных методов на основе ПЦР, применяемых к образцам крови для выявления инвазивного заболевания, вызванного S tre p tococcus pneumoniae . Нашей целью было оценить точность объединенных тестов, как сообщается в настоящее время, и проанализировать причины различий в чувствительности или специфичности между различными тестами, инфекциями и исследуемыми популяциями. Обзор был проведен и опубликован в соответствии с рекомендациями по систематическим обзорам точности диагностических тестов (34).

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Мы включили проспективные когортные исследования, проспективные вложенные исследования случай-контроль и ретроспективные исследования случай-контроль, в которых оценивали взрослых и детей. Целевым состоянием было инвазивное пневмококковое заболевание (IPD), определяемое как первичная бактериемия (признаки и симптомы сепсиса без документально подтвержденного источника инфекции), пневмония, эмпиема или менингит, вызванные S. pneumoniae. Исследования, которые оценивали только синусит и средний отит, были исключены.Индекс-тесты включали любой основанный на ПЦР молекулярный метод, выполняемый с образцами крови для идентификации S. pneumoniae , с признаками чувствительности или без них. Мы включили ПЦР, вложенную ПЦР, ПЦР с обратной транскрипцией, ПЦР в реальном времени и мультиплексную ПЦР. Мы исключили ПЦР-тестирование культур крови после инкубации или после первого выявления роста.

Эталонный стандарт был определен на нескольких уровнях, на которых положительные результаты использовались для подтверждения наличия IPD, а отрицательные результаты использовались для исключения IPD, как показано ниже.Уровень I — рост S. pneumoniae в культурах крови. Уровень II — рост S. pneumoniae в культурах крови или образцах из других стерильных участков (спинномозговая жидкость, плевральная жидкость, образцы биопсии легких). Уровень III представлял собой рост S. pneumoniae , как подробно описано для уровня 2 с использованием тестов на пневмококковые антигены с кровью или мочой или серологических тестов на S. pneumoniae . Уровень IV представлял собой любой из методов, подробно описанных для уровня 3, или клиническое правило, определяющее IPD.

Культуры нестерильных образцов верхних дыхательных путей (мокрота, носоглотка, горло и т. Д.) Не рассматривались для диагностики ИПИ в нашем анализе.

Мы провели поиск записей в базе данных PubMed до октября 2009 г .; Кокрановская база данных, выпуск 4, 2008 г .; базы данных LILACS, NLM и KOREAMED для записей, предоставленных до декабря 2008 г .; и материалы Европейского конгресса по клинической микробиологии и инфекционным заболеваниям и Международной конференции по противомикробным препаратам и химиотерапии в период с 2000 по 2008 год с использованием следующих терминов и их медицинских предметных заголовков (адаптированных для каждой базы данных): (сепсис ИЛИ пневмония ИЛИ бактериемия ИЛИ менингит ИЛИ целлюлит, ИЛИ рожа, ИЛИ инфекция мочевыводящих путей, ИЛИ сепсис, ИЛИ инфекция кровотока) И (ПЦР ИЛИ в реальном времени ИЛИ ОТ-ПЦР ИЛИ обратная транскрипция ИЛИ вложенная ПЦР) И ( Streptococcus pneumoniae ИЛИ пневмококк *).Кроме того, мы просмотрели ссылки на все включенные исследования. Мы провели поиск на веб-сайтах на предмет исследований с участием коммерчески доступных продуктов (например, LightCycler SeptiFast [Roche] и VYOO [SIRS-Lab, Jena, Germany]).

Два составителя обзора независимо друг от друга применили критерии включения и извлекли данные из включенных исследований. Разногласия разрешались путем обсуждения и консультаций с третьим рецензентом. Когда одна и та же исследуемая популяция анализировалась более чем в одной публикации, результаты исследования учитывались только один раз.Когда оценивали более одного индексного теста (например, тесты с разными праймерами ПЦР) или эталонного стандарта, мы извлекали данные отдельно для каждого теста и эталонного стандарта. С авторами связались для дополнения данных.

Методологическое качество оценивалось с использованием контрольного списка для оценки качества диагностических исследований (QUADAS) (72). Мы адаптировали компоненты списка к нашему обзору (см. Таблицу S1 в дополнительном материале). По каждому компоненту присваивался балл: 2 за «да» (низкий риск систематической ошибки), 1 за «неизвестно» или «неясно» и 0 за «нет» (высокий риск систематической ошибки).

Статистический анализ и синтез данных.

Мы перечислили количество истинно положительных, истинно отрицательных, ложноположительных и ложноотрицательных результатов для каждого исследования, а также тест и эталонный стандарт, на основании которых были рассчитаны пары значений чувствительности и специфичности. Если в исследовании сообщалось о результатах для более чем одного ген-специфического праймера, результаты, полученные с геном ply , использовались по умолчанию для первичного анализа. Результаты, полученные с другими праймерами, использовали для специфичных для праймеров анализов.Чувствительность и специфичность наносили на график рабочих характеристик приемника (ROC). Мы использовали метод иерархической сводной ROC (HSROC) для расчета сводных оценок чувствительности, специфичности, а также положительных и отрицательных отношений правдоподобия с 95% доверительными интервалами (ДИ) и 95% областью прогноза (23, 24). рассчитанные диагностические отношения шансов (DOR) для каждого исследования (шансы на положительный результат ПЦР для пациента с IPD, деленные на вероятность положительного результата PCR для пациента без IPD), с 0.5 вменяется для нулевых значений. Мы оценили влияние нескольких ковариат на DOR с помощью однофакторной мета-регрессии (36), включая тип образца крови (цельная кровь, сыворотка, плазма или другой), метод ПЦР (вложенный, в реальном времени или другой), пневмококковый ген ( s) использованный в качестве праймера для ПЦР, дизайн исследования (когорта против случай-контроль), возраст (исследования с привлечением взрослых по сравнению с исследованиями с участием детей), источник инфекции (исследования, оценивающие только пневмонию, по сравнению с исследованиями, оценивающие любые ИПИ), исследование год, метод экстракции ДНК (методы с коммерческими наборами или ферментативные или механические методы), использование серийных разведений и использование протокола для обхода воздействия ингибиторов в крови.Только значимое (указано значение P P ) (27). Когда нескорректированные результаты мета-регрессии указали на значительное влияние оцениваемой переменной на DOR, суммарные значения чувствительности и специфичности HSROC представлены по категориям. Анализы выполняли с помощью программного обеспечения STATA / IC (версия 10.1).

