Пцр отрицательный что это значит: Один тест показал коронавирус, другой нет. Почему так происходит и что попадает в статистику заболеваний CoVID-19

Содержание

Один тест показал коронавирус, другой нет. Почему так происходит и что попадает в статистику заболеваний CoVID-19

Как ставят диагноз
Согласно официальной информации с сайта «Стопкоронавирус», CoViD-19 в стране выявляется в основном с помощью анализа ПЦР — у пациента берут мазок из носоглотки. Отмечается, что при наличии симптомов ОРВИ процедуру проводят минимум три раза. Без признаков простуды — делают два раза. Однако врачи признают, что эта методика неидеальна и может иной раз не показать наличие вируса, когда на самом деле он есть.

Тест не всегда показывает наличие вируса в данный момент. Если мазок берётся тогда, когда вируса уже в носоглотке нет, а он уже ушёл в лёгкие, то в носоглотке будет тест отрицательным
Евгений Тимаков
Главный врач медицинского центра, педиатр, инфекционист, вакцинолог
Ранее главврач Московской поликлиники № 3 Елена Самышина назвала самым эффективным методом диагностики CoViD-19 компьютерную томографию. По её словам, это исследование позволяет выявить «характерный симптом» — так называемый эффект матового стекла — мутноватое изображение на снимке лёгких, которое указывает на патологию. В то же время известно, что так бывает и при других болезнях.

Если у пациента двусторонняя вирусная пневмония, но коронавируса нет, то и нельзя человека вписывать в статистику
Алексей Гапонов
Врач Курской областной инфекционной больницы имени Н.А. Семашко
Реаниматолог Курской инфекционной больницы Алексей Гапонов считает методы подсчёта заболевших в целом верными, однако трудности при диагностике, по его мнению, налицо.

В зависимости от формы ковид можно перепутать с фарингитом, трахеитом, пневмонией любой этиологии (с другим возбудителем). Вопрос решается взятием мазков, если они доступны. Сейчас это большая проблема для всех лечебных учреждений, ведь пациенты с симптомами ОРВИ могут появиться где угодно, а вне специализированных ковид-центров далеко не везде есть средства защиты, шлюзы и процедуры безопасности
Алексей Гапонов
Врач Курской областной инфекционной больницы имени Н.А. Семашко
По словам медиков, тест на коронавирус проходят не все люди с подозрением на эту инфекцию. При этом в список «подозреваемых» автоматически попадают все простуженные.

Сейчас в ряде стран мира принято практически все ОРВИ считать ковидом. Такой подход очень полезен, чтобы заставить население сидеть дома, но, на мой взгляд, ошибочен, так как видов ОРВИ много
Алексей Гапонов
Врач Курской областной инфекционной больницы имени Н.А. Семашко

Количество заболевших, естественно, больше, чем мы диагностируем, это логично, потому что не всем делают ПЦР, более того, диагноз ставят и на основании клинической картины
Евгений Тимаков
Главный врач медицинского центра, педиатр, инфекционист, вакцинолог
Инфекционист Евгений Тимаков заявил, что клиническая картина — симптомы и течение болезни — позволяет правильно поставить диагноз в 90% случаев. По его словам, самая типичная картина при ковиде — сначала насморк и потеря обоняния, потом — температура, а далее — воспаление лёгких и поражение кровеносных сосудов.
С другой стороны, бывают и другие варианты. К примеру, человек может обратиться к врачу с жалобой на конъюнктивит, а на самом деле это тоже проявление коронавируса.
А ещё более «мутной» ситуация становится из-за бессимптомного носительства. Часто люди узнают о том, что у них CoViD-19, совершенно неожиданно — сдают тест «для порядка», потому что на работе потребовали или в семье кого-то «заподозрили», и результат оказывается положительным. При этом чувствуют они себя абсолютно нормально.

Как считают заражённых
Получается примерно следующее: в больницах диагноз CoViD-19 ставят на основании теста и (или) симптомов, а «на свободе» тест выявляет, соответственно, незаметных носителей инфекции. И тех и других добавляют в общий список заражённых, отмечает Тимаков.

Допустим, в официальной статистике вы видите девять-десять тысяч заболевших, из них почти половина выявляется без клинических симптомов
Евгений Тимаков
Главный врач медицинского центра, педиатр, инфекционист, вакцинолог
При этом отрицательный тест ничего не гарантирует, при постановке диагноза по клинической картине не исключены ошибки, и вдобавок неизвестно, сколько внешне здоровых переносчиков ходят по магазинам, даже не думая о том, чтобы сдавать какой-либо мазок.

Мы понимаем прекрасно, что цифры не отражают ситуации однозначно, потому что всех протестировать невозможно. Но эти цифры нам нужны вообще для понимания процесса, статистики роста заболеваемости, чтобы решать, когда снимать ограничительные мероприятия, как вести экономику. То есть эти цифры отражают нам график, кривую. И им доверять можно абсолютно
Евгений Тимаков
Главный врач медицинского центра, педиатр, инфекционист, вакцинолог

Как не умереть от коронавируса
Курский врач Алексей Гапонов недавно рассказал в соцсетях о проблемах при установлении причины смерти пациентов с коронавирусом. Он отметил, что у многих из них до пандемии были другие серьёзные заболевания, поэтому наличие диагноза CoViD-19 не обязательно означает, что это жертва новой болезни.

Если у пациента с ковид развивается аппендицит, от которого тот умирает, вирус здесь очень сложно обвинить. Оценить, стал ли ковид причиной смерти, можно только при анализе научных данных, точно изучив осложнения коронавируса
Алексей Гапонов
Врач Курской областной инфекционной больницы имени Н.А. Семашко
На портале Мосгорздрава в отчётах о скончавшихся говорится, что у них выявлено сочетание двух факторов: подтверждённый CoViD и пневмония. То есть без воспаления лёгких умерший пациент с коронавирусом не попадает в число потерь из-за эпидемии.

Если у человека в носоглотке коронавирус и насморк и вдруг он уходит из жизни, к примеру, от инфаркта, но при этом вирус не добрался до лёгких, то он в статистику смертности от коронавируса не попадёт, потому что вирус был не настолько активен
Евгений Тимаков
Главный врач медицинского центра, педиатр, инфекционист, вакцинолог

Искажают ли цифры?
О том, чтобы сознательно занижать показатели по коронавирусу, не может быть и речи, настаивает врач.