РЕЗУЛЬТАТЫ

Стратегия поиска выявила 364 ссылки, из которых 40 потенциально релевантных ссылок были отобраны для дальнейшей оценки (рис. 1). Было исключено 21 исследование (2, 6, 11-13, 15, 20, 26, 29, 31, 33, 38, 40, 47-49, 56, 60, 67, 69, 74) и добавлено 10 исследований. путем поиска ссылок и материалов конференций.В общей сложности 29 исследований, опубликованных в период с 1993 по 2009 год, соответствовали критериям включения (1, 4, 5, 9, 10, 14, 16, 25, 28, 30, 32, 37, 39, 41, 42, 45, 50, 52 , 55, 57-59, 62, 64-66, 68, 70, 73). Характеристики исследования представлены в таблице S2 в дополнительных материалах. В десяти исследованиях оценивались только дети, в семи — только взрослые, а в других не указывалась конкретная возрастная группа и, скорее всего, оценивалась смесь, которая была репрезентативной для лиц с ИПИ. Четырнадцать исследований были нацелены на любые ИПИ (соответствующие определениям критериев включения), 13 оценивали только пневмококковую пневмонию и 2 оценивали только менингит.Только в одном исследовании оценивали детей со средним отитом в дополнение к IPD (14). Стандартная ПЦР, ПЦР в реальном времени и вложенная ПЦР использовались каждый примерно в одной трети исследований. В исследованиях использовалась цельная кровь, сыворотка, плазма или лейкоцит; в нескольких исследованиях оценивали более одного типа образцов крови. Праймеры для гена пневмококка ply использовались для ПЦР в большинстве исследований ( n = 22), праймеры для гена lytA использовались в 10 исследованиях, праймеры для гена PBP 2b использовались в 2 исследованиях, и праймеры для psaA и SPN9802 были использованы в 1 исследовании каждый (в нескольких исследованиях оценивалось более одного гена).В трех исследованиях проводилась ПЦР со свежими образцами (32, 68, 73), в то время как во всех других исследованиях сообщалось об использованных методах хранимых замороженных образцов.

Дизайн исследования и элементы QUADAS, используемые в методологической оценке, подробно описаны в Таблице S3 в дополнительных материалах. Семнадцать исследований были проспективными когортными исследованиями, в которых участники с признаками, указывающими на пневмококковые инфекции (например, внебольничную пневмонию), оценивались на предмет IPD. Три из них считались вложенными исследованиями случай-контроль, в которых оценивалась проспективная когорта участников, оцениваемых на IPD, и пациенты с доказанной IPD из этой когорты служили случаями, в то время как отдельная когорта здоровых участников служила контролем.Девять исследований были классифицированы как исследования случай-контроль. В этих исследованиях использовались сохраненные клинические образцы от пациентов с ИПИ (обычно собираемые проспективно), и результаты этих исследований сравнивались с результатами исследований, проведенных с образцами из когорты здоровых людей или пациентов с инфекциями, вызванными другими бактериями, кроме S. pneumoniae. . Была отмечена методологическая вариативность между исследованиями в отношении набора последовательных участников, времени проведения ПЦР по отношению ко времени сбора крови для посева, тестирования всех участников с использованием эталонных тестов и описания клинической информации. доступны на момент проведения ПЦР.Только одно исследование касалось отмены.

Пневмококковая бактериемия.

Когда «пациенты с заболеванием» были определены как пациенты с пневмококковой бактериемией, а «пациенты без заболевания» — как здоровые люди или пациенты с бактериемией, вызванной другими бактериями (22 исследования), суммарные оценки чувствительности и специфичности составили 57,1% ( 95% ДИ, от 45,7 до 67,8%) и 98,6% (95% ДИ, от 96,4 до 99,5%), соответственно (рис. 2А). Исследования случай-контроль показали более высокую чувствительность, чем когортные исследования (нескорректированный P = 0.03, скорректированный P = 0,19), а пневмония как источник инфекции была связана с немного более низкой чувствительностью, чем другие типы IPD (нескорректированное P = 0,04, скорректированное P = 0,24) (Таблица 1). Когда «пациенты с заболеванием» были определены выше, а «пациенты без заболевания» были определены как пациенты с симптомами и признаками, указывающими на ИПБ без пневмококковой бактериемии (26 исследований), суммарные значения составили 66,4% (95% ДИ, 55,9 до 75,6%) для чувствительности и 87.8% (95% ДИ, 79,5–93,1%) для специфичности (рис. 2B). Только тип ПЦР влиял на DOR (нескорректированный P = 0,03, скорректированный P = 0,18), при этом вложенная ПЦР имела специфичность и чувствительность ниже, чем специфичность и чувствительность других типов ПЦР (в основном в реальном времени). ПЦР) (таблица 1).

Любой IPD с подтвержденным посевом.

Пациенты с клиническим синдромом, указывающим на ИПЗ, и подтверждением пневмококковой инфекции путем посева образца из стерильного места (включая кровь) считались «больными», а здоровые люди или пациенты с инфекциями, бактериологически доказанными, что они были вызваны другими бактериями. считались «пациентами без болезней» (22 исследования).Суммарное значение чувствительности составило 56,1% (95% доверительный интервал от 47,1 до 64,7%), а суммарное значение специфичности составило 98,6% (95% доверительный интервал от 96,2 до 99,4%) (рис. 3). Ни одна из оцененных ковариат существенно не повлияла на DOR.

Любой проверенный ИПД.

IPD, подтвержденный посевом образцов из стерильных участков, серологическим анализом или тестированием на антиген, считался «заболеванием»; и люди, которые были здоровы, или пациенты, у которых не было IPD, составляли контрольную популяцию (21 исследование). Суммарное значение чувствительности составило 46.6% (95% ДИ, 34,8–58,8%), а специфичность составила 98,8% (95% ДИ, 96,6–99,6%) (рис. 4A). Исследования, в которых оценивали пневмококковую пневмонию, имели более высокую чувствительность (нескорректированный P = 0,04, скорректированный P = 0,19), чем исследования, которые включали какие-либо IPD, в то время как исследования, в которых участвовали только дети, сообщили о более низкой чувствительности, чем исследования, в которых участвовали взрослые или смешанные группы (нескорректированное ). P = 0,03, скорректированный P = 0,12) (Таблица 1). Когда IPD был аналогичным образом доказан любыми способами, но контрольными были те, у кого подозревалась IPD, для которых не было доказательств IPD (22 исследования), суммарные значения чувствительности и специфичности составили 51.6% (95% ДИ, от 39,6 до 63,4%) и 91,1% (95% ДИ, от 82,7 до 95,6%), соответственно (рис. 4B). Исследования, в которых оценивали детей, показали более высокую чувствительность и более низкую специфичность, чем исследования, в которых оценивали взрослые или смешанные популяции пациентов (нескорректированное P = 0,002, скорректированное P = 0,029). Вложенная ПЦР имела более низкую специфичность, чем ПЦР в реальном времени или другие, более современные методы ПЦР (нескорректированное P = 0,05, скорректированное P = 0,33) (Таблица 1).

Возможный IPD.

В шести исследованиях в дополнение к традиционным диагностическим методам использовалось клиническое определение ИПИ.Это включало клинический синдром, совместимый с IPD после исключения других патогенов, с ответом на терапию или без него. Суммарная точка чувствительности была очень низкой, 31,7% (95% доверительный интервал от 16 до 53%), а специфичность составила 98,3% (95% доверительный интервал от 80,9 до 100%).

Возможности прогнозирования и анализ чувствительности.

Прогностические области во всех анализах были большими, что указывало на нашу неспособность предсказать «истинную» чувствительность и специфичность (95% прогнозируемых областей на рис. 2–4).Общая прогностическая способность была ниже (а прогностическая область 95% была больше), когда контрольная популяция состояла из пациентов с подозрением на IPD (рис. 2B и 4B), чем когда контрольная популяция состояла из здоровых людей или пациентов с другими подтвержденными инфекциями (рис. 2А и 4А). Более узкие области прогноза могут быть получены с использованием ковариат, определенных выше как лежащая в основе неоднородность. Например, объединенная чувствительность и специфичность семи исследований, в которых использовались методы ПЦР в реальном времени или другие недавно разработанные методы ПЦР для диагностики любого ИПД для сравнения пациентов с пневмококковой бактериемией и здоровых людей или пациентов с непневмококковой бактериемией, составляли 50.9% (95% ДИ, 42,7–59,0%) и 97,3% (95% ДИ, 93,2–99,0%), соответственно, с более узкими областями прогноза (см. Рис. S1 в дополнительном материале). Наконец, в когортных исследованиях. включая пациентов ( n = 25) с клиническим синдромом, совместимым с IPD, но без доказательств наличия IPD на исходном уровне, скорректированная совокупная частота положительных результатов ПЦР с кровью по сравнению с окончательным диагнозом IPD (модель случайных эффектов) составила 15% (95% ДИ от 14 до 16%; диапазон от 1 до 85%). Эти исследования включали одно исследование, которое не было включено в предыдущие анализы, поскольку в нем сообщалось только о частоте положительных результатов ПЦР (25).В том же наборе исследований общий уровень бактериемии составлял 9% (95% ДИ, 9–10%; диапазон от 4 до 75%). Частота положительных результатов ПЦР была выше, чем положительных результатов посевов крови в 16 из 25 исследований. Мы связались со всеми авторами исследований, включенных в анализ, чтобы узнать, введена ли исследуемая ПЦР в клиническую практику. Один автор ответил, что тест был интегрирован в рутинный рабочий процесс на местном и национальном уровне в Италии (5). Другие не ответили или заявили, что ПЦР использовалась только для образцов некрови.