Клиникам невыгодно не писать коронавирус. У нас по системе ОМС идут немалые деньги за каждого пациента, и чем больше больница выпишет коронавирусных больных, тем больнице выгоднее, и занижать статистику, поверьте, стационару совершенно невыгодно. Здесь никакого укрывания нет
Евгений Тимаков
Главный врач медицинского центра, педиатр, инфекционист, вакцинолог
Речь скорее может идти о некоем завышении, добавил Тимаков, но он убеждён, что оно происходит редко и чисто случайно.

Наверняка есть случаи, когда приписывают коронавирус, но надо понимать, что таким образом мы ухудшаем статистику, что невыгодно нам, как и стране в общем
Евгений Тимаков
Главный врач медицинского центра, педиатр, инфекционист, вакцинолог
Если текущей статистике верить, то эпидемия в России понемногу идёт на спад. Меж тем споры между сторонниками теорий занижения и завышения цифр не утихают. Медики выразили мнение, что истина как раз где-то посередине.

Различие тестов на коронавирус

11.05.2020

По материалам интервью с зав.лабораторией госпиталя Hadassah, к.м.н. Станкевич Л.И.

Лабораторией госпиталя Hadassah Medical руководит Любовь Ивановна Станкевич, кандидат медицинских наук, специалист в лабораторной диагностике с более, чем 25-летним опытом работы в России и за рубежом, из них почти 20 лет на руководящих должностях.

В условиях пандемии COVID-19 она занимается созданием системы тестирования на коронавирус SARS-Cov-2 – диагностики заболевания, с применением не просто разных, а наилучших, наиболее информативных лабораторных диагностических методов, отвечающих цели исследования.

Обнаружение вируса

Первый и наиболее проверенный и широко используемый метод — ПЦР-диагностика. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) позволяет выявить вирус SARS-Cov-2 – возбудителя COVID-19 в биологических материалах (мазках из горла, рта, носоглотки, в мокроте).

Используя молекулы мишеней, мы ищем в исследуемом образце специфические участки вирусного генома — последовательности нуклеотидов, характерные только для вируса SARS-Cov-2. И если такие находятся, запускаем цепную реакцию, многократно воссоздавая этот фрагмент. В итоге из единичного найденного участка генома вируса создаётся в тысячи раз усиленная его концентрация. Со специфическим фрагментом генома вируса (с продуктами реакции), связывается флюоресцентная метка — своеобразный маркер, который мы можем определить и измерить, поймав оптико-флюоресцентный сигнал. Существуют различные модификации этого метода, но цель их одна — поиск специфических участков генома вируса, присутствие которых позволяет сделать вывод, что в данном биоматериале вирус есть. Это метод №1 в мире. Все — и азиатские врачи, и европейцы, и американцы, и мы в России и в Израиле – все работают этим методом.

О положительном результате ПЦР

Положительный результат ПЦР-диагностики, с большой долей вероятности позволяет говорить, что пациент инфицирован коронавирусом – SARS-Cov-2.

Отрицательный и ложноотрицательный результат

Однако, отрицательный результат ПЦР-анализа, к сожалению, не говорит об обратном, не исключает наличие вируса в организме. Мы можем только говорить, что вирус не обнаружен. Не обнаружен в исследуемом биоматериале, которым чаще всего является мазок из рото- или носоглотки.

Почему так происходит? Потому что вирус совсем недолго находится на слизистой верхних дыхательных путей, спускаясь в бронхи и лёгкие – мишень поражения. Поэтому лучше искать его ниже – в мокроте, выделяемой при кашле, и смывах из нижних дыхательных путей (бронхоальвеолярный лаваж).

К тому же, вопреки популярному мнению, COVID-19 –это не только пневмония. Участки генома вируса способны связываться с гемом, нарушая функцию гемоглобина в эритроцитах. Это мешает транспортировке кислорода клетками крови и именно гипоксия (недостаток кислорода) негативно влияет на лёгкие. Влияние вируса на кровь подталкивает к мысли, что именно в ней мы можем найти SARS-Cov-2 в тяжёлых клинических случаях, хотя не обнаруживаем его на слизистых верхних дыхательных путей. Мы должны научиться выделять вирус из крови.

Описана даже кишечная форма короноавируса, проявившаяся тошнотой, рвотой, диареей. И искать его тогда следует в кишечнике, диарейных массах и анальных мазках. Это, кстати, дополнительный фактор, свидетельствующий о том, что вирус передаётся не только воздушно-капельным путём, но и фекально-оральным.

Диагностика по антителам

Если ПЦР- это прямой метод обнаружения вируса, то выявление в крови антител к нему – это косвенное свидетельство контакта человека с инфекционным агентом. Иммунная система в ответ попадание патогена в организм вырабатывает защитные антитела.

Антитела класса IgM

Это первая линия защиты – самый скорый ответ организма. IgM появляются через 3-7 дней с момента инфицирования. А IgG появляется не ранее, чем через 2 недели.

Отсутствие антител к коронавирусу у человека, имевшего контакт с больным, не гарантирует, что он не инфицирован – могло пройти слишком мало времени для выработки антител. Поэтому необходимо повторное исследование через неделю. Если и оно не обнаружит антител, значит пациент не инфицирован вирусом SARS-Cov-2, но и защиты от инфекции в виде антител у него нет.

Выявление IgM при отсутствии IgG – говорит, что первый контакт с вирусом SARS-Cov-2 произошёл недавно – от 7 до 14 дней назад.

Антитела класса IgG

Появление IgG при положительном IgM – 100% доказательство того, что вирус проник в организм, и у пациента развивается инфицирование.

Наличие IgG при отрицательном IgM – свидетельство давнего заражения (более месяца) или давно перенесенного заболевания (возможно, годы назад).

Антитела класса IgА

IgА вырабатываются в слизистых оболочках при проникновении через них вируса. По времени появления они совпадают с IgM, то есть вырабатываются в самом начале.

Понимая динамику появления разных классов антител в организме, сопоставляя лабораторные данные с эпиданамнезом и клинической картиной, можно:

гораздо точнее сортировать острые случаи заболевания от уже переболевших,

выявлять возможных скрытых носителей (когда симптомы болезни отсутствуют, а в крови выявлены IgM – свидетельство «свежего заражения»), которые могут быть эпидемиологически опасны для других людей,

дифференцировать защищённых иммунитетом (антителами) от беззащитных перед инфекцией,

прогнозировать эпидемиологическую ситуацию.

Экспресс-тест на антитела

Тестирование на антитела в экспресс-формате гораздо быстрее, чем сложная ПЦР-диагностика. Поэтому, например, при пневмонии, экспресс-тест на антитела к SARS-Cov-2 позволяет быстро принять решение врачу о том, как лечить пациента – противовирусными препаратами (если антитела к вирусу выявлены) или антибиотиками.

Экспресс-тесты — скрининговый инструмент для обследования больших масс людей, что позволяет объективно оценивать эпидемиологическую обстановку и реальную опасность в разных регионах, эффективно управлять карантинными мероприятиями.

Идеально – всех проверить на антитела. Оценить кривую нарастания заболеваемости, количество госпитализированных больных, а среди оставшихся – процент людей, уже имеющих защитные антитела. Это позволит понять, насколько население защищено от болезни и можно ли ослаблять карантин.

Если бы человечество смогло провести тотальный скрининг на антитела, мы бы справились с этой эпидемией гораздо эффективнее и быстрее.

Плазма с антителами против COVID-19

Плазма выздоровевших от COVID-19, это сыворотка с высоким содержанием IgG-антител. Она может помочь тяжелобольным, у которых иммунитет не может самостоятельно справиться с инфекцией.

Здесь метод ИФА – реальный «золотой ключик», позволяющий найти кандидата для донорства плазмы с антителами даже в семье, где часто болеют сразу несколько человек. И выздоровевший действительно может помочь больному, отдав ему часть своей плазмы.

Все новости

Антитела к коронавирусу. Что важно знать.

Коронавирусная инфекция изменила жизнь почти всей планеты в целом и каждого из нас в частности. Инфекция часто протекает без симптомов или в лёгкой форме. Как узнать, переболел я или нет (ведь кашлял же зимой)? Являюсь ли безопасным для окружающих? Могу без страха навещать бабушку, маму, друзей? Эти и другие вопросы волнуют многих людей. Прошло достаточно времени чтобы появилась возможность ответить на них. Для оценки возможного иммунитета есть скрининговое исследование на антитела к коронавирусу (IgM и IgG).

Коронавирусная инфекция

«Имя» коронавируса, вызвавшего пандемию – CoV-2 (сокращённо от Corona Virus 2), или SARS-CoV-2 . Заболевание, вызванное CoV-2, называется COVID (от англ. COrona VIrus Disease). Опасен развитием двустороннего воспаления лёгких и острой дыхательной недостаточности. Проявления напоминают ОРВИ, но настораживает сухой кашель без отделения мокроты, боли в мышцах, одышка, чувство сдавления в груди. При острых признаках заболевания исследуют мазки из зева методом ПЦР, который выявляет генетический материал возбудителя (РНК) и подтверждает диагноз.

Что такое антитела к коронавирусу?

Антитела, или иммуноглобулины – специальные белки, которые вырабатывает иммунная система в ответ на попадание любого инфекционного агента, в том числе CoV-2 в организм человека, даже если не было ярких признаков болезни. Антитела распознают коронавирус, обезвреживают и сохраняют информацию об инфекции на случай новой встречи с инфекцией.

Как образуются антитела?

На первой неделе заболевания начинают синтезироваться иммуноглобулины М (IgM). Они первыми встречаются с инфекцией, поэтому считаются маркерами острой первичной инфекции. Однако, тест на определение антител класса М может давать неспецифическую реакцию, что в ряде случаев приводит к ложноположительному результату. Поскольку на антитела класса М возложена ответственность первыми начать отражать инфекцию и сделать максимально быстро, то эти белки не очень специфичны и могут не очень точно улавливать вирус. К неспецифической реакции с тест- системой могут привести процессы, связанные с воспалением в организме: острые и хронические воспалительные процессы, аутоиммунные заболевания, проблемы с щитовидной железой, беременность и так далее. Это называется «ложноположительный» результат.

При стандартном инфекционном заболевании (в том числе и при коронавирусной инфекции) обычно антитела IgM через месяц исчезают, заменяясь на более специфичные антитела IgG. Однако учёные выяснили, что при коронавирусе IgM могут сохраняться длительное время (до 1,5-3 месяцев от появления симптомов, когда уже сам вирус давно не обнаруживается).

Иммуноглобулины А (IgA) также вырабатываются в острый период инфекции. Их основная цель – защитить слизистые оболочки от коронавируса. IgA более избирательны (специфичны), вырабатываются строго на коронавирус. Их уровень снижается после выздоровления, примерно к 1,5- 2 месяцам после инфицирования.

Иммуноглобулины G (IgG) синтезируются последними, через 5-6 недель с момента попадания вируса в организм, и сохраняют информацию о коронавирусе. Обычно IgG являются архивом памяти перенесеных инфекций, в большинстве случаев пожизненно, либо на несколько лет. Механизмы развития иммунной реакции на коронавирус пока изучаются. Неясно, стойкий иммунитет формируется или нет. Это предстоит узнать. Но в любом случае, выявление IgG свидетельствует о факте попадания коронавируса в организм и иммунном ответе организма.

Лаборатория KDL представляет линейку тестов на определение антител к новой коронавирусной инфекции.

Кому они показаны?

Тем, кто хочет узнать, перенес он инфекцию или нет независимо от того, были признаки простуды или не было. Только следует понять, что если были подозрительные признаки, целесообразнее обследоваться на IgG спустя 5 недель от предполагаемого периода. Если признаков не было, сроки неважны, обследуйтесь в любое время.

Тем, кто подозревает течение коронавирусной инфекции сейчас или перенес в недавнее время, даже если проводили исследование мазка из зева методом ПЦР и он показал отрицательный результат. Иногда такое бывает.

Также возможно анонимное выполнение исследование на антитела к коронавирусу с указанием возраста и пола.

Давайте о каждом исследовании по порядку.

Антитела IgM/IgG к вирусу SARS-CoV-2.

Это комплексный тест, скрининговый. Одновременно определяет иммуноглобулины классов М и G, результат по каждому антителу. Выполняется иммунохроматографическим методом (ИХГА). Ответ выдаётся в формате «обнаружено/не обнаружено».

Как понимать результат исследования?