ОБСУЖДЕНИЕ

Мы собрали все исследования, в которых оценивались диагностические характеристики ПЦР, применяемой к образцам крови для диагностики ИПИ. Когда пневмококковая бактериемия или положительные посевы образцов из других стерильных участков использовались для определения ИПД у пациентов с сепсисом, чувствительность ПЦР с кровью составляла в среднем от 66 до 57%. Когда в качестве эталонного стандарта использовались более низкие степени доказательства IPD, значения чувствительности были ниже, как и ожидалось; с образцами от пациентов с заболеванием, подтвержденным микробиологическими или серологическими методами, диапазон чувствительности составлял от 47 до 52%, а с образцами от пациентов с заболеванием, диагностированным с помощью клинического правила, чувствительность снизилась до 32%.Хотя специфичность была почти 100%, когда учитывались здоровые участники или пациенты, инфицированные другими бактериями, кроме S. pneumoniae , более релевантной популяцией были пациенты с подозрением на ИПБ (например, внебольничная пневмония). Среди этих пациентов показатели специфичности были ниже (от 88 до 92%). Это может отражать неадекватность доступных в настоящее время методов диагностики ИПБ и, следовательно, потенциальную добавленную стоимость ПЦР или ложноположительных результатов ПЦР. В соответствии с этим, в когортных исследованиях пациентов с подозрением на ИБП результаты ПЦР были чаще положительными, чем посевы крови.Все анализы были крайне неоднородными, что отражалось в широких доверительных интервалах и областях прогноза (рис. 2–4). Наиболее последовательная оценка чувствительности ПЦР (50,9%; 95% ДИ от 42,7 до 59,0%) была получена в исследованиях, в которых для диагностики пневмококковой бактериемии использовались методы ПЦР в реальном времени или другие недавние методы ПЦР. Мы попытались определить переменные, влияющие на точность диагностики. ПЦР с кровью, кроме определения случая IPD и используемого эталонного стандарта. Как и ожидалось, вложенная ПЦР имела более низкую чувствительность и более низкую специфичность, чем ПЦР в реальном времени или другие передовые методы ПЦР.Когда изучаемым IPD была пневмония, чувствительность была выше, чем для любого IPD (включая первичную пневмококковую бактериемию и менингит). Специфичность, наблюдаемая у детей с подозрением на ИПИ, была ниже, чем у взрослых. Дети не только с большей вероятностью будут колонизированы пневмококками, чем взрослые (истинная более низкая специфичность), но также с большей вероятностью будут иметь пневмококковое заболевание с совместимым клиническим синдромом (результаты отражают лучшую эффективность ПЦР, чем эталонный стандарт).В исследованиях «случай-контроль» значения чувствительности преувеличивались по сравнению с результатами, полученными в когортных исследованиях, что ранее наблюдалось при использовании других диагностических тестов (71). Мы не обнаружили последовательного влияния на диагностическую эффективность типа используемого образца крови, методов обработки образцов (включая методы выделения ДНК, использование серийных разведений и использование протокола для обхода ингибиторов), года проведения исследования. и используемый ген-специфический праймер. Примечательно, что эти анализы зависели от уровня отчетности в первичных исследованиях, который сильно варьировался.Невозможно было оценить два важных возможных модификатора, поскольку данные в первичных исследованиях не были предоставлены по подгруппам пациентов: предшествующее лечение антибиотиками и статус колонизации. Предшествующее лечение антибиотиками снизило чувствительность ПЦР в четырех исследованиях (1, 14, 32, 39), в то время как в четырех других исследованиях утверждалось, что это не повлияло на их чувствительность (28, 42, 70, 73). Даган и др. показали, что колонизация носоглотки S. pneumoniae сильно влияет на специфичность, вызывая ложноположительные результаты как у здоровых детей, так и у детей с вирусными инфекциями дыхательных путей (14).Michelow et al. не обнаружили такой ассоциации (42). Некоторые другие переменные, потенциально влияющие на диагностическую точность, не могли быть оценены из-за различных уровней отчетности о методах в первичных исследованиях. К ним относятся объем, использованный для тестирования (низкая концентрация бактерий может потребовать использования определенного минимального объема), методы и время сбора крови для ПЦР в зависимости от времени сбора крови для посева, а также использование одиночной или мультиплексной ПЦР.Наконец, почти во всех исследованиях использовались хранящиеся замороженные образцы крови; Таким образом, мы не могли оценить, улучшило ли использование свежих образцов чувствительность.

Инвазивные пневмококковые инфекции могут быть смертельными, если их не лечить. Их основной дифференциальный диагноз — вирусная инфекция. Таким образом, будет полезен быстрый диагностический тест, который можно использовать для исключения ИПИ. Прямая ПЦР с образцами крови пока не может претендовать на эту роль. Отрицательные отношения правдоподобия в текущем анализе варьировались от 0,38 до 0.54, ценности, которые бесполезны в клинической практике. Основное предостережение относится к нашим оценкам специфичности, поскольку доступные в настоящее время диагностические методы, используемые в качестве эталонов в проанализированных исследованиях, не позволяют диагностировать все случаи ИПИ.

Таким образом, ПЦР, проводимая непосредственно с образцами крови, имеет низкую чувствительность по сравнению с чувствительностью современных методов, основанных на культуре, и низкую специфичность для пациентов с сепсисом. Результаты отдельных исследований очень разнородны, и мы не смогли определить клинический сценарий или методы, которые позволят получить в результате лучшие характеристики тестов.Учитывая текущие данные, ПЦР непосредственно с образцами крови не может рассматриваться для использования в клинической практике. Аналогичные анализы следует проводить для оценки эффективности ПЦР, применяемой к образцам крови для выявления других бактериальных инфекций, и эти результаты следует учитывать до внедрения новых дорогостоящих технологий (53).