Если Ig M (+) обнаружены, IgG (-)не обнаружены:

Может быть признаком острой инфекции, особенно при наличии признаков заболевания.

Возможен ложноположительный результат (при хронических заболеваниях)

Поэтому целесообразно провести исследование мазка из зева методом ПЦР. Если результат ПЦР отрицательный или нет признаков болезни, повторить тест на антитела через 2-3 недели.

Если IgM (+) обнаружены, IgG (+) обнаружены:

Возможна текущая инфекция, начало выздоровления или недавно перенесенное заболевание

Если IgM (-) не обнаружены, IgG (+) обнаружены:

Свидетельствует о перенесенном ранее COVID-19

Если IgM (-) не обнаружены, IgG (-) не обнаружены:

Пациент еще не встречался с вирусом

Антитела IgA к коронавирусу SARS-CoV-2.

Тест выполняется методом ИФА на анализаторе, производитель Евроиммун, Германия. Результат выдается в виде цифрового значения (коэффициент позитивности = КП).

IgA – показатели ранней инфекции, являются более точными в отличие от IgM, поскольку более специфичны.

Как правильно прочитать результат?

Положительный результат – более 1,1. Говорит об обнаружении IgA и может означать:

Текущую инфекцию сейчас ( в частности, бессимптомное течение)

Если одновременно определяются IgG, то это период выздоровления или недавно перенесенная инфекция

Пограничный результат – в интервале 0,8 – 1,1. Требует повторного исследования через 2 недели, поскольку может означать:

Начальный период инфекции, когда не успели сформироваться антитела в достаточном количестве. Как правило, в таком случае есть признаки болезни и требуется подтверждение методом ПЦР (мазок из зева). Тогда через 2 недели будет отмечаться нарастание IgA.

Отрицательный результат –менее 0,8. Означает отсутствие антител IgA, что возможно, если:

Пациент не встречался с коронавирусом SARS-CoV-2

Самое начало болезни, когда ещё нет иммунного ответа. При наличии проявлений правильно исследовать мазок из зева на ПЦР.

Антитела IgG к коронавирусу SARS-CoV-2.

Исследование выполняется на анализаторе методом ИФА, производитель Евроиммун, Германия. Результат в виде цифрового значения (коэффициент позитивности = КП).

Расшифровка результатов:

Положительный результат –более 1,1. IgG выявлены, а это может быть в следующих случаях:

Сформирован иммунитет после давно перенесенной инфекции. Тогда антитела IgM и IgA отсутствуют

Текущая инфекция в стадии выздоровления или недавно перенесенная – если определяются одновременно IgA и/или IgM

Пограничный результат –в интервале 0,8 – 1,1.

Возможно, IgG ещё немного, что требует повторить исследование через 2 недели и возможно, когда:

Инфекция протекает менее 5-6 недель. Тогда есть признаки болезни, может быть положительный ПЦР и антитела IgM, IgA. Антитела IgG при повторном исследовании в таком случае возрастут.

Неспецифическая реакция иммунной системы (очень редко). Тогда повторно тест будет отрицательный.

Отрицательный результат –менее 0,8.

IgG не обнаружены, что может быть, если:

Не было встречи с SARS-CoV-2 (тогда нет IgA, IgM)

Острая инфекция. При наличии проявлений следует проверить IgA, IgM и мазок на ПЦР.

Обнаружение антител IgG к коронавирусу SARS-CoV-2.

Выполняется методом ИФА, методика автоматизированная, тест-системы российского производства. Заключение в виде цифры (коэффициент позитивности)

Референсные значения:

менее 0,9 – отрицательный результат

0,9 – 1,0 – пограничный результат

более 1,0 – положительный результат

Выявление антител класса IgG говорит о наличии иммунного ответа на встречу с инфекцией в прошлом и является признаком перенесенного заболевания

Нужна ли специальная подготовка для определения антител к коронавирусу?

Подготовка не нужна. Для исследования сдаётся венозная кровь утром натощак или днём в часы работы медицинских офисов через 3 часа после еды. Чистую воду без газа пить можно.

Обращаю Ваше внимание, что все результаты исследований должен интерпретировать врач! Ведь полноценная картина складывается из данных истории болезни, осмотра, лабораторных и инструментальных данных. Будьте здоровы с лабораторией KDL, берегите себя и близких!

Да, тесты ПЦР позволяют обнаружить «вирус COVID»

Меня попросили написать несколько комментариев для статьи о проверке фактов о некоторых мифах о тестировании на основе ПЦР и о том, могут ли тесты ПЦР обнаружить «вирус COVID». В частности, их скопление в виде видео в Facebook, сделанное парнем в своей машине. Я написал на несколько сотен больше слов — вот большинство из них.

Не слушай парня в машине

Прежде всего — комментарии, вызвавшие потребность в этой статье, были от кого-то, кто, казалось, не имел никакого представления о ПЦР, дизайне тестов ПЦР или использовании ПЦР.Некоторые комментарии были ошибочно приписаны создательнице теста ПЦР Кэри Маллис, которая, как мы знаем, умерла до начала этой пандемии.

Оратор — которого я не буду здесь специально вводить кислородом — также, похоже, не имел никакого научного опыта или каких-либо научных знаний (он не знал обычных слов, используемых кем-либо в биологических науках), и я предполагаю, что у него нет когда-либо работал в лаборатории, разработал пару праймеров для ПЦР, сконструировал, оптимизировал или подтвердил тест ПЦР, регулярно читал или писал научную литературу или генерировал или интерпретировал любые научные данные.В общем, этот парень не эксперт, поэтому, пожалуйста, примите то, что он сказал, с крупицей NaCl (, вы, , знаете, что это такое, верно?). Это важные факторы, когда кто-то читает вам лекции и использует свою платформу для свержения или угроз экспертам по данной теме. Это готовит почву. Он предоставляет контекст.

Целью такого рода комментариев, похоже, является подрыв и подрыв доверия к знаниям и науке. Возможно, здесь есть что-то в том, что говорящий чувствует, что он знает что-то особенное или что-то отличное от настоящих экспертов.Я уверен, что существует гораздо более длинный трактат о том, кто этот человек просто хочет своих пяти минут славы, что его мама сказала ему, что он особенный, и что он чувствует себя неслышимым или непонятым. Но во время крупного мероприятия в области общественного здравоохранения, когда на кону стоят жизни людей, этих эгоистичных причин недостаточно.

Заявление о том, что тесты ПЦР могут быть загрязнены

Заражение ПЦР — реальная проблема, и я уже говорил об этом здесь совсем недавно. Лаборатории, которые регулярно используют ПЦР и ОТ-ПЦР, очень внимательно рассматривают и учитывают и не допускают возникновения проблем.Эти экспертные лаборатории также включают в себя средства контроля при каждом запуске, которые сообщают им, возникла ли проблема загрязнения.

УЗНАТЬ ВЕЩИ
RT = обратная транскрипция. Это ферментативный этап, который предшествует циклу ПЦР (полимеразной цепной реакции), все еще в той же пробирке, с получением ДНК-копии РНК-мишени, такой как небольшая часть РНК, которая составляет гены и геном SARS-CoV. -2 и большинство других респираторных вирусов, поражающих людей. ПЦР — это ферментативный процесс, который производит новую цепь нуклеотидов, которая является зеркальным отображением нуклеотидной последовательности исходного участка-мишени (генетического кода) посредством процесса нагрева и охлаждения, контролируемого программируемым термоциклером.Это циклический процесс, который копирует (усиливает) этот небольшой фрагмент ДНК миллионы раз, пока не достигнет уровня, который мы можем зарегистрировать с помощью детекторов флуоресценции. Без амплификации слишком мало вирусного генетического материала для обнаружения.

Утверждение, что тесты ПЦР обнаруживают только небольшую часть вируса

Каждый тест RT-PCR разработан с учетом специфики предполагаемого вируса ( — это примеров, когда это может не быть намерением). Итак, в лабораториях есть несколько таких тестов; референс-лабораторий могут быть десятки!

Типы ОТ-ПЦР, используемые для тестирования вирусов, выявляют только небольшую часть полной последовательности генома.Это сделано для того, чтобы тесты работали как можно быстрее (час или меньше) и эффективнее.

Это , никак не связанный с зондом, производящим флуоресценцию.
Фото Виктории Бородиновой на Pexels.com

В частности, метод ПЦР «в реальном времени» широко используется после пандемии гриппа fluA / h2N1 2009 года. Лучше всего он работает с более короткими целевыми регионами. ОТ-ПЦР в реальном времени (ОТ-рПЦР) включает ДНК-зонд, продуцирующий флуоресценцию (флуорогенный бит). Зонд добавляет тесту еще один уровень специфичности к цели.Он также генерирует сигнал, когда вирусная РНК присутствует (но не когда ее нет). Зонд не участвует в ПЦР-амплификации — он просто связывается с ДНК по мере ее накопления… в реальном времени! Когда присутствует достаточное количество ДНК, зонд будет производить детектируемый флуоресцентный сигнал. Сигнал немного увеличивается в течение каждого цикла, пока не завершится ПЦР.

Эта небольшая целевая последовательность обычно — но не всегда — выбирается так, чтобы быть очень специфичной для цели; и праймеры, и зонд связываются только с намеченной вирусной мишенью.

PCR черпает свою исключительную специфичность из праймеров. В каждой позиции нового праймера ДНК у нас есть один из четырех нуклеотидов на выбор: dATP, dCTP, dGTP и dTTP.

Дезоксинуклеотидтрифосфаты. 2′-дезоксицитидин-5′-трифосфат (dCTP; C9h26N3O13P3), 2′-дезоксигуанозин-5′-трифосфат (dGTP; C10h26N5O13P3), 2′-дезоксиаденозин-5′-трифосфат (dATP-2) 5′-трифосфат (dTTP; C10h27N2O14P3). Из https: // virologydownunder.com / pcr-primers-a-primer /

Если бы мы разработали специфичный для последовательности праймер из 20nt нуклеотидов в длину («20мер»), вероятность того, что такая же точная последовательность будет случайным образом встречаться в природе, будет (1/4) x (1/4) x (1 / 4) х (1/4) х (1/4) х (1/4) х (1/4) х (1/4) х (1/4) х (1/4) х (1/4) x (1/4) x (1/4) x (1/4) x (1/4) x (1/4) x (1/4) x (1/4) x (1/4) x ( 1/4). Это означает, что вероятность случайного появления 100% идентичной последовательности в природе составляет 1 из 10 ¹². Довольно маленький шанс. Этот последний бит имеет отношение к тому, насколько точными могут быть тесты ОТ-ПЦР.

Наш тест разработан для обнаружения конкретного вируса . Мы можем посмотреть на генетические последовательности всех других известных вирусов и с некоторой уверенностью определить, что этот тест не будет взаимодействовать с их генетическим материалом. Это помогает нам избежать одной формы ложного результата (в биологии редко бывает абсолютным).

Выравнивание нуклеотидной последовательности, сравнивающее последовательности нескольких генов вируса гриппа А. Всякий раз, когда последовательность в выравнивании отличается от выделенной (желтой) последовательности, мы видим черную линию с помощью этой компьютерной программы.Там, где последовательности идентичны, мы видим серую линию. Если бы я хотел разработать тест для обнаружения всех этих вариантов вируса, я, вероятно, не смог бы обнаружить первый из-за всех различий. Но есть некоторые серые области, в которых я мог бы создать свои праймеры, и они, кажется, имеют одинаковую последовательность — «консервативную область» — во всех других вариантах вируса в этом выравнивании.

Таким образом, скорее, чем это почти невозможно, на самом деле весьма вероятно, что опытные разработчики тестов праймеров и ОТ-ПЦР действительно обнаружат то, что мы разрабатываем с помощью наших праймеров и зонда (см. Ниже) для обнаружения.

Утверждение о том, что тесты ПЦР не обнаруживают «вирус COVID»

тестов RT-PCR, используемых сегодня, чрезвычайно эффективны при очень чувствительном и специфическом обнаружении SARS-CoV-2, вируса, вызывающего COVID-19. Некоторые из них немного лучше, чем другие, но они очень хорошо могут обнаружить SARS-CoV-2. Некоторые ранние тесты RT-rPCR были разработаны намеренно, чтобы учесть вариации последовательности на тот случай, если вирус сильно изменился на раннем этапе (а этого не произошло).

Кроме того, тесты SARS-CoV-2 не обнаруживают другие коронавирусы (см. Это предостережение выше, и это действительно только для других тесно связанных SARS-подобных и CoV летучих мышей) или риновирусов или аденовирусов, вирусов парагриппа, вирусов гриппа, респираторно-синцитиальных вирусов. и так далее, что может быть обнаружено в той же выборке пациентов.