Мы подчеркиваем методологическую сложность оценки точности методов молекулярных испытаний. Определение эталонного стандарта является сложной задачей, поскольку доступные в настоящее время средства диагностики на основе культуры имеют ограниченную чувствительность и отрицательную прогностическую ценность.Оптимальное диагностическое исследование должно включать когорту пациентов с подозрением на целевую инфекцию, должно проводить проспективный мониторинг пациентов для определения результатов и использовать клиническое «экспертное» определение эталонного стандарта в дополнение к окончательным доказательствам. В то время как наивысшая степень доказательства — это положительный результат посева с образцами из стерильных мест, самая низкая степень доказательства «инфекции» (и самая высокая степень доказательства «отсутствия инфекции») будет общепринятым клиническим определением инфекции, которое учитывает клиническая картина, наблюдение и ответ на лечение.Необходима разработка руководящих принципов для единого дизайна и унифицированных средств отчетности для исследований, оценивающих диагностическую точность молекулярных методов диагностики инфекций.

РИС. 1.

РИС. 1. Учебный поток.

РИС. 2.

РИС. 2. Модели HSROC для диагностики пневмококковой бактериемии с использованием здоровых людей или пациентов с непневмококковой бактериемией в качестве контроля (A) и пациентов с подозрением на IPD, но без каких-либо доказательств IPD в качестве контроля (B).

РИС.3.

РИС. 3. HSROC-модели для диагностики любого IPD, подтвержденного посевом, с использованием здоровых людей или пациентов с непневмококковой бактериемией в качестве контроля.

РИС. 4.

РИС. 4. Модели HSROC для диагностики IPD, подтвержденные всеми принятыми способами, с использованием здоровых людей или пациентов с доказанными непневмококковыми инфекциями в качестве контроля (A) и пациентов с подозрением на IPD без пневмококковой бактериемии в качестве контроля (B).

ТАБЛИЦА 1.

ТАБЛИЦА 1. Переменные, влияющие на диагностические отношения шансов

2627

27

27

9069

27

27

Переменная	Заболевание или состояние у субъектов:			No.исследований	Чувствительность (%)	Специфичность (%)	Отношение правдоподобия
		При заболевании	Без заболевания d
Дизайн исследования	Бактериемия	Здоровые или неинфекционные заболевания
Когорт		(46,3-61,1) b	97,8 (92,8-99,3)	24,4 (7,6-78,0)	0,47 (0,40-0,55)
Корпус-контроль					62,2 (40,1-80,1)	98,9 (96,4-99,7)	59,1 (20,1-173,9)	0,38 (0,22-0,66)
Тип IPD	Бактериемия	Здоровый или не-IPD 9069
Только пневмония			9	58.6 (41,8-73,6)	98,5 (94,8-99,6)	40,2 (11,9-135,4)	0,42 (0,28-0,62)
Любая			12	53,3 (37,3)	97,4 (92,7-99,1)	20,6 (8,1-52,5)	0,48 (0,34-0,67)
Обход ингибиторов	Бактериемия	Здоровые или не-IPD
Да a			12	47.5 (39,6-55,5)	98,2 (94,5-99,4)	26,2 (9,2-74,7)	0,53 (0,46-0,62)
№			10	78,4) 54,8	99,0 (95,6-99,8)	76,4 (19,9-293,0)	0,22 (0,09-0,51)
Тип ПЦР c	Бактериемия	бактериемия
Вложенный ПЦР			13	62.6 (48,2-75,0)	82,2 (69,7-90,2)	3,5 (2,2-5,5)	0,46 (0,34-0,61)
ПЦР в реальном времени или другой ПЦР			13	68,3 (54,2-79,6)	91,7 (80,4-96,8)	8,2 (3,8-17,9)	0,35 (0,24-0,49)
Тип IPD	Любой проверенный IPD	Здоровый или не-IPD
Только пневмония			9	56.7 (38,7-73,1)	98,5 (95,1-95,5)	38,0 (12,7-113,7)	0,44 (0,29-0,66)
Любая			12	38,6 (24,7)		99,0 (95,0-99,8)	38,6 (10,0-149,3)	0,62 (0,49-0,79)
Возраст	Любой подтвержденный IPD	Здоровый или не-IPD
Дети			8	41.7 (25,1-60,4)	98,7 (86,1-99,9)	32,8 (3,4-320,4)	0,59 (0,44-0,80)
Взрослые или смешанное население			13	51,0 (34 -67,4)	98,7 (96,5-99,5)	38,9 (16,1-94,1)	0,50 (0,44-0,80)
Возраст	Любое подтвержденное IPD	Предполагаемое IPD без доказательств
Детский			9	55.9 (33,8-75,8)	81,3 (54,4-94,1)	3,0 (1,2-7,3)	0,54 (0,36-0,83)
Взрослые или смешанное население			13	48,5 (35,1 -62,2)	94,6 (89,9-97,2)	9,1 (5,6-14,8)	0,54 (0,43-0,69)
Тип ПЦР c	Любой доказанный IPD без доказательства IPD	Подозреваемый IPD
Вложенный PCR			13	51.1 (36,9-65,2)	87,2 (72,0-94,7)	4,0 (2,0-7,9)	0,56 (0,45-0,70)
ПЦР в реальном времени или другое ПЦР			9	51,1 (30,5-71,4)	95,5 (92,1-97,5)	11,4 (6,6-19,5)	0,51 (0,33-0,79)

^a

Использование протокола крови для обхода ингибиторов сообщалось в исследовании.

^b

Значения в скобках — 95% доверительный интервал.

^c

Разделение на вложенную ПЦР или неуказанные методы ПЦР, выполненные до 2000 года, по сравнению с ПЦР в реальном времени или недавними неопределенными методами ПЦР (включая мультиплексную ПЦР).

^d

Non-IPD, инфекция, вызываемая бактериями, отличными от S. pneumoniae .

Благодарности

Т.А. был поддержан грантом на исследование (для оптимального лечения антибиотиками умеренных и тяжелых бактериальных инфекций: интеграция технологии ПЦР и медицинской информатики / искусственного интеллекта) от Фонда Ротшильда-Кесарии.