Но мы тестируем, что разработчики также проверяют это в реальном мире. Мы тестируем другие родственные и неродственные вирусы (например, те👆) и различные типы человеческих образцов (сопли, слюна, мокрота, мазки, жидкости и т. Д.) В процессе, называемом проверка . Таким образом, мы узнаем, что праймеры — и, следовательно, тест ОТ-ПЦР — могут и чего не могут. Все это часть опыта, накопленного нами за десятилетия использования методов ПЦР.

Конечно, плохо спроектированная RT-PCR может иметь проблемы, как и все в науке или жизни.Ложные положительные и отрицательные результаты могут произойти из-за проблем с дизайном теста (не только из-за проблем с отбором проб и времени), но профессиональные лаборатории следят за этим, минимизируют риск этого и могут идентифицировать и исправить это. И они тратят время на разработку тестов, оптимизацию и другие аспекты проверки.

Опытно разработанные и используемые тесты SARS-CoV-2 доказали свою пригодность для обнаружения этого вируса. Ведущие тесты также были протестированы на РНК SARS-CoV-2, очищенной из вируса, выделенного и выращенного в клетках в лаборатории, поэтому мы, , знаем, что — это именно этот вирус, который мы обнаруживаем.Мы также можем разработать и заказать вирусные последовательности в лаборатории и сделать их коммерческими, так что, опять же, мы знаем, что тесты обнаруживают ожидаемые нами вирусные последовательности, а не другие вирусы.

Утверждение о том, что тесты ПЦР не определяют весь геном

Правильноamundo.

Но это сделано намеренно, а не по ошибке или недосмотру. Только совсем недавно мы смогли быстро и относительно легко (по сравнению с тем, что было даже десять лет назад) обнаружить целые вирусные геномы — ключевую часть науки о геномике.

Тем не менее, определение всей последовательности вируса по-прежнему обходится дорого, менее чувствительно и медленнее по сравнению с простым обнаружением его присутствия с помощью теста RT-rPCR.

Для борьбы с кластерами, вспышками, эпидемиями и пандемиями, а также для ведения пациентов — все, что необходимо — это обнаружение вирусной РНК (что и делают ОТ-ПЦР в реальном времени). Для более тщательного отслеживания вирусных изменений с течением времени и лучшего понимания того, откуда могла взяться вспышка — геномика — это прекрасно, но только небольшая часть вирусов обычно лечится.Со временем это изменится.

Положительный результат не означает, что вирус присутствует — но мы можем быть уверены, что это был

Положительный результат ОТ-ПЦР не доказывает, что присутствует реплицирующийся (также называемый инфекционным или жизнеспособным) вирус. Это доказывает наличие его генетического материала — РНК.

Но мы многое узнали об этом вирусе за 7 месяцев, и SARS-CoV-2, как и другие вирусы, которые мы обнаруживаем с помощью RT-rPCR, присутствует до и во время пикового симптоматического периода.Это также случаи, когда нас отбирают и тестируют, потому что мы чувствуем себя плохо. По опыту мы знаем, что когда в образце пациента присутствует детектируемая вирусная РНК, часто присутствует и инфекционный вирус. РНК не настолько стабильна, чтобы зависать без постоянного источника, производящего больше.

Несмотря на то, что он действительно чувствителен, RT-rPCR имеет предел обнаружения — как мы видели в истории о «ложноотрицательных результатах» среди пациентов, тестируемых на SARS-CoV-2, задолго до того, как они стали клинически здоровыми.

Таким образом, мы используем результат RT-rPCR в качестве суррогатного индикатора присутствия инфекционного вируса.

Другой вариант — попробовать «вырастить» вирус в лаборатории, но здесь есть проблемы. Он медленнее, дороже (большие затраты на рабочую силу), на него влияет плохая обработка / хранение образцов / холодовая цепь, требуется высокий уровень знаний (фактически умирающее искусство) и он гораздо менее чувствителен, чем ОТ-ПЦР в реальном времени.

Для некоторых неспециалистов, включая в некоторых случаях врачей, это вызвало большие проблемы в первые годы ПЦР, поскольку она превратилась из инструмента исследования в средство диагностики пациента.

Они не могли понять, что означает положительный результат ПЦР, потому что они использовали результаты культивирования вирусов… которые были реже положительными, потому что метод был менее чувствительным.

Теперь вы более опытны, чем были

Итак, теперь вы можете знать об этом немного больше, чем раньше. Надеюсь, я объяснил, что тесты ПЦР могут обнаружить «вирус COVID». Я с уверенностью могу сказать, что вы узнаете намного больше, чем определенный парень в определенной машине из определенного видео.Всегда будьте готовы узнать что-то новое. Спасибо за прочтение.

Просмотров: 6928

Нравится:

Нравится Загрузка …

Какие тесты потенциально могут быть использованы для скрининга, диагностики и мониторинга COVID-19 и каковы их преимущества и недостатки?

20 апреля 2020

Кайл Грин ¹, Аманда Винтер ², Рэйчел Дикинсон ², Сара Грациадио ², Роберт Вольф ³, Сьюзан Маллетт ⁴, А.Джой Аллен ¹

¹ NIHR Newcastle In Vitro Diagnostics Coperative
Ньюкаслский университет, Ньюкасл-апон-Тайн, NE2 4HH
² NIHR Newcastle In vitro Diagnostics Co-operative
Newcastle Upon Tyne NHS Hospitals Foundation Trust, Ньюкасл-апон-Тайн, NE1 4LP
³ Kleijnen Systematic Reviews Ltd
Unit 6, Escrick Business Park, York, YO19 6FD
⁴ Институт прикладных медицинских исследований
Бирмингемский университет B15 2TT

PDF для загрузки

ВЕРДИКТ
На данный момент доступно множество диагностических тестов на коронавирусную болезнь 2019 (COVID-19), и с каждым днем все больше получают одобрение в экстренных случаях.Эти тесты в значительной степени основаны на четырех различных методах: 1) полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (RT-PCR) — текущий стандартный тест на COVID-19; 2) петлевой изотермической амплификации (LAMP) — простой, но менее развитый тест. метод, 3) боковой поток — ручные одноразовые анализы, дающие результаты для отдельного пациента всего за 15 минут, и 4) иммуноферментный анализ (ELISA) — быстрые и технически простые анализы, которые легко читаются и предлагают относительно высокая пропускная способность.