Никто из нас не заявляет о конфликте интересов.

Набор MyTaq ™ для ПЦР крови | Биолайн

Набор

MyTaq Blood-PCR Kit предлагает очень быструю, высокоспецифичную прямую ПЦР из широкого спектра образцов цельной крови человека и животных, в том числе консервированных антикоагулянтами.

Основные характеристики продукта

• Быстро — устраняет сложные, медленные и дорогостоящие этапы выделения ДНК, тем самым сокращая время получения результатов
• Простой — меньшее количество шагов протокола значительно снижает риск потери и загрязнения образца и сводит к минимуму ручные усилия
• Robust — новая буферная система, разработанная для преодоления ингибиторов ПЦР в крови
• Sensitive — включает ДНК-полимеразу MyTaq HS, которая проявляет повышенное сродство к ДНК, тем самым улучшая выход даже самых сложных мишеней
• Flexible — разработан для широкого спектра образцов крови, включая образцы, консервированные с помощью ЭДТА, цитрата и гепарина, что позволяет избежать необходимости дальнейшей оптимизации.
• Универсальный — подходит для ряда приложений ПЦР, включая мультиплексирование, амплификацию GC-богатых шаблонов и длинных ампликонов

Описание продукта

Набор

MyTaq ™ Blood-PCR Kit рекомендуется для быстрой, специфической и прямой ПЦР из образцов крови человека и животных.Набор MyTaq Blood-PCR Kit включает ДНК-полимеразу MyTaq HS, новейшее поколение высокоэффективных полимераз, уникальных для Meridian. Кроме того, MyTaq HS обладает повышенным сродством к матричной ДНК, обеспечивая высокий выход продукта ПЦР из наиболее сложных матриц.

Комбинация уникальной, толерантной к ингибитору буферной системы и ДНК-полимеразы MyTaq HS гарантирует, что MyTaq Blood-PCR Kit превосходит ингибиторы ПЦР, обычно присутствующие в образцах крови, включая антикоагулянты (EDTA, цитрат и гепарин).Это приводит к значительному увеличению чувствительности и успешности ПЦР даже в таких ресурсоемких приложениях, как длинные ампликоны и матрицы с богатым содержанием ГХ. Помимо поддержки надежной амплификации ПЦР, новая буферная система устраняет необходимость в сложных этапах экстракции и очистки или использовании добавок.

Скорость и высокая специфичность набора MyTaq Blood-PCR Kit делает его очень подходящим для мультиплексной ПЦР и высокопроизводительных анализов генотипирования. Усовершенствованный состав набора MyTaq Blood-PCR Kit позволяет использовать условия быстрого цикла без ущерба для специфичности и результатов ПЦР.

Запросить информацию

Приложения

• Генотипирование по SNP
• Генетическое тестирование
• Обнаружение возбудителя
• Скрининг крови
• Проверка на отцовство

В чем разница между ПЦР и анализом крови?

Тест ПЦР, или полимеразной цепной реакции, обычно проводится с помощью ватного тампона, смотритель глубоко проникает в ноздри, чтобы взять образец мокроты.Будут взяты два образца: один из глубины носа, а другой — изо рта. Если вирус COVID-19 инкубируется в вашем теле, части вируса (генетический материал РНК) будут присутствовать в мокроте. Образцы будут отправлены в лабораторию, где машина для обнаружения ПЦР сможет обнаружить вирус с помощью спектрального света. Хотя ПЦР-тест может очень точно подтвердить стадию инкубации вируса SARS-CoV-2, он не сможет подтвердить, есть ли у вас коронавирус COVID-19, который часто является результатом заражения SARS-CoV- 2 вирус.Есть ли у вас коронавирус COVID-19, можно подтвердить только с помощью анализа крови.

ПЦР-тест и анализ крови дополняют друг друга на протяжении всего жизненного цикла болезни, так как ПЦР обычно используется на первой стадии болезни, а анализ крови — на второй стадии болезни. После инкубационного периода у человека, инфицированного вирусом SARS-CoV-2, появятся симптомы коронавируса. Одновременно, пока инфекция обретает форму, ваше тело будет вырабатывать антитела для борьбы с вирусом.На основании антител, вырабатываемых вашим организмом при столкновении с вирусом COVID-19, анализ крови может определить, присутствует ли вирус в вашей крови. Однако не все анализы крови точны, поэтому очень важно использовать тест, который одновременно и точен, и может сказать вам, на какой стадии заболевания вы находитесь.

Наш анализ крови — один из немногих доступных в настоящее время анализов крови, позволяющих определить наличие IgM-антител, которые являются показателем стадии заразности заболевания, а также наличие IgG-антител, которые это показатель иммунитета против болезни.Тест также может указать, существует ли комбинация этих двух, когда в вашей крови присутствуют как IgM-антитела, так и IgG-антитела, что означает, что вирус все еще вирулентен в вашем организме, но также укрепляется иммунитет.

CityMD | CityMD

Обнаруживает, если вы активно заражены вирусом COVID-19.

Определяет, если вы ранее подвергались контакту с COVID-19 или были инфицированы им, и у вас накопились антитела к этому вирусу. Для большинства вирусных заболеваний положительный результат на антитела означает предшествующий контакт с вирусом и возможный иммунитет к будущей инфекции.Поскольку COVID-19 является новой (новой) инфекцией, неясно, дает ли положительное антитело иммунитет. CityMD рекомендует универсальные меры предосторожности (мытье рук, социальное дистанцирование и маски, когда это необходимо).