ИСТОРИЯ ВОПРОСА
Ряд молекулярных методов, начиная от центральных лабораторных исследований и заканчивая тестами на месте, находятся в стадии разработки или уже доступны для диагностики и лечения пациентов с COVID-19. Эти методы, хотя и хорошо известны исследователям и клиницистам, имеющим опыт амплификации дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), а также анализов антител и антигенов, могут быть относительно неизвестны широкому сообществу. Этот документ был написан, чтобы обрисовать и объяснить основные принципы основных диагностических тестов COVID-19, которые используются в настоящее время или проходят испытания.

ГЛОССАРИЙ
Ключевые термины, используемые в этом документе (выделены жирным шрифтом), описаны здесь:

Антитело — Антитела представляют собой защитные белки, вырабатываемые естественным образом в ответ на видение чужеродных структур (антигенов), например во время вирусной инфекции. Организм вырабатывает ранние «прототипные» антитела (IgM) средней силы для связывания с вирусом. Они могут начать работу по удалению вируса примерно через пять дней после начала нового заражения. Обычно через восемь-десять дней после начала инфекции антитела IgG с высокой силой связывания могут помочь более быстрому выведению вируса.Антитела действуют, развивая соответствующую контурную поверхность для прилипания к антигенам, используя сложный процесс отбора для амплификации антител с наилучшим соответствием поверхности и самым сильным связыванием.

Антиген — Антиген — это структура, признанная человеческим организмом как чужеродная, которая запускает иммунную систему для создания систем самозащиты для удаления патогенов из крови и тканей. Клиренс антигена возглавляется антителами и лейкоцитами.

COVID-19 — Коронавирусное заболевание-19 — Респираторное заболевание, вызванное тяжелым острым респираторным синдромом, вызванным коронавирусом 2 (SARS-CoV-2), в просторечии называемым коронавирусом.Семейство коронавирусов включает не только SARS (-1 и -2) и MERS, но и более легкие формы (вызывающие 15-20% простудных заболеваний).

ДНК — Дезоксирибонуклеиновая кислота — Молекула, которую люди и большинство организмов используют для хранения своего генетического кода. ДНК содержит информацию, которую клетки используют для производства белков. Он состоит из двух нитей, которые соединяются вместе, образуя спиральную форму.

Фермент — Фермент — это белок, который ускоряет химические реакции, адаптируя или изменяя другие белки и молекулы.

Флуоресценция — Это свет, излучаемый определенными молекулами, когда они поглощают энергию.

Herd-Immunity — Этот метод защиты от распространения болезни обеспечивает популяционный иммунитет путем вакцинации большого процента населения, тем самым защищая тех, кто не обладает иммунитетом, за счет снижения их вероятности контакта с болезнью.

РНК — Рибонуклеиновая кислота — У человека РНК выполняет множество функций, но главная из них — копирование предложений ДНК для создания белков.Некоторые вирусы используют РНК вместо ДНК для хранения своего генетического кода, включая вирус, вызывающий COVID-19.

Чувствительность — Способность диагностического теста давать положительный результат, когда он должен быть положительным.

Сыворотка — представляет собой жидкий компонент крови после удаления белков свертывания.

Специфичность — Способность диагностического теста указывать на отрицательный результат, когда он должен быть отрицательным.

Swab — Небольшой кусок марли или другого абсорбирующего материала, прикрепленный к палочке, используемой для взятия образцов от пациентов. При тестировании на коронавирус используются как длинные, так и короткие мазки. Клиницисты используют длинные мазки для взятия мазков из носа, а короткие мазки могут использовать сами пациенты. Для разных протоколов могут потребоваться мазки разных типов.

Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР)

Обзор технологий

ПЦР — это очень распространенный научный метод, который широко используется в исследованиях и медицине около 20-30 лет для обнаружения генетической информации.ОТ-ПЦР — это специальная версия, используемая, когда РНК находится в

Тестирование антител

(серология) на COVID-19: Информация для пациентов и потребителей

Тест на антитела к COVID-19, также известный как серологический тест, представляет собой анализ крови, который может определить, есть ли у человека антитела к SARS-CoV-2, вирусу, вызывающему COVID-19.Тесты на антитела к COVID-19 могут помочь выявить людей, которые могли быть инфицированы вирусом SARS-CoV-2 или вылечились от инфекции COVID-19.

В настоящее время исследователи не знают, означает ли наличие антител, что вы будете невосприимчивы к коронавирусу в будущем; или если у вас иммунитет, как долго это продлится.

Многие тесты на антитела в настоящее время разрабатываются или доступны для использования для выявления антител к SARS-CoV-2. Однако не все тесты на антитела, которые предлагаются общественности, были оценены и одобрены FDA.Подробные сведения о конкретных тестах, разрешенных FDA, см. В разделе «Диагностика in vitro».

На этой странице:

Антитела и тесты на антитела: основы

В: Что такое антитела?

A: Антитела — это белки, вырабатываемые иммунной системой для борьбы с такими инфекциями, как вирусы, и могут помочь предотвратить появление этих же инфекций в будущем. После контакта с инфекцией SARS-CoV-2 (COVID-19) антитела могут развиться в организме через несколько дней или недель, и неизвестно, как долго они остаются в крови.

В: Используются ли тесты на антитела для диагностики COVID-19?

A: Нет. Тест на антитела не определяет наличие вируса SARS-CoV-2 для диагностики COVID-19. Эти тесты могут дать отрицательный результат даже у инфицированных пациентов (например, если антитела еще не выработались в ответ на вирус) или могут дать ложноположительные результаты (например, если обнаружены антитела к другому типу коронавируса), поэтому они не следует использовать для оценки того, инфицированы ли вы в настоящее время или заразны (способность заражать других людей).

В: Если тесты на антитела не могут использоваться для диагностики COVID-19, какие тесты для этого доступны?

A: В настоящее время существует два типа диагностических тестов на COVID-19:

Молекулярные (ОТ-ПЦР) тесты, которые обнаруживают генетический материал вируса
Антигенные тесты, обнаруживающие специфические белки на поверхности вируса

Молекулярные тесты и тесты на антигены могут определить, есть ли у вас активная коронавирусная инфекция. Если вы дали положительный результат по любому из типов тестов, вам следует следовать рекомендациям CDC, чтобы защитить себя и других.

Молекулярные тесты и тесты на антигены выполняются с использованием образцов, взятых в основном из носа и горла с использованием длинных мазков, или других респираторных образцов.
Для получения дополнительной информации о различных типах тестов см .:

Понимание результатов теста на антитела

В: Что означает положительный результат теста на антитела?

A: Если у вас положительный результат теста на антитела к SARS-CoV-2, возможно, у вас недавно или ранее был COVID-19. Также существует вероятность того, что положительный результат окажется неверным, что называется ложноположительным.Возможны ложноположительные тесты:

Потому что тесты на антитела могут обнаруживать коронавирусы, отличные от SARS-CoV-2, например те, которые вызывают простуду.
Когда тестирование проводится среди населения без большого количества случаев заражения COVID-19. Эти типы тестов лучше всего работают в группах населения с более высоким уровнем инфицирования.

В: Означает ли положительный результат теста на антитела, что я невосприимчив к COVID-19?

A: Положительный тест на антитела не обязательно означает, что у вас иммунитет к инфекции SARS-CoV-2, так как неизвестно, защитят ли вас от повторного заражения наличие антител к SARS-CoV-2.Он также не указывает, можете ли вы заразить других людей SARS-CoV-2.

В: Что означает отрицательный результат теста на антитела?

A: Отрицательный результат теста на антитела к SARS-CoV-2 означает, что антитела к вирусу не были обнаружены в вашем образце. Это может означать:

Вы ранее не были инфицированы COVID-19.
У вас был COVID-19 в прошлом, но у вас не развились или еще не выработались выявляемые антитела. Неизвестно, разовьется ли у всех инфицированных людей определяемый ответ антител.
Результат может быть неверным, что называется ложноотрицательным. Это происходит, когда тест не обнаруживает антител, даже если у вас могут быть специфические антитела к SARS-CoV-2.

Существует несколько причин, по которым отрицательные результаты теста на антитела не указывают с уверенностью, что у вас нет или не было инфекции SARS-CoV-2. Например, если вы прошли тестирование вскоре после заражения SARS-CoV-2, тест может быть отрицательным, потому что организму требуется время, чтобы выработать ответ антител.Также неизвестно, снижается ли уровень антител со временем до неопределяемого уровня.

Вопрос: Что означают чувствительность и специфичность при тестировании на антитела?

Чувствительность — это способность теста выявлять людей с антителами к SARS-CoV-2. Это известно как истинно положительный показатель. Высокочувствительный тест позволит выявить большинство людей, у которых действительно есть антитела, и несколько человек с антителами, пропущенными тестом (ложноотрицательные результаты).
Специфичность — это способность теста правильно определять людей без антител к SARS-CoV-2.Это называется истинно отрицательной ставкой. Высокоспецифический тест позволит выявить людей, у которых действительно нет антител, и небольшое количество людей без антител будет идентифицировано тестом как имеющие антитела (ложноположительные результаты).

FDA включило информацию об ожидаемой чувствительности и специфичности серологических тестов SARS-CoV-2 в серологические шаблоны EUA для коммерческих производителей и лабораторий. Для получения информации о результатах авторизованных серологических тестов см. Проведение авторизованных серологических тестов EUA.

Вопрос: Что означает положительная прогностическая ценность при тестировании на антитела?

Прогнозирующая ценность положительного результата — это вероятность того, что у людей с положительным результатом теста действительно есть антитела. Положительные прогностические значения тестов на антитела к SARS-CoV-2 зависят от того, насколько распространены антитела против SARS-CoV-2 в популяции, проходящей тестирование в определенное время.

Прогностические значения — это вероятности, рассчитанные с использованием чувствительности и специфичности теста, а также предположения о процентной доле людей в популяции, у которых есть антитела в данный момент времени (что в этих расчетах называется «распространенностью»).

Чем ниже распространенность, тем ниже прогностическая ценность. Это означает, что тесты на антитела COVID-19 с высокой специфичностью, используемые в регионах с низкой распространенностью (небольшое количество людей, у которых есть антитела против SARS-CoV-2), будут иметь более низкую положительную прогностическую ценность, чем в регионах с более высокой распространенностью.

Низкая положительная прогностическая ценность может привести к большему количеству людей с ложноположительным результатом. Это могло означать, что у людей не выработались антитела к вирусу, даже если тест показал, что они были.Если нельзя достичь высокой положительной прогностической ценности с помощью одного результата теста, два теста можно использовать вместе, чтобы помочь идентифицировать людей, которые действительно могут быть положительными на антитела к SARS-CoV-2.

В: Что, если я получу разные результаты по двум тестам в двух разных лабораториях? Кому я должен верить?

A: Результаты тестов из разных лабораторий могут различаться в зависимости от нескольких факторов, таких как точность самого теста, а также того, сколько времени может потребоваться вашему организму для выработки антител после заражения коронавирусом, если вы действительно были инфицированы.По этой и другим причинам вам всегда следует проверять результаты своих анализов у врача.

Практическая информация по тестам на антитела: кому они нужны и где их взять

Вопрос: Кто может пройти тест на антитела?

A: Если у вас есть вопросы о том, подходит ли вам тест на антитела, поговорите со своим врачом или с департаментами здравоохранения штата или местного отделения.

Вопрос: Доступно множество тестов на антитела. Как мне узнать, нужен ли он мне?

A: Поговорите со своим врачом или в центре лабораторных исследований, чтобы обсудить, подходит ли вам тестирование на антитела.Для тестирования на антитела требуется рецепт от врача.

В: Где я могу пройти тест на антитела или диагностический тест?

A: Антитела и диагностические тесты доступны по рецепту поставщика медицинских услуг и могут быть доступны в местных медицинских учреждениях и центрах тестирования. Для получения дополнительной информации обратитесь к своему поставщику медицинских услуг или в местный или государственный отдел здравоохранения.

В: Смогу ли я вернуться к работе без теста на антитела?

A: Требования для возвращения к работе могут быть определены вашим работодателем или правительством вашего штата или местного самоуправления.Спросите своего работодателя о критериях вашего рабочего места для возвращения на работу и о любых действиях, которые ваш работодатель будет предпринимать для предотвращения или сокращения распространения COVID-19 среди сотрудников и клиентов.