Этот тест потенциально определяет антитела, созданные вами в ответ на вакцинацию против вируса COVID-19. Он также может обнаруживать антитела, вырабатываемые в ответ на инфекцию COVID-19.

Ожидайте получения результатов в течение примерно 15 минут. Ваши результаты будут отправлены по электронной почте с адреса noreply @ citymd.сетевой адрес электронной почты. Если вы не получаете электронное письмо в свой почтовый ящик, обязательно проверьте папку со спамом или нежелательной почтой.

В связи с повышенным спросом среднее время обработки результатов ПЦР (назального мазка) в настоящее время составляет 3-5 дней, но может занять больше времени в зависимости от партнера лаборатории и других факторов. Ваши результаты можно просмотреть в вашем аккаунте приложения My Summit Health. Щелкните здесь, чтобы узнать больше и загрузить приложение My Summit Health. Обратите внимание — При создании учетной записи вам необходимо установить новый логин и пароль вместо использования существующих учетных данных для входа на портал для пациентов Summit Health или CityMD, которые у вас уже могут быть.

Пожалуйста, дайте 3-5 дней для получения результатов. Ваши результаты можно просмотреть в вашем аккаунте приложения My Summit Health. Щелкните [здесь], чтобы узнать больше и загрузить приложение My Summit Health. Обратите внимание — При создании учетной записи вам необходимо установить новый логин и пароль вместо использования существующих учетных данных для входа на портал для пациентов Summit Health или CityMD, которые у вас уже могут быть.

Перед посещением CityMD для прохождения бессимптомного тестирования на COVID-19 для допуска, путешествия или работы мы рекомендуем до вашего визита связаться с вашей страховой компанией, чтобы подтвердить, что они покроют стоимость вашего визита в CityMD и тестирования.CityMD представит счет вашей страховой компании, но некоторые страховые планы могут отклонить претензии, связанные с COVID-19, по мере обновления руководящих принципов в соответствии с Законом CARES. Для пациентов без страховки мы продолжим подавать претензию в агентство, спонсируемое государством. Обратите внимание, что всем пациентам, запрашивающим тест на COVID-19, требуется оценка провайдера.

Какие меры предосторожности я должен предпринять, основываясь на моих результатах?

Отрицательный

— Бессимптомное течение

Продолжать соблюдать универсальные меры предосторожности, такие как социальное дистанцирование, карантин, частое мытье рук, ношение маски или салфетки
в общественных местах и ​​другие рекомендации CDC.

— Симптоматический

Подтверждающий тест ПЦР будет отправлен в стороннюю лабораторию для обеспечения точности результата. Вам следует поместить в карантин дома до тех пор, пока не будет
ваш результат ПЦР.

Положительный

— Бессимптомное течение

Рекомендуется изолировать на 10 дней со дня проведения теста. Вы можете закончить период изоляции через 10 дней
при условии, что у вас либо останутся симптомы, либо любые симптомы, которые у вас появятся, значительно улучшатся И у вас не было лихорадки
в течение 24 часов (без использования жаропонижающих препаратов, таких как ацетаминофен или ибупрофен).

— Симптоматический

Вам рекомендуется пройти самостоятельный карантин в течение 10 дней с момента появления симптомов. Через 10 дней вы можете вернуться к работе
при условии улучшения симптомов респираторного заболевания (например, кашля, насморка) И если у вас нет температуры в течение 24 часов (без
, принимающих жаропонижающие препараты, такие как ацетаминофен или ибупрофен).

Сывороточные антитела IgG и антитела к спайковому белку (анализы крови)

Независимо от ваших результатов, вы должны продолжать соблюдать универсальные меры предосторожности, такие как социальное дистанцирование, карантин, частое мытье рук, ношение маски или маски в общественных местах и ​​другие рекомендации CDC.Помните, что COVID-19 — это новая инфекция, и неясно, действительно ли положительные антитела обеспечивают иммунитет.

Отрицательный

Продолжайте соблюдать универсальные меры предосторожности, такие как социальное дистанцирование, карантин, частое мытье рук, ношение маски или маски в общественных местах и ​​другие рекомендации CDC.

Положительный

Рекомендуется пройти самостоятельный карантин в течение 10 дней с момента появления симптомов.Через 10 дней вы можете вернуться к работе при условии улучшения респираторных симптомов (например, кашля, насморка) И если у вас нет температуры в течение 24 часов (без приема жаропонижающих препаратов, таких как парацетамол или ибупрофен).

Заявление об ограничении ответственности: Все результаты тестов на COVID отправляются в DOH. Министерство здравоохранения может связаться с вами и изменить приведенные выше рекомендации на основании своих выводов. В таком случае рекомендации Министерства здравоохранения заменят приведенные выше рекомендации CityMD.

Все серологические (антитела) и молекулярные / ПЦР тесты отправляются нашим партнерам из коммерческих лабораторий.

Для серологических исследований наши партнеры по лабораториям используют платформу Abbott Architect или платформу Siemens, обе из которых имеют разрешение FDA на использование в чрезвычайных ситуациях.

Для ПЦР наши национальные партнеры по лабораториям используют платформу Roche Cobas или PANTHER Hologic, которая также имеет разрешение FDA на экстренное использование.

Для быстрого тестирования мы используем BD Veritor и Quidell Sophia 2. Обе платформы имеют разрешение FDA на использование в чрезвычайных ситуациях.

Для тестирования антител к спайковому белку мы используем лабораторную платформу Roche e411.

Тесты на антитела, антиген и ПЦР для COVID-19: узнайте различия: выстрелы

Центр тестирования антител COVID-19 можно увидеть на рынке Стива на 9-й улице в Бруклине 25 апреля. Вот краткое руководство по определению плюсов и минусов каждого типа теста.

Майкл Нэгл / Информационное агентство Синьхуа / Getty Images

скрыть подпись

переключить подпись

Майкл Нэгл / Информационное агентство Синьхуа / Getty Images

Центр тестирования антител COVID-19 замечен на рынке Стива на 9-й улице в Бруклине 25 апреля.Вот краткое руководство по определению плюсов и минусов каждого типа теста.

Майкл Нэгл / Информационное агентство Синьхуа / Getty Images

Обновлено 9 мая, чтобы отразить разрешение Управления по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов на первый тест на антиген.

В новостях много говорится о тестировании на коронавирус. Первое и самое неотложное внимание уделяется расширению доступа к тестам для диагностики людей с текущими инфекциями.Но теперь появляются и другие тесты. Стали доступны тесты на антитела, которые могут идентифицировать людей с признаками перенесенной инфекции. И третий тип испытаний уже готов.

Вот краткое руководство по определению плюсов и минусов для каждого типа теста.

Диагностический тест или ПЦР

Назначение: Врачи используют этот тест для диагностики людей, которые в настоящее время болеют COVID-19. Это тот, о котором мы так много слышали.

Как это работает: В этом тесте используется образец слизи, обычно взятой из носа или горла человека.Тест также может работать на слюну — это расследуется. Он ищет генетический материал коронавируса. В тесте используется технология, называемая ПЦР (полимеразная цепная реакция), которая значительно усиливает вирусный генетический материал, если он присутствует. Этот материал можно обнаружить, когда человек активно заражен.

Насколько он точен: Вообще говоря, это самые надежные тесты.Однако может пройти несколько дней, прежде чем вирус начнет реплицироваться в горле и носу, поэтому тест не выявит тех, кто недавно был инфицирован. Иногда мазки не обнаруживают признаков активной инфекции.

Насколько это быстро: Эти образцы обычно отправляются в централизованные лаборатории для анализа, поэтому получение результатов может занять несколько дней. В начале пандемии время ожидания было больше из-за отставания в тестировании. Есть также два быстрых теста ПЦР, которые можно запустить на специализированном оборудовании, уже широко распространенном по всей территории США.S. Самый быстрый тест от Abbott Laboratories может дать результат за 13 минут, но одно исследование показывает, что этот тест может пропустить более 10% случаев.

Тест на антитела

Что он делает: Тесты на антитела выявляют людей, которые ранее были инфицированы коронавирусом. Они не показывают, инфицирован ли человек на данный момент. В первую очередь это хороший способ отслеживать распространение коронавируса среди населения.

Как это работает: Это анализ крови.Ищет антитела к коронавирусу. Ваше тело вырабатывает антитела в ответ на инфекционный агент, такой как вирус. Эти антитела обычно возникают через четыре дня или более чем через неделю после заражения, поэтому они не используются для диагностики текущего заболевания.

Насколько это точно: На рынке более 120 тестов на антитела. Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов разрешило их продажу без разрешения FDA, и качество вызывает большую озабоченность. Несколько тестов были добровольно представлены на дополнительное одобрение FDA.Другие тесты утверждаются отдельными медицинскими лабораториями или университетскими исследователями.

В целом, эти тесты недостаточно надежны, чтобы люди могли действовать на основе результатов. И исследователи говорят, что даже если бы вы были уверены, что у вас есть антитела к коронавирусу, все равно неизвестно, защищает ли это вас от повторного заболевания. Тем не менее, эти тесты могут предоставить хорошую информацию о темпах заражения в сообществе, где ошибки в индивидуальных результатах имеют меньшее влияние.

Насколько это быстро: Эти тесты обычно дают результаты в течение нескольких минут, основываясь на капле крови, взятой из пальца.Некоторые исследовательские лаборатории используют более сложный тест на антитела, называемый иммуноферментным анализом ELISA (иммуноферментный анализ), который более точен, но не так широко доступен.

Тест на антиген

Что он делает: Этот тест выявляет людей, которые в настоящее время инфицированы коронавирусом. Его можно использовать как быстрый тест для выявления активных инфекций. Первоначально он не будет использоваться для диагностики заболевания, но может использоваться для проверки людей с целью выявления тех, кто нуждается в более точном тесте.

Как это работает: Тесты на антигены могут идентифицировать вирус в секретах из носа и горла. Он делает это путем поиска белков вируса (в отличие от диагностического теста, который ищет генетический материал). Эта же технология используется в кабинете вашего врача для экспресс-теста на стрептококк.

Насколько это точно: Первый из этих тестов получил разрешение FDA 8 мая. Компания Quidel Corp. заявляет, что будет использовать первые 40 000 тестов, чтобы получить лучшее представление о точности своего теста.Исследователи не ожидают, что он будет таким же точным, как диагностический тест ПЦР, но не исключено, что тесты на антигены могут использоваться для скрининга пациентов на наличие инфекции. Доктор Джордан Лазер, директор лаборатории Northwell Health, отмечает, что тесты на антигены используются для быстрых тестов на стрептококк, которые являются надежными, и быстрых тестов на грипп, которые не являются.

Насколько это быстро: Эти тесты должны дать результаты всего за несколько минут. В результате их можно использовать для проверки людей в больницах, на определенных рабочих местах или в других случаях, когда важно быстро выяснить, подвергается ли кто-то в настоящее время риску распространения болезни.Но до тех пор, пока не будет доказано, что эти тесты являются очень точными, врачам все равно необходимо будет проверить положительный результат с помощью ПЦР-теста, чтобы поставить медицинский диагноз.